View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19694_high_1 (Length: 663)

Name: NF19694_high_1
Description: NF19694
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19694_high_1
NF19694_high_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (15-647)||(33344317-33344949)
chr3 (15-586)||(33319255-33319827)
chr3 (590-635)||(33319194-33319239)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 33344949 - 33344317
Alignment:
Q  15 atcaacaattgattactttgaaggaaaaactttctgaagccaagagtaacaaagactttggtgcatatgattctctgcagcagcagattagattccgtga 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344949 atcaacaattgattactttgaaggaaaaactttctgaagccaagagtaacaaagactttggtgcatatgattctctgcagcagcagattagattccgtga 33344850  T
Q  115 gaaacagcttttgcctttgtatactcagatagctaccaaatttgctgaactgcatgatacttcattaagaatgaaagcaaagggtgtaatcagggaagtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344849 gaaacagcttttgcctttgtatactcagatagctaccaaatttgctgaactccatgatacttcattaagaatgaaagcaaagggtgtaatcagggaagtt 33344750  T
Q  215 cttgattggcgtaactcgcgttctgtcttctatcggcgactgcacaggagaatcggtgagcactcactgatcaacagtgtgagagatgctgctggtgacc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344749 cttgattggcgtaactcgcgttctgtcttctatcggcgactgcacaggagaatcggtgagcactcactgatcaacagtgtgagagatgctgctggtgacc 33344650  T
Q  315 aattgtcatatgtttctgccatgaacttactcaaagaatggtatctgaattctgatatcgccaaaggtagtgaagatgcttggttggacgatgaagcctt 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344649 aattgtcatatgtttctgccatgaacttgctcaaagaatggtatctgaattctgatatcgtcaaaggcagtgaagatgcttggttggacgatgaagcctt 33344550  T
Q  415 cttcagatggagggatgatacagcaaattacgaggataaactaaaggaattgcgcgtccagagactgttgcttcagttgacaaatattggcgactcggct 514  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344549 cttcagatggagggatgatacatcatattatgaggataaactaaaggaattgcgcgtccagagactgttgcttcagttgacaaatattggcgactcggct 33344450  T
Q  515 ctagatttacaagctctacctcaaggtcttgccgcccttttaagcaaggtaaaaaacatttgttattatctagttattacatcaactgtttacagtttat 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344449 ctagatttacaagctctacctcaaggtcttgccgcccttttaagcaaggtaaaaaacatttgttattatctagttattacatcaactgtttacagtttat 33344350  T
Q  615 catttgcttcatcatgttttggaacatggttat 647  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344349 catttgcttcatcatgttttggaacatggttat 33344317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 33319827 - 33319255
Alignment:
Q  15 atcaacaattgattactttgaaggaaaaactttctgaagccaagagtaacaaagactttggtgcatatgattctctgcagcagcagattagattccgtga 114  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33319827 atcagcaactgattactctgaaggaaaaactttcggaagccaagagcaacaaggactttggtacatatgattctctgcaacagcagattagattccgtga 33319728  T
Q  115 gaaacagcttttgcctttgtatactcagatagctaccaaatttgctgaactgcatgatacttcattaagaatgaaagcaaagggtgtaatcagggaagtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||||   ||||  || | ||| |  ||||||    
T  33319727 gaaacagcttttgcctttgtatactcagatagctatcaagtttgttgaactgcatgatacttccttaaaaatggctgcaataggcgcaatgaaagaagtt 33319628  T
Q  215 cttgattggcgtaactcgcgttctgtcttctatcggcgactgcacaggagaatcggtgagcactcactgatcaacagtgtgagagatgctgctggtgacc 314  Q
     ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33319627 attgattggcgtgactcacgttctttcttctatcggagactgcacaggagaatcggtgagcactcactgatcaacattgtgagagatgctgctggtgacc 33319528  T
Q  315 aattgtcatatgtttctgccatgaacttactcaaagaatggtatctgaattctgatatcgccaaaggtagtgaagatgcttggttggacgatgaagcctt 414  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33319527 aattgacacatgtatctgccatgaacttgctcaaagaatggtatatgaattctgatatctccaaaggtagtgaagatgcttggttggacgatgaagcctt 33319428  T
Q  415 cttcagatggagggatgatacagcaaattacgaggataaactaaaggaattgcgcgtccagagactgttgcttcagttgacaaatattggcgactcggct 514  Q
    ||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  33319427 cttcagatggaggaatgatccctcaaattacgaggataaactaaaggaattgcgcatccaaagattgttgcttcagttgaaaaatattggtgactcggat 33319328  T
Q  515 ctagatttacaagctctacctcaaggtcttgccgcccttttaagcaaggtaaa-aaacatttgttattatcta 586  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33319327 ctagatttacaagctctatctcaaggtcttgccacccttttaagtaaggtaaataaacacttgttattatcta 33319255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 590 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 33319239 - 33319194
Alignment:
Q  590 attacatcaactgtttacagtttatcatttgcttcatcatgttttg 635  Q
    ||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33319239 attacatcaaggatttacattttatcatttgcttcatcatgttttg 33319194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University