View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19676_low_1 (Length: 610)

Name: NF19676_low_1
Description: NF19676
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19676_low_1
NF19676_low_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (10-592)||(11780115-11780699)
chr1 (31-203)||(10424593-10424765)
chr1 (31-201)||(1624838-1625008)
chr1 (55-114)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-562)||(17158540-17159087)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-592)||(12101493-12102070)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (13-353)||(14977471-14977814)
chr6 (146-317)||(11776308-11776482)
chr6 (441-550)||(14977301-14977410)
chr6 (146-202)||(9352421-9352477)
chr6 (146-194)||(24353638-24353686)
chr6 (500-545)||(11776668-11776713)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (31-317)||(5781902-5782191)
chr5 (31-317)||(19069420-19069709)
chr5 (43-140)||(17763963-17764060)
chr5 (146-203)||(11724701-11724758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (36-203)||(16311632-16311799)
chr3 (36-203)||(18488416-18488583)
chr3 (36-203)||(18492626-18492793)
chr3 (51-214)||(19829018-19829181)
chr3 (65-203)||(16314023-16314161)
chr3 (65-203)||(18495017-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (47-203)||(17459431-17459587)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (490-548)||(140467-140525)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 592
Target Start/End: Original strand, 11780115 - 11780699
Alignment:
Q  10 acatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacat 109  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780115 acatcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagctcctgtgggcgcgaatgattatgttccacat 11780214  T
Q  110 catccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  11780215 catccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgcttcactctctcagaatgcatttcatc 11780314  T
Q  210 atgcaaccggg-aaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgt 308  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11780315 atgcaatcggggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgt 11780414  T
Q  309 tgacgacaatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgggaagtcacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaataata 408  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11780415 tgacgacaatgatgtcctgggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgctgaagtagaattaacaaccgaccccatgtgtgagctagcaataata 11780514  T
Q  409 gggtccggaatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaa 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  11780515 gggtccggaatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggaactctctgagaagtggtgactgtcgaagtaatcggaaccggaa 11780614  T
Q  509 cccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaag-ccccccatctgtgtgctgtcgagttattgtagggggtgctttctcagc 592  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11780615 cctaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagcccccccatttgtgtgttgtcgagttattgtagggagtgctttctcagc 11780699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 31 - 203
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  31 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 130  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  131 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 203  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 201
Target Start/End: Original strand, 1624838 - 1625008
Alignment:
Q  31 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 130  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | |||| ||||  ||| ||||||||||||||  | |||||   ||| |    
T  1624838 gatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcgggctcgaactattgtgttccacatcatcataaagcgtaacagtga 1624937  T
Q  131 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgc 201  Q
    |||| || ||     ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||||    
T  1624938 catcatccaccgtggggttccccaacacctcccgcgatgtcagatgcaactgttctactctctcaaaatgc 1625008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  55 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 114  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 562
Target Start/End: Original strand, 17158540 - 17159087
Alignment:
Q  19 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 118  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17158540 tgcttaacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaactactaggggtgcgaatgattatgctccacatcatccgaga 17158639  T
Q  119 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcc-actctctcagaatgcacttcatcatgc---a 214  Q
    | || | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||   |    
T  17158640 gtgtcgcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgcgactgatcccactctctcagaatgcacttcatcgtgcgcaa 17158739  T
Q  215 accgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacga 314  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  17158740 actaggaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaggtgttgacga 17158839  T
Q  315 caatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgggaagtcacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaataatagggtcc 414  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| ||||  || ||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||    
T  17158840 caatgacgtcttgggcatagggactgtcaactgagaagtaacaactgctgaagtagaagtaacaaccggccccatgtgtgagctagcaatagtacggacc 17158939  T
Q  415 ggaatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaag 514  Q
    |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17158940 ggaatagcctgagaagacagagccagtgttgaaggggtagtagtaaccagaactctctgaaaagtggtgactgttgaagtaatcggaaccggaacccaag 17159039  T
Q  515 tccaagtacttccattggccgaagtggaagccccccatctgtgtgctg 562  Q
    || | ||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||    
T  17159040 tcgaggtactgccattggccaaagttgaagccccccatatgtgtgctg 17159087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 13 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 12102070 - 12101493
Alignment:
Q  13 tcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattat----gttccaca 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    ||||||||    
T  12102070 tcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctcccgggggcgcgaatgattatatatgttccaca 12101971  T
Q  109 tcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcat 208  Q
    |         |  | | ||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  12101970 t---------gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtgtttgctccgctctctcaggatgcacgtcat 12101880  T
Q  209 catgcaacc---gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaaga 305  Q
    | ||||      |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12101879 cgtgcacaattggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgttaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaga 12101780  T
Q  306 tgttgacgacaatgatgtcctaggcatagggac-----cgtcatatgggaagtcacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctag 400  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||      | |||| || |||||  |||||| ||| ||||| | |||||||| ||||||| |||||| ||    
T  12101779 tgttgacgacaatgacgtcataggcatagtgattccttcatcatctgtgaagtatcaactgttgaagtagagtgaacaaccgaccccatgggtgagcaag 12101680  T
Q  401 caataatagggtccggaatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcgg 500  Q
          ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||| |||| ||| | ||||||||||| |    
T  12101679 ------taggggccggaatagccagagaaggctgagccagtgttgaaggggcagaagtgaccagaactctctgagtagtggtgactatcgaagtaatcag 12101586  T
Q  501 aaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagcc-ccccatctgtgtgctgtcgagttattgtagggggtgctttctcagc 592  Q
    || ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||    
T  12101585 aatcggaacccaagtccaggtactgccattggctgaagtggaagcctccccatctatgtgctggcgagttgttttagggggtgctttctcagc 12101493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 14977814 - 14977471
Alignment:
Q  13 tcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcat 112  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||||    
T  14977814 tcatcatgctaaacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggggtcgaatgattatgttccacatcat 14977715  T
Q  113 ccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat- 211  Q
      || ||||| | |||||||||||||||     || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |     
T  14977714 aagatagcgtagcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcggaatgcacgtcatcgtg 14977615  T
Q  212 -gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgtt 309  Q
     |||||  |||| ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | ||||||| ||| || | ||| ||||| |||||||||    
T  14977614 cgcaactggggacacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactatcaaacatgttgtgtaatgggaagctaaaagatgtt 14977515  T
Q  310 gacgacaatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgggaagt 353  Q
    || ||||| || ||||| |||| ||||||| |||| || |||||    
T  14977514 gatgacaaagacgtcctgggcacagggaccatcatctgagaagt 14977471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 146 - 317
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776482
Alignment:
Q  146 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  243 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 317  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 11776482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 441 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 14977410 - 14977301
Alignment:
Q  441 tgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtg 540  Q
    ||||| || ||||| |||||| ||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  14977410 tgttgcagaggcagaagtaactggaactctctgagaggtagtaattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaagtacaagtactgccattggctgaagtg 14977311  T
Q  541 gaagcccccc 550  Q
    ||||| ||||    
T  14977310 gaagctcccc 14977301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 202
Target Start/End: Original strand, 9352421 - 9352477
Alignment:
Q  146 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgca 202  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  9352421 ggttctccaacacctctcgcgatgtcagacgcaactgttccactctctcagaatgca 9352477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 194
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  146 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 545
Target Start/End: Original strand, 11776668 - 11776713
Alignment:
Q  500 gaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagc 545  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  11776668 gaaccggaacccacgtccaagcgcttccattggccgaaatggaagc 11776713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 31 - 317
Target Start/End: Original strand, 5781902 - 5782191
Alignment:
Q  31 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 130  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||    
T  5781902 gatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggatcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaa 5782001  T
Q  131 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 227  Q
    |||| || ||    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||||||     
T  5782002 catcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaac 5782101  T
Q  228 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 317  Q
     || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5782102 ctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 5782191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 31 - 317
Target Start/End: Original strand, 19069420 - 19069709
Alignment:
Q  31 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 130  Q
    |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  || || ||   |||||    
T  19069420 gatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcgggatcgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaa 19069519  T
Q  131 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 227  Q
    |||| || ||     |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||| ||     
T  19069520 catcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataac 19069619  T
Q  228 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 317  Q
     || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19069620 ctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 19069709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 43 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  43 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 140  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 11724758 - 11724701
Alignment:
Q  146 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 203  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||  |||||| |||||||||    
T  11724758 ggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgctctgctctcttagaatgcac 11724701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311632
Alignment:
Q  36 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 135  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  136 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 203  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16311632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488416
Alignment:
Q  36 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 135  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  136 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 203  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18488416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492626
Alignment:
Q  36 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 135  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  136 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 203  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18492626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 214
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  51 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 150  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  151 tccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 214  Q
    ||||||||| || | |||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 65 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314023
Alignment:
Q  65 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 164  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  165 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 203  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16314023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 65 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495017
Alignment:
Q  65 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 164  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  165 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 203  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18495017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 47 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  47 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 146  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  147 gttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 203  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 490 - 548
Target Start/End: Original strand, 140467 - 140525
Alignment:
Q  490 gaagtaatcggaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagcccc 548  Q
    |||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  140467 gaagtaataggaaccgggaaccaagtccaagtacctccattggccgaagttgaagcccc 140525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University