View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1968_1D_low_28 (Length: 256)

Name: NF1968_1D_low_28
Description: NF1968_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1968_1D_low_28
NF1968_1D_low_28
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-256)||(40761469-40761724)
chr4 (1-256)||(52918565-52918820)
chr4 (1-256)||(38989776-38990031)
chr4 (1-252)||(40692090-40692341)
chr4 (1-256)||(45658638-45658893)
chr4 (57-252)||(47984851-47985046)
chr4 (1-256)||(55611498-55611753)
chr4 (57-254)||(53512297-53512494)
chr4 (1-185)||(44108787-44108971)
chr4 (1-211)||(47604573-47604783)
chr4 (94-256)||(53270151-53270313)
chr4 (102-256)||(11648461-11648615)
chr4 (100-175)||(4352637-4352712)
chr4 (94-171)||(34952976-34953053)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-256)||(5342981-5343236)
chr5 (1-256)||(32747613-32747868)
chr5 (1-256)||(24855036-24855292)
chr5 (1-256)||(6431524-6431779)
chr5 (96-253)||(41615497-41615654)
chr5 (1-216)||(31471165-31471365)
chr5 (94-249)||(23248236-23248389)
chr5 (102-171)||(27949443-27949512)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (1-256)||(49326428-49326683)
chr3 (1-256)||(41973683-41973938)
chr3 (1-252)||(48062956-48063207)
chr3 (1-256)||(47373879-47374134)
chr3 (30-256)||(30389685-30389911)
chr3 (1-254)||(8485537-8485794)
chr3 (1-256)||(44206869-44207124)
chr3 (1-256)||(16483623-16483878)
chr3 (1-256)||(21979000-21979255)
chr3 (1-256)||(22001431-22001686)
chr3 (1-174)||(21449770-21449943)
chr3 (1-126)||(49439938-49440063)
chr3 (92-256)||(10493849-10494012)
chr3 (150-256)||(18876893-18876999)
chr3 (96-227)||(23334081-23334210)
chr3 (94-165)||(9127873-9127944)
chr3 (94-165)||(9135980-9136051)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (1-252)||(35584175-35584426)
chr7 (1-256)||(43748315-43748570)
chr7 (1-256)||(109456-109711)
chr7 (1-252)||(15031715-15031966)
chr7 (1-252)||(7254506-7254756)
chr7 (1-220)||(29331414-29331633)
chr7 (1-252)||(26792764-26793006)
chr7 (30-256)||(45490858-45491084)
chr7 (75-256)||(38256655-38256836)
chr7 (75-256)||(38264230-38264411)
chr7 (75-253)||(37999439-37999617)
chr7 (1-144)||(33850940-33851083)
chr7 (141-256)||(33849542-33849657)
chr7 (103-227)||(19647778-19647901)
chr7 (97-251)||(1378213-1378366)
chr7 (94-163)||(1852860-1852929)
chr7 (94-171)||(38000287-38000364)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (1-253)||(18277285-18277536)
chr1 (1-256)||(5749022-5749277)
chr1 (1-254)||(39598980-39599233)
chr1 (2-256)||(3474379-3474633)
chr1 (30-256)||(14271096-14271322)
chr1 (1-256)||(4852108-4852363)
chr1 (85-256)||(10311794-10311965)
chr1 (1-152)||(10222356-10222507)
chr1 (94-256)||(12524116-12524278)
chr1 (1-256)||(30517498-30517753)
chr1 (96-256)||(7563764-7563924)
chr1 (94-246)||(6604955-6605106)
chr1 (182-256)||(10222512-10222586)
chr1 (96-171)||(41367700-41367775)
chr1 (117-171)||(30516756-30516810)
chr1 (1-41)||(22334570-22334610)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (2-256)||(24831520-24831774)
chr8 (1-256)||(10846-11094)
chr8 (102-256)||(41835450-41835604)
chr8 (94-171)||(11457716-11457793)
chr8 (94-171)||(38621008-38621085)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-256)||(13037653-13037908)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (1-256)||(16352-16607)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-256)||(5463495-5463750)
chr2 (1-252)||(15112457-15112708)
chr2 (94-256)||(41962433-41962595)
chr2 (94-256)||(34949234-34949395)
chr2 (96-256)||(45536335-45536495)
chr2 (106-252)||(5937605-5937750)
chr2 (96-252)||(21484401-21484555)
chr2 (100-171)||(31717149-31717220)
chr2 (90-171)||(18964201-18964282)
chr2 (177-249)||(24169102-24169174)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (90-256)||(18172-18337)
[»] scaffold0064 (1 HSPs)
scaffold0064 (94-155)||(62293-62354)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (100-249)||(426514-426661)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (96-171)||(37210-37285)
[»] scaffold0210 (1 HSPs)
scaffold0210 (94-249)||(7373-7526)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 40761469 - 40761724
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  40761469 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttctggaaaacgaaatccggaatacctcagcatag 40761568  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40761569 gattcttttgtacggaccacattgcaccaggagtttatgcgttccacaacatccaaggacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacatc 40761668  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40761669 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccatgcaattttttgtcattaagctga 40761724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 52918565 - 52918820
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||  ||||||||| |||||||    
T  52918565 gataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatctggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaatgaaatccggaatacctcagcatag 52918664  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  52918665 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctatataaatacatcctctccggttttcagcttcaacacc 52918764  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  52918765 atcaaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttttgtcattaagctga 52918820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 38989776 - 38990031
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||  ||||||||| |||||||    
T  38989776 gataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccagattttcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacaaaatccggaatacctcagcatag 38989875  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  38989876 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaatatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcaggttcaacacc 38989975  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  38989976 atcgaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttttgtcattaagctga 38990031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 40692090 - 40692341
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  40692090 gataaaataaccaaagatatacttttcggattacgaaatccggattgacctagggcgtaagtgtgttccggaaaacgaaattcggaatacctcagcatag 40692189  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  40692190 gattcttttgtatggaccaaattgcaccaggagtttatgcggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaatacc 40692289  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||   || ||||||||||||||    
T  40692290 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatttaaatttttgtcattaag 40692341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 45658638 - 45658893
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  ||||  ||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  45658638 gataaaataaccaaagatatgcttttcggattatgaaatctggattgacctagggcgtaagtgtgttccggaaaacgaaatctggaatacctcaacatag 45658737  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||| |||    
T  45658738 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtcgacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccgattttcagcatcaatacc 45658837  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  45658838 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 45658893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 57 - 252
Target Start/End: Original strand, 47984851 - 47985046
Alignment:
Q  57 gtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaa 156  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47984851 gtatgtgtgttccggaaaacgaaatctggaatacctcagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaa 47984950  T
Q  157 agacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
     |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  47984951 ggacctctataaatacagcatctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 47985046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 55611498 - 55611753
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||| ||||||||   |||| | |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||   |||||||||||   |||||||| |||||||    
T  55611498 gataaaataatcaaagataacctttttggattacgaaatccggattgacctagggcgtaagtgtgttccagaaaacgaaatccagaatacctcagcatag 55611597  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||    
T  55611598 gattcttttgtatggaccacattgcaccatgagtttatgttgtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccagttttcagcttcaatacc 55611697  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  55611698 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 55611753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 57 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 53512494 - 53512297
Alignment:
Q  57 gtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaa 156  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53512494 gtatgtgtgttccggaaaacgaaattcgaaatacctcagcataggattcttttgtatgaaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaa 53512395  T
Q  157 agacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagct 254  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||    
T  53512394 ggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagct 53512297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 44108971 - 44108787
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||  ||||||||||||||||     
T  44108971 gataaaataaccaaagatatgcttttcggattatgaaatccgaatttgcctagggcgtatgtgggttccggaaaacgaaatcaggaataccttagcatat 44108872  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggtt 185  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  44108871 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggtt 44108787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 47604783 - 47604573
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||| ||||  || ||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  47604783 gataaaataaccaaatatatatttctcggattacgaaatccggattgacctagggcgtaagtgtgttctggaaaacaaaattcggaataccttagcatag 47604684  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||    
T  47604683 gattcttttgtatggactaaattgcaccaggagtttatgtggtccacaacttccaaggacctctataaatacatcctctccagttttgagcttcaatacc 47604584  T
Q  201 atcaaaacaca 211  Q
    || ||||||||    
T  47604583 attaaaacaca 47604573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 94 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 53270313 - 53270151
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 193  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  53270313 agcataggatccttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtgatccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccggttttcagctt 53270214  T
Q  194 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  53270213 caataccaccaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 53270151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 102 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 11648615 - 11648461
Alignment:
Q  102 attcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacca 201  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||| ||||    
T  11648615 attcttttgtatggaccacattgcaccaaaagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagcttcaatacca 11648516  T
Q  202 tcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
     ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  11648515 gcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaattttttgtcattaagctga 11648461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 100 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 4352712 - 4352637
Alignment:
Q  100 ggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatc 175  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4352712 ggattcttttatatgtcccacattgcaccaagagtttatatggtccacaacatccaaggacctctataaatacatc 4352637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 94 - 171
Target Start/End: Original strand, 34952976 - 34953053
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||   | ||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||    
T  34952976 agcataagattcttttgtatggtccacattgcaccgataatttatgtggtccacaacgtccagatacttctataaata 34953053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 5342981 - 5343236
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||  ||||||||| ||||||     
T  5342981 gataaaataaccaaagaaatgattttcgaattaagaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccgaaaaacgaaatccggaatacctcagcatat 5343080  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  5343081 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaatacc 5343180  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5343181 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 5343236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 32747868 - 32747613
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| | |||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||| ||||||     
T  32747868 gataaaataaccaaatatatgcttttcggattacgaaattcggatttgcctacgacgtatgtgtgttctggaaatcgaaatccggaatacctcagcatat 32747769  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||    
T  32747768 gattcttttgtatggaccacattacaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttctgcttcaatacc 32747669  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  32747668 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 32747613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 24855036 - 24855292
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  24855036 gataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaaattcggattttcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatacggaatacctcagcatag 24855135  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  24855136 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccgcaacattcaaggacatctataaatacatactctccggttttcagcttcaacacc 24855235  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaag-aataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    |||||| |||||||| | ||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  24855236 atcaaagcacacaaacataacaaagaaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 24855292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 6431524 - 6431779
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||||||    
T  6431524 gataaaataaccaaagatatgcgtttcggattacgaaatctggatttgcctagggcgtatgtgtgtttcggaaatcgaaatctggaatacctcagcatag 6431623  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||    
T  6431624 gattctttcgtatggaccacattgcaccaggagttcatgtggtccacaacatccaagaacctctataaatacatcatctccggttttcagcttcaatgcc 6431723  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  6431724 atcaaaatacacaaacacaccaaagaaaatcatgcaaatttttgtcattaagctga 6431779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 96 - 253
Target Start/End: Original strand, 41615497 - 41615654
Alignment:
Q  96 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 195  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||| |||||    
T  41615497 catatgatccttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctatcaatacaccctctccggttttcaacttca 41615596  T
Q  196 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagc 253  Q
    | |||||||||||| ||||| |||  |||||| ||||  ||| |||||||||||||||    
T  41615597 ataccatcaaaacagacaaacacacgaaagaaaaccacacaaatttttgtcattaagc 41615654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 31471165 - 31471365
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||| ||  ||||||||| ||  ||||||||| | |||||    
T  31471165 gataaaataaccaaagatatgcctttcggattacgaaatccggattcacctagggcgtaagtgtattccggaaaacgacatccggaatacctcaacatag 31471264  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||               | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||| ||     
T  31471265 gattcttttgtat---------------aagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaataccccctctctggttttgagcttcaatact 31471349  T
Q  201 atcaaaacacacaaat 216  Q
    | ||||||||||||||    
T  31471350 agcaaaacacacaaat 31471365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 94 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 23248389 - 23248236
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 193  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||||||  ||||| | |  | | |||||||||||  | || ||||||||||| |||    
T  23248389 agcataggattcttttgtatggaccacattgcaccgacagtttctgtggtatacaacgtgcgtatatctctataaataagtgtt-tctggttttcatctt 23248291  T
Q  194 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 249  Q
    |    ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||||    
T  23248290 cttttccaccaaaacccacaaacacaacaaagaa-accatggaaatttttgtcatt 23248236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 102 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 27949512 - 27949443
Alignment:
Q  102 attcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||   | ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27949512 attcttttgtgggaaccacattgcaccgataatttttgtggtccacaacatccataaacctctataaata 27949443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 49326428 - 49326683
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  49326428 gataaaataaccaaagatatgcttttcggattaccaaatccggacttgcctagggcgtatgtgtgttctggaaaacgaaatctagaatacctcagcatag 49326527  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  49326528 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccgcaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcaacttcaacacc 49326627  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  49326628 atcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 49326683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 41973683 - 41973938
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||| | ||||     
T  41973683 gataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatctgaaatacctcaacataa 41973782  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41973783 gattcttttgtatggaccacactgcaccataagtttatgtggtccacaacatccaaggacctttataaatacatcttctccggttttcagcttcaacacc 41973882  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||    
T  41973883 atcaaaacacacaaacacaacaaagaataacatgcaaatttttatcattaagctga 41973938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 48063207 - 48062956
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||   |||||||| |||||||    
T  48063207 gataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccagaaaacgaaatccagaatacctcagcatag 48063108  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  48063107 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacgacatccaaggacctctataaatacattctctccggttttcagcttcaacacc 48063008  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
    || |||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  48063007 attaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 48062956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 47373879 - 47374134
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||  ||||||| | |||||||    
T  47373879 gataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaatcgaaatccggaatacgtcagcatag 47373978  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||    
T  47373979 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttacgtgatccacaaaatccaaggacctctataaatacatcctctccgattttcagcttcaatacc 47374078  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  47374079 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 47374134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 30389911 - 30389685
Alignment:
Q  30 attacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcacca 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30389911 attacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccgaaaaacgaaatccggaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcacca 30389812  T
Q  130 ggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaata 229  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |    
T  30389811 agagtttatgtggtccacaacatccaatgacctctataaatacatcatctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaa 30389712  T
Q  230 ccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  30389711 ccatgcaaatttttgtcattaagctga 30389685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 8485537 - 8485794
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||     
T  8485537 gataaaataacgaaagatatgcttttcggattacgaaatccggaattgtctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaataccttagcatat 8485636  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagt----ttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaa 196  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  8485637 aattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttaattatgtggtccacaacatccaaggacatatataaatacattctctctggttttcagcttcaa 8485736  T
Q  197 caccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagct 254  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||    
T  8485737 caccatcaaaacacacaaacaaaacaaagaaaaccatgcacatttttgtcattaagct 8485794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 44206869 - 44207124
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||   |||||||| | |||||    
T  44206869 gataaaataaccaaagaaatgattttcggattacaaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccgaaaaacgaaatccagaatacctcatcatag 44206968  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||| |||    
T  44206969 gattcttttttatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtcctcaacatccaaggacctctataaatatatcctcttcggtttccagcttcaatacc 44207068  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  44207069 atcacaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 44207124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 16483878 - 16483623
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||| ||||||||   |||| | |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||   |||||||||||   |||||||| |||||||    
T  16483878 gataaaataatcaaagataacctttttggattacgaaatccggattgacctagggcgtaagtgtgttccagaaaacgaaatccagaatacctcagcatag 16483779  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||    
T  16483778 gattcttttgtatggaccacattgcaccatgagtttatgttgtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccagttttcagcttcaatacc 16483679  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  16483678 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 16483623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 21979000 - 21979255
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| |||| | ||| | ||||  |||| |||||| |||||||  ||||||| ||||  ||||||||| ||||||     
T  21979000 gataaaataaacaaagatatgcttttcggattatggaattcggattcacctaaggcgtaagtgtgttccggaaaacaaaatccggaatacctcagcatat 21979099  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  21979100 gattcttttgtatggaccatattgcaccaagattttatgtggtccacaacagccaatgacctctataaatacaccctctctggttttcagcttcaatacc 21979199  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    | ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  21979200 agcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 21979255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 22001431 - 22001686
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| |||| | ||| | ||||  |||| |||||| |||||||  ||||||| ||||  ||||||||| ||||||     
T  22001431 gataaaataaacaaagatatgcttttcggattatggaattcggattcacctaaggcgtaagtgtgttccggaaaacaaaatccggaatacctcagcatat 22001530  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  22001531 gattcttttgtatggaccatattgcaccaagattttatgtggtccacaacagccaatgacctctataaatacaccctctctggttttcagcttcaatacc 22001630  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    | ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  22001631 agcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 22001686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 21449770 - 21449943
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||     
T  21449770 gataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaaattcgaatttgcctagggcgtatgtgtgttctggaaaacgaaatccggaatacctcagcatat 21449869  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacat 174  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21449870 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtctatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacat 21449943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 126
Target Start/End: Original strand, 49439938 - 49440063
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  49439938 gataaaataaccaaagatgtgatttccagattaggaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatctggaatacctcagcatag 49440037  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgca 126  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||    
T  49440038 gattcttttatatggaccacattgca 49440063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 92 - 256
Target Start/End: Original strand, 10493849 - 10494012
Alignment:
Q  92 ttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagc 191  Q
    |||||||| ||||||||| |||| | |||| ||||||   ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  | || || | |||||| |    
T  10493849 ttagcatatgattcttttatatggatcacaatgcaccgacagtttatgtggtccacaacgtccatagacctctataaataagtatt-tccgattttcatc 10493947  T
Q  192 ttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||   ||| ||||||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10493948 ttcatttccaacaaaacacacaaacacaaaaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 10494012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 150 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 18876999 - 18876893
Alignment:
Q  150 catccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 249  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||| | | ||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  18876999 catccaatgacctctataaatacaccctctctggttttcagctacaataccagcaaaatacacaaacataccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcatt 18876900  T
Q  250 aagctga 256  Q
    |||||||    
T  18876899 aagctga 18876893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 96 - 227
Target Start/End: Original strand, 23334081 - 23334210
Alignment:
Q  96 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 195  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||  |  || ||||||||||| |||||    
T  23334081 cataggattcttttgtatggaccacattgcaccgatagtttatgtggtccacaacgtccagatacctctgtaaat--aagttttctggttttcatcttca 23334178  T
Q  196 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaa 227  Q
       ||| ||||||||| ||| ||| |||||||    
T  23334179 tttccagcaaaacacataaacacaccaaagaa 23334210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 94 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 9127944 - 9127873
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctcta 165  Q
    |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  9127944 agcataggatccttttgtgtggaccatattgcaccaagagtttatgtgatccacaacattcaaggacctcta 9127873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 94 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 9136051 - 9135980
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctcta 165  Q
    |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  9136051 agcataggatccttttgtgtggaccatattgcaccaagagtttatgtgatccacaacattcaaggacctcta 9135980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 35584175 - 35584426
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||     
T  35584175 gataaaataaccaaatatatgcttttcggattatgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatctggaatacctcagcatat 35584274  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  35584275 gattcttttgtatcgaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcagcttgaacacc 35584374  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  35584375 atcaaaacacacaaacacaacaaagaatatcatgcaaatttttgtcattaag 35584426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 43748315 - 43748570
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||   |||||||| ||||||     
T  43748315 gataaaataaccaaagatatgatttttggattacgaaattcggatttgcctagggcgtatgtgtgttccgaaaaacgaaatcccgaatacctcagcataa 43748414  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  43748415 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtgatccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggtttttagcttcaacacc 43748514  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  43748515 atcaaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttttgtcattaagctga 43748570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 109711 - 109456
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| || ||||    
T  109711 gataaaataaccaaatatatgcttttcggattacgaaatccgaatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcagaatag 109612  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  109611 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaacacatcctctccggttttcagcttcaacacc 109512  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  109511 atcaaaacacacgaacacaacaaagaaaatcatgcaaatttttgtcattaagctga 109456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 15031715 - 15031966
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| ||||||     
T  15031715 gataaaataaccaaagatatgactttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcagcatat 15031814  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||    
T  15031815 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccgattttcagcttcaacgcc 15031914  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||    
T  15031915 atcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttctcattaag 15031966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 7254506 - 7254756
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | ||||     
T  7254506 gataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggattcgcctaggg-gtatgtgtgttttggaaaacgaaatccggaatacctcaacatat 7254604  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||    
T  7254605 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccagttttcagcttcaaaacc 7254704  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  7254705 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 7254756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 29331414 - 29331633
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| | |||||    
T  29331414 gataaaataaccaaagatatgatttttggattacgaaatccggatttgcttagggcgtatgtgtgtttcggaaaacgaaatccggaatacctcaacatag 29331513  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  29331514 gattcttttgtatagaccacattgcaccaggagtttttgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaacacc 29331613  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaa 220  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  29331614 atcaaaacacacaaacacaa 29331633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 26793006 - 26792764
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||| ||||||     
T  26793006 gataaaataaccaaagatatgattttcggattgcgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttctgaaaaacgaaatccggaatacctcagcatat 26792907  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||         ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  26792906 gattcttttgtat---------tgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaatacc 26792816  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  26792815 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 26792764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 30 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 45491084 - 45490858
Alignment:
Q  30 attacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcacca 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45491084 attacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcaacataggattcttttgtatggaccacattgcacca 45490985  T
Q  130 ggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaata 229  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||| |    
T  45490984 agagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttctcagcttcaataccattaaaacacacaaacacaccaaagaaaa 45490885  T
Q  230 ccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
     || |||| ||||||||||||||||||    
T  45490884 tcatgcaaatttttgtcattaagctga 45490858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 75 - 256
Target Start/End: Original strand, 38256655 - 38256836
Alignment:
Q  75 acgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacat 174  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38256655 acgaaatccggaatacctcagcatagaattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacat 38256754  T
Q  175 cttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    | || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||    
T  38256755 cctcaccagttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttaagtcattaagctga 38256836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 75 - 256
Target Start/End: Original strand, 38264230 - 38264411
Alignment:
Q  75 acgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacat 174  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38264230 acgaaatccggaatacctcagcatagaattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacat 38264329  T
Q  175 cttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    | || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||    
T  38264330 cctcaccagttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttaagtcattaagctga 38264411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 75 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 37999617 - 37999439
Alignment:
Q  75 acgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacat 174  Q
    |||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  37999617 acgaaatccggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacattccaagacctccataaatacat 37999518  T
Q  175 cttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagc 253  Q
    | | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | || |||| |||||||||||||||    
T  37999517 cattttcggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaatcatgcaaatttttgtcattaagc 37999439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 33851083 - 33850940
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||     
T  33851083 gataaaataatcaaagatatgattttcggattacgaaatccgaatttgcctagggcgtatgtgtgttctggaaaacaaaatctggaatacctcagcataa 33850984  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtc 144  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33850983 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtc 33850940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 141 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 33849657 - 33849542
Alignment:
Q  141 ggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattt 240  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||    
T  33849657 ggtctacaacatccaaggatctctataaatacatcatctccgattttcagcttcaacaccataaaaacacacaaacacaaaaaagaataccatgcaaatt 33849558  T
Q  241 tttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||||    
T  33849557 tttgtcattaagctga 33849542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 103 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 19647901 - 19647778
Alignment:
Q  103 ttcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccat 202  Q
    |||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||| || || ||||||||||||||||    |||     
T  19647901 ttcttttgtatggaccacattgcaccgacagtttatgtggtccacaacgtccagaaacctttataaataaatgtt-tctggttttcagcttcttttccag 19647803  T
Q  203 caaaacacacaaatacaacaaagaa 227  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||    
T  19647802 caaaacacacaaacacaccaaagaa 19647778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 97 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 1378366 - 1378213
Alignment:
Q  97 ataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaa 196  Q
    |||||||||||||||||| | |||| ||||||   ||||| | ||||||| ||  |||| |||||| ||||||||  | || || |||||||| |||||     
T  1378366 ataggattcttttgtatgaatcacaatgcaccgacagtttctatggtccaaaatgtccagagacctgtataaataagtatt-tccggttttcatcttcat 1378268  T
Q  197 caccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaa 251  Q
      ||| | ||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  1378267 ttccaaccaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaa 1378213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 94 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 1852929 - 1852860
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctc 163  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||   | ||||||||||||||||| || | |||||||    
T  1852929 agcataggattcttttatatggaccacaatgcaccgacaatttatgtggtccacaacgtctagagacctc 1852860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 94 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 38000364 - 38000287
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    ||||| |||||||||||| ||  |||||||||||| | | ||| ||||||||| ||| |||| | |||||||||||||    
T  38000364 agcattggattcttttgtgtgtcccacattgcaccggcaatttttgtggtccataacgtccacatacctctataaata 38000287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 18277536 - 18277285
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  18277536 gataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaactccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatctggaatacctcatcatag 18277437  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  18277436 gattcttttgtatggac-acattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatccatcctctcctgttttcagcttcaacacc 18277338  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagc 253  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  18277337 atcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagc 18277285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 5749022 - 5749277
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||  ||||||||| ||||||     
T  5749022 gataaaataaccaaagatatggttttcggattacgaaatccggatttacctagggcgtatgtgtgttccggaaaatgaaatccggaatacctcagcataa 5749121  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||    
T  5749122 gattcttttgtacgtaccacattgcaccaagaatttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatatatcctcttcggttttcagcttcaacacc 5749221  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5749222 ataaaaacacacaaatacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 5749277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 39599233 - 39598980
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||  |||| |||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||     
T  39599233 gataaaataaccaaagatatacttttcgaattacgaaatccgaattgacctatggcgtaagtgtgttctggaaaacgaaatccggaatacctcagcatat 39599134  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||    
T  39599133 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggcccacaacatccaatgacctctataaatacatcctctccgattttcagcttcaatacc 39599034  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagct 254  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  39599033 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaattttttgtcattaagct 39598980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 256
Target Start/End: Original strand, 3474379 - 3474633
Alignment:
Q  2 ataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatagg 101  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||  ||||||||| | ||||      
T  3474379 ataaaataaccaaagatatttttttcggatcacgaaatctggatttgcctagggcgtatgtgtgttccagaaatcgaaatccggaatacctcaacatata 3474478  T
Q  102 attcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacca 201  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||    
T  3474479 attcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaatgacctttataaatacatcctttccggttttcagcttcaatacca 3474578  T
Q  202 tcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  3474579 tcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 3474633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 30 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 14271322 - 14271096
Alignment:
Q  30 attacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcacca 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  14271322 attacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcaacataggattcttttgtatggaccagattgcacca 14271223  T
Q  130 ggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaata 229  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||| |    
T  14271222 agagtttatgtggtctacaacatccaaggacctctataaatacattttctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacacaaaagaaaa 14271123  T
Q  230 ccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  14271122 ccatgcaaatttttgtcattaagctga 14271096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 4852363 - 4852108
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  4852363 gataaaataatcaaagatatgcttttcggattacgaaatccggatttgtctagggcgtatgtgtgtttcggaaaacgaaatccggaatacctcagcatag 4852264  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||  |||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||||||||    
T  4852263 gattcttttgtatagaccacattgtcccaagagtttatgtggtccataacatccaatgacctctataaatacattctctccagtttttagcttcaacacc 4852164  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  4852163 atcaaaatgcacaaacacaacaaagaaaagcatgcaaatttttgtcattaagctga 4852108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 85 - 256
Target Start/End: Original strand, 10311794 - 10311965
Alignment:
Q  85 gaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggt 184  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || | |||    
T  10311794 gaatacctcagcataggattcttttgtatagaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaatgatctctataaatacatcatccccggt 10311893  T
Q  185 tttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10311894 tttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 10311965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 10222356 - 10222507
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  10222356 gataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcagcatag 10222455  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacat 152  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10222456 gattcttttgtatgggccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacat 10222507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 94 - 256
Target Start/End: Original strand, 12524116 - 12524278
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 193  Q
    ||||| |||||||||||| |   ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  12524116 agcattggattcttttgtgtttcccacattgcaccgagagtttatatggtccacaacatccaaggacctttataaatacatcctctccggttttcagctt 12524215  T
Q  194 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  12524216 caacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 12524278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 30517498 - 30517753
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||  || |  |||| ||||||| ||||  | ||||||||| |||||||   ||  || ||||  ||||||| | ||||||     
T  30517498 gataaaataaccaaagatatgcattccagattatgaaatccggattcacatagggcgtaagtgtgttcctgattactaaatccggaatacttcagcatat 30517597  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  |||||| ||||||||||||| ||     
T  30517598 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatatggtccacaacatccaaggacctctataaataagtgctctctgtttttcagcttcaatact 30517697  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    | ||||||||||||| ||| ||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  30517698 agcaaaacacacaaacacaccaaagaaaatcatgcaaatttttgtcattaagctga 30517753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 96 - 256
Target Start/End: Original strand, 7563764 - 7563924
Alignment:
Q  96 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 195  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  7563764 cataggatccttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctctgattttcagcttca 7563863  T
Q  196 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    | ||||  |||||||||||| ||  ||||||| |||| |||| || |||||||||||||||    
T  7563864 ataccagaaaaacacacaaacaccccaaagaaaaccatgcaaattcttgtcattaagctga 7563924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 94 - 246
Target Start/End: Original strand, 6604955 - 6605106
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 193  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | || ||||||||||||    
T  6604955 agcatagaattcttttgtatggacaacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacactatgtccggttttcagctt 6605054  T
Q  194 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtc 246  Q
    ||| |||| ||||||||||||| | | ||||||| |||| |||| ||||||||    
T  6605055 caataccagcaaaacacacaaacaaatcaaagaa-accatgcaaatttttgtc 6605106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 182 - 256
Target Start/End: Original strand, 10222512 - 10222586
Alignment:
Q  182 ggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  10222512 ggttttcagtttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaatatcatgcaaatttttgtcattaagctga 10222586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 96 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 41367775 - 41367700
Alignment:
Q  96 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  41367775 catatgattcttttgtatggaccacaatgcaccaacagtttatatgctccacaacgtccagagacctctataaata 41367700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 117 - 171
Target Start/End: Original strand, 30516756 - 30516810
Alignment:
Q  117 ccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||    
T  30516756 ccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacgcccaaataactctataaata 30516810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Original strand, 22334570 - 22334610
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatcc 41  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  22334570 gataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaaatcc 22334610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 163; Significance: 4e-87; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 2 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 24831774 - 24831520
Alignment:
Q  2 ataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatagg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  24831774 ataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggatatgcctagggcttatctgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcagcataag 24831675  T
Q  102 attcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacca 201  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  24831674 attcttttgtatggaccacattgcactaggagtttatgcggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcctctccggtttttagcttcaacacca 24831575  T
Q  202 tcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    | | |||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  24831574 ttagaacacacaaacacaacaaagaatatcatgaaattttttgtcattaagctga 24831520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 10846 - 11094
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||       |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| ||||| |    
T  10846 gataaaataaccaaatatatgattttcggattacg-------gatttgcctatggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcagcattg 10938  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  10939 gattcttttgtatggaccgcattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatcgaagaacctctataaatacatcttatccggttttcagcttcaacacc 11038  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  11039 atcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 11094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 102 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 41835604 - 41835450
Alignment:
Q  102 attcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacca 201  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||| ||||    
T  41835604 attcttttgtatggaccacattgcaccaaaagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagcttcaatacca 41835505  T
Q  202 tcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
     ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  41835504 gcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaattttttgtcattaagctga 41835450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 94 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 11457793 - 11457716
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  11457793 agcataggattcttttgtatggaccacaatgcaccgacaatttatgtggtccacaacgtccagagacctctataaata 11457716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 94 - 171
Target Start/End: Original strand, 38621008 - 38621085
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    |||||| ||||||||||| ||  ||||||||| ||   | ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  38621008 agcatatgattcttttgtgtgatccacattgcgccgataatttttgtggtccacaacatccaaatgcctctataaata 38621085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 13037908 - 13037653
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||   |||||||| |||||||    
T  13037908 gataaaataaacaaagataggattttcggattacgaaatccgaatttgcctagggcgtgtgtgtgttccggaaaatgaaatccagaatacctcagcatag 13037809  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| | |||| |||||||| |||||| |||    
T  13037808 gattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctttaaaaatacaccctctccggttttcaacttcaatacc 13037709  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  13037708 atcaaaacacacaaacacaaaaaagaataccatgcaaatttatgtcattaagctga 13037653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 16607 - 16352
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  16607 gataaaataaccgaagatatgcttttcggattacgaaattcgaatttgcctagggcgtatgtgtgtttcggaaaacgaaatccggaatacctcagcatag 16508  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || |||||| ||||||||||||    
T  16507 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataagtacatcctttccggtttttagcttcaacacc 16408  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||  ||||| ||| ||||||| |||| || |  |||||||||||||||||    
T  16407 atcaaaacctacaaacacaccaaagaaaaccatgctaacttttgtcattaagctga 16352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 5463495 - 5463750
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | ||||     
T  5463495 gataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatctggatttgcctaggacgtatgtgtgttctggaaaacgaaattcggaatacctcaacatat 5463594  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||| | || || ||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  5463595 gattcttttgtatggaccacactacaacaagagttcatgtggtccacaacatccaagcacatctataaatacatcctctccggttttcagcttcaatacc 5463694  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||    
T  5463695 atcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcatatttttgtcattaagctga 5463750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 15112457 - 15112708
Alignment:
Q  1 gataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 100  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||  || | ||||||||||| ||||| |  | ||||||||||  ||||||||| | |||||    
T  15112457 gataaaataaccgaagatatgcttttcggattatgaaatccgaatatacctagggcgtacgtgtgatccgaaaaacgaaattcggaatacctcaacatag 15112556  T
Q  101 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  15112557 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacacccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcagcttcaatacc 15112656  T
Q  201 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  15112657 atcaaaacacgcaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 15112708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 94 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 41962595 - 41962433
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 193  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  41962595 agcattggattcttttgtatggaccacattgcacgaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcagctt 41962496  T
Q  194 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||| |  ||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||    
T  41962495 caataaaatcaaaacatacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaacttttgtcattaagctga 41962433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 94 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 34949395 - 34949234
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 193  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| | |||||||| |    
T  34949395 agcataggatccttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaatgacctctataaatacaccctctccgattttcagc-t 34949297  T
Q  194 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    ||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  34949296 caataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 34949234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 96 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 45536495 - 45536335
Alignment:
Q  96 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 195  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||| |||||| |||||||    
T  45536495 cataggattattttgtatggaccacattgcaccaagagttaatgtggtccacaacatccaaggacctctacaaatacaccctctccggtttttagcttca 45536396  T
Q  196 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
    | |||| ||||||||||||| ||   |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  45536395 ataccagcaaaacacacaaacacgctaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 45536335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 106 - 252
Target Start/End: Original strand, 5937605 - 5937750
Alignment:
Q  106 ttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaa 205  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| | ||||||| ||||| |||| |||    
T  5937605 ttttgtatggaccacattgtaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagtttcaataccaacaa 5937704  T
Q  206 aacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
    ||||||| || ||| ||||| | |||| |||| ||||| ||||||||    
T  5937705 aacacacgaacacatcaaag-agaccatgcaaatttttatcattaag 5937750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 252
Target Start/End: Original strand, 21484401 - 21484555
Alignment:
Q  96 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 195  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||    
T  21484401 cataggattcttttgtatggaccacaatgcaccgacattttatgtggtccacaacgtccagagacctctataaataagtatt-tctggttttcatcttca 21484499  T
Q  196 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 252  Q
        || ||||||||||||| ||| || |||| |||| ||||  |||||||||||||    
T  21484500 ttttcagcaaaacacacaaacacaccacagaaaaccatgcaa-attttgtcattaag 21484555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 100 - 171
Target Start/End: Original strand, 31717149 - 31717220
Alignment:
Q  100 ggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||    
T  31717149 ggattcttttgtgtgatccacattgcaccgacagtttatgtggtccacaacgtccatataactctataaata 31717220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 90 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 18964282 - 18964201
Alignment:
Q  90 ccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    |||||||||| |||||||||||  |  ||||||||||||   ||||| ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  18964282 ccttagcatatgattcttttgtgaggtccacattgcaccgacagtttttgttgtccacaacaaccataaacctctataaata 18964201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 177 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 24169174 - 24169102
Alignment:
Q  177 tctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 249  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| ||| || |||| |||| | ||||||||||||||    
T  24169174 tctccggtttccagcttcaataccagcaaaatacacaaacacaccatagaaaaccatgaaattttttgtcatt 24169102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 90 - 256
Target Start/End: Original strand, 18172 - 18337
Alignment:
Q  90 ccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttca 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||  | || || || |||||    
T  18172 ccttagcataggattcttttgtatggaccacaatgcaccgatattttctgtggtccacaacatccagagacttctataaataagtattttc-ggatttca 18270  T
Q  190 gcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 256  Q
     |||||   ||| ||||||||||||| ||| | | ||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  18271 tcttcatttccagcaaaacacacaaacacaccgaggaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 18337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0064 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0064
Description:

Target: scaffold0064; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 94 - 155
Target Start/End: Original strand, 62293 - 62354
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatcca 155  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  62293 agcataggattcttttgtatgaaccacattgcaccaaggatttatgtggtccacaacatcca 62354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 100 - 249
Target Start/End: Original strand, 426514 - 426661
Alignment:
Q  100 ggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacac 199  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||  | || ||||||||||| |||||        
T  426514 ggattcttttgtatggtccacattgcaccaatagtttttgtggtccacaacgtccagatacctctataaataagtgtt-tctggttttcatcttcatttt 426612  T
Q  200 catcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 249  Q
    || ||||||||||||| |||  |||||| |||||| ||  ||||||||||    
T  426613 cagcaaaacacacaaacacacgaaagaa-accaggaaaacttttgtcatt 426661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 171
Target Start/End: Original strand, 37210 - 37285
Alignment:
Q  96 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 171  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| || |||||||  |||| |||||||||||||||    
T  37210 catatgattcttttgtatggaccacaatgcaccaacagtttatatgctccacaatgtccagagacctctataaata 37285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0210 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0210
Description:

Target: scaffold0210; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 94 - 249
Target Start/End: Original strand, 7373 - 7526
Alignment:
Q  94 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 193  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||   |||| ||| ||||||||| |||| | |||| ||||||||  | || ||||||||| | |||    
T  7373 agcataggattcttttgtatggaccacactacaccaactgtttttgtcgtccacaacgtccagatacctatataaataagtgtt-tctggtttttatctt 7471  T
Q  194 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 249  Q
    ||   ||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||| || | ||||||||||||||    
T  7472 catttccaacaaaagacacaaacacaccaaag-atatcatggaattttttgtcatt 7526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University