View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19658_high_92 (Length: 249)

Name: NF19658_high_92
Description: NF19658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19658_high_92
NF19658_high_92
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-231)||(1505092-1505322)
chr5 (1-231)||(1478114-1478344)
chr5 (1-231)||(1482308-1482538)
chr5 (1-231)||(1492283-1492513)
chr5 (19-231)||(1499355-1499567)
chr5 (1-221)||(1509249-1509469)
chr5 (52-226)||(1486790-1486964)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-231)||(44128689-44128919)
chr1 (1-231)||(44132894-44133124)
chr1 (1-231)||(44141316-44141546)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (2-231)||(46706766-46706995)
chr7 (1-231)||(5284423-5284653)
chr7 (2-231)||(5289475-5289704)
chr7 (2-231)||(5310512-5310741)
chr7 (1-231)||(5302611-5302841)
chr7 (1-228)||(5315229-5315456)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-231)||(24163567-24163797)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (62-195)||(37859202-37859335)
chr3 (20-225)||(37863186-37863391)
chr3 (73-225)||(39030192-39030344)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (26-162)||(35250995-35251131)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1505322 - 1505092
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505322 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 1505223  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505222 gccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 1505123  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1505122 tgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 1505092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1478344 - 1478114
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  1478344 tccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattgttctca 1478245  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1478244 gccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgttggtacatcatatacctcttcacatatggacgaagacctaagagtttgg 1478145  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  1478144 tgagttggtaatcagcgccaggcatgtctac 1478114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1482538 - 1482308
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  1482538 tccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattattctca 1482439  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  1482438 gccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaagcatccttgttggtacatcatgtatctcttcacatatggacgaagacctaagagttttg 1482339  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  1482338 tgagttggtaatcggcaccaggcatgtctac 1482308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1492513 - 1492283
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  1492513 tccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttgttgttctca 1492414  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  1492413 gccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttag 1492314  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  1492313 tgagttgataatcggccccaggcatgtctac 1492283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1499567 - 1499355
Alignment:
Q  19 gtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaa 118  Q
    |||||||| |||||| || | ||||| || |||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  1499567 gtgagtattactaggtccacaaaatgagattgcagtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaa 1499468  T
Q  119 ccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatccgctc 218  Q
    | ||| || || ||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  1499467 cgaagtactgttccacctgcataacaccctagttggtacatcatgtaccttttcacatatgggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcac 1499368  T
Q  219 caggcatgtctac 231  Q
    |||||||||||||    
T  1499367 caggcatgtctac 1499355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 1509469 - 1509249
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| || |||    
T  1509469 tccaacaagactgtccaaatgagtatcaccagggccacaaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacacacgagcatcttggttattttca 1509370  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    ||||| ||||| ||||||  |||||| || |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||    
T  1509369 gccaaatcctttgccaaatgaagcacagtgccacctgcaaaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatatgggtgaagacctaaaagtttgg 1509270  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccag 221  Q
    | ||||| ||||  |||||||    
T  1509269 taagttgataatgagctccag 1509249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 52 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 1486964 - 1486790
Alignment:
Q  52 agtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgc 151  Q
    ||||||||| ||||| |  ||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||  || || || || |||||||| ||||||||     
T  1486964 agtgacttcagaacatattaccaacacaagagcatctttattgttctcagccaagtccttggcctaacgtagaacagtgccccctgcaaagcatccttgt 1486865  T
Q  152 tggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatccgctccaggcatg 226  Q
    ||||| ||||| ||||  |||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  1486864 tggtatatcatataccgtttcacatccgggcaaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatg 1486790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44128919 - 44128689
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  44128919 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttca 44128820  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    || || || || ||||||| ||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44128819 gctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttg 44128720  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44128719 tgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 44128689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44133124 - 44132894
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  44133124 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttca 44133025  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    || || || || ||||||| ||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44133024 gctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttg 44132925  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44132924 tgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 44132894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44141546 - 44141316
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  44141546 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttca 44141447  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    || || || || ||||||| ||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44141446 gctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttg 44141347  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44141346 tgagttggtaatcagctccaggcatgtctac 44141316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 46706766 - 46706995
Alignment:
Q  2 ccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcag 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46706766 ccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggcacctttgttgttctcag 46706865  T
Q  102 ccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggt 201  Q
    |||| || || ||||||| |||| |||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  46706866 ccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagaccgaagagttttgt 46706965  T
Q  202 gagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46706966 gagttggtaatcagctccaggcatgtctac 46706995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5284653 - 5284423
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5284653 tccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctca 5284554  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    || || || |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5284553 gctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttgg 5284454  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5284453 tgagttgataatcggctccaggcatgtctac 5284423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 5289475 - 5289704
Alignment:
Q  2 ccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcag 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5289475 ccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcag 5289574  T
Q  102 ccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggt 201  Q
    |||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  5289575 ccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgt 5289674  T
Q  202 gagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5289675 gagttgataatcggctccaggcatgtctac 5289704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5310741 - 5310512
Alignment:
Q  2 ccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcag 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5310741 ccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcag 5310642  T
Q  102 ccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggt 201  Q
    |||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||    
T  5310641 ccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaaggcccaagagttttgt 5310542  T
Q  202 gagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5310541 gagttgataatcagctccaggcatgtctac 5310512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5302841 - 5302611
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5302841 tccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccacgaaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaacacacgagcacctttgttgttctca 5302742  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    || |  || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5302741 gctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttgg 5302642  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||| ||||| ||| | |||||||||||    
T  5302641 tgagttgataatcagcttcgggcatgtctac 5302611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 5315456 - 5315229
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5315456 tccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctca 5315357  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    ||||| || || |||||||  |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5315356 gccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttgg 5315257  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtc 228  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5315256 tgagttgataatctgctccaggcatgtc 5315229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 24163567 - 24163797
Alignment:
Q  1 tccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctca 100  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| || || || | |||||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  24163567 tccaacaaggttgtctaagtgagtatcgcttggtccacaaaatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagaacctttgttgttctca 24163666  T
Q  101 gccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttgg 200  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |    
T  24163667 gccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatatacctttttacacatgggcgaagacctaagagttttg 24163766  T
Q  201 tgagttggtaatccgctccaggcatgtctac 231  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  24163767 tgagttggtaatcggcaccaggcatatctac 24163797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 195
Target Start/End: Original strand, 37859202 - 37859335
Alignment:
Q  62 gaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatca 161  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  37859202 gaacaaactaccaacacacgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgccaccagcaaaacaaccttgttggtacatca 37859301  T
Q  162 tgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagag 195  Q
    |||| | |||||||||||| ||||| || |||||    
T  37859302 tgtaacgcttcacatatggacgaaggcccaagag 37859335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 225
Target Start/End: Original strand, 37863186 - 37863391
Alignment:
Q  20 tgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaac 119  Q
    |||||||||||||| || || || || ||||||||||  || ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||    
T  37863186 tgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaac 37863285  T
Q  120 caagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatccgctcc 219  Q
     ||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || || || || ||    
T  37863286 gaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcacc 37863385  T
Q  220 aggcat 225  Q
    ||||||    
T  37863386 aggcat 37863391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 73 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 39030344 - 39030192
Alignment:
Q  73 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaaccaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| | |||  || || |||| |||||||| ||||| ||||||||||| || | |||     
T  39030344 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 39030245  T
Q  173 acatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatccgctccaggcat 225  Q
    |||||||| | ||| |||||||| || ||||| || || || |||||||||||    
T  39030244 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcat 39030192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 35251131 - 35250995
Alignment:
Q  26 tcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaaccaagca 125  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||  || ||||| || || |  ||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||| ||| |    
T  35251131 tcactagggccacgaaaagtcactgcagtgatctctgaacaaaccacaagaacacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaa 35251032  T
Q  126 ccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcat 162  Q
    || | ||||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  35251031 ccataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcat 35250995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University