View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1963R-Insertion-14 (Length: 1015)

Name: NF1963R-Insertion-14
Description: NF1963R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1963R-Insertion-14
NF1963R-Insertion-14
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-1014)||(35866390-35867398)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 879; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 879; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 35867398 - 35866390
Alignment:
Q  9 cgatcattatatcatttataagcataatatatatagaacacaaaatgttattcttagaatacagcacctctaactctgaacttgatgcaacaccaacaat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35867398 cgatcattatatcatttataagcataatatatatagaacacaaaatgttattcttagaatacagcacctctaactctgaacttgatgcaacaccaacaat 35867299  T
Q  109 gttgtcaagatcaaattcagaaacagaatcctcgtcttcattctcgttaccattttgagaaggatgctcagacttggcatgtagtaatgtggcctgaaga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35867298 gttgtcaagatcaaattcagaaacagaatcctcgtcttcattctcgttaccattttgagaaggatgctcagacttggcatgtagtaatgtggcctgaaga 35867199  T
Q  209 gaaaattccttctgttnnnnnnntcaaccatgctagtggagatgtagtctaactttaaagcaattatatccgtaacattttaccgtttgactgaaaggac 308  Q
    ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35867198 gaaaattccttctgttaaaaaaatcaaccatgctagtggagatgtagtctaactttaaagcaattatatccgtaacattttaccgtttgactgaaaggac 35867099  T
Q  309 gcttgttggaatagaaatcgccaggagttaactctgcctnnnnnnn-gcaatgatgcaggtcaatattctagtaaaattgagactaacaagtgagtcact 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35867098 gcttgttggaatagaaatcgccaggagttaactctgcctaaaaaaaagcaatgatgcaggtcaatattctagtaaaattgagactaacaagtgagtcact 35866999  T
Q  408 gagctaactccacaggcagcaagaaaacacaacaatttagactgaatagatcaaagatataaaagagacccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtgac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||    
T  35866998 gagctaactccacaggcagcaagaaaacacaacaatttagactgaatagatcaaagatataaaagagacccaggaaaaataaaaaataaaaacaagtgac 35866899  T
Q  508 acaggaccaacaatcaccttcttgaaagggctcaggccaagcaatcgaaacagggctggaagaggatgaaacactgattcatctgtcgaattcgtagcat 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35866898 acaggaccaacaatcaccttcttgaaagggctcaggccaagcaatcgaaacagggctggaagaggatgaaacactgattcatctgtcgaattcgtagcat 35866799  T
Q  608 ccttaagagaaacctgatgatgcttaacaaacattgacctattgatgaagacactggaacgaaacagacacaatttaatcatttaccatcacataaaatt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35866798 ccttaagagaaacctgatgatgcttaacaaacattgacctattgatgaagacactggaacgaaacagacacaatttaatcatttaccatcacataaaatt 35866699  T
Q  708 aaccataaaaccataaaatccacatacaaatacttcaagaaaacactaaaactagtaaagaacatggtgtggcaactcaaatagcttgtcacattaatca 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35866698 aaccataaaaccataaaatccacatacaaatacttcaagaaaacactaaaactagtaaagaacatggtgtggcaactcaaatagcttgtcacattaatca 35866599  T
Q  808 tatatacctgattgacaaattgatagaatccatgatacccaacacattaggcgcaaattcacatttcccttcaaccctaaccttattatcccgcaccaat 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35866598 tatatacctgattgacaaattgatagaatccatgatacccaacacattaggcgcaaattcacatttcccttcaaccctaaccttattatcccgcaccaat 35866499  T
Q  908 ggc-ataaacatcgagcccattcgttcggtattctaccaatctaacaaaaataataaaacacgtcaaattaaat--cacaaattgagtttctaagcgccc 1004  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  35866498 ggcaataaacatcgagcccattcgttcggtattctaccaatctaacaaaaataataaaacacgtcaaattaaatcacacaaattgagtttctaagcg-cc 35866400  T
Q  1005 ctctgatcct 1014  Q
    ||||||||||    
T  35866399 ctctgatcct 35866390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University