View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19648_low_2 (Length: 861)
Name: NF19648_low_2
Description: NF19648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19648_low_2 |
 | |
|
| [»] scaffold0024 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 790; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 30265228 - 30264373
Alignment:
| Q |
1 |
acaatttttacccgttcaagagccacgtttatgatcaaaaggaaatgaaaatatattcaaatttgcaaattttatcttcttttttattttatgacaaaag |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
30265228 |
acaatttttacccgttcaagagccacgtttatgatcaaaaggaaatgaaaatatattcaaatttgcaaattttatcttcttttttattttaggacaaaag |
30265129 |
T |
|
| Q |
101 |
aagaggtgtgagactatgtaaaacaaattatggaaatataatgaaattgtgctggcatgaatgtcacaccaggtgtgaggatccaatcaaattgtgctgg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30265128 |
aagaggtgtgagactatgtaaaacaaattatggaaatataatgaaattgtgctggcatgaatgtcacaccagatgtgaggatccaatcaaattgtgctgg |
30265029 |
T |
|
| Q |
201 |
catgctataagtaagtacccagtgccaa-------cattgaaaatacaagtgcttagtgcatagtataatcaatggacaactttgaagatgtaactgagc |
293 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
30265028 |
catgctataagtaagtacccagtgccaagtgccaacattgaaaatacaagtgcttagtgcatagtataatcaatggacaactttgaagatctaactgagc |
30264929 |
T |
|
| Q |
294 |
cagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaattgatgactctcaagctat |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30264928 |
cagtaagtccaagtggacaatatttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaattgatgactctcaagctat |
30264829 |
T |
|
| Q |
394 |
gtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtacgtacttttt-atgtgttttagtgtttatatttccttacata |
492 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30264828 |
gtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtacgtacttttttatgtgttttagtgtttatatttccttacata |
30264729 |
T |
|
| Q |
493 |
tctatcatataacaaatattaacatgtgcatgtgcatgcaaccatgtatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaa |
592 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
30264728 |
tttatcatataacaaatattaacatgtgcatatgcatgcaaccatgtatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggtaaa |
30264629 |
T |
|
| Q |
593 |
tccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaa |
692 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30264628 |
tccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcaagattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaa |
30264529 |
T |
|
| Q |
693 |
aggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttg |
792 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30264528 |
aggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttg |
30264429 |
T |
|
| Q |
793 |
gtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
848 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30264428 |
gtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
30264373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 848
Target Start/End: Original strand, 30286960 - 30287815
Alignment:
| Q |
1 |
acaatttttacccgttcaagagccacgtttatgatcaaaaggaaatgaaaatatattcaaatttgcaaattttatcttcttttttattttatgacaaaag |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
30286960 |
acaatttttacccgttcaagagccacgtttatgatcaaaaggaaatgaaaatatattcaaatttgcaaattttatcttcttttttattttaggacaaaag |
30287059 |
T |
|
| Q |
101 |
aagaggtgtgagactatgtaaaacaaattatggaaatataatgaaattgtgctggcatgaatgtcacaccaggtgtgaggatccaatcaaattgtgctgg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30287060 |
aagaggtgtgagactatgtaaaacaaattatggaaatataatgaaattgtgctggcatgaatgtcacaccagatgtgaggatccaatcaaattgtgctgg |
30287159 |
T |
|
| Q |
201 |
catgctataagtaagtacccagtgccaa-------cattgaaaatacaagtgcttagtgcatagtataatcaatggacaactttgaagatgtaactgagc |
293 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
30287160 |
catgctataagtaagtacccagtgccaagtgccaacattgaaaatacaagtgcttagtgcatagtataatcaatggacaactttgaagatctaactgagc |
30287259 |
T |
|
| Q |
294 |
cagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaattgatgactctcaagctat |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30287260 |
cagtaagtccaagtggacaatatttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaattgatgactctcaagctat |
30287359 |
T |
|
| Q |
394 |
gtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtacgtactttt-tatgtgttttagtgtttatatttccttacata |
492 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30287360 |
gtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtacgtacttttttatgtgttttagtgtttatatttccttacata |
30287459 |
T |
|
| Q |
493 |
tctatcatataacaaatattaacatgtgcatgtgcatgcaaccatgtatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaa |
592 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
30287460 |
tttatcatataacaaatattaacatgtgcatatgcatgcaaccatgtatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggtaaa |
30287559 |
T |
|
| Q |
593 |
tccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaa |
692 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30287560 |
tccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcaagattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaa |
30287659 |
T |
|
| Q |
693 |
aggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttg |
792 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30287660 |
aggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttg |
30287759 |
T |
|
| Q |
793 |
gtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
848 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30287760 |
gtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
30287815 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 452
Target Start/End: Original strand, 30280071 - 30280520
Alignment:
| Q |
6 |
ttttacccgttcaagagccacgtttatgatcaaaaggaaatgaaaatatattcaaatttgcaaattttatcttcttttttattttatgacaaaagaagag |
105 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
30280071 |
ttttacccgttcaagagccacgtttatgatcaaaaggaaatgaaaatatattcaaatttgcaaattttatcttcttttttattttaggacaaaagaagag |
30280170 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgtgagactatgtaaaacaaattatggaaatataatgaaattgtgctggcatgaatgtcacaccaggtgtgaggatccaatcaaattgtgctggcatgc |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30280171 |
gtgtgagactatgtaaaacaaattatggaaatataatgaaattgtgctggcatgaatgtcacaccagatgtgaggatccaatcaaattgtgctggcatgc |
30280270 |
T |
|
| Q |
206 |
tataagtaagtaccc-------agtgccaacattgaaaatacaagtgcttagtgcatagtataatcaatggacaactttgaagatgtaactgagccagta |
298 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
30280271 |
tataagtaagtacccagtgccaagtgccaacattgaaaatacaagtgcttagtgcatagtataatcaatggacaactttgaagatctaactgagccagta |
30280370 |
T |
|
| Q |
299 |
agtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaattgatgactctcaagctatgtatt |
398 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||| |
|
|
| T |
30280371 |
agtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatg-tttcggatttttagaattagaaattccaatggacgactctcaaacaatgtatt |
30280469 |
T |
|
| Q |
399 |
tgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtac |
452 |
Q |
| |
|
|| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30280470 |
tgttccaaaat---ttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtac |
30280520 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 539 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 30271576 - 30271268
Alignment:
| Q |
539 |
tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca |
638 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| | | |||||| | |||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
30271576 |
tatataggtgagagacaaagatggcaaaatgaaatggaaaaaggtagaggtgaagcctgaagatcatatgcacgttccaatattccctaaaagtgaatca |
30271477 |
T |
|
| Q |
639 |
attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt |
738 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || || | |
|
|
| T |
30271476 |
attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatacatttaattaaat |
30271377 |
T |
|
| Q |
739 |
atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatag |
838 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
|
|
| T |
30271376 |
atccaacaagaaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaag |
30271277 |
T |
|
| Q |
839 |
agctgatga |
847 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
30271276 |
agctgatga |
30271268 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 265 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 30271882 - 30271695
Alignment:
| Q |
265 |
aatggacaactttgaagatgtaactgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaatta |
364 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |
|
|
| T |
30271882 |
aatggacaactttgaatatgtaaccgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacaccacccctatgttcatatgttttcggatttttggaatca |
30271783 |
T |
|
| Q |
365 |
gaaattccaattgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtac |
452 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30271782 |
caaattccaattgatgattctcaaactatgtatttgttccaacatgtcttcttacctatcaatccacgtttctcctccataatggtac |
30271695 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 539 - 847
Target Start/End: Original strand, 30280613 - 30280921
Alignment:
| Q |
539 |
tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca |
638 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||| |||||| || || |||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
30280613 |
tatataggtgagagatcaagatggcaaaatgatgtggaaaaaaatagaggcgaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatca |
30280712 |
T |
|
| Q |
639 |
attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt |
738 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || || | |
|
|
| T |
30280713 |
attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaat |
30280812 |
T |
|
| Q |
739 |
atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatag |
838 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
|
|
| T |
30280813 |
atccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaag |
30280912 |
T |
|
| Q |
839 |
agctgatga |
847 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
30280913 |
agctgatga |
30280921 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 539 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 30304643 - 30304335
Alignment:
| Q |
539 |
tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca |
638 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||| |||||| || || |||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
30304643 |
tatataggtgagagatcaagatggcaaaatgatgtggaaaaaaatagaggcgaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatca |
30304544 |
T |
|
| Q |
639 |
attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt |
738 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || || | |
|
|
| T |
30304543 |
attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaat |
30304444 |
T |
|
| Q |
739 |
atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatag |
838 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
|
|
| T |
30304443 |
atccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaag |
30304344 |
T |
|
| Q |
839 |
agctgatga |
847 |
Q |
| |
|
|| |||||| |
|
|
| T |
30304343 |
agttgatga |
30304335 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 696 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 30048723 - 30048571
Alignment:
| Q |
696 |
acaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtg |
795 |
Q |
| |
|
|||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
30048723 |
acaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtg |
30048624 |
T |
|
| Q |
796 |
atggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
848 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
30048623 |
atggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat |
30048571 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 696 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 30063064 - 30062912
Alignment:
| Q |
696 |
acaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtg |
795 |
Q |
| |
|
|||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
30063064 |
acaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtg |
30062965 |
T |
|
| Q |
796 |
atggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
848 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
30062964 |
atggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat |
30062912 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 265 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 30304920 - 30304736
Alignment:
| Q |
265 |
aatggacaactttgaagatgtaactgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaatta |
364 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |
|
|
| T |
30304920 |
aatggacaactttgaagatgtaacagagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttttcggatttttagaatta |
30304821 |
T |
|
| Q |
365 |
gaaattccaattgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtac |
452 |
Q |
| |
|
||||||||||| || ||||||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30304820 |
gaaattccaatggacgactctcaaacaatgtatttgttccaaaat---ttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtac |
30304736 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 690 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 30032483 - 30032325
Alignment:
| Q |
690 |
gaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcac |
789 |
Q |
| |
|
||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30032483 |
gaaagaacaccacaagataaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgaagcttgcaccataatattcaaacttcatcatgcac |
30032384 |
T |
|
| Q |
790 |
ttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
848 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
30032383 |
ttggtgacggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat |
30032325 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 708 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 30228850 - 30228710
Alignment:
| Q |
708 |
aaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctc |
807 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30228850 |
aaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttaatcatgcacttggtgatggttactctc |
30228751 |
T |
|
| Q |
808 |
tcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
848 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
30228750 |
tcatgagtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat |
30228710 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 703 - 848
Target Start/End: Original strand, 30220209 - 30220354
Alignment:
| Q |
703 |
aagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggtta |
802 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30220209 |
aagataaacccctttgggaaattcatttgattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggtta |
30220308 |
T |
|
| Q |
803 |
ctctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat |
848 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
30220309 |
ctctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat |
30220354 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 333 - 441
Target Start/End: Original strand, 30219785 - 30219893
Alignment:
| Q |
333 |
tatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaattgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacg |
432 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| | || || | ||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
30219785 |
tatgttcatatgtttttgggtttctggaattagctattccaattgatgactcacaaactatgcctttgcttaaagatgtcttccttcctatcaatccacg |
30219884 |
T |
|
| Q |
433 |
cttctcctc |
441 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
30219885 |
tttctcctc |
30219893 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0024 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:
Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 714 - 826
Target Start/End: Complemental strand, 79679 - 79567
Alignment:
| Q |
714 |
ctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgg |
813 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| |||| || |||||||||| ||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
79679 |
ctttgggagatacatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgg |
79580 |
T |
|
| Q |
814 |
gtgctcttctttc |
826 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| |
|
|
| T |
79579 |
gtgcacttctttc |
79567 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 717 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 72612 - 72506
Alignment:
| Q |
717 |
tgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtg |
816 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| |||| || |||||||||| ||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
72612 |
tgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgggag |
72513 |
T |
|
| Q |
817 |
ctcttct |
823 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
72512 |
ctcttct |
72506 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 48; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 765 - 832
Target Start/End: Original strand, 2311381 - 2311448
Alignment:
| Q |
765 |
ataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtct |
832 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
2311381 |
ataatattcaaacttcaccatgcacttggagatggttattctctaatgggtgcacttctttcttgtct |
2311448 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University