View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19643_low_7 (Length: 293)

Name: NF19643_low_7
Description: NF19643
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19643_low_7
NF19643_low_7
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (1-284)||(12130641-12130924)
chr2 (1-284)||(88460-88743)
chr2 (1-292)||(34695899-34696188)
chr2 (1-292)||(34718311-34718600)
chr2 (1-219)||(18345555-18345772)
chr2 (45-284)||(44017321-44017560)
chr2 (112-284)||(1417984-1418156)
chr2 (83-169)||(9709912-9709998)
chr2 (164-289)||(22845600-22845725)
chr2 (177-284)||(9710032-9710139)
chr2 (45-149)||(26198638-26198742)
chr2 (166-236)||(11292113-11292181)
chr2 (150-256)||(13109900-13110006)
chr2 (178-277)||(14827158-14827257)
chr2 (197-284)||(26198779-26198866)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-284)||(16731834-16732117)
chr7 (1-284)||(17709968-17710251)
chr7 (1-284)||(16098391-16098674)
chr7 (1-284)||(9328605-9328887)
chr7 (1-284)||(22289142-22289425)
chr7 (1-273)||(1581516-1581789)
chr7 (83-284)||(29200958-29201159)
chr7 (4-212)||(17877312-17877520)
chr7 (1-284)||(30493613-30493895)
chr7 (1-205)||(30824557-30824760)
chr7 (27-125)||(34578440-34578538)
chr7 (188-284)||(3601740-3601836)
chr7 (122-167)||(3601683-3601728)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (1-284)||(20204856-20205139)
chr5 (1-284)||(4268000-4268283)
chr5 (1-269)||(22767275-22767543)
chr5 (1-284)||(25730709-25730992)
chr5 (4-266)||(11375534-11375796)
chr5 (1-284)||(12660217-12660500)
chr5 (1-284)||(26597460-26597743)
chr5 (1-284)||(8387987-8388270)
chr5 (1-284)||(15988752-15989035)
chr5 (1-284)||(27292335-27292618)
chr5 (1-284)||(41940740-41941023)
chr5 (45-284)||(34652257-34652495)
chr5 (1-284)||(27532909-27533193)
chr5 (3-205)||(37448028-37448230)
chr5 (20-152)||(30222934-30223066)
chr5 (131-280)||(32632546-32632695)
chr5 (197-269)||(30222856-30222928)
chr5 (1-39)||(16074637-16074675)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (1-284)||(49951214-49951497)
chr4 (1-284)||(2064754-2065037)
chr4 (1-284)||(55734910-55735193)
chr4 (1-284)||(28537790-28538071)
chr4 (1-268)||(21321428-21321697)
chr4 (1-284)||(18442150-18442431)
chr4 (1-284)||(37245855-37246138)
chr4 (1-284)||(29655669-29655951)
chr4 (1-284)||(32577051-32577333)
chr4 (1-284)||(41835314-41835597)
chr4 (1-284)||(51734975-51735257)
chr4 (1-240)||(56065530-56065769)
chr4 (1-284)||(28426097-28426367)
chr4 (1-284)||(49119403-49119673)
chr4 (4-284)||(51259532-51259813)
chr4 (1-284)||(43840309-43840593)
chr4 (125-284)||(26422605-26422764)
chr4 (127-284)||(47226333-47226490)
chr4 (133-268)||(44936101-44936236)
chr4 (197-268)||(24989952-24990023)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (1-284)||(44527154-44527437)
chr1 (1-284)||(25682552-25682835)
chr1 (1-284)||(48949727-48950010)
chr1 (1-284)||(4395060-4395342)
chr1 (1-284)||(5609240-5609523)
chr1 (1-284)||(51113216-51113499)
chr1 (12-275)||(48166149-48166412)
chr1 (21-284)||(52109375-52109637)
chr1 (1-284)||(16816800-16817085)
chr1 (8-284)||(36733604-36733880)
chr1 (113-284)||(44602765-44602936)
chr1 (4-134)||(24538414-24538544)
chr1 (183-284)||(2885306-2885407)
chr1 (199-284)||(24538586-24538671)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-284)||(53496933-53497216)
chr3 (3-284)||(55199414-55199695)
chr3 (45-280)||(42340284-42340519)
chr3 (1-236)||(48227314-48227550)
chr3 (1-281)||(46007202-46007480)
chr3 (13-155)||(647343-647485)
chr3 (144-268)||(647182-647306)
chr3 (4-155)||(2615397-2615548)
chr3 (113-284)||(11020183-11020354)
chr3 (20-152)||(27941129-27941261)
chr3 (191-284)||(27608906-27608999)
chr3 (191-284)||(24176861-24176954)
chr3 (191-284)||(34497375-34497468)
chr3 (190-280)||(31341732-31341826)
chr3 (208-268)||(2615591-2615651)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (1-284)||(23853833-23854116)
chr8 (1-284)||(13414924-13415207)
chr8 (1-268)||(8451142-8451409)
chr8 (1-257)||(478086-478342)
chr8 (56-284)||(185594-185820)
chr8 (1-268)||(7127124-7127391)
chr8 (83-284)||(40588733-40588934)
chr8 (48-284)||(37712027-37712257)
chr8 (182-284)||(33642767-33642869)
chr8 (190-284)||(598240-598334)
chr8 (115-175)||(9496797-9496857)
chr8 (200-284)||(11870364-11870448)
chr8 (1-41)||(40588961-40589001)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-284)||(14680060-14680346)
chr6 (1-284)||(15605997-15606280)
chr6 (1-284)||(28107040-28107323)
chr6 (32-269)||(15053193-15053430)
chr6 (45-284)||(29368059-29368296)
chr6 (93-284)||(19690882-19691073)
chr6 (83-284)||(30801994-30802195)
chr6 (83-283)||(11731673-11731870)
chr6 (210-284)||(34104468-34104542)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (1-240)||(87-326)
[»] scaffold0922 (1 HSPs)
scaffold0922 (116-284)||(267-434)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 12130924 - 12130641
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12130924 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggcaaattattcgggctcaaacga 12130825  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12130824 aatgacagcgagcaaatatgatagtgttggagggggaggcagtagccttacttgaggctcttcactttgctgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 12130725  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12130724 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgctattatttctagtat 12130641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 88460 - 88743
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||    
T  88460 aagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccgtaaccatattacaacttttgcatgttgtgttagagactctcgcgggcaatttattcgggctcaaatga 88559  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| | |||||| ||||    
T  88560 aatggcaatgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgttgatgctaacagatgggaccgggttgtctt 88659  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||   |  ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  88660 cgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaagatcatggtgattcagaattctatgctattgtttccagtat 88743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 34696188 - 34695899
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||| ||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||    
T  34696188 aagtacaacgtggatgccacattccatgaccataagcatattacatcttttgcgtgttgcgttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaatcga 34696089  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
      || || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||  ||||||||| | |||||| ||||    
T  34696088 --tggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcaaggccattcactttgctgatgtcaatagatgggaacgggttgtctt 34695991  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtataatctacc 292  Q
    |||||| |||||  |||||||||| |||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  34695990 cgagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggtcatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtataatttacc 34695899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 34718600 - 34718311
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||| ||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||    
T  34718600 aagtacaacgtggatgccacattccatgaccataagcatattacatcttttgcgtgttgcgttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaatcga 34718501  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
      || || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||  ||||||||| | |||||| ||||    
T  34718500 --tggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcaaggccattcactttgctgatgtcaatagatgggaacgggttgtctt 34718403  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtataatctacc 292  Q
    |||||| |||||  |||||||||| |||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  34718402 cgagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggtcatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtataatttacc 34718311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 18345772 - 18345555
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |  |||||||||    
T  18345772 aagtgcaatgtggacgcaacgttccatgagcgtaaccatattacttcttttgcgtgttgtgttagagacttccgtgggtaatttatttgaactcaaacga 18345673  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||  ||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||| ||||  || ||||    
T  18345672 aatggtaacggacaaatatgacagt-tttgagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgctaacagatgggatcgaattgtctt 18345574  T
Q  201 cgagtctgactcatctact 219  Q
    ||| || ||||||||||||    
T  18345573 cgaatccgactcatctact 18345555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 45 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44017560 - 44017321
Alignment:
Q  45 atcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagta 144  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||  |    
T  44017560 atctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaaataaaatgacaccgtgcaaatatgacagttttggagggggagacaaca 44017461  T
Q  145 gccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgg 244  Q
     |||||||||| ||  ||||| ||| | |||  || | |||  | |  ||| ||||||||||||||||   |||| |||| ||||||||||| ||| ||     
T  44017460 accttactcgatgccattcacgttgctaatgtgaacatatgagaccaagttgtcttcgagtctgactccgttactttagtgcaagctctatcgtctccga 44017361  T
Q  245 gacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
     ||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  44017360 aacatggtcattaagaattatatgccattgtttcttgtat 44017321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 112 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 1418156 - 1417984
Alignment:
Q  112 gcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgact 211  Q
    ||||||||||| ||  || |||| ||| ||||||||||||||||||   ||   |||| ||||||||| |||||| |  ||||| |||||||||||||||    
T  1418156 gcaaatatgacggttatgaagggagagacagtagccttactcgaggtaatttgatttgctgatgcaaacagatgggactgggttgtcttcgagtctgact 1418057  T
Q  212 catctactctagtccaagctctatcatcttcgggac-atggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  || || |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  1418056 catctactctagttcaagctctattgtc-tctggactatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtat 1417984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 83 - 169
Target Start/End: Original strand, 9709912 - 9709998
Alignment:
Q  83 ttattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttg 169  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  9709912 ttattcaggctcaaacgaaatggcaacgaacaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttg 9709998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 289
Target Start/End: Original strand, 22845600 - 22845725
Alignment:
Q  164 actttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaatt 263  Q
    |||||| |||||| || |||||| | |||||| ||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||| ||| | |  |||||||||||||||||    
T  22845600 actttgctgatgcgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccaactaatctactctagtgcaagctctatcgtctccagatcatggtgattcagaatt 22845699  T
Q  264 ctatgccattatttctagtataatct 289  Q
    ||| || ||| |||||||||| ||||    
T  22845700 ctaggctattgtttctagtattatct 22845725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 177 - 284
Target Start/End: Original strand, 9710032 - 9710139
Alignment:
Q  177 aaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatt 276  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||    
T  9710032 aaatagatgggaccgggttgtcttcgagtctgactttgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcataattctatgcaattgtt 9710131  T
Q  277 tctagtat 284  Q
    ||||||||    
T  9710132 tctagtat 9710139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 149
Target Start/End: Original strand, 26198638 - 26198742
Alignment:
Q  45 atcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagta 144  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||  | ||| || ||||||| |||||||  |||||  | ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  26198638 atcttttgtgtgctgtgttagagactcatgtgggcaatttattcgagctcaaataaaatggtagcgaacaaatatgacagttttggagggggatgcagta 26198737  T
Q  145 gcctt 149  Q
    |||||    
T  26198738 gcctt 26198742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 11292181 - 11292113
Alignment:
Q  166 tttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatc 236  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11292181 tttgttgatgcaaatagatggaac--ggttgtctttgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatc 11292113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 13110006 - 13109900
Alignment:
Q  150 actcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacat 249  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||| |  |||||| |   |||| |||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||| |||    
T  13110006 actcgaggcccttcacttagctgatgcgatcagatgggacatggttgtcttcgagtccgactcttctactctagtggaagctctatcgtcttcgggccat 13109907  T
Q  250 ggtgatt 256  Q
    |||||||    
T  13109906 ggtgatt 13109900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 277
Target Start/End: Original strand, 14827158 - 14827257
Alignment:
Q  178 aatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattattt 277  Q
    ||||||||  |||| ||| |||| || ||||||| | |||||||||| ||||||||||| | || ||| |||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  14827158 aatagatgagatcgagttgtctttgaatctgacttagctactctagtgcaagctctatcgtgtttgggtcatggtgattcgaaattctatgctattattt 14827257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 26198779 - 26198866
Alignment:
Q  197 tcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||   || |||||||| |   |||||||||| ||| ||||||||||    
T  26198779 tcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctaggtcatggtgaattgaaattctatgctattgtttctagtat 26198866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 16731834 - 16732117
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||  ||||||||  |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  16731834 aagtgcaatgtggatgccgtgttccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgttgtgttagagattcccgcgggcaatttattcgggctcaaacga 16731933  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||| || |||||||| || ||| ||||    
T  16731934 aatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactctgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtctt 16732033  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  16732034 cgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcagaattctctgctattgtttctagtat 16732117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 17709968 - 17710251
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||  ||||||||  |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  17709968 aagtgcaatgtggatgccgtgttccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgttgtgttagagattcccgcgggcaatttattcgggctcaaacga 17710067  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||| || |||||||| || ||| ||||    
T  17710068 aatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactctgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtctt 17710167  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  17710168 cgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcagaattctctgctattgtttctagtat 17710251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 16098391 - 16098674
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||   || || ||||||||||||||||||    
T  16098391 aagtgcaatgtggacgcatcgttccatgaccgtaaccatattacttcttttgcgtgttgtgttagagactcccataggcaatttattcgggctcaaacga 16098490  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||  ||||| ||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||| || | |||| | |||||| ||||    
T  16098491 aatggaaacgaacaaatatgacaattttggagggagaggtagtagccttactagaggcccttcaatttgctgatgctaacaaatgggaccgggttgtctt 16098590  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  16098591 cgagtccgactcatctactctagtacaagctccatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgatattgtttctagtat 16098674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 9328887 - 9328605
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||| ||||||||||    
T  9328887 aagtgtaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcatttgcgtgttgtgttagagattcccg-ggacaatttattcgagctcaaacga 9328789  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||| ||| |||||| | |||||| ||||    
T  9328788 aatggcaacgggaaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtctt 9328689  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
     |||||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  9328688 ggagtctgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcagaattctatgcgtttgtttctagtat 9328605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 22289142 - 22289425
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||| | ||||||||||||||| ||||| ||| || | |||||| |||| ||||    
T  22289142 aagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagattcccgtgggcaattcattcggactcagacga 22289241  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||  |||||||||  | ||  || | |||| | |||| | ||||    
T  22289242 aatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggtggttgccttactcgatgccattcactttgccgttgggaacaaatgggaccgggctgtctt 22289341  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  22289342 cgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtat 22289425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 1581516 - 1581789
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||| |||| ||  |||| |||||||||||||    
T  1581516 aagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccataaccatattacatcttttgcgtgttgtgctagagactccagcggatagtttatccgggctcaaacga 1581615  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttgga-gggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatct 199  Q
    |||| ||  | |||||||| | ||| || || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||  |||||||| | |    
T  1581616 aatggcagagggcaaatattatagtttttgaggggggatgcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgggttctat 1581715  T
Q  200 tcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccatt 273  Q
    | |||||  |||||||||| ||| | ||| ||||||| ||| |||  |||||||||||  ||||||||||||||    
T  1581716 tggagtccaactcatctacactaatgcaaactctatcgtctccggaccatggtgattcgaaattctatgccatt 1581789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 83 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 29201159 - 29200958
Alignment:
Q  83 ttattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatag 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||| || |   ||||| || |   ||||||||| |||||  || ||    
T  29201159 ttattcgggctcaaacgaaatgacagcggacaaatatgacagttttggagggggaggtagcatgtttacttgatgtcattcactttgctgatgtgaacag 29201060  T
Q  183 atggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagt 282  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29201059 atggaaacgggttgtcttcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagt 29200960  T
Q  283 at 284  Q
    ||    
T  29200959 at 29200958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Original strand, 17877312 - 17877520
Alignment:
Q  4 tgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaat 103  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||  || | ||| |||| | |||| ||||||||  ||| |  | ||||| |||||||||||||    
T  17877312 tgcaatgtggatgtcgcgttccatgattgtaaccatattacatttgttgcgtgtggcgttatagactcccatgggaagttcattcgtgctcaaacgaaat 17877411  T
Q  104 gacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcga 203  Q
      || || | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||    |||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  17877412 cgcagcggggaaatatgacagtattggagggggaggaagtagccttactcaaggcccttcactttacaaatgcgaacagatggaatcgggttgtcttcga 17877511  T
Q  204 gtctgactc 212  Q
    |||||||||    
T  17877512 gtctgactc 17877520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 30493895 - 30493613
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||||||| |||||| | | ||||||||| |||||||  ||  || ||||| ||||||||||||| | || |  ||| || ||| || |||||||||||    
T  30493895 aagtgcaatatggatgtcgcattccatgactgtaaccaacttacatattttgcgtgttgtgttagaaattctcatgggcaatttactcaggctcaaacga 30493796  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || |   ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |   ||||||| | ||||   || |||||  | | |||| ||||    
T  30493795 aatggcagcagacaagtatgacagttttggagggg-aggcagtagccttacttgatgtcgttcacttagctgatatgaacagatgagaccaggttgtctt 30493697  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||    
T  30493696 cgagtccgactcaattactctagtgcaagctctatcgtcttcgggccatggtgattcagaattttatgctattgtttatagtat 30493613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 30824760 - 30824557
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||  | || |||||| |||  ||||||  ||||||||  |||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| |||  |    
T  30824760 aagtgcaatgtggatgctacatttcatgactgtagtcatattacatcttttgcatgttgtgttagagactgccgcgaataatttattcgggctaaaaaaa 30824661  T
Q  101 aat-gacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatct 199  Q
    ||  |||| ||   |||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||| || |||||| ||| |||| |||    
T  30824660 aaaagacagcggataaatatgacagttttgaaggg--aggcagtagccttactcgaggcccttcacttttctaatgcgaacagatgggatcaggttgtct 30824563  T
Q  200 tcgagt 205  Q
    ||||||    
T  30824562 tcgagt 30824557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 27 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 34578538 - 34578440
Alignment:
Q  27 tgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagt 125  Q
    ||||||| | ||||||  |||||||| |||||||||| || | ||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34578538 tgaccgttaacatattacatcttttgcgtgttgtgttcgaaattcccgtgggcaatttattcgggctcagacgaaatgacaacgagcaaatatgacagt 34578440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 188 - 284
Target Start/End: Original strand, 3601740 - 3601836
Alignment:
Q  188 atcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||  ||  ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  3601740 atcgggttgttttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctttatcgtctctggaccatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtat 3601836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 167
Target Start/End: Original strand, 3601683 - 3601728
Alignment:
Q  122 cagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactt 167  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  3601683 cagttttggagggggaggtggtagccttactcgaggcccttcactt 3601728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 20204856 - 20205139
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||   | ||||| |||||||||||||||| || |||| | |||||||||||    
T  20204856 aagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccataaccatattacatcttttacattttgtgctagagactcccgcgggaaatttatccaggctcaaacga 20204955  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| || |||||||| || ||| ||||    
T  20204956 aatggcaacgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactttgttgttgcgaacagatggaaccgagttgtctt 20205055  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  20205056 cgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcctctccgggtcatggtgattcaaaattctatgctattgtttctagtat 20205139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 4268000 - 4268283
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||| ||||| ||| |||| | |||  |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| || ||| || |||||| ||||||||| |    
T  4268000 aagtgcaacgtggacgccgcgtttcttgattgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactctcgtgggcaatttattcaggctcaaacaa 4268099  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || || ||| | |||||| ||||    
T  4268100 aatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacaggtgggaccgggttttctt 4268199  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4268200 cgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtat 4268283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 22767543 - 22767275
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  22767543 aagtgcaatgtggatgccgcgttccatgacagtaatcatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagattcccgggggcaatttattcgggctcaaacga 22767444  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||| ||| |||||| | |||||| ||||    
T  22767443 aatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtctt 22767344  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgc 269  Q
    ||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22767343 cgagtttgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcagaattctatgc 22767275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 25730709 - 25730992
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |  |||   |||||||||||||| ||| |||||| || ||||||| ||||||||||    
T  25730709 aagtgcaatgtggattccgcgttccatgaccgtaaccatattacaattttcacgtgttgtgttagagtctcacgcgggaaatttattcgagctcaaacga 25730808  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||| |  | ||| ||||    
T  25730809 aatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaacagatgggactgagttgtctt 25730908  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| |||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||    
T  25730909 cgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcagggtcatggtgattaagaattctatgttattgtttctagtat 25730992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 4 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11375796 - 11375534
Alignment:
Q  4 tgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaat 103  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||  | ||||||  ||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||| ||||||||||||    
T  11375796 tgcaatgtggatgctgcgttccatgaacgtaaccatattacaacttttgcatgttgtgttagagactctcgcaggtgatttattcggactcaaacgaaat 11375697  T
Q  104 gacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcga 203  Q
    | || |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||| |||| | |||||| |||| ||    
T  11375696 ggcagcgagtaaatatgacagttttggagggggagacagtagccttactcgaggcccttcattttgcggatgcaaatatatgggaccgggttgtctttga 11375597  T
Q  204 gtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattcta 266  Q
    |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||  ||||||||||| ||||||||    
T  11375596 gtctgattcatctattctagtgcaagctctatcgtctccggtccatggtgattcggaattcta 11375534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 12660217 - 12660500
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||  |  ||  || ||||||||||||||||||    
T  12660217 aagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactttcatggacaatttattcgggctcaaacga 12660316  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |   ||||||||| | |||  || | |||  | || |||||| |    
T  12660317 aatggcagcgggcaaatatgacagtgttagagcgggaggcagtagtcttactcgatgtcattcactttgctaatgtgaacaaatgagaccgtgttatcgt 12660416  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  12660417 cgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggccacggtgattcagaattctatgatattgtttctagtat 12660500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 26597743 - 26597460
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| | | | ||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||| ||  || | ||||||||||||||||    
T  26597743 aagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgatcatcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtggacaattcattcgggctcaaacga 26597644  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||  | ||  ||||||||  | |||||| ||||    
T  26597643 aatggcaacgagcaaatatgacaattttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcagttgggaatagatgagaccgggttgtctt 26597544  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||||||    
T  26597543 cgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgttattgtttctagtat 26597460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 8387987 - 8388270
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |  |||||  |||||| | |||||||||||||||||| || ||| || | |||| |||||||||||    
T  8387987 aagtacaatgtggatgccgcgtttcatgaccgttaaaatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactctcgtgggcaattcattcaggctcaaacga 8388086  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||  | ||  || |||||| | |||||| ||||    
T  8388087 aatggcaacgaacaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcggttgggaacagatgggaccgggttgtctt 8388186  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||    
T  8388187 cgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccaggccatggtgattcagaattttatgctattgtttccagtat 8388270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15989035 - 15988752
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||  | |||||| ||||| ||| |||||||  |||| | || ||||||||||||||||||    
T  15989035 aagtgaaatatggatgtcgcgttccatgaccgcaaccatattacaacttttgcgtgttatgtcagagactttcgcgagcaatttattcgggctcaaacga 15988936  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||| || | |||| | |||||| ||||    
T  15988935 aatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtaaccttactcgaggccctttactttgctgatgcgaacatatgggaccgggttgtctt 15988836  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    | |||| | |||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||    
T  15988835 caagtccgtctcagctactctagtgcaatctctatcgtcttcaggccatggtgattcggaattctatgttattgtttctagtat 15988752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 27292335 - 27292618
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||  || |||||  ||||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||| |    
T  27292335 aagtgcaatgtggatgtcacgttccatgatagtaaccatattacatattttgcatgttgtgttagagactctcgtgggcaatttattcgggctcaaacaa 27292434  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || ||  ||||||| |  || ||| ||||||||||| |||||||||| || || |||||||||| |||||  || |||||| | |||||| ||||    
T  27292435 aatggcagcggacaaatattattgttttgaagggggaggcaatagccttactagatgcccttcactttgctgatgataacagatgggaccgggttgtctt 27292534  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||  ||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| | || ||||||||||  ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  27292535 cgagttcgactcatctgctctagtgcaaactctatcgtctccaggccatggtgatttggaattttatgctattgtttctagtat 27292618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 41941023 - 41940740
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  |||||||| |||| |||||| ||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||    
T  41941023 aagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaactatcttacatcttttgtgtgtagtgttaaagactcccgtgggaaatttattcgagctcaaacga 41940924  T
Q  101 aatgacaacgag-caaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatct 199  Q
    |||||||   ||  |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| | |   ||||||||| | |||  || |  ||| | |||||| |||    
T  41940923 aatgacatatagaaaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcaatgtcattcactttgctcatgtgaacaactgg-accgggttgtct 41940825  T
Q  200 tcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||| |||  ||  ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  41940824 tcgagtccgactcaactactctagtgcaaactctatcgtctctggaccattgtgattcagaattctatgctattgtttctagtat 41940740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 45 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 34652495 - 34652257
Alignment:
Q  45 atcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagta 144  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||| ||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||| | ||||||  | ||    
T  34652495 atcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttatccggtctcaaacaaaagg-cagcgagcaaatatgacagtgttgtaaggggagataata 34652397  T
Q  145 gccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgg 244  Q
     |||||||||| ||  |||||||||  ||||  || |||||| |||||||| |||||||| | |||||  |||||||||| ||||||||| | |||  ||    
T  34652396 accttactcgatgccattcactttgccgatgtgaacagatgggatcgggttgtcttcgagcccgactcgactactctagtgcaagctctaccgtctctgg 34652297  T
Q  245 gacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    | ||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||    
T  34652296 gccatggtgattcagaattatatgttattgtttctagtat 34652257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 27533193 - 27532909
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgg-gtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacg 99  Q
    ||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||  ||  ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  27533193 aagtgtaatgtggatgtcgcgttccatgatcgtaaccagtttacatctttttgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaaacg 27533094  T
Q  100 aaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatct 199  Q
    |||||  | |  | |||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| |   ||||||||| |||||  ||||||||| | |||||| | |    
T  27533093 aaatggtagcaggaaaatataacagttttggagggggaggcaatagctttattcgatgtcattcactttgctgatgtgaatagatgggaccgggttgttt 27532994  T
Q  200 tcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||| ||||   || || |||| ||  || |||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||    
T  27532993 tcgagtccgactttgcttctttagtgcagactttatcgtctccgggtcatggtgattcagaattctttgctattgtttcaagtat 27532909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 3 - 205
Target Start/End: Original strand, 37448028 - 37448230
Alignment:
Q  3 gtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaa 102  Q
    |||| ||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||  ||| |||   ||||||||||||||||| || ||  ||  ||||||| ||||||| |||    
T  37448028 gtgcgatgtggatgtcgtgttccatgaccataaccatcttacatcgtttatatgttgtgttagagactctcgtggacaatgtattcggactcaaacaaaa 37448127  T
Q  103 tgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcg 202  Q
    || || || ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |   ||||||||| |||||  || |||||||| |||||| ||||||    
T  37448128 tggcagcgtgcaaacatgacagtgttgaaaggggaggcggtagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatggaaccgggttgtcttcg 37448227  T
Q  203 agt 205  Q
    |||    
T  37448228 agt 37448230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 30223066 - 30222934
Alignment:
Q  20 cgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatat 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||  ||| || ||||||||||||||||||| |  || | ||| ||| |    
T  30223066 cgttccatgactgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagacttccatgggcaatttattcgggctcaaacgaatttgcagcaagcgaattt 30222967  T
Q  120 gacagtgttggagggggaggcagtagccttact 152  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||| |||||    
T  30222966 gacagttttggagagggagacagtagctttact 30222934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 131 - 280
Target Start/End: Original strand, 32632546 - 32632695
Alignment:
Q  131 agggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagc 230  Q
    |||||||| || || |||||||||||||  |||| |||  |||| | |||||||  || |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  32632546 agggggagacaataaccttactcgaggcctttcattttactgatacgaatagattaaaccgggttgtctttgagtctgactcatctactttagtgtaagc 32632645  T
Q  231 tctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttcta 280  Q
    | |||| ||| || | ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  32632646 tttatcgtctccgagccatagtgattcagaattctatgacattgtttcta 32632695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 30222928 - 30222856
Alignment:
Q  197 tcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgc 269  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  30222928 tcttcgaatctgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggtcacggtgattcggaattctatgc 30222856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 39
Target Start/End: Original strand, 16074637 - 16074675
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccat 39  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  16074637 aagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccat 16074675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 49951214 - 49951497
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||  ||||||||  || ||||||||||| || |||||  || ||||||||||||||||||    
T  49951214 aagtgcaatgtggatgccgcattccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgctgtgttagagattctcgcggccaatttattcgggctcaaacga 49951313  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||| || ||| ||||    
T  49951314 aatggcagcgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtctt 49951413  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  49951414 cgagtccgactcgtctactctagtgcaagctttatcatcttcgggccgtggtgattcagaattctctgctattgtttctagtat 49951497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 2064754 - 2065037
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||| | || |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |    
T  2064754 aagtgcaatgtggacgccacgttccatgaccgtaaccatattacatcctctgcgtgttgtgttagagactcccgcggataatttattcgggctcaaacaa 2064853  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||  || ||||||| ||||||| ||||    
T  2064854 aatgacagcgggcaaatatgacagtattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggagtcgggttgtctt 2064953  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
     ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| | || |||||||||||  |||| ||||| ||| ||||||||||    
T  2064954 tgagtcggactcatctactctagcccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtat 2065037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 55734910 - 55735193
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||| |  |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||  | | || || |||||||||||||||    
T  55734910 aagtgcaatgtggatgtcgcgctccatgatctcaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactcccatgagcaatttgttcgggctcaaacga 55735009  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || | |||||| |||||||| ||    
T  55735010 aatggaagcgagcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgttgttgcgaacacatggaaccgggttatttt 55735109  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  55735110 cgagtccgattcatctactctagtgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtat 55735193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28538071 - 28537790
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  28538071 aagtgcaatgtggatgctgcgttccatgatcgtaaccatattacatattttgcgtgttgtgttagagactcccacgggcaatttattcgggctcaaacga 28537972  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || || | |||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| | |||||| | ||    
T  28537971 aatggcagcgggaaaatatgatagttt--gagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgttgatgcgaacagatgggaccgggttgtgtt 28537874  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    | |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||  ||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  28537873 caagtccgactcatctactttagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcaaaattctatgctattgtttctagtat 28537790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 21321428 - 21321697
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||  | ||||||  |||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  21321428 aagtgcaatgtggatgttgcgttccatgaccgtaaccatattacaacttttgcatgttgtattagagactctcgcgggaaatttattcgggctcaaacga 21321527  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||  |||||| || |||||| | |||||| ||||    
T  21321528 aatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcgaggcccttcacttttctgatgctaacagatgggaccgggttgtctt 21321627  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaa--gctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatg 268  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||  |||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  21321628 cgagtccgactcatctactctagtgcaattgctctattgtctcagggtcatggtgattcagaattctatg 21321697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 18442431 - 18442150
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||    
T  18442431 aagtgcaatgcggatgtcgcgttccatgaccgcaaccatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcccatgggcaatttattcgggctcaaacga 18442332  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||  | || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||||| |||||||| ||    
T  18442331 aatggaagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccctacactttgctgttgcgaacagatggaaccgggttatttt 18442232  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||  ||||||||||  ||||| |||||| |||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  18442231 cgagtgcgactcatcta--ctagtgcaagctatatcgtctttggcccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtat 18442150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 37246138 - 37245855
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||  ||| | ||  |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||    
T  37246138 aagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaatcgtcttacatcctctgcatgttgtgttagagactcccgagggaaatttattcgggcacaaacga 37246039  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||  || |||||| | |||||| ||||    
T  37246038 aatggaaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgctattcactttgcttatgtgaacagatgggaccgggttgtctt 37245939  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||||||||  ||||| |||| |||||||| || |||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  37245938 cgagtctgactctgctactttagtgcaagctctttcgtctctgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtat 37245855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 29655951 - 29655669
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| | ||  ||||||||  ||||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||||||| |    
T  29655951 aagtgtaatgtggatgccgcgttccatgatcgtaaccctcttacatcttttgt-tgttgtgttagaggctcccgtgggcaatttattcgggctcaaacaa 29655853  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |   ||||||||| |||||  || |||||||| || ||| ||||    
T  29655852 aatggcagcgggcaaatatgactgttttggagggagaggcagtagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatggaaccgtgttgtctt 29655753  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  29655752 cgagtctgactacgctactctagtgcaagctctatcatcttcgggccatggtgattcagaattctatgttattgtttctagtat 29655669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 32577333 - 32577051
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  32577333 aagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccttaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagattcccg-gggcaatttattcgggctcaaacga 32577235  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||  ||| || |||||| ||||| ||| | |||| |  ||||| ||||    
T  32577234 aatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggtactagccttactcgctgctatttactttgctgatgtaaacatatgggactgggttgtctt 32577135  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  32577134 cgagtctgactctgctactctagtgcaagctcaatcgtcagcgggacatggtgattcagaattctatgcgattgtttatagtat 32577051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 41835597 - 41835314
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||| ||| |  || |||||||||||||||| |    
T  41835597 aagtgcaatgtggatgccacgttccttgaacgtaaccatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactctcgcagacaatttattcgggctcaaacaa 41835498  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||  |||||||| |||||| | |||||| ||||    
T  41835497 aatgacagctggcaaatatgacagttttggagggggatgcagtagccttactcgagacccttcattttgcggatgcaaacagatgggaccgggttgtctt 41835398  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||  || |||||||||||||| ||| | ||||| ||| |||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||    
T  41835397 cgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccgggccatggtgattcggaatcctatgctattgtttctagtat 41835314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 51735257 - 51734975
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||| |||  |  || ||||||||||| ||||||    
T  51735257 aagtgcaacgtggatgccgcgttccatgattgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagacttccgttgacaatttattcgggcttaaacga 51735158  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||  ||||||| | | || ||| ||||    
T  51735157 aatgacagcgtgcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgctgatgtgaatagatagga-cgagttgtctt 51735059  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||  ||  |||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||    
T  51735058 cgagtcaggctcctctactctagtgcaagctctatcgtctctggaccatggtgattcataattctatgatattgtttctagtat 51734975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Original strand, 56065530 - 56065769
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||| |  ||| ||||||||| | ||||||  |||||| | ||||||| ||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||    
T  56065530 aagtgcaatgtggatgtcgtgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgttttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacga 56065629  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| || ||  |||| |||| | |||||| ||||    
T  56065630 aatgacaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgctgttgggaatatatgggaccgggttgtctt 56065729  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatct 240  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||    
T  56065730 cgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatct 56065769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 28426097 - 28426367
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||| |||             |||||||||||||||    
T  28426097 aagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagattcc-------------ttcgggctcaaacga 28426183  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||| ||| |||||| | |||||| ||||    
T  28426184 aatggcaacaggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtctt 28426283  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    | ||||||||||   ||||||||| | ||||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  28426284 caagtctgactctgatactctagtgccagctctatcgtcagcgggacatggtaatttagaattatatgcgattgtttctagtat 28426367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 49119673 - 49119403
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||| |||             |||||||||||||||    
T  49119673 aagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagattcc-------------ttcgggctcaaacga 49119587  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||| ||| |||||| | |||||| ||||    
T  49119586 aatggcaacaggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtctt 49119487  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    | ||||||||||   ||||||||| | ||||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  49119486 caagtctgactctgatactctagtgccagctctatcgtcagcgggacatggtaatttagaattatatgcgattgtttctagtat 49119403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 51259813 - 51259532
Alignment:
Q  4 tgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaat 103  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||| |  ||||||||||||||||| || ||| || | |||||||||||||||||||    
T  51259813 tgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgtatgttgtgttagagactctcgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaat 51259714  T
Q  104 gacaacgagcaaatatgacagtgttgga-gggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcg 202  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |   ||||||||| || ||  |  || | | | | |||| ||||||    
T  51259713 ggcaacgagcaaatatgacagttttggaggggggaggcagttgccttactcgatgtcattcactttgctgttgggatcagttcggaccaggttgtcttcg 51259614  T
Q  203 agtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||    
T  51259613 agtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggccatggtgattcagaattttatgttattgtttctagtat 51259532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 43840593 - 43840309
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||| |||| | ||||||| ||  |||||||| || |||||||||||||||||| ||  || ||||||||| ||||||||    
T  43840593 aagttcaacgtggatgccgcgttctatgagcataaccatcttacatcttttgcgttttgtgttagagactcccgtggacaatttattcggggtcaaacga 43840494  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagcc-ttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatct 199  Q
    |||| || ||  |||||||||||||||||||||||||| ||  | || |||||||| ||  ||||||||| |||||  || | |||  | ||| || |||    
T  43840493 aatggcagcggacaaatatgacagtgttggagggggagacaacaacctttactcgatgccattcactttgctgatgtgaacaaatgagaccggtttgtct 43840394  T
Q  200 tcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||  |||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  43840393 tcgagttcgactcagctactctaatgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtat 43840309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 125 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 26422764 - 26422605
Alignment:
Q  125 tgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagt 224  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||   |||||||||    
T  26422764 tgttggagagggaggcagtagccttactcgatgctatttactttgctgatgtaaacagatgggatcgggttgtcttcgagtctgactctgatactctagt 26422665  T
Q  225 ccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
     ||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  26422664 gcaagctctatcgtcagcgggacatagtgattcagaattctatgcgattgtttttagtat 26422605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 127 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 47226490 - 47226333
Alignment:
Q  127 ttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtcc 226  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||  |||| ||| | |||||||| |||||||||||| |||  |    
T  47226490 ttggagggggaggtaatagtcttactcgaggcttttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgagttgtgttcgagtccgactcatctactttagagc 47226391  T
Q  227 aagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||    
T  47226390 aagctctatcgtcttcaggccatggtgattcagatttatatgctattgtttctagtat 47226333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 133 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 44936236 - 44936101
Alignment:
Q  133 ggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctc 232  Q
    ||||||||| ||||||||||||||   ||| |||||| | ||||||| ||||| ||| ||||| | |||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||    
T  44936236 ggggaggcaatagccttactcgagatcctttactttgctaatgcaaacagatgaaattgggttgtgttcgagtccgactcatttactctagtgcaaactc 44936137  T
Q  233 tatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatg 268  Q
    |||| | |||||| || ||||||| |||||||||||    
T  44936136 tatcgttttcgggccacggtgatttagaattctatg 44936101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 197 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 24990023 - 24989952
Alignment:
Q  197 tcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatg 268  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||| || ||||||||| |||||||||    
T  24990023 tctttgagtctgactcagctactctagtgcaagctctaccgtctctgggccacggtgattcaaaattctatg 24989952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 44527154 - 44527437
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||  | ||| || |||||||||||||||| |    
T  44527154 aagtgcaatgtggacgccgcgttccatgactgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactcttgtgggcaatttattcgggctcaaacaa 44527253  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||| | |||||| ||||    
T  44527254 aatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacagatgggaccgggttgtctt 44527353  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44527354 cgagtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtat 44527437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 25682552 - 25682835
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||  ||||||||||||    
T  25682552 aagtgcaatgtggatgccgtgtttcatgaacgtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttatctgggctcaaacga 25682651  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | |||  || |||||| | |||| | ||||    
T  25682652 aatggcaacgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgatgtcattcactttgctaatgtgaacagatgggaccgggctgtctt 25682751  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||  |||||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  25682752 cgagtttgactcagctactctagtacaagctctatcgtctccgggccacagtgatttagaattctatactattgtttctagtat 25682835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 48950010 - 48949727
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||  || || | ||||||||||||||||    
T  48950010 aagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgttggcaattcattcgggctcaaacga 48949911  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||| ||  || |||||| | |||||| ||||    
T  48949910 aatggcaacgagcaaatatgaaagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtctt 48949811  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||   ||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  48949810 cgagttcaactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtat 48949727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 4395060 - 4395342
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||  || |||||||||||||| || ||| || |||| ||||||||| |||    
T  4395060 aagtgcaatgtggaagccgcgttccatgaccgtaaccatatcacaacttttgcatgctgtgttagagactctcgtgggcaatttatccgggctcaatcga 4395159  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || || |||||||||| ||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| | | |||||||||    
T  4395160 aatggcagcgggcaaatatgagagttttgaagggg-aggcactagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaatagatgggaccaggttatctt 4395258  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||   || ||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||    
T  4395259 cgagtccaactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaaggtcatggtgattcagaattctatcctattgtttatagtat 4395342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 5609240 - 5609523
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||  | |||| | ||| |||| ||||||||| | || | || ||||||||||||||||      
T  5609240 aagtgcaatgtggatgtcgcgttccatgactgtaaccatattacaactttcgcgtgctgtgctagagactcacacgagcaatttattcgggctcaaactc 5609339  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
     |||||| ||  ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||| || |||||  |||||||| ||||    
T  5609340 tatgacagcggacaaatatgatagttttgaagggggaggcagtagccttactcgaggtccttcactttgatgttgcgaacagatgagatcgggttgtctt 5609439  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  5609440 cgagttcgactcatctactctagtgcaaactctatcgtctcagggtcatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtat 5609523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 51113216 - 51113499
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||||||| | ||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || | |||||| |||||||||    
T  51113216 aagtgcaatgtggatgccgtgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcggactcaaacga 51113315  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |   |||||||||||| ||  || |||||| | |||||| ||||    
T  51113316 aatggcaacgagcaaatataaccgttttggagggggaggcagttgccttactcgatgtcattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtctt 51113415  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| |||  ||| ||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||    
T  51113416 cgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctctgggccatggtgattcggagttttatgctattgtttctagtat 51113499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 275
Target Start/End: Original strand, 48166149 - 48166412
Alignment:
Q  12 ggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacga 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||| |||||| || |||    
T  48166149 ggatgccacgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggtcaatttattcgggctcaaatgaaatggcagcga 48166248  T
Q  112 gcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgact 211  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||| |   ||||||||| | |||  |||| |||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  48166249 gcaaatatgacagttttggagtgggagacaatagccttactcgatgtcattcactttgcttatgtgaatatatgggatcgggttgtcttcgagtctgatt 48166348  T
Q  212 catctactctagtccaagctctatcatcttcgggac-atggtgattcagaattctatgccattat 275  Q
    || |||||||| | ||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  48166349 cagctactctattgcaagctctatagtctt-gggacgatggtgatacagaattctatgctattat 48166412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 284
Target Start/End: Original strand, 52109375 - 52109637
Alignment:
Q  21 gttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatg 120  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||||||  |||||||||||||||||| | ||  || |||||| ||||||||||||||| || || |||||||||    
T  52109375 gttccatgaccgtaatcatcttatatcttttgcatgttgtgttagagactcctgtggacaatttattcaggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatg 52109474  T
Q  121 acagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactc 220  Q
    |   | ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| || |||||| || ||||| |||| |||| ||| ||||||||||    
T  52109475 atcattttggagggggatgcagtagccttactcgaggtccttcactttgctgatgctaacagatgggat-gggttgtctttgagtgtgattcatctactc 52109573  T
Q  221 tagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||| ||||||||||  ||| |||  ||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||    
T  52109574 tagtacaagctctattgtctccggaccatggtgattcggaattctatgttattgtttctagtat 52109637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16817085 - 16816800
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||| | |||||||||||  |||||||| || |||| |||||||||| |||| | || ||||||| |||||| | |    
T  16817085 aagtgcaatgcggacgccgcgttccatgtctgtaaccatattacatcttttgtgtattgttttagagactctcgcgtgcaatttattcgagctcaatcaa 16816986  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||  | |||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||| | |||||| ||||    
T  16816985 aatggcagtgggcaaatatgacaattttggagggg-aggcagtagccttactcgaggcccttcattttgctgatgcaaacagatgggaccgggttgtctt 16816887  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatg---gtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| | ||| || | ||||   ||||||| |||||||| || ||| ||||||||||    
T  16816886 cgagtccgactcgtctactctagttcaagttctaccgtctccgagccatggacgtgattcggaattctacgctattgtttctagtat 16816800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 284
Target Start/End: Original strand, 36733604 - 36733880
Alignment:
Q  8 atgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgaca 107  Q
    ||||||||||| |||| ||||||  ||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||| || ||  || |||||||||||||||| ||||||||    
T  36733604 atgtggatgccgcgtttcatgactataaccatcttacaccttttgtgtgttgtgttagagactctcgtggacaatttattcgggctcaaacaaaatgaca 36733703  T
Q  108 acgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtct 207  Q
    ||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| | | | ||||||||| |||||  || | |||| | |||||| |||||||||||    
T  36733704 acgggtaaatatggcagttttggagggggaggcagtagtcttactcaatgttattcactttgctgatgtgaacaaatgggaccgggttgtcttcgagtct 36733803  T
Q  208 gactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||    |||||||| |||||| |||| ||| |||| |||| ||||||| |||||||||  ||| ||||||||||    
T  36733804 gactctataactctagtgcaagctatatcgtctccgggccatgatgattcataattctatgttattgtttctagtat 36733880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 113 - 284
Target Start/End: Original strand, 44602765 - 44602936
Alignment:
Q  113 caaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactc 212  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| || ||| ||||||||| |   ||||||||  |||||  || |||||  | ||||||  |||||||||| ||||    
T  44602765 caaatatgacaattttggagggggagacattagtcttactcgatgtcattcactttactgatgtgaacagatgagaccgggttgccttcgagtctaactc 44602864  T
Q  213 atctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
      |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  44602865 cgctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcaaaattctatgctattgtttctagtat 44602936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 134
Target Start/End: Original strand, 24538414 - 24538544
Alignment:
Q  4 tgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaat 103  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |    
T  24538414 tgcaatgtggatgccgcgttctataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggataatttattcgggctcaaacgaatt 24538513  T
Q  104 gacaacgagcaaatatgacagtgttggaggg 134  Q
    | || |  ||||||| |||||| ||||||||    
T  24538514 ggcagcaggcaaatacgacagttttggaggg 24538544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 183 - 284
Target Start/End: Original strand, 2885306 - 2885407
Alignment:
Q  183 atggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagt 282  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| || || ||||| ||| ||||||||    
T  2885306 atggaatcgggttgtcttcgagtcagactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggctatggtgattcggagttatatgctattgtttctagt 2885405  T
Q  283 at 284  Q
    ||    
T  2885406 at 2885407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 199 - 284
Target Start/End: Original strand, 24538586 - 24538671
Alignment:
Q  199 ttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  24538586 ttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatctgcttcgggtcatagtgattcagaattctacgctattatttctagtat 24538671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 53496933 - 53497216
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||  | ||| || |||||||||||||||| |    
T  53496933 aagtgcaatgtggacgccgcgttccatgaccgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactcttgtgggcaatttattcgggctcaaacaa 53497032  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||||| ||  ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||| | |||||| ||||    
T  53497033 aatgacagcggacaaatgtgacagtttttgagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacagatgggaccgggttgtctt 53497132  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  53497133 cgagtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtat 53497216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 284
Target Start/End: Original strand, 55199414 - 55199695
Alignment:
Q  3 gtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaa 102  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||| |  |||||  |||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||    
T  55199414 gtgcaatgtggatgccacgtttcatgaccgtcaatatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaa 55199513  T
Q  103 tgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcg 202  Q
    ||||| |    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||| || ||| |||||| | |||||| |||||     
T  55199514 tgacagctgataaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgttgttggaaacagatgggaccgggttgtcttca 55199613  T
Q  203 agtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||| |||||| ||||||| || ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  55199614 agtccgactcagctactctggtgcaagcgctatcgtctacgggtcatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtat 55199695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 42340519 - 42340284
Alignment:
Q  45 atcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagta 144  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| || ||  || |||||||||||||||| ||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42340519 atcttttgcgtgttgtgttagagactctcgtggacaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggcagatatgacagtgttggagggggaggcaata 42340420  T
Q  145 gccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgg 244  Q
    ||| ||||||| |   |||||||||  ||||  || |||||| | || ||| |||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||| || ||| |||    
T  42340419 gccctactcgatgtcattcactttgcagatgtgaacagatgggaccgagttgtcttcgagtcagactcagctactttagtgcaagctctgtcgtctccgg 42340320  T
Q  245 gacatggtgattcagaattctatgccattatttcta 280  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  42340319 gccatggtgattcagaattctatgctattgtttcta 42340284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 48227314 - 48227550
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||| ||||||||||||| | || ||| ||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||    
T  48227314 aagtacaatgtggatgccgcatttcattaccgtaaccatgttacatcttttgcgtgttgtgttagagactctcgcgggcaatttattcgggcttaaacga 48227413  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgag-gctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatct 199  Q
    ||   ||  | | ||| ||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||  | | |||||||| |||||  ||| |||  || || ||| |||    
T  48227414 aacagcagtgggaaaacatgactgtattggagtgggatgcagtagccttactcgagaccccatcactttgctgatgtgaatggataaaaccgagttgtct 48227513  T
Q  200 tcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatc 236  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48227514 ttgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatc 48227550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Original strand, 46007202 - 46007480
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgtt-agagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacg 99  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| |  |||||||| || ||||||||| ||||| |||| |||||||| || ||  || |||||||||||||||||    
T  46007202 aagtgcaatgtggatgccgtgttccattattgtaaccatcttatatcttttgcgtgttttgtttagagactctcgtggaaaatttattcgggctcaaacg 46007301  T
Q  100 aaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatct 199  Q
    ||||| || || ||||||| |||| | ||  |||||||| ||||||||||||| || ||  |||||||||| |||   || ||||||   |||| | |||    
T  46007302 aaatggcagcgggcaaatacgacaattttttagggggagacagtagccttacttgatgccattcactttgtcgatatgaacagatgg--gcggg-tgtct 46007398  T
Q  200 tcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctag 281  Q
    ||||||| || ||| |||||||||| ||| || |||| ||| |||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||||    
T  46007399 tcgagtccgattcaactactctagtgcaaactatatcgtctccgggccatggcgattcggaattttatgctattgtttctag 46007480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 647485 - 647343
Alignment:
Q  13 gatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgag 112  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |    || || || | ||||||||||||||||| || || |    
T  647485 gatgccgcgttccatgagcgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagacttctctaggcaatttttccgggctcaaacgaaatggcagcggg 647386  T
Q  113 caaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcga 155  Q
    | |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  647385 ctaatatgacagttatggagggggaggcagcagccttactcga 647343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 144 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 647306 - 647182
Alignment:
Q  144 agccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcg 243  Q
    |||||||||||| |   ||||||||| |||||  || |||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||    
T  647306 agccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccgagttatcttcgagtctgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctccg 647207  T
Q  244 ggacatggtgattcagaattctatg 268  Q
    || ||||||||||| ||||||||||    
T  647206 ggccatggtgattcggaattctatg 647182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 155
Target Start/End: Original strand, 2615397 - 2615548
Alignment:
Q  4 tgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaat 103  Q
    |||||||||||| || |||| ||||| | ||||||||||  || ||||| | |||||||||||| ||   | ||| || | ||||||||||||||||| |    
T  2615397 tgcaatgtggataccgcgtttcatgatcataaccatattacattttttgtgcgttgtgttagaggcttttgtgggcaattcattcgggctcaaacgaatt 2615496  T
Q  104 gacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcga 155  Q
    | || || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2615497 ggcagcgggcaaatatgatagttttggagggggaggcagtagccttactcga 2615548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 113 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 11020354 - 11020183
Alignment:
Q  113 caaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactc 212  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| ||  ||| |||||||| ||| || |||||| |||||  || | ||||||  ||||| |||||||||||||||     
T  11020354 caaatatgacacttttggagggggagacatcagctttactcgatgctatttactttgctgatgggaacaaatggaactgggttgtcttcgagtctgactt 11020255  T
Q  213 atctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    | |||||| |||  ||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  11020254 aactactccagtgtaaggtctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctgtgctattgtttctagtat 11020183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 27941261 - 27941129
Alignment:
Q  20 cgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatat 119  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||| || || ||  || |||||||| ||||||| ||||| || ||  |||||||    
T  27941261 cgtttcatgatcgtaaccatattatattttttgcgtgttgtattagagattctcgaggacaatttattcggactcaaacaaaatggcagcggacaaatat 27941162  T
Q  120 gacagtgttggagggggaggcagtagccttact 152  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27941161 gatagttttggagggggaggcagtagccttact 27941129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 191 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 27608999 - 27608906
Alignment:
Q  191 gggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  27608999 gggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtat 27608906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 191 - 284
Target Start/End: Original strand, 24176861 - 24176954
Alignment:
Q  191 gggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||| || ||| | ||||||||    
T  24176861 gggttgtcttcgagtctgacacaactactctagtgcaagctctatcgtctctgggtcatggtgattcggaattctaagctattgtatctagtat 24176954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 191 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 34497468 - 34497375
Alignment:
Q  191 gggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| || |||||||    
T  34497468 gggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgttcctagtat 34497375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 31341826 - 31341732
Alignment:
Q  190 cgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcat----cttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttcta 280  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||| |    || |||| ||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||    
T  31341826 cgggttatcttcgaatctgactccactactctagtgcaagctctatcctacgtctccgggtcatggtgattcagaattttatactattgtttcta 31341732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 268
Target Start/End: Original strand, 2615591 - 2615651
Alignment:
Q  208 gactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatg 268  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||    
T  2615591 gactcaactactctagtgcgagctctatcgtctttgtgccatggtgattcagaattctatg 2615651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 136; Significance: 6e-71; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 23853833 - 23854116
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||    
T  23853833 aagtgcgatgtggacgccgcgttccatgaccgtaactatattacatcttttgcgtgttatgttagagactcccgtgggcaatttattcgggttcaaacga 23853932  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||||| ||   |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || |||||  |  | ||| ||||    
T  23853933 aatgacagcggaaaaatatgacagttttggagggtgaggcagtagccttacttgaggccattcactttgttgatgctaacagatgagactgagttgtctt 23854032  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  23854033 cgagtccgactcatcaactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtat 23854116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 13414924 - 13415207
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||  | |||||| ||||| | |||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||    
T  13414924 aagtgcaatgtggatgtcgtgttccatgaacgtaaccatattacaacttttgtgtgtttttttagagactttcgcgggcaatttattcgggctcaaacga 13415023  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||| |||||| |||| ||| ||||    
T  13415024 aatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttccttttgcggatgcaaacagatgggatcgagttgtctt 13415123  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
     ||||| || || ||||||||||| |||| | |||| ||  |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| ||||||    
T  13415124 tgagtccgattcttctactctagtgcaaggtatatcgtccccgggccatggtgattctgaattttatgctattgtttttagtat 13415207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 8451409 - 8451142
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||  | ||  || |||||||||||||||| |    
T  8451409 aagtgtaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccattttacatcttttggatgttgtgttagagactcttgtggacaatttattcgggctcaaacaa 8451310  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    || |  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |  ||||||| | |||||  ||  ||||| | |||||| ||||    
T  8451309 aaaggaagcgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagctttactcgattccattcacttcgctgatgtgaacggatgggaccgggttgtctt 8451210  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatg 268  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||    
T  8451209 cgagtctgactcatctactttagtgcaagctttatcgtctccaggtcatggtgattcggaattttatg 8451142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 478342 - 478086
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||||||||  |||||| |   |||||||| ||||||||||||||| | ||  ||  || |||| ||||||||||| |    
T  478342 aagtgtaatgtggatgcaacgttccatgaccacaaccatctaacatcttttgtgtgttgtgttagagatttccatggtcaatttatccgggctcaaacaa 478243  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| | |||  ||||||||| | |||||||||||    
T  478242 aatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgctaatgtgaatagatgggaccgggttatctt 478143  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattc 257  Q
    ||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||| ||||  ||||||||||    
T  478142 cgaatctgactctactactctagtgcaagctctatcgtctccgggttatggtgattc 478086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 56 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 185820 - 185594
Alignment:
Q  56 gttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcga 155  Q
    ||||||| ||||||||| | ||| || ||||  ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  185820 gttgtgtaagagactcc-gagggaaatttatctgggctcaaacgaaatggaaacgggcaaatatgacagttttggagggg-aggaagtagccttactcga 185723  T
Q  156 ggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgat 255  Q
      || |||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||  ||||| |||| |||||||| || ||| |||  |||||||||    
T  185722 tactattcactttgttgatgtgaatagatggaaccgggttgtctacgagtctgactctgctactttagtgcaagctctttcgtctccggaccatggtgat 185623  T
Q  256 tcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  185622 tcagaattctatgctattgtttctagtat 185594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 7127124 - 7127391
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| | ||  ||| | ||  ||||||||||||||||| || ||| || ||||||| || |||| ||    
T  7127124 aagtggaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccgtcttacatcctctgcatgttgtgttagagactctcgggggaaatttattcgtgcacaaatga 7127223  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||  |||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||  || |||||| | ||||||  |||    
T  7127224 aatggaaacgggcaaatatgaaagttttggagggggaggtagtagccttactcgatgctattcactttgctgatgtgaacagatgggaccgggttgcctt 7127323  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatg 268  Q
    |||||||||||   ||||| |||| |||||||| || ||| |||| |||||||||| || ||||||||    
T  7127324 cgagtctgactatgctactttagtgcaagctctttcgtctccgggccatggtgatttagtattctatg 7127391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 83 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 40588934 - 40588733
Alignment:
Q  83 ttattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatag 182  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||  |||||||| ||    
T  40588934 ttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatataacagttttggagggggaggcagtagccgtactcgaggcccttcgttttgcggatgcaaacag 40588835  T
Q  183 atggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagt 282  Q
    |||  | |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||  || ||||||| ||  |||| |||| |||||| ||||||||||| ||| ||| ||||    
T  40588834 atgagaccgggttgtctttgagtctgattcatctactctagtgtaaactctatcgtccccgggccatgatgattctgaattctatgctattgtttatagt 40588735  T
Q  283 at 284  Q
    ||    
T  40588734 at 40588733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 284
Target Start/End: Original strand, 37712027 - 37712257
Alignment:
Q  48 ttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagcc 147  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||  | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||| || | |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||     
T  37712027 ttttgcgtgttgtgttagaaactcgtgtgggcaatttatttgagctaaaacgaaatgacagcgggaaaatatgacagttttgaagggg-aggtagtagct 37712125  T
Q  148 ttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggac 247  Q
    ||| |    ||  |||||||||||||||  || |||||  ||| |||||||||| ||| |||| |  ||||||||||  |||||||||  ||||||| ||    
T  37712126 ttaat----gccattcactttgttgatgtgaacagatgagatcaggttatcttctagtttgaccctgctactctagtgtaagctctattgtcttcgg-ac 37712220  T
Q  248 atggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  37712221 atggtgattcagaatactatgctattgtttctagtat 37712257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 33642869 - 33642767
Alignment:
Q  182 gatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctag 281  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||  |||||||||||||| | |||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||| |||  ||| |||||||    
T  33642869 gatggaatcaggttgtcttcaagtccaactcatctactctaatgcaagctctgtcgtctccgggccatggtgattcagaattcaatgatattgtttctag 33642770  T
Q  282 tat 284  Q
    |||    
T  33642769 tat 33642767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 598334 - 598240
Alignment:
Q  190 cgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||| ||||| |||| |||| | |||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||    
T  598334 cgggttgtcttcaagtcggacttagctactctagtgcaagctctatcgtcttcaggtcatggtgattcgaagttctatgctattgtttctagtat 598240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 175
Target Start/End: Original strand, 9496797 - 9496857
Alignment:
Q  115 aatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatg 175  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |   |||||||||||||||    
T  9496797 aatatgacagttttggagggtgaggcagtagccttacttgatgacattcactttgttgatg 9496857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 284
Target Start/End: Original strand, 11870364 - 11870448
Alignment:
Q  200 tcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||  |||  | | ||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||    
T  11870364 tcgagtctgactcagctactcttgtgcaagctctattgtctcggagccatggtgattcggatttctatgctattgtttctagtat 11870448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 40589001 - 40588961
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatat 41  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  40589001 aagtgcaacgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccatat 40588961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 14680060 - 14680346
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgg---gtaaattattcgggctcaaa 97  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||   | || |||||  ||||||||    
T  14680060 aagtgcaatgtggataccgcgttccatgaccgcaaccacattacatcttttgcatgttgtgttagagactcccgcggcgggcaatttattatggctcaaa 14680159  T
Q  98 cgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttat 197  Q
     |||||| || || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||| || ||| |    
T  14680160 tgaaatggcagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactctgctgatgcaaacagatggaaccgagttgt 14680259  T
Q  198 cttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||| || || ||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||   |||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||    
T  14680260 ctttgattccgactcgtctactctattgcaagctctatcatctccgggcagtggtgattcaaaattctctgctattgtttctagtat 14680346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15606280 - 15605997
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||||| | || || || ||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||| |    
T  15606280 aagtgcaatgtggatgccgcatttcacgatcgtaaccatattacatctttttcgtgttgtgttagagactcccatgggcaacttattcgggctcaaacaa 15606181  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || || | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||  || | |||| | |||||| ||||    
T  15606180 aatggcagcgggaaaacatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgttgatgggaacaaatgggaccgggttgtctt 15606081  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    | |||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||   || |||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||    
T  15606080 caagtccgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctaggtcatggtgattcagaacactatgctattgtttctagtat 15605997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 28107040 - 28107323
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||| | ||| ||| |||||||||| ||||||||| ||  |||||| | ||||||||||||||||||||| ||  || |||||| |||||||||||    
T  28107040 aagtgcaacgaggaagccacgttccatgatcgtaaccatcttacatctttcgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcaggctcaaacga 28107139  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    |||| || ||  || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||   ||   ||||||||| |||  ||| ||||    
T  28107140 aatggcagcggacagatatgacagttttggagggggaggcagtagccttacttgatgccattcactttgcaaatatgaatagatgggatcacgttgtctt 28107239  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  28107240 cgagtctaactccgctactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgttattgtttctagtat 28107323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 15053430 - 15053193
Alignment:
Q  32 gtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttgga 131  Q
    |||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||| | | ||  || |||||||||||||||| | |||||| || | |||||||| |||||||||    
T  15053430 gtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagacttcagtggacaatttattcgggctcaaacaagatgacagcgggtaaatatgatagtgttgga 15053331  T
Q  132 gggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagct 231  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||| | ||| ||| |  || | |||  |   |||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |     
T  15053330 gggggaggcagtagccttactcgatgccattcgccttgctgacgtgaaaaaatgagacaaggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaaacg 15053231  T
Q  232 ctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgc 269  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  15053230 ctatcgtcttcgggccatggtgattcggaattctatgc 15053193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 45 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 29368296 - 29368059
Alignment:
Q  45 atcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagta 144  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| || ||  || |||||||  |||||| |||||| || ||   |||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  29368296 atcttttgcgtgttgtgtttgagactctcgtggacaatttattcg--ctcaaaagaaatggcagcggataaatatgacagttttggagggggaggcaata 29368199  T
Q  145 gccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgg 244  Q
     ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| | |    | | |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||    
T  29368198 tccttactcgaggcccttcactttgctgatgctaatagatgggacctaactgttttcgagtccgactcatctactatagtgcaagctctatcgtctccgg 29368099  T
Q  245 gacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    | ||| |||||||  |||||||||| |||  |||||||||    
T  29368098 gtcatagtgattcgtaattctatgctattgcttctagtat 29368059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 93 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19691073 - 19690882
Alignment:
Q  93 tcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgg 192  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||| |||| |   ||||||||| |||||  || |||||  | ||     
T  19691073 tcaaacgaaatgacaacggacaaatatgaccgttttggaaggggaggcaatagccttattcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccga 19690974  T
Q  193 gttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||  | | ||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||    
T  19690973 gttgtcttcgagtctgactcagctactttagtgcaagctctatcgtctctgagtcatggtgatttggaattctatgtcattgtttctagtat 19690882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 83 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 30802195 - 30801994
Alignment:
Q  83 ttattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatag 182  Q
    ||||||||||| |||| ||||| || || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||  || ||||||  ||||  || |     
T  30802195 ttattcgggcttaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggtgggggaggcagtagccttactagatgccatttactttgcagatgtgaaaaa 30802096  T
Q  183 atggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagt 282  Q
    |||| |   |||| |||||||||| || ||| ||||| |||| ||||||||||| | | || | |||||||| |  ||||||||||  ||| ||||||||    
T  30802095 atgggactaggttgtcttcgagtccgattcagctactttagtgcaagctctatcgtttccgagccatggtgacttggaattctatgttattgtttctagt 30801996  T
Q  283 at 284  Q
    ||    
T  30801995 at 30801994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 83 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 11731870 - 11731673
Alignment:
Q  83 ttattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatag 182  Q
    |||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  |||||| |||||||||||| |||||  || |     
T  11731870 ttatccgggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttgga-ggggaggcagcagcct--ctcgagactcttcactttgctgatgagaacat 11731774  T
Q  183 atggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagt 282  Q
    || | | | |||| |||||||||| ||||| |  | | |||| ||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || |||||||| | | ||||||||    
T  11731773 ataggaacaggttgtcttcgagtccgactctttcaatatagtgcaagctctattgtctccgggccatggtggttcggagttctatgctactgtttctagt 11731674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 210 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 34104542 - 34104468
Alignment:
Q  210 ctcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||    
T  34104542 ctcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccggaccatggtgattcagaattttatgctattgtttttagtat 34104468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 109; Significance: 7e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Original strand, 87 - 326
Alignment:
Q  1 aagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggtaaattattcgggctcaaacga 100  Q
    |||||||||||||||| |  ||| ||||||||| | ||||| | |||||| | ||||||| ||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||    
T  87 aagtgcaatgtggatgtcgtgtttcatgaccgtcaacatatacnatctttcgcgtgttgttttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacga 186  T
Q  101 aatgacaacgagcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| || ||  |||| |||| | |||||| ||||    
T  187 aatgacaacgagcaaatatgacagtttgggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgctgttgggaatatatgggaccgggttgtctt 286  T
Q  201 cgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatct 240  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||    
T  287 cgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatct 326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0922 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0922
Description:

Target: scaffold0922; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 116 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 434 - 267
Alignment:
Q  116 atatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgaggctcttcactttgttgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatc 215  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||  | ||||| ||| | |||| ||||||||| | |||| |||   |||| |||||||| ||||||||    
T  434 atatgacagttttggagggg-aggtagtagccttgttggaggccctttattttgctgatgcaaacaaatgggatccaattattttcgagtccgactcatc 336  T
Q  216 tactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgccattatttctagtat 284  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  335 tactctagtgcaagctctatcatctccaggtcatggtaattcagaattctatgctattgtttctagtat 267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University