View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19687_high_2 (Length: 692)

Name: NF19687_high_2
Description: NF19687
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19687_high_2
NF19687_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-677)||(27311098-27311782)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 677
Target Start/End: Original strand, 27311098 - 27311782
Alignment:
Q  16 atgtggcataattttatttttcactctatgtgtagatccactaaactcatagttaaactaattaatgatannnnnnnaatagaataaagtttatgttagt 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  27311098 atgtggtataattttatttttcactctatgtgtagatccactaaactcgtagttaaactaattaatgatatttttttaatagaataaagtttatgttagt 27311197  T
Q  116 taggttcatggggctcattagggttacaatagactttaaggctcaga-gaacgctaacaaggtatttacaaatcccccacgatgaaatcctcacactgct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | |    
T  27311198 taggttcatggggctcattagggttacaataaactttaaggctcaaaagaacgctaacaaggtatttacaaatcccccacaaagaaatcctcacaccggt 27311297  T
Q  215 aatgtaactcatgttattgtga-agt-atgattaaactccttaccaattgagtcgatcttcgttgtcaaattaattgataatactacataataagta--- 309  Q
    |||||||||||||||||||  | | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       
T  27311298 aatgtaactcatgttattgaaatactcatgattaaactccttgccaattgagtcgatcttcgttgtcaaattaattgataatactacataataaatattt 27311397  T
Q  310 ----------------gatagaaatagaaaattctacctgccaagtcttaattctaagaccattggtagtcccctttagaaatgctgtatccaaagtcac 393  Q
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27311398 accaaaatttaatcaagatagaaatagaaaattctacctgccaagtcttaattctaagaccattggtagtcccctttagaaatgctgtatccaaaatcac 27311497  T
Q  394 tttcgtgactacaccagttgagttatctttaccgagacttccaatgctgtaaaaaagtagtgtt-agagaaagaaaataactactttacctaatatggtt 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27311498 tttcgtgactacaccagttgagttatctttaccaagacttccaatgctgtaaaaaagtagtgtttagagaaagaaaataactactttacctaatatggtt 27311597  T
Q  493 tccacttcccagtacaatataaatttatttttatctttgagtttaatatcctatgtttacacaagtcacgtaaccattaaaataatgttatgtatgtggt 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27311598 tccacttcccagtacaatataaatttatttttatctttgagtttaatatcctatgtttacacaagtcacgtaaccattaaaataatgttatgtatgtggt 27311697  T
Q  593 tcctgtaaccaactcttctagaaagataaaaatggtgggaaccacaaccgtggcatcaacttcatgtgtgtttggagctgaatat 677  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27311698 tcctgtaaccaattcttctagaaagataaaaatggtgggaaccacaaccgtggcatcaacttcatgtgtgtttggagctgaatat 27311782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University