View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19675_low_1 (Length: 1091)
Name: NF19675_low_1
Description: NF19675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19675_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 831; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 831; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 188 - 1075
Target Start/End: Original strand, 11555958 - 11556845
Alignment:
| Q |
188 |
tcagacagaaataaaacaccatagacgcagctaggcttttcgataaattccggaacattttttcctccaatacactcctcctcgcatccaaaaccaacaa |
287 |
Q |
| |
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| T |
11555958 |
tcagacagaaataaaacaccatagacgcagctaggcttttcgataaattccggaacattttttcctccaatacactcctcctcgcatccaaaaccaacaa |
11556057 |
T |
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| Q |
288 |
acattccaacaccttgtatgaggatttaatcgagacagcaataaaacacgataaactcctacaacaccaaaccgaaacacaacccttagttggggaccaa |
387 |
Q |
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| T |
11556058 |
actttccaacaccttgtatgacgatttaatcgagacagcaataaaacacgacaaactcctacaacaccaaaccgaaacacaacccttagttggggatcaa |
11556157 |
T |
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| Q |
388 |
acaccaaaatcaacagtaacacaaactaacatcgttggacatgctttcaaaaataatctcattttttgacttccacataacctaaataatagctgccaaa |
487 |
Q |
| |
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|
| T |
11556158 |
acaccaaaatcaacagtaacacaaactaacatcgttggacatgctttcaaaaataatctcattttttgacttccacataacctaaataatagctgccaaa |
11556257 |
T |
|
| Q |
488 |
taatccaatatctacacaatttcctactgcgaaagcagattttattgagtaatttaagcacattagaccacaccttataagaaacttaacaatgtaaaaa |
587 |
Q |
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| T |
11556258 |
taatccaatacctacacaatttcctactgcaaaagcagattttattgagtaatttaagcacattagaccacaccttataagaaacttaacaatgtaaaaa |
11556357 |
T |
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| Q |
588 |
tagattatctttagttggaataagaccatgaagtttctgcccaaccggcacaaaacacacaatctgtagaagaatccaacagtagagcatgacacaacac |
687 |
Q |
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| T |
11556358 |
tagattatctttagttggaataagaccatgaagtttctgcccaaccggcacaaaacacacaatctgtagaagaatccaactgtagagcatgacacaacac |
11556457 |
T |
|
| Q |
688 |
tagattacctttagttggaatacgactaagaagtttccatgcaaaagctaacacttttcatggacaaaccttccaacaccttgtatgacgatttaatcga |
787 |
Q |
| |
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|
| T |
11556458 |
tagattacctttagttggaatacgactaagaagtttccatgcaaaagctaacacttttcatggacaaaccttccaacaccttgtatgacgatttaatcga |
11556557 |
T |
|
| Q |
788 |
gatatcaccaccacatttcgaatgccaaccccacacattatcactctcctcccaccgcgagcaacatcaagcagggccccttggtttctttaatgaagga |
887 |
Q |
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| T |
11556558 |
gatatcaccaccacatttcgaatgccaaccccacacattatcattctccccccaccgcgagcaacatcaagcagggccccttggtttctttaatgaagga |
11556657 |
T |
|
| Q |
888 |
aactaacatataacatacactattaatattaagatactcttaattttagatcaaacgtttaaatatatttgaatttaannnnnnnatatgattatgattt |
987 |
Q |
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| T |
11556658 |
aactaacatataacatacactattaatattaagatactcttaattttagatcaaacgtttaaatatatttgaatttaatttttttatatgattatgattt |
11556757 |
T |
|
| Q |
988 |
tagtttagcatctcaacacgacaaggccgctaaagaagcttatcacaaaaatgatcatcaattagcaatgcaatatgctcgtattgca |
1075 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11556758 |
tagtttagcatctcaacacgacaaggccgctaaagaagcttatcacaaaaatgatcatcaattagcaatgcaatatgctcgtattgca |
11556845 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 693 - 1075
Target Start/End: Original strand, 11530963 - 11531353
Alignment:
| Q |
693 |
tacctttagttggaatacgactaagaagtttccatgcaaaagctaacacttttcatggacaaaccttccaacaccttgtatgacgatttaatcgagatat |
792 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11530963 |
tacctttagttggaatacgactaagaagtttccatgcaaaagctaacacttttcatggacaaaccttccaacaccttatatgacgatttaatcgagatat |
11531062 |
T |
|
| Q |
793 |
caccaccacatttcgaatgccaaccccacaca-------ttatcactctcctcccaccgcgagcaacatcaagcagggccccttggtttctttaatgaag |
885 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
11531063 |
caccaccacatttcgaatgccaaccccacacatcatcagtcatcactctccccccaccgcgagcaacatcaagcaggcccccttggattctttaatgaag |
11531162 |
T |
|
| Q |
886 |
gaaactaacatataacatacactatt--aatattaagatactcttaattttagatcaaacgtttaaatatatttgaatttaannnnnnnatatgattatg |
983 |
Q |
| |
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|
|
| T |
11531163 |
gaaactaacatataacatacactatttatatattaagatactcttaattttagatcaatcatttaaatatatttgaatttaa-ttttttatattgttatg |
11531261 |
T |
|
| Q |
984 |
attttagtttagcatctcaacacgacaaggccgctaaagaagcttatcacaaaaatgatcatcaattagcaatgcaatatgctcgtattgca |
1075 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11531262 |
attttagtctagcatctcaacacgacaaggccgctaaagaagcttatcacaaaaatgatcatcaattagcaatgcaatatgctcgtattgca |
11531353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 188 - 415
Target Start/End: Original strand, 11530461 - 11530688
Alignment:
| Q |
188 |
tcagacagaaataaaacaccatagacgcagctaggcttttcgataaattccggaacattttttcctccaatacactcctcctcgcatccaaaaccaacaa |
287 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11530461 |
tcagacagaaataaaacaccatagacgcagctaggcttttcgataaattccggaacattttttcctccaatacactcctcctcgcatccaaaaccaacaa |
11530560 |
T |
|
| Q |
288 |
acattccaacaccttgtatgaggatttaatcgagacagcaataaaacacgataaactcctacaacaccaaaccgaaacacaacccttagttggggaccaa |
387 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11530561 |
actttccaacaccttgtatgaggatttaatcgagacagcaataaaacacgacaaactcctacaacaccaaaccgaaacacaacccttagttggggaccaa |
11530660 |
T |
|
| Q |
388 |
acaccaaaatcaacagtaacacaaacta |
415 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
11530661 |
acaccaaaatcaacaataacacaaacta |
11530688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 412 - 655
Target Start/End: Original strand, 11530721 - 11530964
Alignment:
| Q |
412 |
actaacatcgttggacatgctttcaaaaataatctcattttttgacttccacataacctaaataatagctgccaaataatccaatatctacacaatttcc |
511 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |
|
|
| T |
11530721 |
actaacatcgttggacatgctttcaaaaataatctcattttttgacttccacataacctaaataacagctgccaaataatccagtacctacagaatttcc |
11530820 |
T |
|
| Q |
512 |
tactgcgaaagcagattttattgagtaatttaagcacattagaccacaccttataagaaacttaacaatgtaaaaatagattatctttagttggaataag |
611 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
11530821 |
tactgcaaaagcagattttattgagtaatttaagcacattagaccacaccttataagaaacttaacaatgtaaaaatagattacctttagttggaataag |
11530920 |
T |
|
| Q |
612 |
accatgaagtttctgcccaaccggcacaaaacacacaatctgta |
655 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11530921 |
accatgaagtttcctcccgaccggcacaaaacacacaatctgta |
11530964 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 9 - 104
Target Start/End: Original strand, 11555796 - 11555891
Alignment:
| Q |
9 |
gagaagaacaatgaaatttaaatcacatatcgaaaggatgcttgggaaatgaaaaggttagtaagttatgatagtaccataatttacagtcacttg |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11555796 |
gagaagaacaatgaaatttacatcacatatcgaaaggatgcttgggaaatgaaaaggttagtaagttatgatagtactataatttacagtcacttg |
11555891 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 72
Target Start/End: Original strand, 11530150 - 11530213
Alignment:
| Q |
9 |
gagaagaacaatgaaatttaaatcacatatcgaaaggatgcttgggaaatgaaaaggttagtaa |
72 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11530150 |
gagaagaacaatgaaatttacatcacatatcgaaaggatgcttgggaaatgaaaaggttagtaa |
11530213 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 751 - 789
Target Start/End: Original strand, 11530557 - 11530595
Alignment:
| Q |
751 |
acaaaccttccaacaccttgtatgacgatttaatcgaga |
789 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
11530557 |
acaaactttccaacaccttgtatgaggatttaatcgaga |
11530595 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University