View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19674_high_3 (Length: 850)

Name: NF19674_high_3
Description: NF19674
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19674_high_3
NF19674_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-839)||(46448130-46448951)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 628; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 628; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 46448951 - 46448130
Alignment:
Q  18 tcttttgtcctcccgagattcccttgagcatttcatcccccaccaatgtgtcaccacacatgtccaaacctaatatctttgtgagaaatattttcgtact 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46448951 tcttttgtcctcccgagattcccttgagcatttcatcccccaccaatgtgtcaccacacatgtccaaacctaatatctttgtgagaaatattttcgtact 46448852  T
Q  118 tagaactaaacaatgaaataatcatatacatacacacataattgagcttatgaatannnnnnnnagataacttgccaaagaagttaatcacatgttggaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46448851 tagaactaaacaatgaaataatcatatacatacacacataattgagcttatgaatattttttttagataacttgccaaagaagttaatcacatgttggaa 46448752  T
Q  218 ttaggctctggggannnnnnnacttctttattagatgtccacaattgtgtttttaggattctttgcaagtcattggtatctccacaattttattttatat 317  Q
    ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46448751 ttaggctctggggatttttttacttctttattagatgtccacaattgtgtttttaggattctttgcaagtcattggtatctccacaattttattttatat 46448652  T
Q  318 cacaaattccattagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaggcaacaaatatttcaggtcacaatcacatgacaactcactgtgcatccaagagta 417  Q
    ||| ||||||||||||                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46448651 cacgaattccattagtaaaaaaagtattccaaaataaaaaacaaggcaacaaatatttcaggtcacaatcacatgacaactcactgtgcatccaagagta 46448552  T
Q  418 acagtatttagggataccttcatgatgtactcaaccacaagatttgtttcctgtccaccgagagctaatgactgcaaaatgcatcttgagtagattaatt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46448551 acagtatttagggataccttcatgatgtactcaaccacaagatttgtttcctgtccaccgagagctaatgactgcaaaatgcatcttgagtagattaatt 46448452  T
Q  518 tgtgtccatgaatgcagtttacaatgtttattttgaaaaggnnnnnnnncgagatattttcccattaaagggaagnnnnnnngaatgagtatgtgccttc 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  46448451 tgtgtccatgaatgcagtttacaatgtttattttgaaaaggaaaaaaaacgagatattttcccattaaagggaagaaaaaaagaatgagtatgtgccttc 46448352  T
Q  618 atgaataaatcaaggtcttcatcaggttttattccagcattcttttctcttctagcaagttccatcaacatatctggtaagacaccagaatttagtaatc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46448351 atgaataaatcaaggtcttcatcaggttttattccagcattcttttctcttctagcaagttccatcaacatatctggtaagacaccagaatttagtaatc 46448252  T
Q  718 agcctctaaaagaacaaattgagaataagttaacatgattacnnnnnnncacaccgaatttaaatccagctccttgacagcaaccagcaaactggagagt 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46448251 agcctctaaaagaacaaattgagaataagttaacatgattacaaaaaaacacaccgaatttaaatccagcgccttgacagcaaccagcaaactggagagt 46448152  T
Q  818 ttccctcacagtcatctctgct 839  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  46448151 ttccctcacagtcatctctgct 46448130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University