View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1962_low_2 (Length: 672)

Name: NF1962_low_2
Description: NF1962
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1962_low_2
NF1962_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-665)||(5111953-5112602)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 5112602 - 5111953
Alignment:
Q  16 aataatgcaccaaaatttgaactagaggtgatagatttgaacaacactaaagtggaagttccacaagagagggatcttttgcaacaactacaaaaaccag 115  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112602 aataatgcattaaaatttgaactagaggtgatagatttgaacaacactaaagtggaagttccacaagagagggatcttttgcaacaactacaaaaaccag 5112503  T
Q  116 cttctagcaccaacaatgtcatcaatgtgatcgcgccgcaaccgattcgaccaattggttcatgcataaatgttggttgcataagtgaagtttcagctat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112502 cttctagcaccaacaatgtcatcaatgtgatctcgccgcaaccgattcgaccaattggttcatgcataaatgttggttgcataagtgaagtttcagctat 5112403  T
Q  216 accatgtgtaacaaaaacaccnnnnnnncctgaggaattagaacaagaggttgagtcagaggaattgccagctgtcatttcagattcaaacaacagagtt 315  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112402 accatgtgtaacaaaaacacctaaaaaacctgaggaattagaacaagaggttgagtcagaggaattgccagctgtcatttcagattcaaacaacagagtt 5112303  T
Q  316 aggatggcaaattcagcttacaaagaaatggtgggtcaaccagaatgtccttggcttgaaattcaatgtggttcatcatgcaagaggattagtggtgagg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112302 aggatggcaaattcagcttacaaagaaatggtgggtcaaccagaatgtccttggcttgaaattcaatgtggttcatcatgcaagaggattagtggtgagg 5112203  T
Q  416 taacattgcaactttctgattcttcaaatataccaatttcttcaaatggattttcttgttgggtgaggattgaatgggaaaataatggacagaagaaaaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112202 taacattgcaactttctgattcttcaaatataccaatttcttcaaatggtttctcttgttgggtgaggattgaatgggaaaataatggacagaagaaaaa 5112103  T
Q  516 ttgtgtgaatgctttttgtgatgttatcaagttgtgttgtgatcaatcaagggactatgttttcacttggaggtttcatactcgttctagggaagcttct 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112102 ttgtgtgaatgctttttgtgatgttgtcaagttgtgttgtgatcaatcaagggactatgttttcacttggaggtttcatactcgttctagggaagcttct 5112003  T
Q  616 caatccagttgcaatgcttgaaaattgaaacttgcacatagttcttctct 665  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112002 caatccagttgcaatgcttgaaaattgaaacttgcacatagttcttctct 5111953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University