View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19675_low_6 (Length: 821)

Name: NF19675_low_6
Description: NF19675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19675_low_6
NF19675_low_6
[»] scaffold0603 (1 HSPs)
scaffold0603 (108-802)||(1816-2510)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (102-802)||(16449217-16449910)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (354-802)||(2921957-2922406)
chr3 (405-787)||(11488628-11489010)
chr3 (387-795)||(11494852-11495260)
chr3 (388-668)||(5968381-5968661)
chr3 (351-802)||(10187086-10187534)
chr3 (351-802)||(10080116-10080558)
chr3 (568-802)||(3872553-3872788)
chr3 (444-630)||(4132866-4133055)
chr3 (405-511)||(3872789-3872895)
chr3 (586-628)||(4057663-4057705)
chr3 (587-636)||(909088-909137)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (348-700)||(17314291-17314641)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (348-802)||(18390483-18390934)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (384-802)||(5990955-5991373)
chr4 (29-59)||(5992484-5992514)


Alignment Details
Target: scaffold0603 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0603
Description:

Target: scaffold0603; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 802
Target Start/End: Original strand, 1816 - 2510
Alignment:
Q  108 aaagagtacctaacatatttgaagtcagtttctgtttctctttttcatccgttcgtcatcagtaaaaaattaatggacctggttgcaggttgtgcatgta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |    
T  1816 aaagagtacctaacatatttgaagtcagtttctgtttctctttttcatccattcctcattagtaaaacattaatggacttggttgaaggttgtgcatgca 1915  T
Q  208 aatttgacttctcacaacagcaagatttggaagaagcaggggtgacagaatacaattctataattagaaaaacaagtcagtgttagagttataatatggt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||    
T  1916 aatttgacttctcacaacagcaagatttggaagaagcaggggtgacagaatacaattctatcattagaaaagtaaatcagtgttagagttacaatatggt 2015  T
Q  308 atctcgaagttgataatgaaattaagaatgttatttaagcatgacataataagaaagaaacaaaaaatagaagcctttcagagactcacccgaataggaa 407  Q
    |||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2016 atcttgatgttgataataaaattaagaatgttaattaagcatgacatagtaagaaagaaacaaaaaatagaagcctttcagagactcacccgaataggaa 2115  T
Q  408 actcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagtaatg 507  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  2116 actcatgttatcaattcatcatctataattatggagggaatgtgggcaatcttacgccactctttcccttgcttcctccggaaacttgcttccagtaatg 2215  T
Q  508 gacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcctttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggttttggagaga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2216 gacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcctttctttggcaacaacctgagtttcagagcattaacaatctcaaggttttggagaga 2315  T
Q  608 agtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccactaaaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcaccatgaatgag 707  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  2316 agtgagatgttgaagccacttccaatcaatgcttttaccactaaaaccacagatgcatagtgtcacgagagatgcaggtagcattggcaccatgaacgag 2415  T
Q  708 ttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaattgagacgttcccatgttggcttagtattccacaaaatccctccaagagagcc 802  Q
    | ||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  2416 tccaccatatcaccacccttaattcgcagcactgacagacaattgagacgttcccaagttggcttagtattccacaaaatcgatccaagagagcc 2510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 155; Significance: 7e-82; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 102 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 16449910 - 16449217
Alignment:
Q  102 agacagaaagagtacctaacatatttgaagtcagtttctgtttctctttttcatccgttcgtcatcagtaaaaaattaa-tggacctggttgcaggttgt 200  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||  | ||| |  |||||||| |||||||| |||| | || ||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  16449910 agacaaaaagagtaccaaacatatttgcgg-caggtgttgtttctccttttcatctgttcatgattagtaaaacattgactggacttggttgcaggttgt 16449812  T
Q  201 gcatgtaaatttgacttctcacaacagcaagatttggaagaagcaggggtgac--agaatacaattctataattagaaaaacaagtcagtgttagagtta 298  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||| | | |||||| |     | || |  |||     
T  16449811 acatgaaaatttgacttctcacaacagcaatattgggcagaagtaggggtgacagagaatacaattctatgaattgaaaaaaa----tgagtaattgttg 16449716  T
Q  299 taatatggtatctcgaagttgataatgaaattaagaatgttatttaagcatgacataataagaaagaaacaaaaaatagaagcctttcagagactcaccc 398  Q
    | |||| |||| | || ||   || ||||| ||| ||| ||| || |  || ||||   ||||||| ||||||||  |||||  |||||  |||||||||    
T  16449715 ttatattgtattttgatgtaactattgaaaataaaaatattaattgatgatcacat---aagaaaggaacaaaaa--agaagtatttcactgactcaccc 16449621  T
Q  399 gaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgctt 498  Q
     ||||  ||||||| || || | ||| ||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||  |||||||    
T  16449620 aaataaaaaactcaggtgataagttcatcatcgataactatggagggaatatgagcaatcttacgccactctttccctcgcttcctgcgcacacttgctt 16449521  T
Q  499 ccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcctttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggtt 598  Q
    | |||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || || |||| | ||||||| |||||||||| ||||||||| ||    
T  16449520 ctagtaatggacaccgagtcatacttagcactgaaagagaggaaggaaatccttttttaggaaacatcttgagtttgggagcattaataatctcaagttt 16449421  T
Q  599 ttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccactaaaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcacc 698  Q
    |||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||  | || || ||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||   |||| ||    
T  16449420 ttggagagagacgagatgttgaagccacttcccatcaatgcgtgtatcagtaagaccacagatgcatagtgtcagaagcgatgcaggtagagatggcccc 16449321  T
Q  699 atgaatgagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaattgagacgttcccatgttggcttagtattccacaaaatccctccaagag 798  Q
    || | ||  |||||| ||||| |||| |||||| | |||||||| |||||| | ||| ||||||| |||||||  |||||||||| |||| |||||| ||    
T  16449320 atcagtgtcttcaccgtatcagcaccattaattcgcaacactgaaagacaagtcagatgttcccaagttggctccgtattccacataatcactccaacag 16449221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 354 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 2922406 - 2921957
Alignment:
Q  354 taataagaaagaaacaaaaaatagaagcctttcagagactcacccgaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgtggg 453  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||| |||| ||||||| ||| ||| |    
T  2922406 taataagaaagaaacaaaaaa--gaagtatttcagtgactcacccaaataggaaactcatgtgatcagttcgccatcgataactatggagagaacgtgag 2922309  T
Q  454 caatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatccttt 553  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||  |   |||| |||||||| ||||||| | ||| ||||||||    
T  2922308 caatgttacgccactttttcccttgcttcctccgcacacttgcttctagtaatggacaacggtccataattagcactgaaagagatgtaggcaatccttt 2922209  T
Q  554 ctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccactaaaa 653  Q
     ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||| |||||    
T  2922208 ttttggcaacgaattgagtttgggagcattaacaatctcaagcttttggagagaggtgagatgttgaagccacttcccatcaattcttgtaccattaaaa 2922109  T
Q  654 ccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcaccatgaatgagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaattga 753  Q
    |||| |||||||||  |||  || ||||| ||||| | ||||||||| |  | ||||||| ||||| | || || |||   |||||||| |||||| |||    
T  2922108 ccacggatgcatagcatcacaagcgatgctggtagtaatggcaccatcagcgtgttcaccgtatcatcgccgtttattctcaacactgaaagacaagtga 2922009  T
Q  754 gacgttcccatgttggcttagta---ttccacaaaatccctccaagagagcc 802  Q
    || ||| ||| ||||||||||||   ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  2922008 gatgtttccaagttggcttagtatacttccacataatccctccaacagagcc 2921957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 405 - 787
Target Start/End: Original strand, 11488628 - 11489010
Alignment:
Q  405 gaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagta 504  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||   || ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| || |    
T  11488628 gaaactcatgtgatcaattcatcatcaataattatgacaggtatgtgagcaatcttactccactctttcccttgcttcctccgcaaaattgcttcgagca 11488727  T
Q  505 atggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcctttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggttttggag 604  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11488728 atgggcagcgagtcatatttagtactgaaagagaggaaggcaatcctttttttggcaatgacttgagtttgggagcattaataatctcaaggttttggag 11488827  T
Q  605 agaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccactaaaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcaccatgaat 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||  | ||| || || | |||||||||| |  || ||||||||||||||| ||||||| |      
T  11488828 agaagtgagatgttgaagccacttcccatcaaggcttgtattattaagactactggtgcatagtgtaacaagcgatgcaggtagcagttgcaccatcagc 11488927  T
Q  705 gagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaattgagacgttcccatgttggcttagtattccacaaaat 787  Q
    | |||||||||| ||   || |||||| | ||||| || |||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  11488928 gtgttcaccatagcattgccattaattcgcaacacagaaagacaagtgagatgttcccaagttggctcagtattccacaaaat 11489010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 387 - 795
Target Start/End: Original strand, 11494852 - 11495260
Alignment:
Q  387 agagactcacccgaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctct 486  Q
    ||||||||||||| | | || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||| ||||||| |    
T  11494852 agagactcacccggacaagatactcatgtgatcaattcgtcatcgataattatggagggaatatgagcaatcttacgccattctttccctcgcttccttt 11494951  T
Q  487 gcaaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcctttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaac 586  Q
    ||||  |||||| |||||||||||||  |||||||||||  ||| ||||  ||||||| ||||| || || |||||| || | ||||| ||||| || ||    
T  11494952 gcaattttgctttcagtaatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcac 11495051  T
Q  587 aatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccactaaaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggt 686  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||  ||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    || |||  ||||    
T  11495052 aatctcaaggttttggagagaggtgagatgttcaaaccacttctcatcaatgcttttatcattaagaccacagatgcatagtgtttcaagcgatttaggt 11495151  T
Q  687 agcagtggcaccatgaatgagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaattgagacgttcccatgttggcttagtattccacaaaa 786  Q
    || |||||| |||| | || |||||||||||||   || |||||| | |||||||| |||||| ||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||| ||    
T  11495152 agaagtggccccatcagtgtgttcaccatatcattgccattaattcgcaacactgaaagacaagtgagatgttcccaagtttgctcagtattccacataa 11495251  T
Q  787 tccctccaa 795  Q
    |||||||||    
T  11495252 tccctccaa 11495260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 388 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 5968661 - 5968381
Alignment:
Q  388 gagactcacccgaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctg 487  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||| || | ||| || |  |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  5968661 gagactcacccgaacatgaaaatcatgtgattatttcatcgttgataattatagacggaatgtgagcaatcttacgccactctttcccttgcttcctccg 5968562  T
Q  488 caaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcctttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaaca 587  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  || | ||||| ||||| ||||||    
T  5968561 caaacttgcatccagtaacggacagtgagtcatacttagtactgaaagagaggaaggcaatcctttttttggcaatgactttagtttgggagcgttaaca 5968462  T
Q  588 atctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccactaaaaccacagatgcatagt 668  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  || ||||| ||| |||||| |||||||||    
T  5968461 atctcaaggttttggagagaagtcagatgttgaagccacttcccatcaattcttgtaccattaagaccacaaatgcatagt 5968381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 351 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 10187534 - 10187086
Alignment:
Q  351 acataataagaaagaaacaaaaaatagaagcctttcagagactcacccgaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgt 450  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||   ||| ||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||  || ||||    
T  10187534 acataataagaaagaaacaaaaa---gaagtatttcagagactcaccaagatatgaaactcatgtgattaatttgtcatcaataattatggcaggtatgt 10187438  T
Q  451 gggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcc 550  Q
    |   ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||  ||| ||||| ||| |||||    
T  10187437 gaagaatcttatgccactctttcccttgcttgctctgcaaccctgcttcaagtaatggacagcgagttaaacttagtacagaaatagaggtaggcaatcc 10187338  T
Q  551 tttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccacta 650  Q
    ||  ||||||||| ||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||||||| ||| | | || || || ||    
T  10187337 ttcgtttggcaacgactcgagtttgggagcgttaacaatctcaaggtttcggagagaactgagatgtaaaaaccacttcccatccaagtttgtatcagta 10187238  T
Q  651 aaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcaccatgaatgagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaat 750  Q
    | |||||| | || |||| |||  |||||||||||||||| || | |||| |  |||||||||||||||  |||  | ||| | |||||||| ||||||     
T  10187237 agaccacaaacgcgtagtctcagaagagatgcaggtagcaatgacgccattagcgagttcaccatatcattaccgcttattcgcaacactgaaagacaag 10187138  T
Q  751 tgagacgttcccatgttggcttagtattccacaaaatccctccaagagagcc 802  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10187137 tgagatgttcccaagttggctcagttttccacataatccctccaacagagcc 10187086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 351 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 10080558 - 10080116
Alignment:
Q  351 acataataagaaagaaacaaaaaatagaagcctttcagagactcacccgaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgt 450  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||   ||| ||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||  || ||||    
T  10080558 acataataagaaagaaacaaaaa---gaagtatttcagagactcaccaagatatgaaactcatgtgattaatttgtcatcaataattatggcaggtatgt 10080462  T
Q  451 gggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcc 550  Q
    |   ||||||||| |||||||      |||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||  ||| ||||| ||| |||||    
T  10080461 gaagaatcttacgccactctt------gcttgctctgcaaccctgcttcaagtaatggacagcgagttaaacttagtacagaaatagaggtaggcaatcc 10080368  T
Q  551 tttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccacta 650  Q
    ||  ||||||||| ||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||||||| ||| | | || || || ||    
T  10080367 ttcatttggcaacgactcgagtttgggagcgttaacaatctcaaggtttcggagagaactgagatgtaaaaaccacttcccatccaagtttgtatcagta 10080268  T
Q  651 aaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcaccatgaatgagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaat 750  Q
    | |||||| | || |||| |||  |||||||||||||||| || | |||| |  |||||||||||||||  |||  | ||| | |||||||| ||||||     
T  10080267 agaccacaaacgcgtagtctcagaagagatgcaggtagcaatgacgccattagcgagttcaccatatcattaccgcttattcgcaacactgaaagacaag 10080168  T
Q  751 tgagacgttcccatgttggcttagtattccacaaaatccctccaagagagcc 802  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10080167 tgagatgttcccaagttggctcagttttccacataatccctccaacagagcc 10080116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 568 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 3872788 - 3872553
Alignment:
Q  568 tgagtttcggagcattaacaatctcaaggtttt-ggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccactaaaaccacagatgcata 666  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||  | ||| |||||| |||||||    
T  3872788 tgagtttgggagcgttaacaatctcaaagtttttggagagaagtgagatgttgaagccacttcccatcgatgcttgtattaataagaccacaaatgcata 3872689  T
Q  667 gtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcaccatgaatgagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaattgagacgttcccatgt 766  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  ||| |||||||| |||||  | |||||| ||||  |||||||  |    
T  3872688 gtgtcatgagagatgcaggtagcaatggcaccatcaacgagttcaccgtatcattaccgttaatttgcaacacaaaaagacaagtgagttgttcccaatt 3872589  T
Q  767 tggcttagtattccacaaaatccctccaagagagcc 802  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  3872588 ttgctcagtattccacataatccctccaacagagcc 3872553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 444 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 4133055 - 4132866
Alignment:
Q  444 ggaatgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaag 543  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| | ||||||| ||  || ||||| |   | ||||| | ||||  ||| |||||||    
T  4133055 ggaatgtgagcaatcttacgccactctttccctcgcttcttctgccaacttgctttcaacaacggacactttttgatattcaacactttaagggaggaag 4132956  T
Q  544 gaaat---cctttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttcc 630  Q
    | ||    || || ||||||||| || |||| || ||||||| || ||| ||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4132955 gcaacttccccttttttggcaacgacttgagcttgggagcatcaataatatcaaaatgttggagagaggtgagatgttgaagccacttcc 4132866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 405 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 3872895 - 3872789
Alignment:
Q  405 gaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagta 504  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||  || | ||| ||||| ||||  ||||  |||||| |||||||| |||| |||||||| ||||    
T  3872895 gaaacttatgtgatcagttcgtcatcaataattatggcaggcacgtgagcaattttacaccacttcttccctcgcttcctccgcaaacttgcttcaagta 3872796  T
Q  505 atggaca 511  Q
    |||||||    
T  3872795 atggaca 3872789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 586 - 628
Target Start/End: Original strand, 4057663 - 4057705
Alignment:
Q  586 caatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccactt 628  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4057663 caatcttaagtttttggagagaggtgagatgttgaagccactt 4057705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 587 - 636
Target Start/End: Original strand, 909088 - 909137
Alignment:
Q  587 aatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaa 636  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||| |||||    
T  909088 aatctcaaggttttggagagaggtgagatggtcgagccacttcccatcaa 909137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 4e-74; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 348 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 17314641 - 17314291
Alignment:
Q  348 atgacataataagaaagaaacaaaaaatagaagcctttcagagactcacccgaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaa 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||||    
T  17314641 atgacataataagaaagaaacaaaaaataggtg--tttcagtgactcaccagtataggaaactcatgtgatcaaattatcatcgataattatggagggaa 17314544  T
Q  448 tgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaa 547  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||| ||| |||  || | ||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||    
T  17314543 tgtgagcaatcttacgccactcttttcctcgcttcctccgcaaactttctttgagcattgggcagcgagtcatatttagtaccaaaagagaggaaggcaa 17314444  T
Q  548 tcctttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttacca 647  Q
     ||| | | ||| |||||| | ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||  |    
T  17314443 acctctttctggtaacaacttcagtttgggggcgttaacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttctcatcaatgcttgtatta 17314344  T
Q  648 ctaaaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcaccat 700  Q
     ||| |||||  ||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||    
T  17314343 ttaagaccacctatgcatagtgtaacaagcgatgcaggtagcagtggcaccat 17314291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 141; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 348 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 18390934 - 18390483
Alignment:
Q  348 atgacataataagaaagaaacaaaaaatagaagcctttcagagactcacccgaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaa 447  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| | |||  ||||||||||||||   ||   |||| | || | ||||||||||| |  ||||||||| ||||||    
T  18390934 atgacataataggaacgaaacaaaaaaaacaagtatttcagagactcacgacaa---gaaagttatttgatcaattcgtcgttgataattatgaagggaa 18390838  T
Q  448 tgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcctctgcaaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaa 547  Q
    |||| | ||||||| | |||||||||||| ||||| || |||| ||| |||||| |||||||||   ||||| |||||| ||| ||||||||||| | ||    
T  18390837 tgtgagaaatcttatgccactctttccctcgcttcttccgcaaacttccttccaataatggacaacaagtcacatttagtactgaaagagaggaaagcaa 18390738  T
Q  548 tcctttctttggcaacaacctgagtttcggagcattaacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttacca 647  Q
    | |||| ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||   || || ||    
T  18390737 ttctttttttggcaacgacttgagtttgggagcgttaacaatctcaaggttttgaagagaaggaagatgttgaagccacttcccatcaaatcttgtatca 18390638  T
Q  648 ctaaaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgcaggtagcagtggcaccatgaatgagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagac 747  Q
      || |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| | |||||   ||| |    
T  18390637 tcaagaccggagatgcatagtgtcatgagagatgctggtagcaatggctccatgaatgtgtttaccgtatcaccacctttaattcgcaacaccaccaggc 18390538  T
Q  748 aattgagacgttcccatgttggcttagtattccacaaaatccctccaagagagcc 802  Q
    |||| ||| ||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  18390537 aattcagaagttcccaagttggatcagtattccacaaaaaccctccaacagagcc 18390483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 135; Significance: 6e-70; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 384 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 5991373 - 5990955
Alignment:
Q  384 ttcagagactcacccgaataggaaactcatgtaatcaattcgtcatctataattatggagggaatgtgggcaatcttacgtcactctttcccttgcttcc 483  Q
    ||||||||||||||   | |||||||| |||| |||||||| ||||| |||| |||||  ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  5991373 ttcagagactcacctagacaggaaacttatgtgatcaattcatcatcgataactatggcaggaatatgagcaatcttacgccactctttccctcgcttcc 5991274  T
Q  484 tctgcaaccttgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcctttctttggcaacaacctgagtttcggagcatt 583  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||  |||| ||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||  || ||||||| ||||| ||    
T  5991273 tctgcaactttgctaccagtaatggacaacgagtaatacttagtactgaaagagaggaaggcaatccttcttttggcaatgacttgagtttgggagcgtt 5991174  T
Q  584 aacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccgatcaatgattttaccactaaaaccacagatgcatagtgtcaagagagatgca 683  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||| ||||| |||||||||||| |  || |||  |    
T  5991173 aacaatctcaaggttttggagaaaggtgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgattta 5991074  T
Q  684 ggtagcagtggcaccatgaatgagttcaccatatcaccacctttaatttggaacactgacagacaattgagacgttcccatgttggcttagtattccaca 783  Q
    ||||||| ||||  ||| |  |  |||||| ||||| |||| || ||| | |||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||  |  ||||||||||    
T  5991073 ggtagcaatggccgcatcagggttttcaccgtatcagcaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcggtattccaca 5990974  T
Q  784 aaatccctccaagagagcc 802  Q
     ||||||||||| ||||||    
T  5990973 taatccctccaacagagcc 5990955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 29 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 5992514 - 5992484
Alignment:
Q  29 taaactgagggagggagaaaaacacaatact 59  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5992514 taaactgagggagggagaaaaacacaatact 5992484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University