View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19678_high_7 (Length: 772)

Name: NF19678_high_7
Description: NF19678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19678_high_7
NF19678_high_7
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-762)||(29789752-29790496)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 29790496 - 29789752
Alignment:
Q  18 ctctggatgacagtgacaatatcaatgagcaagagcaaagacatgagatgctcctctaaactctaacattctccggggagtttaatcacatgtttttggt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29790496 ctctggatgacagtgacaatatcaatgagcaagagcaaagacatgagatgctcctctaaactctaacattctccggggagtttaatcacatgtttttggt 29790397  T
Q  118 taattttggattggtatgccattactgtgtgtctttctgggaatattgtaattagactatgatagtttgataatttgggtcattaacagtactctatcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29790396 taattttggattggtatgccattactgtgtgtctttctgggaatattgtaattagactatgatagtttgataatttgggtcattaacagtactctatcaa 29790297  T
Q  218 caagtcaaattgnnnnnnnntggttgcacaagtatctaattttttaattgattgtgtataattgtcaacatatctactaaactttcccgtgattcactag 317  Q
    ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29790296 caagtcaaattgaaaaaaaatggttgcacaagtatctaattttttaattgattgtgtataattgtcaacatatctactaaactttcccgtgattcactag 29790197  T
Q  318 aaaaaacaattagtttttggcattatctcgtgaatgaataatgctataacgtgaaagatcattgcgttaagtaaaccacaaacttaaactctaaattatc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29790196 aaaaaacaattagtttttggcattatctcgtgaatgaataatgctataacgtgaaagatcattgcgttaagtaaaccacaaacttaaactctaaattatc 29790097  T
Q  418 tccaacttttttctgtgggatcctttggagtgatcttcatgctactcaagatttgatgaatttagttacgctcttcttaactactctatgttggtgttgg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29790096 tccaacttttttctgtgggatcctttggagtgatcttcatgctactcaagatttgatgaatttagttacgctcttcttaactactctatgttggtgttgg 29789997  T
Q  518 aaggcaagatgcacgacgtggggtatgttgcacatgaacaattaattaaagtagattaatatgattgtttgcttacaatggttaaacaaaccaagcatca 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29789996 aaggcaagatgcacgacgtggggtatgttgcacatgaacaattaattaaagtagattaatatgattgtttgcttacaatggttaaacaaaccaagcatca 29789897  T
Q  618 taagtgagatttagatttgctgttatgttctatttaaagggtcactttcaattgcatgtgcaacttgtacgtcactcataaattagaaaacgatgcatga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29789896 taagtgagatttagatttgctgttatgttctatttaaagggtcactttcaattgcatgtgcaacttgtacgtcactcataaattagaaaacgatgcatga 29789797  T
Q  718 cccattcaatattttttatttccccggattaaaggctaccctatg 762  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29789796 cccattcaatattttttatttccccggattaaaggctaccctatg 29789752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University