View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19642_high_3 (Length: 665)

Name: NF19642_high_3
Description: NF19642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19642_high_3
NF19642_high_3
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-659)||(20632680-20633335)
chr5 (1-656)||(20648776-20649428)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 659
Target Start/End: Original strand, 20632680 - 20633335
Alignment:
Q  1 gcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatctcataaagatgtaaccatcatcgatatccc 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  20632680 gcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcttattgaagtgtttaaaatcatatcccccaaagatgtaaccatcatcgatatccc 20632779  T
Q  101 aattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcattataaatgtaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632780 aattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcattataaatgtaaac 20632879  T
Q  201 aacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaataccattcacaaatgca 300  Q
    ||   ||| ||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632880 aa---ttgtatcgtggccagcgaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaataccattcacaaatgca 20632976  T
Q  301 tatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatatgctatgttaaagt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20632977 tatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatatgctaagttaaagt 20633076  T
Q  401 aatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagtccaaataagaata 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20633077 aatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccggcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagtccaaataagaaaa 20633176  T
Q  501 agggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcatataaggaacttca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633177 agggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcatataaggaacttca 20633276  T
Q  601 ggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgatgtc 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20633277 ggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttattgatgatgtc 20633335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 656
Target Start/End: Original strand, 20648776 - 20649428
Alignment:
Q  1 gcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatctcataaagatgtaaccatcatcgatatccc 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||  ||| |  |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  20648776 gcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcctattgaagggtttaatttcatctaccccaaagatgtaaccatcatcgatatccc 20648875  T
Q  101 aattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcattataaatgtaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20648876 aattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcattataaatgtaaac 20648975  T
Q  201 aacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaataccattcacaaatgca 300  Q
    ||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20648976 aacttttgtatcgtggccaactaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaataccattcacaaatgca 20649075  T
Q  301 tatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatatgctatgttaaagt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20649076 tatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatatgctaagttaaagt 20649175  T
Q  401 aatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagtccaaataagaata 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |    
T  20649176 aatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatattgaaattcaaataagaaaa 20649275  T
Q  501 agggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcatataaggaacttca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649276 agggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcatataaggaacttca 20649375  T
Q  601 ggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat 656  Q
    |||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649376 ggaatggattgaagatttgaag---gtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat 20649428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University