View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19628_high_3 (Length: 754)

Name: NF19628_high_3
Description: NF19628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19628_high_3
NF19628_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-706)||(4823370-4824075)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 694; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 694; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 706
Target Start/End: Original strand, 4823370 - 4824075
Alignment:
Q  1 catatagacttagattcaactaagttttaagtttttggtgcacttaagtgcttgcttttaaatgaaatagggtttctggacaaactatatgttggtccga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4823370 catatagacttagattcaactaagttttaagtttttggtgcacttaagtgcttgcttttaaatgaaataggttttctggacaaactatatgttggtccga 4823469  T
Q  101 gtagtaagggactcgagtagtttaagctagtgatcaaaagtttgattttgaaatcacgtataggaagaaaatccggctgggaggtgagaataaaacccac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4823470 gtagtaagggactcgagtagtttaagctagtgatcaaaagtttgattttgaaatcacgtataggaagaaaatccggctgggaggtgagaataaaacccac 4823569  T
Q  201 attgtgtgtcaaatatgttctcaaacaaggattagtcattgttaaactgtgttagaaagtgcagtgtgcaataaaattgatttgaagctttactagcata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4823570 attgtgtgtcaaatatgttctcaaacaaggattagtcattgttaaactgtgttagaaagtgcagtgtgcaataaaattgatttgaagctttactagcata 4823669  T
Q  301 tatctttttcatttgtatatgtgattcaccccaatttacaatataaaagcattattagcatatagaaaaagtttattattatgacaatgaagcaaaatat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4823670 tatctttttcatttgtatatgtgattcaccccaatttacaatataaaagcattattagcatatagaaaaagtttattattatgacaatgaagcaaaatat 4823769  T
Q  401 tgattggtgagtgactattcaggtcaatgacagcaacttcaaagctgtataatggaggctacagaaatcttggatggttagttggaggctttagtcgttc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4823770 tgattggtgagtgactattcaggtcaatgacagcaacttcaaagctgtataatggaggttacagaaatcttggatggttagttggaggctttagtcgttc 4823869  T
Q  501 aaaagacgatgatttctcagacgttgaaggaaaagagaagttgaagtatgctacaattggaggagcctcttactacttccttcagttgctcatactactc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4823870 aaaagacgatgatttctcagacgttgaaggaaaagagaagttgaagtatgctacaattggaggagcctcttactacttccttcagttgctcatactactc 4823969  T
Q  601 caaactgtgagtaaatagtcatctggtctttaaatatgtgagatagcgtcattatagtctttgaatgaatcgaaacttaaacattcctaagtgtgttttc 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4823970 caaactgtgagtaaatagtcatctggtccttaaatatgtgagatagcgtcattatagtctttgaatgaatcgaaacttaaacattcctaagtgtgttttc 4824069  T
Q  701 tggacc 706  Q
    ||||||    
T  4824070 tggacc 4824075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University