View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19659_low_1 (Length: 520)

Name: NF19659_low_1
Description: NF19659
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19659_low_1
NF19659_low_1
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (4-501)||(19975169-19975666)
chr8 (4-501)||(21017167-21017664)
chr8 (155-501)||(19974661-19975015)
chr8 (155-501)||(21017818-21018172)
chr8 (269-500)||(27859933-27860164)
chr8 (1-180)||(27860239-27860422)
[»] scaffold0417 (2 HSPs)
scaffold0417 (269-500)||(5046-5274)
scaffold0417 (39-123)||(4821-4905)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (269-419)||(8229621-8229771)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 19975666 - 19975169
Alignment:
Q  4 aagagaaggttcttccaattaataaagggaaaaaattgaactttcgcagaagcagtccacgcaaggatcgaaaacaaaggataatccctctggcattggc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19975666 aagagaaggttcttccaattaataaagggaaaaaactgaactttcacagtagcagtccacgcaaggatggaaagcaaaggataatccctctggcattggc 19975567  T
Q  104 tcctctaaggattttgaggcttcgatatgagccgctctttctccccatgtgagcaggaggtgcacacagaccatggagttaaggttgcaaacatacacac 203  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19975566 tcctctaaagattttgaggcttcgatacgagccgctctttctccccatgtcagcaggaggtgcacgcagaccatggagctaaggttgcaaacatacacac 19975467  T
Q  204 atatagcgttaagctacctgttactcaacattaccattcatcagaccatattgatgcacatgtatttatttctattgatacagtcccacaacatattgaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19975466 atatagcgttaagctacctgttactcagcattagcagtcatcagaccatattgatgcgcatgtatttatttctattgatacagtcccacaacatattgaa 19975367  T
Q  304 aagtctcagactatgtttcatatgacttgacataacatctctgatgagctagttagacaacaatcaccattacatggcatgaccttagtgcatactgccc 403  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19975366 aagtctcagactacgtttcatatgacttgacataacgtctctgatgagctagttaggcaacaatcaccattacatggcatgaccttagtgcatactaccc 19975267  T
Q  404 atggtgttcagtcggttctcactttggctacaaactttgtgctagatattcagaatactactactggtcctgatgacccgatggatacagttctacag 501  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19975266 atggtgttcagccggttctcacttttgctagaaactttgtgctagatattcagaatactactactggtcctgatgacccgatggatacagttctacag 19975169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 501
Target Start/End: Original strand, 21017167 - 21017664
Alignment:
Q  4 aagagaaggttcttccaattaataaagggaaaaaattgaactttcgcagaagcagtccacgcaaggatcgaaaacaaaggataatccctctggcattggc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21017167 aagagaaggttcttccaattaataaagggaaaaaactgaactttcacagtagcagtccacgcaaggatggaaagcaaaggataatccctctggcattggc 21017266  T
Q  104 tcctctaaggattttgaggcttcgatatgagccgctctttctccccatgtgagcaggaggtgcacacagaccatggagttaaggttgcaaacatacacac 203  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21017267 tcctctaaagattttgaggcttcgatacgagccgctctttctccccatgtcagcaggaggtgcacgcagaccatggagctaaggttgcaaacatacacac 21017366  T
Q  204 atatagcgttaagctacctgttactcaacattaccattcatcagaccatattgatgcacatgtatttatttctattgatacagtcccacaacatattgaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21017367 atatagcgttaagctacctgttactcagcattagcagtcatcagaccatattgatgcgcatgtatttatttctattgatacagtcccacaacatattgaa 21017466  T
Q  304 aagtctcagactatgtttcatatgacttgacataacatctctgatgagctagttagacaacaatcaccattacatggcatgaccttagtgcatactgccc 403  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21017467 aagtctcagactacgtttcatatgacttgacataacgtctctgatgagctagttaggcaacaatcaccattacatggcatgaccttagtgcatactaccc 21017566  T
Q  404 atggtgttcagtcggttctcactttggctacaaactttgtgctagatattcagaatactactactggtcctgatgacccgatggatacagttctacag 501  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21017567 atggtgttcagccggttctcacttttgctagaaactttgtgctagatattcagaatactactactggtcctgatgacccgatggatacagttctacag 21017664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 155 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 19975015 - 19974661
Alignment:
Q  155 agcaggaggtgcacacagaccatggagttaaggttgcaaacatacacacatatagcgttaagctacctgttactcaacattaccattcatcagaccatat 254  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||  |||||||||    
T  19975015 agcaggaggtgcacgcagaccatggagttgagttagcaaacagacacatagatagcgttaagctaccggttactcagcattagcagccaatagaccatat 19974916  T
Q  255 tgatgcacatgtattt------atttctattgatacagtcccacaacatattgaaaagtctcagactatgtttcatatgacttgacataacatctctgat 348  Q
    |||||| ||  |||||      |||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||  || ||||||||||||||||    
T  19974915 tgatgcgcaaatattttcttttatttctattgatacaaccccacaacatattgaaatatctcagactacatttcatatgtttttacataacatctctgat 19974816  T
Q  349 gagctagttagacaacaatcaccattacatg--gcatgaccttagtgcatactgcccatggtgttcagtcggttctcactttggctacaaactttgtgct 446  Q
    | ||||||||| ||||||||| |||||||||   ||  | |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||||| |||||||||     
T  19974815 gtgctagttaggcaacaatcatcattacatgacacaaaaacttagtgcatactgcccatggtgtccaactggttctcacgttggctacatactttgtgcc 19974716  T
Q  447 agatattcagaatactactactggtcctgatgacccgatggatacagttctacag 501  Q
    |||||||||||||| ||||  |||| || |||||| | ||||| |||||||||||    
T  19974715 agatattcagaatattactgttggttctaatgacctggtggatccagttctacag 19974661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 155 - 501
Target Start/End: Original strand, 21017818 - 21018172
Alignment:
Q  155 agcaggaggtgcacacagaccatggagttaaggttgcaaacatacacacatatagcgttaagctacctgttactcaacattaccattcatcagaccatat 254  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||  |||||||||    
T  21017818 agcaggaggtgcacgcagaccatggagttgagttagcaaacagacacatagatagcgttaagctaccggttactcagcattagcagccaatagaccatat 21017917  T
Q  255 tgatgcacatgtattt------atttctattgatacagtcccacaacatattgaaaagtctcagactatgtttcatatgacttgacataacatctctgat 348  Q
    |||||| ||  |||||      |||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||  || ||||||||||||||||    
T  21017918 tgatgcgcaaatattttcttttatttctattgatacaaccccacaacatattgaaatatctcagactacatttcatatgtttttacataacatctctgat 21018017  T
Q  349 gagctagttagacaacaatcaccattacatg--gcatgaccttagtgcatactgcccatggtgttcagtcggttctcactttggctacaaactttgtgct 446  Q
    | ||||||||| ||||||||| |||||||||   ||  | |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||||| |||||||||     
T  21018018 gtgctagttaggcaacaatcatcattacatgacacaaaaacttagtgcatactgcccatggtgtccaactggttctcacgttggctacatactttgtgcc 21018117  T
Q  447 agatattcagaatactactactggtcctgatgacccgatggatacagttctacag 501  Q
    |||||||||||||| ||||  |||| || |||||| | ||||| |||||||||||    
T  21018118 agatattcagaatattactgttggttctaatgacctggtggatccagttctacag 21018172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 269 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 27860164 - 27859933
Alignment:
Q  269 ttatttctattgatacagtcccacaacatattgaaaagtctcagactatgtttcatatgacttgacataacatctctgatgagctagttagacaacaatc 368  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||| || |||||||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  27860164 ttatttctattgatacaaccccgcaacatattgaaaagtttcagactttgcttcatatgtcgtcacataacgtctctaatgagctagttatgcaacaatc 27860065  T
Q  369 accattacatggcatgaccttagtgcatactgcccatggtgttcagtcggttctcactttggctacaaactttgtgctagatattcagaatactactact 468  Q
    || |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||    
T  27860064 actattacatgacatgaccttagtgcaggctgcccatggtgtccattcggttctcactttggctacaaactttgtgccaagtattcagaatattactact 27859965  T
Q  469 ggtcctgatgacccgatggatacagttctaca 500  Q
    |||| ||| |||||| ||||| || |||||||    
T  27859964 ggtcatgaagacccggtggatccaattctaca 27859933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 27860422 - 27860239
Alignment:
Q  1 aacaagagaaggttcttccaattaataaaggg---aaaaaattgaactttcgcagaagcagtccacgcaaggatcgaaaacaaaggataatccctctggc 97  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| ||   |||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||| ||||  |||||||||||||||  ||    
T  27860422 aacaagagaaggttcttccagttgataaaagggaaaaaaaattgaactttcacagaagcggtccacacatggatggaaagtaaaggataatccctccagc 27860323  T
Q  98 attggctcctctaaggattttgaggcttcgatatgagccgctctttctccccat-gtgagcaggaggtgcacacagaccatgga 180  Q
    || ||||||||||  |  ||||||||||| |||  ||| |||| ||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||    
T  27860322 ataggctcctctacagcctttgaggcttcaatacaagctgctccttctccccatcatcagcaggaggtgcacgcagaccatgga 27860239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0417 (Bit Score: 59; Significance: 9e-25; HSPs: 2)
Name: scaffold0417
Description:

Target: scaffold0417; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 269 - 500
Target Start/End: Original strand, 5046 - 5274
Alignment:
Q  269 ttatttctattgatacagtcccacaacatattgaaaagtctcagactatgtttcatatgacttg-----acataacatctctgatgagctagttagacaa 363  Q
    |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||  |||     ||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  5046 ttatttctattgatacatccccgtaacatattgaaaagtctcaaacttcgtttcatatg--ttgttacaacataacgtctttgatgagctagttaagcaa 5143  T
Q  364 caatcaccattacatggcatgaccttagtgcatactgcccatggtgttcagtcggttctcactttggctacaaactttgtgctagatattcagaatacta 463  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||        || || |||| |||||||||||| |||||||||  |||||| || ||| ||    
T  5144 caatcaccattacatgacatgaccttagtgcagactgtcca------ctagccgattcttactttggctacagactttgtgccggatatttagtatatta 5237  T
Q  464 ctactggtcctgatgacccgatggatacagttctaca 500  Q
     | |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  5238 ttgctggtcttgatgacccgttggatccagttataca 5274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0417; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 123
Target Start/End: Original strand, 4821 - 4905
Alignment:
Q  39 ttgaactttcgcagaagcagtccacgcaaggatcgaaaacaaaggataatccctctggcattggctcctctaaggattttgaggc 123  Q
    |||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| | |||||||||    
T  4821 ttgaactttcacataagcagtccaggcaaggatggaaagaaaaggataatccctccgacataggctcctctaaagcttttgaggc 4905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 269 - 419
Target Start/End: Original strand, 8229621 - 8229771
Alignment:
Q  269 ttatttctattgatacagtcccacaacatattgaaaagtctcagactatgtttcatatgacttgacataacatctctgatgagctagttagacaacaatc 368  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||   | ||||||| | |  | ||||| |||||| ||||| ||    
T  8229621 ttatttatattgatacagccccataacatattgaaaagtctcagacttcatttcatatgtggttacataacgtttaagttgagccagttaggcaacagtc 8229720  T
Q  369 accattacatggcatgaccttagtgcatactgcccatggtgttcagtcggt 419  Q
    ||||||||||| || ||||||||| || ||| ||| |||||| ||| ||||    
T  8229721 accattacatgacacgaccttagtacagactccccgtggtgtccagccggt 8229771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University