View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19612_low_5 (Length: 551)

Name: NF19612_low_5
Description: NF19612
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19612_low_5
NF19612_low_5
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (5-536)||(4007950-4008481)
chr4 (301-524)||(3998957-3999180)
chr4 (16-536)||(4023108-4023628)
chr4 (35-536)||(3921622-3922129)
chr4 (35-536)||(3985032-3985533)
chr4 (173-510)||(4000215-4000555)
chr4 (172-519)||(3935110-3935460)
chr4 (371-523)||(3799920-3800067)
chr4 (173-501)||(3957221-3957553)
chr4 (233-377)||(3815805-3815949)
chr4 (446-536)||(3808132-3808222)
chr4 (446-524)||(3815718-3815796)
chr4 (232-377)||(3808231-3808376)
chr4 (371-432)||(4216974-4217035)
chr4 (451-523)||(4216867-4216939)
chr4 (35-126)||(3808485-3808576)
chr4 (35-126)||(3934841-3934932)
chr4 (247-375)||(3936823-3936950)
chr4 (487-535)||(4000154-4000202)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (173-334)||(13396080-13396241)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 4008481 - 4007950
Alignment:
Q  5 tttccaggacaagatctaactaagagttggatcaatgaactgccattgtcttttggatctcaaagcacgctagaaaccctgattttaagaggctgtagaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  4008481 tttccaggacaagatctaactaagagttggatcaatgaactgccattatcttttggatctcaaagcacgctagaaaccctgattttcaaaggctgtagaa 4008382  T
Q  105 ttgagaggataccttcaagcatnnnnnnncttactagactaagatatataaacctgaccttttacatcaagcttatgactctaccagtgcttccatcatc 204  Q
    |||||||||||||| |||||||       | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||    
T  4008381 ttgagaggatacctccaagcataaaaaatcgtactagactaagatatataaacctgactttttgcatcaagcttcggactataccagagcttccatcatc 4008282  T
Q  205 acttgaaactctattgggtgaatgtgaatcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaaccgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgtta 304  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4008281 acttgaaactctattggctgaatgtgaatcactgaagactgtatggttccctttaacagcttctgaacagttcaaggaaaacaagaaaagggttctgtta 4008182  T
Q  305 tggaattgtttgaacctggataaacgttctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagtttacatatcaacatttatcgacactgg 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4008181 tggaattgtttgaacctggataaacgttctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagtttgcatatcaacatttatcgacactgg 4008082  T
Q  405 aacataactatgttgaaagtaatgttgattacaaacatacgtttggttcttatcaagcattgtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttgga 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||     
T  4008081 aacataactatgttgaaagtaatgttgattacaaacaaacgtttggttcttatcaagcattttatgtgtatccaggaagtaccgttcctgagtggttggc 4007982  T
Q  505 gtacaaaacaacaaaggatgtcatgattgttg 536  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  4007981 gtacaaaacaacacaggatgatatgattgttg 4007950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 301 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 3999180 - 3998957
Alignment:
Q  301 gttatggaattgtttgaacctggataaacgttctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagtttacatatcaacatttatcgaca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||    
T  3999180 gttatggaattgtttgaacctggataaacgttctcacataaatgttgagttgaatattcaaatcaatataataaagtttgcatatcaacattattcgaca 3999081  T
Q  401 ctggaacataactatgttgaaagtaatgttgattacaaacatacgtttggttcttatcaagcattgtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggt 500  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||| ||    
T  3999080 ttggaacataactatgttgaaagtaatgttgattacaaacataagtttggttcttatcaagcattgtatgtttatccaggaagcagtgtttcagagtcgt 3998981  T
Q  501 tggagtacaaaacaacaaaggatg 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  3998980 tggagtacaaaacaacaaaggatg 3998957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 4023628 - 4023108
Alignment:
Q  16 agatctaactaagagttggatcaatgaactgccattgtcttttggatctcaaagcacgctagaaaccctgattttaagaggctgtagaattgagaggata 115  Q
    |||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||  ||| ||||||||  | ||  ||||||||| |||    
T  4023628 agatctaactaacatttgtatcaatgcactgccatcatcttttggatgtcaaagcaggctagaaatactggttttaagatacagtgaaattgagagcata 4023529  T
Q  116 ccttcaagcatnnnnnnncttactagactaagatatataaacctgaccttttacatcaagcttatgactctaccagtgcttccatcatcacttgaaactc 215  Q
    |||||||||||       ||||| ||||||||| |  || || |    |||| |   |||||  ||  |||||| | |||||| |||||| |||||||||    
T  4023528 ccttcaagcatcaagaatcttacaagactaagaaaattagacatacgattttgctcaaagctcctggttctacccgagcttccttcatcagttgaaactc 4023429  T
Q  216 tattgggtgaatgtgaatcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaaccgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgttt 315  Q
    || | | |||||||  |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||  ||| |||||||| |     
T  4023428 tacttgttgaatgtagatcactgaagactgtattgttcccttcaacagtttctgaacaattcaaggaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctg 4023329  T
Q  316 gaacctggataaacgttctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacataactat 415  Q
    |||| ||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||| | ||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |     
T  4023328 gaacttggatgaacattctctcataaatattgggttgaatctgcaaatgaatttgataaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcac 4023229  T
Q  416 gttgaaagtaatgttgattacaaacatacgtttggttcttatcaagcattgtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaaaacaa 515  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  4023228 gttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgtttatcctggaagtagtattccagagtggttggagtacaagacaa 4023129  T
Q  516 caaaggatgtcatgattgttg 536  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  4023128 caaaggatgacatgattgttg 4023108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 35 - 536
Target Start/End: Original strand, 3921622 - 3922129
Alignment:
Q  35 atcaatgaactgccattgtcttttggatctcaaagcacgctagaaaccctgattttaagaggctgtagaattgagaggataccttcaagcatnnnnnnnc 134  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||| | |  |  ||||||||| |||| |||||||||       |    
T  3921622 atcaatgcactgccatcatcttttggatgtcaaagcaatctagaaaccctgaatttaagtgacactgaaattgagagcatacattcaagcatcaagaatc 3921721  T
Q  135 ttactagactaagatatataaacctgaccttttacatcaagcttatgactctaccagtgcttccatcatcacttgaaactctattgggtgaa---tgtga 231  Q
    |||| ||||||||| |  || || |    |||| || ||||||| ||  |||||| | |||||| |||||| |||||| |||| | | |||    |||||    
T  3921722 ttacaagactaagaaaattatacatacgattttccaacaagcttctggttctacccgagcttccttcatcagttgaaagtctacttgttgacaactgtga 3921821  T
Q  232 atcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaaccgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgt 331  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||  |||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||| || ||| ||||| ||| |    
T  3921822 atcactaaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaattcaaggaaaacaagaaaagggttgagttctggaattgcttcaacttggatgaactt 3921921  T
Q  332 tctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacataac---tatgttgaaagtaatg 428  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |    |||| ||||||| |||    
T  3921922 tctctgataaatattgggttgaatctgcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgaatatgctgaaagttatg 3922021  T
Q  429 ttgattacaaacatacgtttggttcttatcaagcattgtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaaaacaacaaaggatgtcat 528  Q
    ||||||||||| |||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  3922022 ttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgtgtatcctggaagtagtgttccaaagtggttggagtacaagacaacaatggatggcat 3922121  T
Q  529 gattgttg 536  Q
    ||||||||    
T  3922122 gattgttg 3922129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 35 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 3985533 - 3985032
Alignment:
Q  35 atcaatgaactgccattgtcttttggatctcaaagcacgctagaaaccctgattttaagaggctgtagaattgagaggataccttcaagcatnnnnnnnc 134  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||   |  ||||||||| ||||||||||||||       |    
T  3985533 atcaatgcactgccatcatcttttggatgtcaaagcaagctagaaaccctggttttaagaggtactcaaattgagagcataccttcaagcatcaaggatc 3985434  T
Q  135 ttactagactaagatatataaacctgaccttttacatcaagcttatgactctaccagtgcttccatcatcacttgaaactctattgggtgaatgtgaatc 234  Q
    |||| ||||||||| |  || || | | |  || |    ||||| || ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||  ||    
T  3985433 ttacaagactaagaaaattagacataagcgattgctcggagcttctggctctacctgagcttccatcatcacttgaaactctacttgttgactgtgtgtc 3985334  T
Q  235 actaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaaccgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgttct 334  Q
    ||| ||| ||||||| ||||| | ||||| | ||||||  || ||| |||||||||||||| ||  ||| |||||||| || ||  ||||| ||||||||    
T  3985333 actgaagtctgtatttttcccttcaacagttgctgaacaattaaaggaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgcttcaaattggatgaacgttct 3985234  T
Q  335 cttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacataactatgttgaaagtaatgttgatt 434  Q
    || |||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||  |||||||||    
T  3985233 ctcataaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatggagtttgcatatcaacatttatcgacactggaacatgataaagttgaaagctatgttgatt 3985134  T
Q  435 acaaacatacgtttggttcttatcaagcattgtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaaaacaacaaaggatgtcatgattgt 534  Q
    ||||| |||   ||| ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||    
T  3985133 acaaagatatccttgattcttatcaagcagtgtatgtatatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgatatgattgt 3985034  T
Q  535 tg 536  Q
    ||    
T  3985033 tg 3985032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 173 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 4000555 - 4000215
Alignment:
Q  173 aagcttatgactctaccagtgcttccatcatcacttgaaactctattgggtgaatgtgaatcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaac 272  Q
    |||||| || ||||||| |||||||| | |||| ||||||||||| | | |||||||  |||||| ||||||||||||||||| | ||||  ||||||||    
T  4000555 aagcttctggctctacctgtgcttcctttatcagttgaaactctacttgttgaatgtatatcactgaagactgtattgttcccttcaacaatttctgaac 4000456  T
Q  273 cgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgttctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataat 372  Q
      |||||| |||||||||||||| ||  ||| |||||||| || ||| ||||| ||| ||||||  ||||||||| ||| |||||  |||||||| ||||    
T  4000455 aattcaaggaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgcttcaacttggatgaacattctctcgtaaatattgggttcaatatgaaaatcaatctaat 4000356  T
Q  373 gaagtttacatatcaacatttatcgacactggaac---ataactatgttgaaagtaatgttgattacaaacatacgtttggttcttatcaagcattgtat 469  Q
     |||||| ||||||||||||||| |||||||||||   || | |||||||| ||| ||| ||||||| || |||    |  |||||||||||||||||||    
T  4000355 caagtttgcatatcaacatttattgacactggaacatgatgattatgttgacagttatgctgattacgaatataaccattcttcttatcaagcattgtat 4000256  T
Q  470 gtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaa 510  Q
    || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4000255 gtatatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaa 4000215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 172 - 519
Target Start/End: Original strand, 3935110 - 3935460
Alignment:
Q  172 caagcttatgactctaccagtgcttccatcatcacttgaaactctattgggtgaatgtgaatcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaa 271  Q
    ||||||| || ||||||| | |||| | |||||| |||||| |||| | | | | ||||| ||||| ||| ||||||||||||| | ||||| | |||||    
T  3935110 caagcttctggctctacccgagctttcttcatcagttgaaattctacttgttcactgtgactcactgaagtctgtattgttcccttcaacagttgctgaa 3935209  T
Q  272 ccgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgttctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataa 371  Q
    |  |||||| |||||||||||   |||  ||| |||||||| |||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| | |    
T  3935210 caattcaaggaaaacaagaaagaagttaagttctggaattgcttgaacttggatgagcgttctctgataaatattgggttgaatctgcaaatcaatttga 3935309  T
Q  372 tgaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacataac---tatgttgaaagtaatgttgattacaaacatacgtttggttcttatcaagcattgta 468  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||| |    |||||||||| | |||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||    
T  3935310 tgaagtttgcatatcaagatttatcaacagtggaacatgatgattatgttgaaacttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcattgta 3935409  T
Q  469 tgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaaaacaacaaa 519  Q
    |||||||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  3935410 tgtgtattctggaagtagtgttccagattggtttgagtacaagacaacaaa 3935460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 371 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 3800067 - 3799920
Alignment:
Q  371 atgaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacataactatgttgaaagtaatgttgattacaaacatacgtttggttcttatcaagcattgtatg 470  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||     ||| ||   |||| |||||||||||||  |||||    
T  3800067 atgaagtttgcatatcaacatttatcgacactggaacataagtatgctgaaagttatgttg-----aaagattactttgcttcttatcaagcaccgtatg 3799973  T
Q  471 tgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaaaacaacaaaggat 523  Q
    | |||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3799972 tttattctggaagtagtgttccatagtggttggagtacaagacaacaaaggat 3799920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 173 - 501
Target Start/End: Original strand, 3957221 - 3957553
Alignment:
Q  173 aagcttatgactctaccagtgcttccatcatcacttgaaactctattgggtgaatgtgaatcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaac 272  Q
    |||||| || ||||||| | |||||| |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |   | | | || |||    
T  3957221 aagcttgtggctctacccgagcttccttcatcagttgaaactctacttgttgaatgtgaatcattgaagactgtatttttccctt---ctgttgctcaac 3957317  T
Q  273 cgttcaagaaaaacaa-gaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgttctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataa 371  Q
      |||||| ||||||| ||||||| ||  ||| |||||||| |||||| ||||| || | ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| | |    
T  3957318 aattcaaggaaaacaaagaaaaggattgagttctggaattgcttgaacttggatgaatgctctctcataaatattgggttgaatgtgcagatcaatttga 3957417  T
Q  372 tgaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacataa--ctatgt----tgaaagtaatgttgattacaaacatacgtttggttcttatcaagcatt 465  Q
    |||||||| |||||| ||||| | || |||||  |||| |  |||       |||||| |||| |||||||||| |||  |||| ||||||||||||| |    
T  3957418 tgaagtttgcatatcgacattcagcggcactgttacatcatgctaaaagcaatgaaagcaatgctgattacaaagataaatttgattcttatcaagcagt 3957517  T
Q  466 gtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggtt 501  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  3957518 gtatttgtatcctggaagtagtgttccagagtggtt 3957553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 233 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 3815949 - 3815805
Alignment:
Q  233 tcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaaccgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgtt 332  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||||| | ||||||  |||||| ||||||||||||| |||  ||| ||||||||   |||| ||||| || |||    
T  3815949 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaattcaaggaaaacaagaaaagtgttgagttctggaattgcgagaacttggatgaaagtt 3815850  T
Q  333 ctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagt 377  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  3815849 ctctcataaatgttgggttgaatgttcaaatcaatttaatgaagt 3815805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 446 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 3808222 - 3808132
Alignment:
Q  446 tttggttcttatcaagcattgtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaaaacaacaaaggatgtcatgattgttg 536  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  3808222 tttggttctgatgaagcaatgtatgtgtatcctggaagtaatgttccagagtggtttgagtacaagacaacaaaggatgacaagattgttg 3808132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 446 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 3815796 - 3815718
Alignment:
Q  446 tttggttcttatcaagcattgtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaaaacaacaaaggatg 524  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3815796 tttggttctgatgaagcaatgtatgtgtatcctggaagtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatg 3815718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 232 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 3808376 - 3808231
Alignment:
Q  232 atcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaaccgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgt 331  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | ||||| | ||||||  |||||| ||||||||||||| |||  ||| ||| ||||   |||| ||||| || ||    
T  3808376 atcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaattcaaggaaaacaagaaaagtgttgagttctggcattgcaagaacttggatgaaagt 3808277  T
Q  332 tctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagt 377  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  3808276 tctctcataaatgttgggttgaatgttcaaatcaatttaatgaagt 3808231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 371 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 4217035 - 4216974
Alignment:
Q  371 atgaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacataactatgttgaaagtaatgttga 432  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  4217035 atgatgtttgcatatcaacatttatcgacactggaacataagtatgatgaaagttatgttga 4216974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 451 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 4216939 - 4216867
Alignment:
Q  451 ttcttatcaagcattgtatgtgtatctaggaagtagtgttccagagtggttggagtacaaaacaacaaaggat 523  Q
    |||||||||||||  |||||| |||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4216939 ttcttatcaagcaccgtatgtttattctggaagtagtgttccatagtggttggagtacaagacaacaaaggat 4216867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 3808576 - 3808485
Alignment:
Q  35 atcaatgaactgccattgtcttttggatctcaaagcacgctagaaaccctgattttaagaggctgtagaattgagaggataccttcaagcat 126  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||   |  || ||||||||| ||||||||||||||    
T  3808576 atcaatgcactgccatcatcttttggatgtcaaagcaatctagaaaccctgaatttaagttacactaaaattgagagcataccttcaagcat 3808485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 126
Target Start/End: Original strand, 3934841 - 3934932
Alignment:
Q  35 atcaatgaactgccattgtcttttggatctcaaagcacgctagaaaccctgattttaagaggctgtagaattgagaggataccttcaagcat 126  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| || |  |  ||||||||| ||||||||||||||    
T  3934841 atcaatgcactgccatcatcttttggatgtcaaagcaatctagaaaccctggttttaaaagccactcaaattgagagcataccttcaagcat 3934932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 375
Target Start/End: Original strand, 3936823 - 3936950
Alignment:
Q  247 attgttcccattaacagcttctgaaccgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgttctcttataaatatt 346  Q
    ||||||||| | ||||| | ||||||  || ||| ||||||| ||||| |||  ||| |||||||| | |||| ||  |||| ||||||| |||||||||    
T  3936823 attgttcccttcaacagttgctgaacaattaaaggaaaacaa-aaaagagttgagttctggaattgctggaacttgattaaatgttctctcataaatatt 3936921  T
Q  347 gagttgaatattcaaatcaatataatgaa 375  Q
    | ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  3936922 gggttgaatgttcaaatcaatttaatgaa 3936950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 487 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 4000202 - 4000154
Alignment:
Q  487 tgttccagagtggttggagtacaaaacaacaaaggatgtcatgattgtt 535  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  4000202 tgttcgagagtggttggagtacaagacaacagaggatgacatgattgtt 4000154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 13396241 - 13396080
Alignment:
Q  173 aagcttatgactctaccagtgcttccatcatcacttgaaactctattgggtgaatgtgaatcactaaagactgtattgttcccattaacagcttctgaac 272  Q
    |||||| || || |||| |||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||| | || || | | ||||    
T  13396241 aagcttctggctgtacctgtgcttccttcatcacttgaaactctaattgttgaatgtaagtcactgaagtctgtagtgttcccttcaaaagttaccgaac 13396142  T
Q  273 cgttcaagaaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgttct 334  Q
      |||||| |||||||||||||| |   ||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  13396141 aattcaaggaaaacaagaaaaggatagagttttggaattgcttgaacttggatgaacgttct 13396080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University