View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19611_low_2 (Length: 482)

Name: NF19611_low_2
Description: NF19611
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19611_low_2
NF19611_low_2
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (221-396)||(19452972-19453155)
chr8 (225-396)||(19406037-19406216)
chr8 (221-396)||(19527921-19528104)
chr8 (1-115)||(19540034-19540148)
chr8 (1-115)||(19592550-19592664)
chr8 (1-115)||(19555083-19555197)
chr8 (1-115)||(19391047-19391161)
chr8 (226-420)||(19397907-19398114)
chr8 (1-115)||(19411203-19411317)
chr8 (226-413)||(19414263-19414463)
chr8 (226-420)||(19552768-19552975)
chr8 (296-408)||(19338181-19338293)
chr8 (231-420)||(19579718-19579920)
chr8 (296-408)||(19356206-19356318)
chr8 (220-398)||(19538489-19538681)
chr8 (283-420)||(19346965-19347105)
chr8 (238-420)||(19377603-19377796)
chr8 (219-408)||(19501885-19502085)
chr8 (320-424)||(19288459-19288563)
chr8 (283-424)||(19171632-19171776)
chr8 (43-123)||(19337966-19338046)
chr8 (43-123)||(19355992-19356072)
chr8 (52-115)||(19503633-19503697)
chr8 (52-134)||(19450770-19450853)
chr8 (52-134)||(19530223-19530306)
chr8 (37-115)||(19377091-19377170)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (221-398)||(36312796-36312989)
chr1 (91-127)||(36314208-36314244)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 221 - 396
Target Start/End: Original strand, 19452972 - 19453155
Alignment:
Q  221 ataggattagggtttggcatcaagataagaccaaaaattaaaagtttgagatgaa--------tatcacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgcag 312  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  19452972 ataggattagggtttggcatcgtgataagaccaataatttaaagtttgagatgaacatgcttatatcacaattcaaattgattgtgtatagtcaatgcag 19453071  T
Q  313 gtaaaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaaga 396  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  19453072 gtaaaaagtggatatggataggtgctgcaatcgcatctgctctgctcatactatgtccactccttttatgcctagtaaaaaaga 19453155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 225 - 396
Target Start/End: Original strand, 19406037 - 19406216
Alignment:
Q  225 gattagggtttggcatcaagataagaccaaaaattaaaagtttgagatgaatat--------cacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgcaggtaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||        |||||| ||||||||  |||||| ||| ||||||||||    
T  19406037 gattagggtttggcatcaagataagagcaaaaattaaaagtttgaaatgaatatgcttatatcacaatgcaaattgaatgtgtatagtcgatgcaggtaa 19406136  T
Q  317 aatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaaga 396  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  19406137 aaagtggatatggataggtgctgcaatcgcatctgctatactcatattatgtccactcgttttatgcctagtaaaaaaga 19406216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 221 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 19528104 - 19527921
Alignment:
Q  221 ataggattagggtttggcatcaagataagaccaaaaattaaaagtttgagatgaa--------tatcacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgcag 312  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  19528104 ataggattacggtttggcatcgtgataagaccaataatttaaagtttgagatgaacatgcttatatcacaattcaaattgattgtgtatagtcaatgcag 19528005  T
Q  313 gtaaaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaaga 396  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  19528004 gtaaaaagtggatatggataggtgctgcaatcgcatctgctctgctcatactatgtccactccttttatgcctagtaaaaaaga 19527921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19540148 - 19540034
Alignment:
Q  1 ttcatggaattcgacacaatatgttgaggcgtttgcggataccttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19540148 ttcatggaattcgacacaatatgttcaggtggttgcggataccttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 19540049  T
Q  101 ataatatcattttaa 115  Q
    ||||| |||||||||    
T  19540048 ataatgtcattttaa 19540034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 19592550 - 19592664
Alignment:
Q  1 ttcatggaattcgacacaatatgttgaggcgtttgcggataccttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19592550 ttcatggaattcgacacaatatgttcaggtggttgcggataccttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 19592649  T
Q  101 ataatatcattttaa 115  Q
    ||||| |||||||||    
T  19592650 ataatgtcattttaa 19592664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19555197 - 19555083
Alignment:
Q  1 ttcatggaattcgacacaatatgttgaggcgtttgcggataccttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19555197 ttcatggaattcgacacaatatgttgacgtgcttccggataccttttacaccttggtaaagacaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 19555098  T
Q  101 ataatatcattttaa 115  Q
    ||||| |||||||||    
T  19555097 ataatgtcattttaa 19555083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 19391047 - 19391161
Alignment:
Q  1 ttcatggaattcgacacaatatgttgaggcgtttgcggataccttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| | || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19391047 ttcatggaattcgacgcaatatgttgaggtggtttcgaataccttttacaccttggtaaagccaacaaaatcagctccaaattcccatggtacgtaagtt 19391146  T
Q  101 ataatatcattttaa 115  Q
    ||||| |||||||||    
T  19391147 ataatgtcattttaa 19391161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 226 - 420
Target Start/End: Original strand, 19397907 - 19398114
Alignment:
Q  226 attagggtttggcatcaagataagaccaa--aaattaaaagtttgagatgaatat--------cacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgcaggta 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  19397907 attagggtttggcatcaagataagaccaacaaaattaaatgtttgagatgaatatgcttatatcacaattcaaattgattttgtatagtcaatgcaggta 19398006  T
Q  316 ---aaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaacaacaatatgtact 412  Q
       ||| ||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||||||| || |||||| |||    
T  19398007 taaaaaggtggaaatggataggtgctgcaattgcaactgctttactcatattatgcccactcattatatggctagccaaaaagaaaaaaaaatatgcact 19398106  T
Q  413 taaaggta 420  Q
    | ||||||    
T  19398107 tcaaggta 19398114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 19411203 - 19411317
Alignment:
Q  1 ttcatggaattcgacacaatatgttgaggcgtttgcggataccttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   | || ||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19411203 ttcatggaattcgacacaatatgttgacatggttccggataaattttacaccttggtaaagacaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagtt 19411302  T
Q  101 ataatatcattttaa 115  Q
    ||||| |||||||||    
T  19411303 ataatgtcattttaa 19411317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 226 - 413
Target Start/End: Original strand, 19414263 - 19414463
Alignment:
Q  226 attagggtttggcatcaagataagaccaa--aaattaaaagtttgagatgaatat--------cacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgcaggta 315  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  19414263 attagggtttggcatcaagatatgaccaacaaaattaaatgtttgagatgaatatgcttatatcacaattcaaattgattttgtatagtcaatgcaggta 19414362  T
Q  316 ---aaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaacaacaatatgtact 412  Q
       ||| |||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||||||| || |||||| |||    
T  19414363 taaaaaggtggatatggataggtgctgcaattacaactgctttactcatattatgcccactcattatatggctagccaaaaagaaaaaaaaatatgcact 19414462  T
Q  413 t 413  Q
    |    
T  19414463 t 19414463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 226 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 19552975 - 19552768
Alignment:
Q  226 attagggtttggcatcaagataagaccaa--aaattaaaagtttgagatgaatat--------cacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgcaggta 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||    
T  19552975 attagggtttggcatcaagataagaccaacaaaattaaatgtttgagatgaatatgcttatatcacaattcaaatttattttgtatagtcaatgcaggta 19552876  T
Q  316 --aaatg-tgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaacaacaatatgtact 412  Q
      ||||| ||| |||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||||||| || |||||| |||    
T  19552875 taaaatggtggatatggatatgtgctgcaattgcaactactttactcatattatgcccactcattatatggctagccaaaaagaaaaaaaaatatgcact 19552776  T
Q  413 taaaggta 420  Q
    | ||||||    
T  19552775 tcaaggta 19552768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 296 - 408
Target Start/End: Original strand, 19338181 - 19338293
Alignment:
Q  296 gtgtattgtcaatgcaggtaaaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaag 395  Q
    |||||| |||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||| |||||||    
T  19338181 gtgtatagtcaatgcaggtaagaggaggatatggataggtgctgcaatcgcaactgctttactcatattatgcccactcattttattcctagccaaaaag 19338280  T
Q  396 aaacaacaatatg 408  Q
    |||||| ||||||    
T  19338281 aaacaaaaatatg 19338293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 231 - 420
Target Start/End: Original strand, 19579718 - 19579920
Alignment:
Q  231 ggtttggcatcaagataagaccaa--aaattaaaagtttgagatgaatat--------cacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgcaggta--aaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||  |||    
T  19579718 ggtttggcatcaagataagaccaacaaaattaaatgtttgagatgaatatgcttatatcacaattcaaatttattttgtatagtcaatgcaggtataaaa 19579817  T
Q  319 tg-tgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaacaacaatatgtacttaaag 417  Q
    || ||| |||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||||||| || |||||| |||| |||    
T  19579818 tggtggatatggatatgtgctgcaattgcaactactttactcatattatgcccactcattatatggctagccaaaaagaaaaaaaaatatgcacttcaag 19579917  T
Q  418 gta 420  Q
    |||    
T  19579918 gta 19579920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 296 - 408
Target Start/End: Original strand, 19356206 - 19356318
Alignment:
Q  296 gtgtattgtcaatgcaggtaaaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaag 395  Q
    |||||| |||||||||||||| | | || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||    
T  19356206 gtgtatagtcaatgcaggtaagaggaggatatgggtaggtgctgcaatcgcaacttctttactcatattatgcccactcattttatgcctagccaaaaag 19356305  T
Q  396 aaacaacaatatg 408  Q
    |||||| ||||||    
T  19356306 aaacaaaaatatg 19356318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 220 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 19538681 - 19538489
Alignment:
Q  220 tataggattagggtttggcatcaagataagaccaaaaattaaaag---tttgagatgaatat--------cacaattcaaattgatcgtgtattgtcaat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    ||||||||||||||        ||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  19538681 tataggattagggtttggcatcaggataagaccaaaaagaataaactatttgagatgaatatgcttatatcacaattcaaattgatcttgtatagttaat 19538582  T
Q  309 gcaggt---aaaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaa 398  Q
    ||||||   |||| |||| ||||||||| | |||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  || ||||||||||    
T  19538581 gcaggtgttaaaaggtggatatggatagtttctgcaatcacaattgctttactcatattatgcccactcattttatgccaagccaaaaagaaa 19538489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 283 - 420
Target Start/End: Original strand, 19346965 - 19347105
Alignment:
Q  283 attcaaattgatcgtgtattgtcaatgcaggtaaaat---gtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactcctttt 379  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    |||| ||||||||  | || |||||||| |||||||||||||||| || ||| || ||||    
T  19346965 attcaaattaattgtgtatagtcaatgcaggtaaaaaaaagtggatatggataacttctacaatcgcagctgctttactcatattttgcccaatcatttt 19347064  T
Q  380 atgcttagtcaaaaagaaacaacaatatgtacttaaaggta 420  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  19347065 atgcttagccaaaaagaaacaaaaatatgcacttcaaggta 19347105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 238 - 420
Target Start/End: Original strand, 19377603 - 19377796
Alignment:
Q  238 catcaagataagaccaaaaattaaaagtttgagatgaatat--------cacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgcaggtaaaat---gtgggta 326  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||        |||| |||| |||||| |||||| |  |||||||||||||    |||| ||    
T  19377603 catcaagttaagaccaaaaactaaaggtttgagatgaatatgcttatatcacatttcatattgattgtgtatagcaaatgcaggtaaaaaaaagtggata 19377702  T
Q  327 tggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaacaacaatatgtacttaaaggta 420  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| || ||||  ||| ||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  19377703 tggataggtgttgcaatcggaactgctttactcatattatgcccactcattatatggctagccaaaaagaaacaaaaatattcacttcaaggta 19377796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 219 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 19502085 - 19501885
Alignment:
Q  219 atataggattagggtttggcatcaagataagaccaaaaattaaaagtttgagatga--------atatcacaattcaaattgatcgtgtattgtcaatgc 310  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||        ||||||||| ||||||||||  ||||| |  |||||    
T  19502085 atataggactagggtttagcatcaagataagacaaaaaagtaaaactttgagatgaatatgcttatatcacaaatcaaattgattctgtatagcaaatgc 19501986  T
Q  311 aggt---aaaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaacaacaatat 407  Q
    ||||   |||| |||| ||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||  || ||||| |||  |||||||||||| |||||    
T  19501985 aggtagaaaaaagtggatatggatcggtgttgcaaccgcaactgctttactcatattatgctcacttattctatgcctagcaaaaaagaaacaaaaatat 19501886  T
Q  408 g 408  Q
    |    
T  19501885 g 19501885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 320 - 424
Target Start/End: Original strand, 19288459 - 19288563
Alignment:
Q  320 gtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaacaacaatatgtacttaaaggt 419  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||  | |||||||    
T  19288459 gtggatattgataggtgctgcaatagcagctgctatactcatattatgcccactccttttatgtgtagtcaaaaggaaacaaaaatatgcgcgtaaaggt 19288558  T
Q  420 acttg 424  Q
    |||||    
T  19288559 acttg 19288563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 283 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 19171776 - 19171632
Alignment:
Q  283 attcaaattgatcgtgtattgtcaatgcaggtaaa---atgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactcctttt 379  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||||||||   ||| || ||||||| |||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||| ||||| |||||    
T  19171776 attcaaatttatagtgtatagtcaatgcaggtaaaagcatgcggatatggattggtgttgcaatagcagctgctatactcctattatgcccacttctttt 19171677  T
Q  380 atgcttagtcaaaaagaaacaacaatatgtacttaaaggtacttg 424  Q
    ||   | |  |||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  19171676 atttgtcgcgaaaaagaaacaaaaatatgcacgtaaaggtacttg 19171632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 43 - 123
Target Start/End: Original strand, 19337966 - 19338046
Alignment:
Q  43 cttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagttataatatcattttaaatagatag 123  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||  | || ||||||||||| |||||||    
T  19337966 cttttacgccttggtaaagccaacaaaatcacctccgaattcccatggtatataacatttagtatcattttaattagatag 19338046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 43 - 123
Target Start/End: Original strand, 19355992 - 19356072
Alignment:
Q  43 cttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagttataatatcattttaaatagatag 123  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||  | || ||||||||||| |||||||    
T  19355992 cttttacgccttggtaaagccaacaaaatcacctccgaattcccatggtatataacatttagtatcattttaattagatag 19356072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19503697 - 19503633
Alignment:
Q  52 cttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagt-tataatatcattttaa 115  Q
    |||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19503697 cttggtaaactctacaaaatcagccccaaattcccatggtacgtaagtatataatatcattttaa 19503633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 52 - 134
Target Start/End: Original strand, 19450770 - 19450853
Alignment:
Q  52 cttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaag-ttataatatcattttaaatagataggttccaggtga 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||    
T  19450770 cttggtaaagccaacaaaaacagccccaaattcccatggtatgtaagactataatgtcattttaattagatggcttccaagtga 19450853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 52 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 19530306 - 19530223
Alignment:
Q  52 cttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaag-ttataatatcattttaaatagataggttccaggtga 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||    
T  19530306 cttggtaaagccaacaaaaacagccccaaattcccatggtatgtaagactataatgtcattttaattagatggcttccaagtga 19530223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 115
Target Start/End: Original strand, 19377091 - 19377170
Alignment:
Q  37 ggataccttttacaacttggtaaagccaacaaaatcagctccgaattcccatggtacgtaagt-tataatatcattttaa 115  Q
    ||||| |||||||  |||||||||  | ||||||||| | |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19377091 ggataacttttacgccttggtaaactctacaaaatcaacccgaaattcccatggtacgtaagtctataatatcattttaa 19377170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 221 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 36312989 - 36312796
Alignment:
Q  221 ataggattagggtttggcatcaagataagaccaaaaattaaaagtttgagatgaat-------------atcacaattcaaattgatcgtgtattgtcaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  36312989 ataggattagggtttggcatcaagataaggccaaaaattaaaagtttgagatgaatatgcttatatcacatcacaattcaaattaattgtgtatagtcaa 36312890  T
Q  308 tgcaggt---aaaatgtgggtatggataggtgctgcaatcgcatctgctttactcatattatgtccactccttttatgcttagtcaaaaagaaa 398  Q
    |||||||   ||||  ||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  || ||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  36312889 tgcaggtaaaaaaagatggatatgaatagctgctgcaatcgcaactgctttactcatattgttcccgctcattttatgcatagccaaaaagaaa 36312796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 36314244 - 36314208
Alignment:
Q  91 tacgtaagttataatatcattttaaatagataggttc 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36314244 tacgtaagttataatatcattttaattagataggttc 36314208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University