View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1968_1D_low_5 (Length: 551)

Name: NF1968_1D_low_5
Description: NF1968_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1968_1D_low_5
NF1968_1D_low_5
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (23-482)||(6813299-6813754)
chr2 (23-414)||(6834331-6834722)
chr2 (23-392)||(6819855-6820224)
chr2 (506-551)||(6813784-6813829)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 482
Target Start/End: Original strand, 6813299 - 6813754
Alignment:
Q  23 aaagaggagtttcgccttcgaaatttcgataggaaatgaggataggatctcttttagctatgttgttgcaaatttctacattcccaagctctgctgcaac 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813299 aaagaggagtttcgccttcgaaatttcgacaggaaatgaggataggatctcttttagctatgttgttgcaaatttctacattcccaagctctgctgcaac 6813398  T
Q  123 atgaagaggagtatttccctttgagttttgcattcgtaggatgtcccaacacatgtctttgctgattttatctaacaaggttgtcacaaagagtgtttgc 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813399 atgaagaggagtatttccctttgagttttgcattcgtaggatgtcccaacacatgtctttgctgattttatctaacaaggttgtcacaaagagtgtttgc 6813498  T
Q  223 ttcagatacacagcaatgtgtaacaatgtgtcttctacttttgtgatcttggcctccaatactttagggnnnnnnncatatgactctataacttctctcc 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
T  6813499 ttcagatacacagcaatgtgtaacaatgtgtcttctacttttgtgatcttggcctccaatactttagggtttttttcatatgactctataacttctctcc 6813598  T
Q  323 attgccctctaatggcatgattaaacaaactttcaagttcaatctcagccattttaagagctagctaaccaagctttgcaatggttagaacannnnnnnn 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  6813599 attgccctctaatggcatgattaaacaaactttcaagttcaatctcagccattttaagagctagctaaccaagctttgcaatggttagaacatgtgtgtg 6813698  T
Q  423 nnnnnnagagagtgattgaagagcttaattagttatattccttgtttataagtacctacc 482  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6813699 tgt----gagagtgattgaagagcttaattagttatattccttgtttatgagtacctacc 6813754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 23 - 414
Target Start/End: Original strand, 6834331 - 6834722
Alignment:
Q  23 aaagaggagtttcgccttcgaaatttcgataggaaatgaggataggatctcttttagctatgttgttgcaaatttctacattcccaagctctgctgcaac 122  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6834331 aaagaggagtctcgccttcaaaatttcgatatgaaatgaggatgggatctcttctggctatattgttgcaaatttctacattcccaagctctgctgcaac 6834430  T
Q  123 atgaagaggagtatttccctttgagttttgcattcgtaggatgtcccaacacatgtctttgctgattttatctaacaaggttgtcacaaagagtgtttgc 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||     
T  6834431 atgaagaggagtatttccctttgagttttgcattcttaggatgttccggcacatatcttggcttatgttatctaacaaggttgtcacaaaaattgtttgg 6834530  T
Q  223 ttcagatacacagcaatgtgtaacaatgtgtcttctacttttgtgatcttggcctccaatactttagggnnnnnnncatatgactctataacttctctcc 322  Q
     |||  || |  |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||       |||||||||||| |||||||||||    
T  6834531 ctcacgtatatggcaatgtgtaacaccgtgtcttctgcttttgtgatctttgcctccaatacttcagggttttgctcatatgactctaaaacttctctcc 6834630  T
Q  323 attgccctctaatggcatgattaaacaaactttcaagttcaatctcagccattttaagagctagctaaccaagctttgcaatggttagaaca 414  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  6834631 attgccctctcatggcatgattaaacaaactttcaaactcaacttcagccattttaagagctagctaaccaagctttagaatggttagaaca 6834722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 23 - 392
Target Start/End: Original strand, 6819855 - 6820224
Alignment:
Q  23 aaagaggagtttcgccttcgaaatttcgataggaaatgaggataggatctcttttagctatgttgttgcaaatttctacattcccaagctctgctgcaac 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  6819855 aaagaggagtttcgccttcgaaatttcgatacgaaatgaggataggacatcttttagctatgttgttgcaaatgtctacattcccaagctctgcagcaac 6819954  T
Q  123 atgaagaggagtatttccctttgagttttgcattcgtaggatgtcccaacacatgtctttgctgattttatctaacaaggttgtcacaaagagtgtttgc 222  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |   |||| ||||| ||  || ||||||||||||| ||||||||||  ||||||     
T  6819955 atgaaggggggtatttcccttcgagttttgcgttcttaggatgttcatgcacacgtcttggcatatgttatctaacaaggctgtcacaaagcatgtttgg 6820054  T
Q  223 ttcagatacacagcaatgtgtaacaatgtgtcttctacttttgtgatcttggcctccaatactttagggnnnnnnncatatgactctataacttctctcc 322  Q
     ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||       |||||||||||| |||||||||||    
T  6820055 ctcacatacacagcaatgtgtaacactgtgtcttctgcttctgtgatctttgcctccaatacttcaggggttttctcatatgactctaaaacttctctcc 6820154  T
Q  323 attgccctctaatggcatgattaaacaaactttcaagttcaatctcagccattttaagagctagctaacc 392  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  6820155 attgccctctcattgcatgattaaacaaactttcaaactcaatttcagccattttaagagctagccaacc 6820224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 506 - 551
Target Start/End: Original strand, 6813784 - 6813829
Alignment:
Q  506 ctagtagtcactatgaataccattctattgtttccatattcacaaa 551  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6813784 ctagtagtcactatgaatactattctattgtttccatattcacaaa 6813829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University