View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19678_low_20 (Length: 434)

Name: NF19678_low_20
Description: NF19678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19678_low_20
NF19678_low_20
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-416)||(1546681-1547098)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (5-324)||(39966-40285)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (5-324)||(24209162-24209481)
chr1 (5-315)||(45033799-45034109)
chr1 (5-324)||(45028943-45029258)
chr1 (15-106)||(19329440-19329531)
chr1 (189-324)||(9933100-9933235)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (5-315)||(33165187-33165497)
chr6 (21-323)||(16593814-16594118)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-324)||(40271180-40271492)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (13-324)||(31048-31359)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (189-324)||(48100382-48100517)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 416
Target Start/End: Original strand, 1546681 - 1547098
Alignment:
Q  1 actaagaaaaaggccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546681 actaagaaaaaggccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaacataactcaagggtcccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgac 1546780  T
Q  101 ataattgatttgtgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546781 ataattgatttgtgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatagagaagactgtaggcgatgtcagactgttgttgatatatgaaga 1546880  T
Q  201 gagagtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtacc--atgctctgggcgcttgcttgagaccataaagt 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546881 gagagtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagt 1546980  T
Q  299 gacttcttcaaacgacacacataatcactgcactgaaaagtggaatccatcgagttgcttttgaagatcagtaggtttcttccttgatagacactcttaa 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1546981 gacttcttcaaacgacacacataatcactgcactgaaaagtggaatccatcgagttgcttttgaagatcagtgggtttcttccttgatagacactcttaa 1547080  T
Q  399 gtgtaagaatgatgctga 416  Q
    ||||||||||||||||||    
T  1547081 gtgtaagaatgatgctga 1547098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 40285 - 39966
Alignment:
Q  5 agaaaaaggccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgacataa 104  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40285 agaaaaatgccaccaggatggcgagagacagcaatacccaaaaaataacttaagagacccagatccttcattgcaaattcagatgctaagagtgacataa 40186  T
Q  105 ttgatttgtgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaagagaga 204  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  40185 ttgatttgcgaagggcatgagtagaggtaataaggatgatgtcatccacatagagaagaatgtaggccatgtcagagtgttgtcgatatatgaagagaga 40086  T
Q  205 gtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagtgacttc 304  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||  |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40085 gtggtctgatgtgctatgtcgaaacccaatggtagttacatagtcagcaaagcgttggtaccatgctcgaggcgcttgcttgagaccataaagtgacttc 39986  T
Q  305 ttcaaacgacacacataatc 324  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  39985 ttcaaacgacaaacataatc 39966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 24209481 - 24209162
Alignment:
Q  5 agaaaaaggccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgacataa 104  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| |||| ||| ||||  |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  24209481 agaaagagaccaccaggatgacgagagacggcaatacccaaaaaatagctcaggggacccaaatccttcattgcaaactcggatgccaagagggacataa 24209382  T
Q  105 ttgatttgtgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaagagaga 204  Q
    | |||| | ||||||||||||  || || ||||| || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || || ||| | ||||||||||||||    
T  24209381 tggattggcgaagggcatgagtggaagtaataaggataatgtcgtccacatagagcagaatgtaggccatgtcggattgctgtcggtatatgaagagaga 24209282  T
Q  205 gtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagtgacttc 304  Q
     || | ||||||||||||||| |||||  |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  24209281 atgatctgatgtgctatgtcgaaaaccaatggtagttacatagtcagcaaagcgttggtaccatgctcgaggcacttgcttgagaccataaagcgacttc 24209182  T
Q  305 ttcaaacgacacacataatc 324  Q
    ||||||||||| || |||||    
T  24209181 ttcaaacgacaaacgtaatc 24209162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 5 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 45034109 - 45033799
Alignment:
Q  5 agaaaaaggccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgacataa 104  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| |||| ||| ||||  |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  45034109 agaaagagaccaccaggatgacgagagacggcaatacccaaaaaatagctcaggggacccaaatccttcattgcaaactcggatgccaagagggacataa 45034010  T
Q  105 ttgatttgtgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaagagaga 204  Q
    | |||| | ||||||||||||  || || ||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || || ||| | ||||||||||||||    
T  45034009 tggattggcgaagggcatgagtggaagtaataaggatgatgtcgtccacatagagcagaatgtaggccatgtcggattgctgtcggtatatgaagagaga 45033910  T
Q  205 gtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagtgacttc 304  Q
     || | ||||||||||||||| ||| |  ||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45033909 atgatctgatgtgctatgtcgaaaaacaatggtaattacatagtcagcaaagcgttggtaccatgctcgaggcgcttgcttgagaccataaagcgacttc 45033810  T
Q  305 ttcaaacgaca 315  Q
    |||||||||||    
T  45033809 ttcaaacgaca 45033799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 45029258 - 45028943
Alignment:
Q  5 agaaaaaggccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgacataa 104  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| ||||  || ||||  |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  45029258 agaaagagaccaccaggatgacgagagacggcaatacccaaaaaatagctcagaggacccaaatccttcattgcaaactcggatgccaagagggacataa 45029159  T
Q  105 ttgatttgtgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaagagaga 204  Q
    | |||| | ||||||||||||  || || ||||| |||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| || || ||| | ||||||||||||||    
T  45029158 tggattggcgaagggcatgagtggaagtaataaggatgatgtcgtccaca----gcagaatgtaggccatgtcggattgctgtcggtatatgaagagaga 45029063  T
Q  205 gtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagtgacttc 304  Q
     || | ||||||||||||||| |||||  |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  45029062 atgatctgatgtgctatgtcgaaaaccaatggtagttacatagtcagcaaagcgttggtaccatgctcgaggcacttgcttgagaccataaagcgacttc 45028963  T
Q  305 ttcaaacgacacacataatc 324  Q
    ||||||||||| || |||||    
T  45028962 ttcaaacgacaaacgtaatc 45028943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 19329531 - 19329440
Alignment:
Q  15 caccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgacataatt 106  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  19329531 caccaggatgacgagatacagcaatacccaaaaaagaactcaggggccccaagtccttcaatgcaaactcagatgctaggagtgacataatt 19329440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 324
Target Start/End: Original strand, 9933100 - 9933235
Alignment:
Q  189 gatatatgaagagagagtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgag 288  Q
    |||| ||||| || ||||| | ||| ||||||||  |||| ||  ||||||| ||| |||| |||||||| |||||||| || |  ||||||||||| ||    
T  9933100 gatagatgaaaagggagtgatctgaagtgctatgctggaatccaatggtggagacaaagtctgcaaaacgctggtaccaggcacgaggcgcttgctttag 9933199  T
Q  289 accataaagtgacttcttcaaacgacacacataatc 324  Q
    |||||| ||||| ||   ||| ||||||||||||||    
T  9933200 accatacagtgattttcgcaagcgacacacataatc 9933235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 33165497 - 33165187
Alignment:
Q  5 agaaaaaggccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgacataa 104  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| |||| ||| ||||  |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  33165497 agaaagagaccaccaggatgacgagagacggcaatacccaaaaaatagctcaggggacccaaatccttcattgcaaactcggatgccaagagggacataa 33165398  T
Q  105 ttgatttgtgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaagagaga 204  Q
    | |||| | ||||||||||||  || || ||||| || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || || ||| | ||||||||||||||    
T  33165397 tggattggcgaagggcatgagtggaagtaataaggataatgtcgtccacatagagcagaatgtaggccatgtcggattgctgtcggtatatgaagagaga 33165298  T
Q  205 gtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagtgacttc 304  Q
     || | ||||||||||||||| ||| |  ||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33165297 atgatctgatgtgctatgtcgaaaaacaatggtaattacatagtcagcaaagcgttggtaccatgctcgaggcgcttgcttgagaccataaagcgacttc 33165198  T
Q  305 ttcaaacgaca 315  Q
    |||||||||||    
T  33165197 ttcaaacgaca 33165187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 16594118 - 16593814
Alignment:
Q  21 gatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagat--gctaagagtgacataattgatttgtgaagg 118  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||| |  || ||||  |||||||| ||||| ||||||  |||| ||| |||||||| |||||| | |||    
T  16594118 gatgacgagatactgcaatacccaaaaagtaacttagaggacccaaatccttcattgcaaactcagatatgctaggagggacataatggatttgcggagg 16594019  T
Q  119 gcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaagagagagtggtatgatgtgc 218  Q
     | ||||  |||||||| || ||||||||||| ||||  || ||| ||||||||||||| ||   |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16594018 acctgagtggaggtgatgagaatgatgtcgtctacataaagcagaatgtaggccatgtctgaaccttgtcgatatatgaagagagagtggtctgatgtgc 16593919  T
Q  219 tatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagtgacttcttcaaacgacacac 318  Q
    |||| || || ||  ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |  |||||||| || ||||| ||    
T  16593918 tatggcgaaagccaatggtggcgacatagtcagcaaagcgttggtaccatgctctaggcgctttcttgagaccatacaaggacttctttaatcgacagac 16593819  T
Q  319 ataat 323  Q
    |||||    
T  16593818 ataat 16593814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 324
Target Start/End: Original strand, 40271180 - 40271492
Alignment:
Q  13 gccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaat-tcagatgctaagagtgacataattgattt 111  Q
    |||| |||||||| |||||||  ||||||||| ||| |||||||  || ||||  |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40271180 gccatcaggatgacgagatactgcaatacccagaaagtaactcagagggcccaaatccttcattgcaaaactcagatgctaagagtgacataattgattt 40271279  T
Q  112 gtgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaagagagagtggtat 211  Q
    | | ||| | ||||  |||||||| || ||||||||||| ||||  || ||| ||||||||||||| ||   |||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  40271280 gcggaggacctgagtggaggtgatgaggatgatgtcgtctacatacagcagaatgtaggccatgtctgaaccttgtcgatatatgaagagggagtggtct 40271379  T
Q  212 gatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagtgacttcttcaaac 311  Q
    ||||||||||| || || ||  || |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  || |||||||| |    
T  40271380 gatgtgctatggcgaaagccaatgatggcgacatagtcagcaaagcgttggtaccatgctctaggcgcttgcttgagaccatacaaggatttcttcaacc 40271479  T
Q  312 gacacacataatc 324  Q
    |||| ||||||||    
T  40271480 gacaaacataatc 40271492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 31359 - 31048
Alignment:
Q  13 gccaccaggatgatgagatacaacaatacccaaaaaataactcaagggccccaggtccttcatcgcaaattcagatgctaagagtgacataattgatttg 112  Q
    |||| |||||||| ||||||||  |||||||| ||| |||||||  || ||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  31359 gccatcaggatgacgagatacagaaatacccagaaagtaactcagagggcccaaatccttcattgcaaactcagatgctaagagtgacataattgattta 31260  T
Q  113 tgaagggcatgagaagaggtgataagtatgatgtcgtccacatggagaagactgtaggccatgtcagactgttgttgatatatgaagagagagtggtatg 212  Q
       ||| | ||||  ||| |||| || ||| ||||||| ||||  || ||| |||||||||||||  |   |||| ||||||||||||  |||| || ||    
T  31259 cagaggacctgagtggagatgatgaggatggtgtcgtctacatacagcagaatgtaggccatgtctaaaccttgtcgatatatgaagatggagttgtctg 31160  T
Q  213 atgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgagaccataaagtgacttcttcaaacg 312  Q
    |||||||||| || || |   ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||    
T  31159 atgtgctatggcgaaagcgaatggtggtgacatagtcagcgaaacgttggtaccatgctctaggcgcttgcttgagaccatacaaggacttcttcagccg 31060  T
Q  313 acacacataatc 324  Q
    ||| ||||||||    
T  31059 acatacataatc 31048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 324
Target Start/End: Original strand, 48100382 - 48100517
Alignment:
Q  189 gatatatgaagagagagtggtatgatgtgctatgtcggaaaccggtggtggatacatagtcagcaaaacgttggtaccatgctctgggcgcttgcttgag 288  Q
    |||| ||||| || ||||| | ||| ||||||||  |||| ||  ||||||| ||| |||| |||||||| |||||||| || |  ||||||||||| ||    
T  48100382 gatagatgaaaagggagtgatctgaagtgctatgctggaatccaatggtggagacaaagtctgcaaaacgctggtaccaggcacgaggcgcttgctttag 48100481  T
Q  289 accataaagtgacttcttcaaacgacacacataatc 324  Q
    |||||| ||||| ||   ||| ||||||||||||||    
T  48100482 accatacagtgattttcgcaagcgacacacataatc 48100517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University