View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19678_high_2 (Length: 958)

Name: NF19678_high_2
Description: NF19678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19678_high_2
NF19678_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-943)||(51784941-51785880)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 796; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 796; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 943
Target Start/End: Complemental strand, 51785880 - 51784941
Alignment:
Q  12 cataggtacataaaccttttactagaaatcacgtaaaccacaagacatgattgtgatgagatatttcagatcttgattaaataatttttagtcnnnnnnn 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  51785880 cataggtacataaaccttttactagaaatcacgtaaaccacaagacatgattgtgatgagatatttcagatcttgattaaataatttttagtcttttttt 51785781  T
Q  112 nagaagggtttaatgttactcttgtacatactcttatcatcaatatatgagttatatatgatcaatgatcaaacttgacatttgtctgcaaactggaaaa 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785780 cagaagggtttaatgttactcttgtacatactcttatcatcaatat--gagttatatatgatcaatgatcaaacttgacatttgtctgcaaactggaaaa 51785683  T
Q  212 aggcaagagattgattgtcaacattgtgatatataatccattattgaaattcaataattaatgccaacaaaagcatgtggtagatatggagagacaatga 311  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785682 aggcaagggattgattgtcaacattgtgatatataatccattattgaaattcaataattaatgccaacaaaagcatgtggtagatatggagagacaatga 51785583  T
Q  312 atttggttgagctaaaatgtggaacaatgtctgctgccaaataataataatatgtagactctagaattgaactaaagacttgaagaagaataatagaacc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  51785582 atttggttgagctaaaatgtggaacaatgtctgctgccaaataataataatatgtagactctagaattgaactgaagacttgaagaagaataatagaacc 51785483  T
Q  412 aatgtggtttcgtctccgtgtacgtttgtccaagaaatgaaaaatcatatcatagggcattgacacgttgctcgaaatgtcattttctgaatttgaatca 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785482 aatgtggtttcgtctccgtgtacgtttgtccaagaaatgaaaaatcatatcatagggcattgacacgttgctcgaaatgtcattttctgaatttgaatca 51785383  T
Q  512 cattcctttcaacagtagtatgatcatgatgctcacatcaagtatcaatctcttttgtgtgtactgtaggttccaaatctttcttttaaaagggcttatc 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785382 cattcctttcaacagtagtatgatcatgatgctcacatcaagtatcaatctctttt-tgtg---tgtaggttccaaatctttcttttaaaagggcttatc 51785287  T
Q  612 tttgtttatttggctatggtaataatgatcaa----------------tacatgtcatgcatgattgattctcaatctaatattagactaaagtacatat 695  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  51785286 -ttgtttatttggctatggtaataatgatcaaagaaaacgataaaatgtacatgtcatgcatgattgattctcaatctaatattagactaaagtac--at 51785190  T
Q  696 acaatcaatacaacctaacatacttgaaatatacatgcccttctcaattataattgacaatgaaaagatcatggttgttaggccttcaacctcaaattat 795  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785189 acaatcaatacaacctaacatacttgaaatatacatgcccttctcaattataattgacaatgaaaagatcatggttgttaggccttcaacctcaaattat 51785090  T
Q  796 ttgttcataccctttacaaat-ctctctagctaattatgcactcaaattaagtgctttcgtcagttcgaacatattcatctacatatcagcaagagatct 894  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785089 ttgttcataccctttacaaatgatctctagctaattatgcactcaacttaagtgctttcgtcagttcgaacatattcatctacatatcagcaagagatct 51784990  T
Q  895 atatgccaatatatgaatgaataatatgcaacacttaagtattcatttt 943  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51784989 atatgccaatatatgaatgaataatatgcaacacttaagtattcatttt 51784941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University