View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19631_low_33 (Length: 422)
Name: NF19631_low_33
Description: NF19631
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19631_low_33 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 408
Target Start/End: Original strand, 8343178 - 8343581
Alignment:
| Q |
13 |
tcatcattgcgacaaaataacttaggaaaaataaatttgtttcatgtatatttttgggggtgtcacggataaaatattatcaaaaatttagaacacatcg |
112 |
Q |
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| T |
8343178 |
tcatcattgcgacaaaataacttaggaaaaataaatttgtttcatgtatatttttgtgggtgtcacggataaaatattatcaaaaatttagaacacatcg |
8343277 |
T |
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| Q |
113 |
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204 |
Q |
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| T |
8343278 |
cgacttctcagctatcactctctgtggagtattctaccattttcatacatgtttcataaatcgaaaatcatacattaaactgatatggctactaggcaag |
8343377 |
T |
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| Q |
205 |
aatgaataaaataacttaggaagttaatggtttagcacagttttcgtattaaaccattggtatctatatcccttaataccactgttgacttagtgtataa |
304 |
Q |
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| T |
8343378 |
aatgaataaaataacttaggaagttaatggtttagcacagttttcgtattaaaacattggtatctatatcccttaataccactgttgacttagtgtataa |
8343477 |
T |
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| Q |
305 |
gagaattttatataagagataaatatgttctttcatgtaaatagaaattaatgcgttatttatatttacttccgtagcatgattatgttggttcagaaca |
404 |
Q |
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| T |
8343478 |
gagaattttatataagagataaacatgttctttcatgtaaatagaaattaatgcgttatttatatttacttccgtagcatgattatgttggttcagaaca |
8343577 |
T |
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| Q |
405 |
aagt |
408 |
Q |
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| T |
8343578 |
aagt |
8343581 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 13 - 393
Target Start/End: Original strand, 8329385 - 8329762
Alignment:
| Q |
13 |
tcatcattgcgacaaaataacttaggaaaaa-taaatttgtttcatgtatatttttgggggtgtcacggataaaatattatcaaaaatttagaacacatc |
111 |
Q |
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| T |
8329385 |
tcatcattgtgacaaaataacttaggaaaaaataattttttttcatgtatatttttgggg-tgtcacggataaaaaattatcaaaaatttagaacacatc |
8329483 |
T |
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| Q |
112 |
gcgacttctcagttatcactctctgtggaatattatcatacatgtttcatcaattgaaaatcatacattaaactaatatggctaccaggcaagaatgaat |
211 |
Q |
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| T |
8329484 |
gcgacttctcagttatcactat---tctaccattttcatacatgtttcatcaatagaaaatcatacattaaactaatatggctactaggcaagaatgaat |
8329580 |
T |
|
| Q |
212 |
aaaataacttaggaagttaatggtttagcacagttttcgtattaaaccattggtatctatatcccttaataccactgttgacttagtgtataagagaatt |
311 |
Q |
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|
| T |
8329581 |
aaaataacttaggaagttaatggtttagcacaattttcgtattaaaacattggtatctatatcccttaataccactgttgacttagtgtataagagaatt |
8329680 |
T |
|
| Q |
312 |
ttatataagagataaatatgttctttcatgtaaatagaaattaatgcgttatttatatttacttccgtagcatgattatgtt |
393 |
Q |
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| T |
8329681 |
ttatataagagataaatatgttctttcatgtaaattgaaattaatacattatttatatttacttccgtagcatgatcatgtt |
8329762 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 86 - 408
Target Start/End: Original strand, 8345929 - 8346245
Alignment:
| Q |
86 |
atattatcaaaaatttagaacacatcgcgacttctcagttatcactctctgtggaatattatcatacatgtttcatcaattgaaaatcatacattaaact |
185 |
Q |
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|
| T |
8345929 |
atattatcaaaaatttagaacacattgcgacttctcagttatcactat---tctaccattttcgttcatgtttcatcaatagaaaatcatacattaaact |
8346025 |
T |
|
| Q |
186 |
aatatggctaccaggcaagaatgaataaaataacttaggaagttaatggtttagcacagttttcgtattaaaccattggtatctatatcccttaatacca |
285 |
Q |
| |
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|
| T |
8346026 |
gatatggctactaggcaagaatgaataaaa--acttaggaagttgatggtttagcacagttttcgtattaaaacattggtatctatatcccttaatacca |
8346123 |
T |
|
| Q |
286 |
ctgttgacttagtgtataagagaattttatataagagataaatatgttctttcatgtaaatagaaattaatgcgttatttatatttacttccgtagcatg |
385 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
8346124 |
ct-ttgatttagtgtataagagaattttatataagagataaatatgttctttcatgtaaattgaaattaatacgttatttatatttacttccgtcgcatg |
8346222 |
T |
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| Q |
386 |
attatgttggttcagaacaaagt |
408 |
Q |
| |
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| T |
8346223 |
attatgttggtttagaacaaagt |
8346245 |
T |
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