View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1966_low_7 (Length: 463)

Name: NF1966_low_7
Description: NF1966
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1966_low_7
NF1966_low_7
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (26-445)||(21150615-21151034)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (47-443)||(22888993-22889389)
chr7 (26-443)||(22814707-22815124)
chr7 (26-438)||(22830711-22831123)
chr7 (26-434)||(22839732-22840140)
chr7 (45-444)||(22858158-22858560)
chr7 (49-397)||(22880294-22880642)
chr7 (45-434)||(22809340-22809732)
chr7 (47-434)||(22875623-22876004)
chr7 (45-434)||(22893652-22894032)
chr7 (47-434)||(22897973-22898351)
chr7 (45-258)||(22885324-22885537)
chr7 (47-441)||(22805019-22805404)
chr7 (47-433)||(22913375-22913755)
chr7 (47-321)||(22825959-22826224)
chr7 (305-443)||(22885556-22885691)
chr7 (393-445)||(22922209-22922261)
chr7 (389-443)||(22933332-22933386)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (378-436)||(15628278-15628336)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 21151034 - 21150615
Alignment:
Q  26 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151034 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 21150935  T
Q  126 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150934 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 21150835  T
Q  226 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150834 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 21150735  T
Q  326 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatca 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21150734 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatca 21150635  T
Q  426 tcaaactcaaaatcttgaac 445  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  21150634 tcaaactcaaaatcttgaac 21150615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 47 - 443
Target Start/End: Original strand, 22888993 - 22889389
Alignment:
Q  47 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  22888993 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatatactgagaagctaccattaaccctgttgaagatgag 22889092  T
Q  147 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 246  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||| ||  ||||||||| ||||| |    
T  22889093 aatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggtg 22889192  T
Q  247 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatc 346  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||  | ||| | |    
T  22889193 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgaccataacc 22889292  T
Q  347 atcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttga 443  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  22889293 atcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattttga 22889389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 26 - 443
Target Start/End: Original strand, 22814707 - 22815124
Alignment:
Q  26 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 125  Q
    ||||| |||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  22814707 ctcagcaaatactgttagcttaggaagttcagatatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccacccaagaatataatgagaagctaca 22814806  T
Q  126 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||     
T  22814807 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattac 22814906  T
Q  226 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 325  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||  | |||||||| ||||||||||| || |||||| ||||| || ||||||||||    
T  22814907 tagcaccaacactcattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataa 22815006  T
Q  326 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatca 425  Q
     ||  |||||  | ||| ||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  22815007 ctccctgaattgaccatgatcattataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatca 22815106  T
Q  426 tcaaactcaaaatcttga 443  Q
    |||||||  |||||||||    
T  22815107 tcaaactgcaaatcttga 22815124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 26 - 438
Target Start/End: Original strand, 22830711 - 22831123
Alignment:
Q  26 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 125  Q
    ||||| ||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22830711 ctcagcaaatactctttctccaggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgca 22830810  T
Q  126 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 225  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||  || |||||| | |     
T  22830811 atgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgac 22830910  T
Q  226 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 325  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||    
T  22830911 taaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataa 22831010  T
Q  326 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatca 425  Q
    ||   |||||| | || ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||    
T  22831011 attcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatca 22831110  T
Q  426 tcaaactcaaaat 438  Q
    |||||||||||||    
T  22831111 tcaaactcaaaat 22831123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 26 - 434
Target Start/End: Original strand, 22839732 - 22840140
Alignment:
Q  26 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 125  Q
    ||||| ||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22839732 ctcagcaaatactctttctccaggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgca 22839831  T
Q  126 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 225  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||  || |||||| | |     
T  22839832 atgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgac 22839931  T
Q  226 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 325  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||  | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  22839932 taaaaccaacactaaatggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataa 22840031  T
Q  326 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatca 425  Q
    |||  |||||| || ||  ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  22840032 atccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatca 22840131  T
Q  426 tcaaactca 434  Q
    |||||||||    
T  22840132 tcaaactca 22840140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 45 - 444
Target Start/End: Original strand, 22858158 - 22858560
Alignment:
Q  45 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatg 144  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||| ||||||||||    
T  22858158 tcaggaagtttagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgggaagctacaattaccccggttgaagatg 22858257  T
Q  145 agaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttt---tttattaaaaccaacactaat 241  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||      |||| |||||| | ||||    
T  22858258 agaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacattacaaccaaaattaat 22858357  T
Q  242 tggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatca 341  Q
    ||||||||| ||||||| ||| || |||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||| | ||    
T  22858358 tggagctaatgtaacatcaatatttttcttcactccatcatattctatccatacctgcataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgacca 22858457  T
Q  342 ttatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatctt 441  Q
     || ||| ||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22858458 atagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatcatcaaactcaagatctt 22858557  T
Q  442 gaa 444  Q
    |||    
T  22858558 gaa 22858560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 49 - 397
Target Start/End: Original strand, 22880294 - 22880642
Alignment:
Q  49 gaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgagaa 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||    
T  22880294 gaagctcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagctaaaattaaccttgttgaagatgataa 22880393  T
Q  149 tccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggagct 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  22880394 tccaacatacatactattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaacactaatcggagct 22880493  T
Q  249 aaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatcat 348  Q
    || ||||| | |||||| |||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  22880494 aatgtaacctcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcat 22880593  T
Q  349 cataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatc 397  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  22880594 cataatatcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatcattgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 45 - 434
Target Start/End: Original strand, 22809340 - 22809732
Alignment:
Q  45 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatg 144  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||   | |||||||||||||    
T  22809340 tcaggaagtttagagatatcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagatagaatagaacctgttgaagatg 22809439  T
Q  145 agaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggtttttta---ttaaaaccaacactaat 241  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||   |   |||||||||||| ||||    
T  22809440 agaatccaacatacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacattaat 22809539  T
Q  242 tggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatca 341  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   | ||  ||||||  | ||    
T  22809540 tggagctaaagtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttgaattgacca 22809639  T
Q  342 ttatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactca 434  Q
    |||  ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  22809640 ttactatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactca 22809732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 47 - 434
Target Start/End: Original strand, 22875623 - 22876004
Alignment:
Q  47 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 146  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||    
T  22875623 aggaagttcagagatttcaagggtttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctaaaattaaacctgttgaagatgag 22875722  T
Q  147 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 246  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||      || | ||   |||||||    
T  22875723 aatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttatt------actagcatctattggag 22875816  T
Q  247 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatc 346  Q
    |||||||||||| |||||| || ||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||  ||    
T  22875817 ctaaagtaacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattc 22875916  T
Q  347 atcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactca 434  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  22875917 atcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactca 22876004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 45 - 434
Target Start/End: Original strand, 22893652 - 22894032
Alignment:
Q  45 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatg 144  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  || | | || || |  ||||    
T  22893652 tcaggaagttcagagattacaaggttttgagcttgaccattaatcttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaaatgaaccagtagctgatg 22893751  T
Q  145 agaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattgg 244  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||    
T  22893752 aaaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattgg 22893842  T
Q  245 agctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcatta 344  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  || ||  ||||||  | |||||    
T  22893843 agctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaattgaccatta 22893942  T
Q  345 tcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactca 434  Q
     |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22893943 ccatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactca 22894032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 47 - 434
Target Start/End: Original strand, 22897973 - 22898351
Alignment:
Q  47 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 146  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || | | || || |  |||||     
T  22897973 aggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaa 22898072  T
Q  147 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 246  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||    
T  22898073 aatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 22898163  T
Q  247 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatc 346  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||  ||||  |||| |  | ||||| |    
T  22898164 ctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaac 22898263  T
Q  347 atcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactca 434  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  22898264 atcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactca 22898351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 45 - 258
Target Start/End: Original strand, 22885324 - 22885537
Alignment:
Q  45 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatg 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22885324 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttggctattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctacaattaaccctgttgaagatg 22885423  T
Q  145 agaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattgg 244  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| | | |||||||||||||||||||    
T  22885424 agaatccaacatacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttatcactaaaaccaacactaattgg 22885523  T
Q  245 agctaaagtaacat 258  Q
    ||||||||||||||    
T  22885524 agctaaagtaacat 22885537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 47 - 441
Target Start/End: Original strand, 22805019 - 22805404
Alignment:
Q  47 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 146  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805019 aggaaattgagagattacaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 22805118  T
Q  147 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 246  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||         | |||||  || |||||    
T  22805119 aatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggttt---------aacaacataaactggag 22805209  T
Q  247 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatc 346  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  | |||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||  ||      ||| |  | ||| |||    
T  22805210 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcataatcaatccatacctgtataggatttccactggaaaggtctactgttctgatttgaccatgatc 22805309  T
Q  347 atcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatctt 441  Q
    ||| |||||| |||||| |||||||  | ||||||||| ||||||||||| ||||| | | |||||||| |  | |||| |||||||||||||||    
T  22805310 atcgtaataggctgcagtagttgagacaactgatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctt 22805404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 47 - 433
Target Start/End: Original strand, 22913375 - 22913755
Alignment:
Q  47 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 146  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || | | |||||||||||||||    
T  22913375 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 22913474  T
Q  147 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 246  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||    
T  22913475 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 22913565  T
Q  247 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccat---catt 343  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||  | ||||| ||||||   ||||  |||||  |||   |||     
T  22913566 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatc 22913665  T
Q  344 atcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactc 433  Q
    |  ||||||||| ||||| ||||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  22913666 aatatcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactc 22913755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 47 - 321
Target Start/End: Original strand, 22825959 - 22826224
Alignment:
Q  47 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 146  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    || | | || || |  ||||||    
T  22825959 aggaagttcagaaattacaagattttgagcttgaccattaagcttaaaacttcaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgag 22826058  T
Q  147 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 246  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||    
T  22826059 aatccaacatacatactattgttcaaaattggaggaagatctctggtcaatgaaaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 22826149  T
Q  247 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaaggg 321  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||||||||    
T  22826150 ctaaagtaacatcaatctttttattttcaccatcatattctatccatacctgcataggatagccagagaaaaggg 22826224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 305 - 443
Target Start/End: Original strand, 22885556 - 22885691
Alignment:
Q  305 atatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaatacga 404  Q
    |||||||||| ||||||||||||   ||||||||| ||   |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22885556 atatccactggaaagggataaattcctgaatccataat---catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaatacca 22885652  T
Q  405 acatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttga 443  Q
    | |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  22885653 atatggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttga 22885691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 393 - 445
Target Start/End: Original strand, 22922209 - 22922261
Alignment:
Q  393 atatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 445  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  22922209 atatctataccaacatggttatcattaatatcaccaaactcaaaatcttgaac 22922261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 389 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 22933386 - 22933332
Alignment:
Q  389 attgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttga 443  Q
    |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  22933386 attgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaactcaaagtcttga 22933332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 378 - 436
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628336
Alignment:
Q  378 gatttcaaatcattgatatcaatacgaacatggttattattgatatcatcaaactcaaa 436  Q
    ||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaacccaaa 15628336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University