View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19615_low_10 (Length: 555)
Name: NF19615_low_10
Description: NF19615
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19615_low_10 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 462; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 17440660 - 17440123
Alignment:
| Q |
1 |
gagcttggtatagcaaaattgatagctactttcttaatcaaggattcaaaaggagtgaaaatgatgcaactctttatgtaagaagattgttggatggtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17440660 |
gagcttggtatagcaaaattgatagccactttcttaatcaaggattcaaaaggagtgaaaatgatgcaactctttatgtaagaagattgttggatggtgg |
17440561 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgcttaattgtctctttgtatgttgatgacttgctagtaacaagcaataatcaacaagaagttcaccaaattatggaggagatgaaaaaccagtttgag |
200 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17440560 |
ttccttaattgtctctttgtatgttgatgacttgctagtaacaagcaataatcaacaagaagttcaacaacttatggaggagatgaaaaaccagtttgag |
17440461 |
T |
|
| Q |
201 |
atgtctagcttagggaaaatgaactattttctcggcttggaagtgcatcaatctgtgaatggaannnnnnngaatcaagagaagtatgctcgtgaagttt |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17440460 |
atgtctagcttaggggaaatgaactattttctcggcttggaagtgcatcaatctgagaatggaatttttttgaatcaagagaagtatgctcgtgaagttt |
17440361 |
T |
|
| Q |
301 |
tgaagaagtttaaaatggaaagttgcaaatctgctccaactcctttggtgtggaatttgaaactctcaaaaggaagatgaagctgaaaaaattgatgctt |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17440360 |
tgaagaagtttaaaatggaaagctgcaaatctgctccaactcctttggtgtggaatttgaaactctc-aaaggaagatgaagctgaaaaaattgatgctt |
17440262 |
T |
|
| Q |
401 |
ctcgttatagaagtttgattggaagtctaatttatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcagcaagcttactcttaagatttatgcagagtcc |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
17440261 |
ctcgttatagaagtttgattgggagtctactctatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcagcaagcttactctcaagatttatgcagaatcc |
17440162 |
T |
|
| Q |
501 |
taccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
539 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17440161 |
taccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
17440123 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 462; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 539
Target Start/End: Original strand, 4876183 - 4876720
Alignment:
| Q |
1 |
gagcttggtatagcaaaattgatagctactttcttaatcaaggattcaaaaggagtgaaaatgatgcaactctttatgtaagaagattgttggatggtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4876183 |
gagcttggtatagcaaaattgatagccactttcttaatcaaggattcaaaaggagtgaaaatgatgcaactctttatgtaagaagattgttggatggtgg |
4876282 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgcttaattgtctctttgtatgttgatgacttgctagtaacaagcaataatcaacaagaagttcaccaaattatggaggagatgaaaaaccagtttgag |
200 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4876283 |
ttccttaattgtctctttgtatgttgatgacttgctagtaacaagcaataatcaacaagaagttcaacaacttatggaggagatgaaaaaccagtttgag |
4876382 |
T |
|
| Q |
201 |
atgtctagcttagggaaaatgaactattttctcggcttggaagtgcatcaatctgtgaatggaannnnnnngaatcaagagaagtatgctcgtgaagttt |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4876383 |
atgtctagcttaggggaaatgaactattttctcggcttggaagtgcatcaatctgagaatggaatttttttgaatcaagagaagtatgctcgtgaagttt |
4876482 |
T |
|
| Q |
301 |
tgaagaagtttaaaatggaaagttgcaaatctgctccaactcctttggtgtggaatttgaaactctcaaaaggaagatgaagctgaaaaaattgatgctt |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4876483 |
tgaagaagtttaaaatggaaagctgcaaatctgctccaactcctttggtgtggaatttgaaactctc-aaaggaagatgaagctgaaaaaattgatgctt |
4876581 |
T |
|
| Q |
401 |
ctcgttatagaagtttgattggaagtctaatttatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcagcaagcttactcttaagatttatgcagagtcc |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4876582 |
ctcgttatagaagtttgattgggagtctactctatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcagcaagcttactctcaagatttatgcagaatcc |
4876681 |
T |
|
| Q |
501 |
taccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
539 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4876682 |
taccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
4876720 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 539
Target Start/End: Original strand, 30188800 - 30189337
Alignment:
| Q |
1 |
gagcttggtatagcaaaattgatagctactttcttaatcaaggattcaaaaggagtgaaaatgatgcaactctttatgtaagaagattgttggatggtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||| | ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
30188800 |
gagcttggtacaacaaaattaatatccactttcttaatcaaggattcaaaaggagtgaaaatgatgcaactctttatgtaagaagcttgttggatggtgg |
30188899 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgcttaattgtctctttgtatgttgatgacttgctagtaacaagcaataatcaacaagaagttcaccaaattatggaggagatgaaaaaccagtttgag |
200 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30188900 |
ttccttaattgtctctttgtatgttgatgacctgctagtaacaagcaataatcaacaagaagtacatcaacttatggaggagatgaaaaaccagtttgag |
30188999 |
T |
|
| Q |
201 |
atgtctagcttagggaaaatgaactattttctcggcttggaagtgcatcaatctgtgaatggaannnnnnngaatcaagagaagtatgctcgtgaagttt |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
30189000 |
atgtctagcttaggggaaatgaactattttcttggcttggaagtgcatcaatctgagagtggaatttttttgaatcaagagaagaatgctcatgaagttt |
30189099 |
T |
|
| Q |
301 |
tgaagaagtttaaaatggaaagttgcaaatctgctccaactcctttggtgtggaatttgaaactctcaaaaggaagatgaagctgaaaaaattgatgctt |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30189100 |
tgaagaagtttaaaatggaaagctgcaaatctgctccaactcctttggtgtggaatttgaaactctc-aaaggaagatgaagctgaaaaaattgatgctt |
30189198 |
T |
|
| Q |
401 |
ctcgttatagaagtttgattggaagtctaatttatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcagcaagcttactcttaagatttatgcagagtcc |
500 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30189199 |
ctcattatagaagtttgattggaagtctactttatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcagcaagcttactctcaagatttatgcagagtcc |
30189298 |
T |
|
| Q |
501 |
taccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
539 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30189299 |
taccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
30189337 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 539
Target Start/End: Original strand, 3061540 - 3062077
Alignment:
| Q |
1 |
gagcttggtatagcaaaattgatagctactttcttaatcaaggattcaaaaggagtgaaaatgatgcaactctttatgtaagaagattgttggatggtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3061540 |
gagcttggtatagcaaaattgatagccactttcttaatcaaggattcaaaaggagtgaaaatgatgcaactctttatgtaagaagattgttggatggtgg |
3061639 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgcttaattgtctctttgtatgttgatgacttgctagtaacaagcaataatcaacaagaagttcaccaaattatggaggagatgaaaaaccagtttgag |
200 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3061640 |
ttccttaattgtctctttgtatgttgatgacttgctagtaacaagcaataatcaacaagaagttcaacaacttatggaggagatgaaaaaccagtttgag |
3061739 |
T |
|
| Q |
201 |
atgtctagcttagggaaaatgaactattttctcggcttggaagtgcatcaatctgtgaatggaannnnnnngaatcaagagaagtatgctcgtgaagttt |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3061740 |
atgtctagcttaggggaaatgaactattttctcggcttggaagtgcatcaatctgagaatggaatttttttgaatcaagagaagtatgctcgtgaagttt |
3061839 |
T |
|
| Q |
301 |
tgaagaagtttaaaatggaaagttgcaaatctgctccaactcctttggtgtggaatttgaaactctcaaaaggaagatgaagctgaaaaaattgatgctt |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
3061840 |
tgaagaagtttaaaatggaaagctgcaaatctgctccaactcctttggtgtggaatttgaaactctc-aaaggaagatgaagctggaaaaattgatgctt |
3061938 |
T |
|
| Q |
401 |
ctcgttatagaagtttgattggaagtctaatttatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcagcaagcttactcttaagatttatgcagagtcc |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
3061939 |
ctcgttatagaagtttgattgggagtctactctatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcatcaagcttactctcaagatttatgcagaatcc |
3062038 |
T |
|
| Q |
501 |
taccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
539 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3062039 |
taccaagacacattttgttgcagcaaagagggtacttag |
3062077 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 390 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 26083769 - 26083620
Alignment:
| Q |
390 |
aattgatgcttctcgttatagaagtttgattggaagtctaatttatcttacttcatctagacctgatcttatgtatgcagcaagcttactcttaagattt |
489 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26083769 |
aattgatgcttctcgttatagaagtttgattgtaagtctactttatcttacttcatcttgacctgatcttatgtatgcagcaagcttactctcaagattt |
26083670 |
T |
|
| Q |
490 |
atgcagagtcctaccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
539 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26083669 |
atgcagagtcctaccaagacacattttgctgcagcaaagagggtacttag |
26083620 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University