View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19664_high_1 (Length: 712)
Name: NF19664_high_1
Description: NF19664
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19664_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 388
Target Start/End: Original strand, 17110925 - 17111305
Alignment:
| Q |
10 |
attattctcttcatgatgtgattatttcagaattagaaggcatgcataagctatttcatattgattgatgaatgctccatttgattttttcgcaatacag |
109 |
Q |
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| T |
17110925 |
attattctcttcatgatgtgattatttcagaattaaaaggcatgcataagctatttcatattgattgatgaatgctccatttgattttttcgcaatacag |
17111024 |
T |
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| Q |
110 |
gttagaaggaaatccagtgagactttggtttgcttaaacattacaggaagaactttttgcttattcaagtgttggtttttggttctgattcaagtgttgg |
209 |
Q |
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| T |
17111025 |
gttagaaggaaatccagtgagagtttggtttgcttaaacattacaggaagaactttttgcttattcaagtgttggtttttggttctgattcaagtgttgg |
17111124 |
T |
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| Q |
210 |
tttcatattgtgtgtcatgtaccgagaaattatttgatgagaatatttgcaactcttagagatacataaccactattactttgacttgcatattttggat |
309 |
Q |
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| T |
17111125 |
tttcatattgtgtgtcatgtactgagaaattatttgatgagaatatttgcaactcttagagatacataaccactattactttgacttgcatattttggat |
17111224 |
T |
|
| Q |
310 |
tttgggttatgtatgatcagtattttgggtcatgaatggatcatttagtggctaatctcac--ttggaatgaccattattt |
388 |
Q |
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| T |
17111225 |
tttgggtcatgtatgatcagtattttgggtcatgtatggatcatttagtggctaatctcacttttgcaatgaccattattt |
17111305 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 386 - 698
Target Start/End: Original strand, 17111356 - 17111676
Alignment:
| Q |
386 |
tttgcttgaccaatgttaacaagcaagtagctaaccattattatatgatgatgttgatggttagttagg-atatattatatagaagataaacattatgta |
484 |
Q |
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| T |
17111356 |
tttgcttgaccaatgttaacaagtaagtagctaaccattattatatgatgatgttgatggttagttagggatatattatatagaagataaacattacgta |
17111455 |
T |
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| Q |
485 |
ac--------gatatggggccattcaaataggtggccctatgagagccagctactaaggttattttaggatgtgttcaatggtgacagcaaaatgctttc |
576 |
Q |
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| T |
17111456 |
acaccgtaatgatatgggaccattcaaatagatggccctatgaaagccagctactaaggttattttaggatgtgttcaatg-tgacagcaaaatgctttc |
17111554 |
T |
|
| Q |
577 |
ccatttttgtggtttggattatgaattatgagtcattatggataagtcataactaaacatatatcacatcttcaacaacagttataacaacagctagatc |
676 |
Q |
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| T |
17111555 |
ccatttttgtggtttggattatgaattgtgagtcattatggataagtcataactaaacatatatcacatcttcaacaacagttataacaacagctagatc |
17111654 |
T |
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| Q |
677 |
aagaaaaaccacccttcttttt |
698 |
Q |
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| T |
17111655 |
aagaaaaaccacccttcttttt |
17111676 |
T |
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