View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19612_low_1 (Length: 852)

Name: NF19612_low_1
Description: NF19612
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19612_low_1
NF19612_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (6-836)||(40093401-40094232)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 40094232 - 40093401
Alignment:
Q  6 ggtcgacagaaatgaagaatatgacaccaaagtggatgcgttttcttttgctctgatattacaagaggtaaatatctaaatctataccgttactgctcac 105  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||    
T  40094232 ggtctacagaaatgaggaatatgacaccaaagtggatgcgttttcttttgctctgatattacaagaggtaaaaatctaaatctttaccatcactgctcac 40094133  T
Q  106 atgtgcatgcatgttttaatactctggagctttctaataattttcaagctgatcatttacctataatatgtaagtagtcgtttcttctctggtcttgata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40094132 atgtgcatgcatgttttaatactctggagctttctaataattttcaagctgatcatttacctataatatgcaagtagtcgtttcttgtctggtcttgata 40094033  T
Q  206 taaggcttatacaccctaacctttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttgatgaatcgatggttctgatgaagactgattaatgtggtatttgac 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40094032 taaggcttatacaccctaacctttcaaatataataaaaaatagaaaaatagtttgatgaatcgatggttctgatgaagactgattaatgtggtatttgac 40093933  T
Q  306 aaaataatacatgctaattgaatttattcttttgttatttactcctctgaacgtggaattagagtatcccataatagcagttaattgcatttactgtttt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40093932 aaaataatacatgctaattgaatttattcttttgttatttactcctctgaacgtggaattagagtatcccatagtagcagttaattgcatttactgtttt 40093833  T
Q  406 gtcaaaaagggaatttagtcaatttcattttcctttctacgatttatattttaagcatgaaaataatttattttcgaagattctaatattatgtgtcatt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40093832 gtcaaaaagggaatttagtcaatttcattttcctttctacgatttatattttaagcatgaaaataatttattttcgaagattctaatattatgtgtcatt 40093733  T
Q  506 tt-aagtgtttatgtgacatttgagtatcttatagcttgtccatccgtctgaaattaaatggtcatctcctctacacacacatatttgtgttattcaagt 604  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40093732 tttaagtgtttatgtgacatttgagtatcttatagcttgtccatccgtctgaaattaaatggccatctcctctacacacacatatttgtgttattcaagt 40093633  T
Q  605 aagaaagtttccatgttcaggaaaaggaatgtgttatgtggtgtgtcttgtgttgctttctgcattcatatcccttcgaatatagtcaatgcatactaaa 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40093632 aagaaagtttccatgttcaggaaaaggaatgtgttgagtggtgtgtcttgtgttgctttctgcattcatatcccttcgaatatagtcaatgcatactaaa 40093533  T
Q  705 ttaaagatcttttgatggcttcttttatatgttatacctgtttctcttatcaagaatgtatgtagtgtgagtctaagcagagcttgagcactcttgactt 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40093532 ttaaagatcttttgatggcttcttttatacgttatacctgtttctcttatcaagaatatatgtagtgtgagtctaagcatagcttgagcactcttgactt 40093433  T
Q  805 atgagctatgccctccatcagatcatcctaaa 836  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40093432 atgagctatgcccttcatcagatcatcctaaa 40093401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University