View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19663_high_1 (Length: 647)

Name: NF19663_high_1
Description: NF19663
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19663_high_1
NF19663_high_1
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (14-630)||(28331328-28331943)
chr7 (92-630)||(28296787-28297325)
chr7 (84-619)||(28320860-28321395)
chr7 (92-619)||(28310286-28310813)
chr7 (116-619)||(28287912-28288415)
chr7 (221-353)||(28336389-28336523)
chr7 (538-619)||(28304683-28304765)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 28331943 - 28331328
Alignment:
Q  14 aatatatataaccaatggaaaggggaaaagcgatgaagatataaaccacctccctcaaaaacaaaatagccatgaaccaccaaacacttctactagtggt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331943 aatatatataaccaatggaaagggcaaaagcgat-aagatataaactacctccctcaaaaacaaaatagccatgaaccaccaaacacttctactagtggt 28331845  T
Q  114 tacctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaagcttccaccagggccaaacccatttcccata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331844 tacctttgcaagtgcaagcattctcatctttattattagaaaagttaaacaaacccaaaattccaccaagcttccaccagggccaaacccatttcccata 28331745  T
Q  214 attggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatgacattaaaactaggaacattaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331744 attggaaacatcttagaacttggcaaaaacccacacaaggcactcacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatgacattaaaactaggaacattaa 28331645  T
Q  314 caaccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtagtctcggatgcaatttgtgcact 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331644 caaccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtagtctcggatgcaatttgtgcact 28331545  T
Q  414 tgatcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacacaagtattttctacaaaaatgctt 513  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331544 tgatcatcacaaattctcaataggaacacttccaacattagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacacaagtattttctacaaaaatgctt 28331445  T
Q  514 gactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagaggtttttgatattggtgaggctg 613  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331444 gactcaacaaaaatccttcgtcaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagaggtttttgatattggtgaggctg 28331345  T
Q  614 tttttaatactgttctt 630  Q
    ||||||| |||||||||    
T  28331344 tttttaacactgttctt 28331328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 92 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 28297325 - 28296787
Alignment:
Q  92 accaaacacttctactagtggttacctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaagcttccacc 191  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |    || ||| |||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28297325 accaaacacttctactagtgattacctctttgtgtacaaccattctcatcttcattcttagaaaattaatccaaacccaaaattctactaaacttccacc 28297226  T
Q  192 agggccaaacccatttcccataattggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatg 291  Q
    ||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  28297225 agggccatacccacttcccatcataggaaacatcttagaacttggcaaaaacccacataaggcactcacaaaactctcacaaaactatggaccaatcatg 28297126  T
Q  292 acattaaaactaggaacattaacaaccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtag 391  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||   |    
T  28297125 acactaaaactaggaacaataacaaccatagtaatttcatctccacaagtagccaaacaagccttacatgaaaattcccaaatcttctctaatagaactg 28297026  T
Q  392 tctcggatgcaatttgtgcacttgatcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacaca 491  Q
    |  |  ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |    
T  28297025 ttccacatgcacttagtgcagttgatcatgacaaattctcaattgggtggcttccaacattagctttatggaagaaactaaggaaaagttgtgccacaaa 28296926  T
Q  492 agtattttctacaaaaatgcttgactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagag 591  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28296925 tgtattttctaaaaaaatgcttgactcaacaaaaaaccttcgccaacaaaagttgcaagaattattggattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggtgag 28296826  T
Q  592 gtttttgatattggtgaggctgtttttaatactgttctt 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28296825 gtttttgatattggtgaggctgtttttaacactgttctt 28296787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 84 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 28321395 - 28320860
Alignment:
Q  84 catgaaccaccaaacacttctactagtggttacctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaag 183  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||   || |||||||||||||| |||||     
T  28321395 catggaccatcaaacacttctactagtgatttcctttgtaagtgcaaccattctcatcttcattcttagaaaatcaaaccaaacccaaaattctactaaa 28321296  T
Q  184 cttccaccagggccaaacccatttcccataattggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggac 283  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||    
T  28321295 cttccaccagggccaaagccacttcccatcattggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcattaacaaaactctcaaaaatctatggac 28321196  T
Q  284 caatcatgacattaaaactaggaacattaacaaccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaa 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||    
T  28321195 caatcatgacattaaaactaggaagcataacaaccatagtgatctcttccccacaagtagccaaacaagttttacatgacaattctcaaatcttttcaaa 28321096  T
Q  384 tagagtagtctcggatgcaatttgtgcacttgatcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgt 483  Q
    ||||   ||| |  ||||||| | |||| |||||||| ||||||||||| | |||    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28321095 tagaactgtcccacatgcaatctctgcagttgatcatgacaaattctcagttgggtgggttccaacattaaatttgtggaagaaactaaggaaaagttgt 28320996  T
Q  484 gctacacaagtattttctacaaaaatgcttgactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaaca 583  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28320995 gctacaaaagtattttctacaaaaatgcttgactcaacaagaaaccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagtaaca 28320896  T
Q  584 aaggagaggtttttgatattggtgaggctgttttta 619  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28320895 aaggtgaggtttttgatattggtgaagctgttttta 28320860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 92 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 28310813 - 28310286
Alignment:
Q  92 accaaacacttctactagtggttacctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaagcttccacc 191  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| |    |||| |||||||||||||| ||| ||| |||| | || ||||| |||||||| || || ||||||||    
T  28310813 accaaacacttctactggtgattacctctttgtgtgcgagcattctcatcttcatttttaaaaaattaaaccaaactcaaaattctacaaaacttccacc 28310714  T
Q  192 agggccaaacccatttcccataattggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatg 291  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||| | |||||||||||| |||    
T  28310713 agggccaaaaccacttcccatcataggaaacatcttacaacttggcaaaaatccacacaggacactcacaaatctctcaaacatctatggaccaattatg 28310614  T
Q  292 acattaaaactaggaacattaacaaccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtag 391  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||   |    
T  28310613 acactaaaactaggaacattaacaaccatagtaatctcatcacctcaactagccaaacaagttttacatgaaaattctcaaatcttctctaatagaactg 28310514  T
Q  392 tctcggatgcaatttgtgcacttgatcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacaca 491  Q
    || |  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||  ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  28310513 tcccacatgcactttgtgcacttgatcatgacaaattatcaattgggatgcttccaacattagcttcatggaagaaactaaggaaattttgtgctacaaa 28310414  T
Q  492 agtattttctacaaaaatgcttgactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagag 591  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  28310413 agtattttctacaaaagtacttgactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagtaagaaaggtgag 28310314  T
Q  592 gtttttgatattggtgaggctgttttta 619  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||    
T  28310313 atttttgatattggtgcggctgttttta 28310286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 116 - 619
Target Start/End: Original strand, 28287912 - 28288415
Alignment:
Q  116 cctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaagcttccaccagggccaaacccatttcccataat 215  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||| | || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  28287912 cctttgtaagtgcaagcatcctcatcctcattcttagaaaattaaaccaaactcaaaattctacaaaacttccaccagggccaaagccacttcccatcat 28288011  T
Q  216 tggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatgacattaaaactaggaacattaaca 315  Q
     |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||| ||||| |||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  28288012 aggaaacatcttacaacttggcaaaaacccacacaggacactcacaaatctctcaaacatctatggaccaattatgacactaaaactaggaacattaaca 28288111  T
Q  316 accatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtagtctcggatgcaatttgtgcacttg 415  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||   ||| |  |||||||   ||||||||    
T  28288112 accatagtaatttcatcaccacaattagccaaacaagttttacatgaaaattctcaaatcttctcaaatagaactgtcccacatgcaatacatgcacttg 28288211  T
Q  416 atcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacacaagtattttctacaaaaatgcttga 515  Q
    ||||| ||||||||||| | |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28288212 atcataacaaattctcacttgggtggcttccaacattagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacaaaagtattttctacaaaaatgcttga 28288311  T
Q  516 ctcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagaggtttttgatattggtgaggctgtt 615  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| || |||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  28288312 ctcaacaaaaaacattcgccaacaaaagttacaagtattattggattatgtaaaggaaaaatgcaacaaaggtgaagcttttgatattggtgaggctgtt 28288411  T
Q  616 ttta 619  Q
    ||||    
T  28288412 ttta 28288415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 221 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 28336523 - 28336389
Alignment:
Q  221 acatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaa---ctctcaaaaacctatggaccaatcatgacattaaaactagg-aacattaacaa 316  Q
    |||||| ||||||| | ||||| ||||||||| |||| ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||     
T  28336523 acatctcagaactttg-aaaaacccacacaagtcactcacaaaaaaactctctaaaatctacggaccaatcatgacactaaaacttggcaacat-aacat 28336426  T
Q  317 ccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagt 353  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  28336425 ccatagtaatctcatccccacaactaaccaaacaagt 28336389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 538 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 28304765 - 28304683
Alignment:
Q  538 caaaagttgcaagaatta-ttagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagaggtttttgatattggtgaggctgttttta 619  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||||||||| |||||| || ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28304765 caaaagttaaaagaattaattggattatgtgaaagaaaaaggctacaaaggtgaagtttttgatattggtgatgctgttttta 28304683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University