View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19658_low_2 (Length: 759)

Name: NF19658_low_2
Description: NF19658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19658_low_2
NF19658_low_2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-759)||(33228707-33229467)
chr1 (326-444)||(6552123-6552241)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 759
Target Start/End: Original strand, 33228707 - 33229467
Alignment:
Q  1 aatatgatagagatacccttttcagccttgtctccaacatcatctctgcatcaactcagacttctgcaactaattctggacttaacgtaattaattaacc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33228707 aatatgatagggatacccttttcaaccttgtctccaacatcatctctgcatcaactcagacttctggaactaattctggacttaacgtaattaattaacc 33228806  T
Q  101 tttccacttatacattttaataagttttgcaacttactttatattatttatataatgtnnnnnnnnnnnn--tattttattgtgcaatttaattgttttc 198  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33228807 tttc-acttatacattttaataagttttgcaacttactttatattatttatataatgtcacacacacacacatattttattgtgcaatttaattgttttc 33228905  T
Q  199 agactcagatttctttcaaaccagacttctctgtcctgaagaggatttcttgtcaggttagttgtcaatgtcatttaagttgttattttatactttgcat 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33228906 agactcagatttctttcaaaccagacttctctgtcctgaagaggatttcttgtcaggttagttgtcaatgtcatttaagttgttattttatactttgcat 33229005  T
Q  299 ttatgataataatnnnnnnnttctaccggttaataaggataatttagtaaaatcaccatcttgtttcttccgtctatcatcttttattaatctgtatgaa 398  Q
    ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33229006 ttatgataataaaaaaaaaattctaccggttaataaggataatttagtaaaatcaccatcttgtctctttggtctatcatcttttattaatctgtatgaa 33229105  T
Q  399 atggtcaaa-tgcgacaattattgtgcgacagagagagtatgatatactgttgctaaatatgacagatgataacgacgcgtggcaccgcagaatgtgcac 497  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33229106 atggtcaaaatgcgacaattattgtgcgacagagagagtatgatatactgttgctaaatatgacagatgataacgacgcgtggcacagcagaatgtgcac 33229205  T
Q  498 accagacaacaatgtgggttctccatcacctcagaggcttctcttgggaagcaaaagcattgataactctagttgcattctcttgggagtatggtgcaat 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  33229206 accagacaacaatgtgggttctccatcacctcagaggcttctcttgggaagcaaaagcattgataactctagctgcattctctttggagtatggtgcaat 33229305  T
Q  598 tatgcatcttcataggattcaatcatcagacacacttggaaactcattgaagcaacttagccaagttcaattcagaaaggttcctgccgatataactgaa 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33229306 tatgcatcttcataggattcaatcatcagacacacttggaaactcattgaagcaacttagccaagttcaattcagaaaggttcctgccgatataactgaa 33229405  T
Q  698 cttgtcacattcttattgcaagtgttacaagacattaaaacttgtgcagcatggtctgcttt 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33229406 cttgtcacattcttattgcaagtgttacaagacattaaaacttgggcagcatggtctgcttt 33229467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 326 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 6552241 - 6552123
Alignment:
Q  326 ggttaataaggataatttagtaaaatcaccatcttgtttcttccgtctatcatcttttattaatctgtatgaaatggtcaaatgcgacaattattgtgcg 425  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||  | |||||| | | | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| | |    
T  6552241 ggttaataaggataatatagtacaatcaccattctctttctttcatttgtcatcttttcttaatctgtgtgaaatggtcaaatgtgacagttattgaggg 6552142  T
Q  426 acagagagagtatgatata 444  Q
    ||| || |||||| |||||    
T  6552141 acaaagggagtataatata 6552123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University