View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19693_low_1 (Length: 416)

Name: NF19693_low_1
Description: NF19693
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19693_low_1
NF19693_low_1
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (16-398)||(4862994-4863376)
chr7 (16-398)||(4697819-4698201)
chr7 (16-398)||(4784464-4784846)
chr7 (16-398)||(4816893-4817275)
chr7 (16-398)||(4846650-4847032)
chr7 (22-398)||(4712695-4713071)
chr7 (16-397)||(4652625-4653006)
chr7 (16-396)||(4666040-4666420)
chr7 (16-392)||(4642809-4643185)
chr7 (16-396)||(4660909-4661289)
chr7 (16-396)||(4630014-4630394)
chr7 (16-392)||(4671745-4672121)
chr7 (16-383)||(4635962-4636329)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-392)||(18926374-18926750)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (210-332)||(5479305-5479427)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Original strand, 4862994 - 4863376
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862994 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 4863093  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863094 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 4863193  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863194 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 4863293  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863294 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaat 4863376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4698201 - 4697819
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4698201 atgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtctct 4698102  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4698101 tcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgtt 4698002  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||     
T  4698001 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttc 4697902  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaat 398  Q
    | ||||||||| || |||||| |  || |||| || ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  4697901 aaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaat 4697819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4784846 - 4784464
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| |||||||  || || || || ||||||||||| ||||    
T  4784846 atgtttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctct 4784747  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||| ||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  4784746 gcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcatt 4784647  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  4784646 gcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaacctggttta 4784547  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaat 398  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  4784546 agacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaat 4784464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4817275 - 4816893
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||||| |||||||  || || || || ||||||||||| ||||    
T  4817275 atgtttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctct 4817176  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||| ||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  4817175 gcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcatt 4817076  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||    
T  4817075 gcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaaccaggttta 4816976  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaat 398  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  4816975 agacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaat 4816893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4847032 - 4846650
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||  |||||||||||||| || || |||||||| ||||| |    
T  4847032 atgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtcttt 4846933  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
      |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||    
T  4846932 gattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgtt 4846833  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||| ||||||    
T  4846832 gcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaacccggttta 4846733  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaat 398  Q
     |||||||||||||||||||| ||  |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4846732 cgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaat 4846650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 22 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4713071 - 4712695
Alignment:
Q  22 gtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctcttcttcc 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |  || ||||| | |||||| |  ||||    
T  4713071 gtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgattcc 4712972  T
Q  122 aagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgttgcaata 221  Q
    |  |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||  || |||| ||||||||    
T  4712971 acctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaata 4712872  T
Q  222 tccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggtttaagacgt 321  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||   |||| |||||    
T  4712871 tccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgt 4712772  T
Q  322 tttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaat 398  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  4712771 tttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaat 4712695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 397
Target Start/End: Original strand, 4652625 - 4653006
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||  | |||||||||||||  | ||| || || |  ||||| ||||||||||| ||||    
T  4652625 atgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctct 4652724  T
Q  116 tcttccaag-taagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgt 214  Q
    ||||||| | |||| || |  ||||  |||||||||||||| ||||  ||||| ||  |||||||||| |||||||| | |||||| ||     | || |    
T  4652725 tcttccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcat 4652823  T
Q  215 tgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttt 314  Q
    |||||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||   |||||||||||| || | |||    
T  4652824 tgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagattt 4652923  T
Q  315 aagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaa 397  Q
     || ||||||||||||||||| |||  |||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||    
T  4652924 gaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaa 4653006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 396
Target Start/End: Original strand, 4666040 - 4666420
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || || || || ||  ||| |||||||||||  | ||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  4666040 atgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttctgtttcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaagaatctcaagcctct 4666139  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||| |  || || |  ||||  |||||||||||||| || |  ||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||     | || ||    
T  4666140 gcttccatgataggggctggttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcatt 4666239  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||| |  || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||   |||||||||||| |||| |||     
T  4666240 gcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttg 4666339  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaa 396  Q
    || |||||||| |||||| || ||  |||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  4666340 aggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgatgaaa 4666420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 392
Target Start/End: Original strand, 4642809 - 4643185
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  |||||||||||||||  | ||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||    
T  4642809 atgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaatttcaagcctct 4642908  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     | ||||||  || || || ||||  |||||||||||||| ||||  ||||| ||  | |||||||| |||||||| | |||||||||     | |||||    
T  4642909 gcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatctctgtgtcatcgtt 4643008  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||   |||||||||||| || | |||     
T  4643009 gcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttg 4643108  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgat 392  Q
    || || || | ||||||| || ||  |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4643109 aggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgat 4643185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 396
Target Start/End: Original strand, 4660909 - 4661289
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| || |||||||| || |    
T  4660909 atgttggtgctctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaataggatctcaagccttt 4661008  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     | ||||||  || || |  ||||  |||||||||||||  || | |||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||        || ||    
T  4661009 gcctccaaggtaggggctggttattagaaccataaagatgctcgcagagagtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatcatctatgtgttgtcatt 4661108  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
     |||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || | |||||||||||| || | |||     
T  4661109 acaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgatttg 4661208  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaa 396  Q
    || ||||| ||||||||| || |   |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4661209 aggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaa 4661289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 396
Target Start/End: Original strand, 4630014 - 4630394
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||  ||| |||||||||||  | ||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  4630014 atgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtgcttcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaataggatctcaagcctct 4630113  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||| |  || || | |||||  |||||||| ||||| || | |||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||       || ||    
T  4630114 gcttccatggtaggggctgattattggaaccatacagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtcatt 4630213  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||| |  || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||   |||||||||||| |||| |||     
T  4630214 gcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttg 4630313  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaa 396  Q
    || |||||||||||||||||| ||  |||||| | | |||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||    
T  4630314 aggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaatccgatgatgaaa 4630394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 392
Target Start/End: Original strand, 4671745 - 4672121
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  ||||||||||||||| || ||| || || || ||||| ||||||||||| ||||    
T  4671745 atgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatagaatctcaagcctct 4671844  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     | ||||||  || || || ||||  |||||||||||||| || |  ||||| ||  | ||||| || || ||||| | ||||||||      | ||||     
T  4671845 gcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcataaactcgtaaaccaaaatcatctatgtgtcatcgtc 4671944  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||   |||||| ||||| || | |||     
T  4671945 gcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccgatttg 4672044  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgat 392  Q
    || |||||||| |||||| || ||  |||||| | | |||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||    
T  4672045 agccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgat 4672121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 383
Target Start/End: Original strand, 4635962 - 4636329
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||  || ||  ||| |||||||||||  | ||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||    
T  4635962 atgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtttttaacctcagtatgaagataattcagccctctagctgcacccaaaagaatttcaagcctct 4636061  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcacct-tcgt 214  Q
     |||||| |  || ||||  ||||  |||||||||||||| || | |||||| ||  | |||||||| ||||| || ||||||||||| |  | | ||||    
T  4636062 gcttccatggtaggggttggttattagaaccataaagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcatagaccagaatcatctc-tgtcttgtcgt 4636160  T
Q  215 tgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttt 314  Q
    |||||||||| |  || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| || |   |    
T  4636161 tgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccgacct 4636260  T
Q  315 aagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaac 383  Q
     || |||||||||||||| ||| ||  |||||||||  ||||||||||||| || || ||||| |||||    
T  4636261 gaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaac 4636329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 18926750 - 18926374
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||  | ||| ||||| || ||||| | ||||||||| || |    
T  18926750 atgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagccttt 18926651  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||||   || ||||  ||||  |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |      ||||    
T  18926650 gcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgccgtt 18926551  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||| || || | ||| || ||||  ||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||    ||||||||||| ||||||||     
T  18926550 gcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggtttg 18926451  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgat 392  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||  |  ||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  18926450 agacgttttattgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgat 18926374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 210 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5479427 - 5479305
Alignment:
Q  210 ttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacct 309  Q
    ||||||||| || ||||| | |||||| |  ||||||||||||||||  ||||| |  ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||     
T  5479427 ttcgttgcagtaaccaatcaaagaaacaagatgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaaccc 5479328  T
Q  310 ggtttaagacgttttatcgcaac 332  Q
    |||||||| |||||||| |||||    
T  5479327 ggtttaagccgttttattgcaac 5479305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University