View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19628_low_2 (Length: 773)

Name: NF19628_low_2
Description: NF19628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19628_low_2
NF19628_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-757)||(49450004-49450748)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 49450748 - 49450004
Alignment:
Q  13 attattcttgacatagacaccatgactctggtaataattgaagtgattaaaaaattggaagtgattgaatgtaactaattacatgtatcgatattgtgtc 112  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49450748 attattcttgacatagacaccacgactctggtaataattgaagtgattaaaaaattggaagtgattgaatgtaactaattacatgtatcgatattgtgtc 49450649  T
Q  113 ggtgtcgaacatcggacataccattaatctgataagtgtcggtgttacattgatgatgagtgatggttagtatgatagtgttgtggaatattattttatt 212  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49450648 ggtgtcgaacatcggacataccgttaatctgataagtgtcggtgttacattgatgatgagtgatggttagtatgatagtgttgtggaatattattttatt 49450549  T
Q  213 tannnnnnngaaaaatacaaagttgttaatcacgtgtgcagattaaaaagttttgtaaacaatgggaggtttcccattgaattggagctataggagttgg 312  Q
    ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49450548 tatttttttgaaaaatacaaagttgttaatcacgtgtgcagattaaaaagttttgtaaacaatgggaggtttcccattgaattggagctataggagttgg 49450449  T
Q  313 atgagcttttggatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagataactgttcaaaacggtcttaatacttgttgttctggtttcacaagcatgtgcaactg 412  Q
    |||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49450448 atgagcttttggatcactttttccttttttggttttctcagataactgttcaaaacggtcttaatacttgttgttctggtttcacaagcatgtgcaactg 49450349  T
Q  413 tatttgttgtaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcttttacattctattaactccacttctcatggatgagttttgttttttaatttatataaacctac 512  Q
    ||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49450348 tatttgttgtaaagttttttttgtctttttttctgcttttacattctattaactccacttctcatggatgagttttgttttttaatttatataaacctac 49450249  T
Q  513 acaggacaacttcatatgtaagatgagttttctcctgatgcaaatggcctctacaatgtgagcttttataaatttcagatcnnnnnnncatgtttgaagt 612  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  49450248 acaggacaacttcatatgcaagatgatatttctcctgatgcaaatggcctctacaatgtgagcttttataaatttcagatctttttttcatgtttgaagt 49450149  T
Q  613 ttacaactaaaggaaatggagaaaatttgtgaattctgcacagcattgaggccacttgtttactgtaatgctgatgcagcatacctttgtctatcctgtg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49450148 ttacaactaaaggaaatggagaaaatttgtgaattctgcacagcattgaggccacttgtttactgtaatgctgatgcagcatacctttgtctatcctgtg 49450049  T
Q  713 atgcaaaggtccattgggcaaatgaattgtctggccggcacctcc 757  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49450048 atgcaaaggtccattgggcaaatgaattgtctggccggcacctcc 49450004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University