View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19620_low_2 (Length: 652)

Name: NF19620_low_2
Description: NF19620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19620_low_2
NF19620_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-634)||(26319484-26320112)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 26320112 - 26319484
Alignment:
Q  7 ggtagattattcttattcttactcttattttcttgattgaatattcaaaattaattaagtgtaaactttaactgataggtctgagaaaggttacggatga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26320112 ggtagattattcttattcttactcttattttcttgattgaatattcaaaattaattaagtgtaaactttaactgataggtctgagaaaggttacggatga 26320013  T
Q  107 tatgaagactaagaatcgtgcagatagatctggagttgttggcagttctgtaaaagaaagtcaagctgctccacgtgcattttctaaagtaggacctcca 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26320012 tatgaagactaagaatcgtgcagatagatctggagttgttggcaattctgtaaaagaaagtcaagctgctccacgtgcattttctaaagtaggacctcca 26319913  T
Q  207 aagttagaacttcaaatgggccgcaagtaagtttatacgtgcatttgtgctttatttgctatgatgtatatgtatattaaattcaa-tgtcaacaatttt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26319912 aagttagaacttcaaatgggccgcaagtaagtttatacatgcatttgtgctttatttgctatgatgtatatgtatattaaattcaaatgtcaacaatttt 26319813  T
Q  306 attattccgtatcctttacctaattattccctgctgctgtaggtgggttgttgagaatcaaattgaccagaaaagcttggtcattgaagattgtgattca 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26319812 attattccgtatcctttacctaattattccctgctgctgtaggtgggttgttgagaatcaaattgaccagaaaagcttggtcattgaagattgtgattca 26319713  T
Q  406 aagcagtctgtatatgtttatggatgtaaaaactctgtgttgcagattcaaggttagtcataattatattgcgtgcttctttcggcgtttgctatccaac 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26319712 aagcagtctgtatatgtttatggatgtaaaaactctgtgttgcagattcaaggttagtcataattatattgcgtgcttctttcggcgtttgctatccaac 26319613  T
Q  506 ttatctcttcagtgaccaaatcatgctaaacaatatttgcaggcaaggtcaacaatataactattgacaattgcaaaaagacgggagttgtatttaaggt 605  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26319612 ttatcacttcagtgaccaaatcatgctaaacaatatttgcaggcaaggtcaacaatataactattgacaattgcaaaaagacgggagttgtatttaaggt 26319513  T
Q  606 tcgcgggacatgataattagagatttgat 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26319512 tcgcgggacatgataattagagatttgat 26319484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University