View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19615_high_4 (Length: 746)

Name: NF19615_high_4
Description: NF19615
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19615_high_4
NF19615_high_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-727)||(682865-683591)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 711; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 711; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 727
Target Start/End: Original strand, 682865 - 683591
Alignment:
Q  1 accaccaccaacaacaataacaacatatacactaatactattagcacctccattactcctaaacagacacaaaaaatcacacacaaaatttccacttctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  682865 accaccaccaacaacaataacaacatatacactaatactattagcacctccattactcctaaacacacacaaaaaatcacacacaaaatttccacttctt 682964  T
Q  101 ctactactataactactacaaaacatttagcaaatatttggagagagattcaagggtgcaacaactgggaaaatcttttaaaccctttacaccctattct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  682965 ctactactataactactacaaaacatttagcaaatatttggagagagattcaagggtgcaacaactgggaaaatcttttaaaccctttacaccctattct 683064  T
Q  201 tcgcgaagagataattcgatatggagagtttgttacatcttcttacaaagcctttgatcttgatacaaactcaaaaagatacttgaattgtaaatatggc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  683065 tcgcgaagagataattcgatatggagagtttgttacatcttcttacaaagcctttgatcttgatacaaactcaaaaagatacttgaattgtaaatatggc 683164  T
Q  301 aaaaagaatatgttgaaagaagttggaatggaaaattgtggctatgaagtcacaaaatatatctatgcaacaccaacaaacatcatggaaaacaattcat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  683165 aaaaagaatatgttgaaagaagttggaatggaaaattgtggctatgaagtcacaaaatatatctatgcaacaccaccaaacatcatggaaaacaattctt 683264  T
Q  401 ctggccggtggattggttacgtagcagtttcatctgatgattcttacaaaaaactcggtcgaagagacatagttgtaactttccgtggaacagttacaaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  683265 ctggccggtggattggttacgtagcagtttcatctgatgattcttacaaaaaactcggtcgaagagacatagttgtaactttccgtggaacagttacaaa 683364  T
Q  501 tcaagaatggatttcaaatctcatgagttctttaacaccagcttcacttgatccaaataatcaacttccaaatgtgaaagtcgaatccggttttctttct 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  683365 tcaagaatggatttcaaatctcatgagttctttaacaccagcttcacttgatccaaataatcaacttccaaatgtgaaagtcgaatccggctttctttct 683464  T
Q  601 ttgtatacttctgatgaaagttcttcaaaatttggacttcaaagttgtagagagcaacttctttcagaggtttcaaggttgatgaagaaacataaaggtg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  683465 ttgtatacttctgatgaaagttcttcaaaatttggacttcaaagttgtagagagcaacttctttcagaggtttcaaggttgatgaagaaacataaaggtg 683564  T
Q  701 agaagaatgttagtatatctttagctg 727  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  683565 agaagaatgttagtatatctttagctg 683591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University