View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19695_high_5 (Length: 644)

Name: NF19695_high_5
Description: NF19695
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19695_high_5
NF19695_high_5
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (16-630)||(4862994-4863608)
chr7 (16-613)||(4697610-4698201)
chr7 (16-468)||(4784394-4784846)
chr7 (16-469)||(4846579-4847032)
chr7 (16-468)||(4816823-4817275)
chr7 (22-468)||(4712625-4713071)
chr7 (16-460)||(4666040-4666484)
chr7 (16-460)||(4660909-4661353)
chr7 (16-460)||(4642809-4643253)
chr7 (16-458)||(4652625-4653067)
chr7 (16-458)||(4630014-4630456)
chr7 (16-469)||(4635962-4636415)
chr7 (16-460)||(4671745-4672189)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-470)||(18926296-18926750)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (210-332)||(5479305-5479427)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 630
Target Start/End: Original strand, 4862994 - 4863608
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862994 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 4863093  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863094 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 4863193  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863194 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 4863293  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863294 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 4863393  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagacgatgaaacttcgccttctttcttttttgtccatgagctttcatc 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863394 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagacgatgaaacttcgccttctttcttttttgtccatgagctttcatc 4863493  T
Q  516 catttcttcaacatgagattcaaatcttcttcttcttctaacaaaaactatcactccaataacagatgctagcataagacatgaaactacaacaacaacg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863494 catttcttcaacatgagattcaaatcttcttcttcttctaacaaaaactatcactccaataacagatgctagcataagacatgaaactacaacaacaacg 4863593  T
Q  616 acgataactatggtt 630  Q
    |||||||||||||||    
T  4863594 acgataactatggtt 4863608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 16 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 4698201 - 4697610
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4698201 atgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtctct 4698102  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4698101 tcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgtt 4698002  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||     
T  4698001 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttc 4697902  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    | ||||||||| || |||||| |  || |||| || ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  4697901 aaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttg 4697802  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagacgatgaaacttcgccttctttcttttttgtccatgagctttcatc 515  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||      ||||||||  || |  ||||||| ||||| ||    
T  4697801 tagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaa------ccttcttttcttgtcctccatgaactttcttc 4697708  T
Q  516 catttcttcaacatgagattcaaatcttcttcttcttctaacaaaaactatcactc---caataacagatgctagcataagacatgaaactacaacaaca 612  Q
    |||   ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||| | ||   ||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  4697707 cat---ttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcataaactatgattcccacaacaacaaatgctagcaagagacatgaaactacaacaaca 4697611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4784846 - 4784394
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| |||||||  || || || || ||||||||||| ||||    
T  4784846 atgtttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctct 4784747  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||| ||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  4784746 gcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcatt 4784647  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  4784646 gcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaacctggttta 4784547  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  4784546 agacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttg 4784447  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaa 468  Q
    |||| ||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784446 tagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaa 4784394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 16 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4847032 - 4846579
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||  |||||||||||||| || || |||||||| ||||| |    
T  4847032 atgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtcttt 4846933  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
      |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||    
T  4846932 gattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgtt 4846833  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||| ||||||    
T  4846832 gcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaacccggttta 4846733  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
     |||||||||||||||||||| ||  |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  4846732 cgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttg 4846633  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 469  Q
    ||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4846632 tagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaag 4846579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4817275 - 4816823
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||||| |||||||  || || || || ||||||||||| ||||    
T  4817275 atgtttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctct 4817176  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||| ||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  4817175 gcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcatt 4817076  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||    
T  4817075 gcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaaccaggttta 4816976  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  4816975 agacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttg 4816876  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaa 468  Q
    |||| ||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816875 tagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaa 4816823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 22 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4713071 - 4712625
Alignment:
Q  22 gtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctcttcttcc 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |  || ||||| | |||||| |  ||||    
T  4713071 gtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgattcc 4712972  T
Q  122 aagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgttgcaata 221  Q
    |  |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||  || |||| ||||||||    
T  4712971 acctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaata 4712872  T
Q  222 tccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggtttaagacgt 321  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||   |||| |||||    
T  4712871 tccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgt 4712772  T
Q  322 tttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttgtagcag 421  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  4712771 tttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcgg 4712672  T
Q  422 ctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaa 468  Q
    ||||||| ||   ||| |||||| | || ||||||||||||||||||    
T  4712671 ctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaa 4712625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 460
Target Start/End: Original strand, 4666040 - 4666484
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || || || || ||  ||| |||||||||||  | ||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  4666040 atgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttctgtttcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaagaatctcaagcctct 4666139  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||| |  || || |  ||||  |||||||||||||| || |  ||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||     | || ||    
T  4666140 gcttccatgataggggctggttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcatt 4666239  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||| |  || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||   |||||||||||| |||| |||     
T  4666240 gcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttg 4666339  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    || |||||||| |||||| || ||  |||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  4666340 aggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgatgaaatcatcgtcaaagttgtttg 4666439  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatggg 460  Q
    | || ||||| |||||||  ||||||||  | |||||||||||||    
T  4666440 tggctgctctgatctctgcaattgtaaaggaccggcacaaatggg 4666484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 460
Target Start/End: Original strand, 4660909 - 4661353
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| || |||||||| || |    
T  4660909 atgttggtgctctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaataggatctcaagccttt 4661008  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     | ||||||  || || |  ||||  |||||||||||||  || | |||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||        || ||    
T  4661009 gcctccaaggtaggggctggttattagaaccataaagatgctcgcagagagtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatcatctatgtgttgtcatt 4661108  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
     |||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || | |||||||||||| || | |||     
T  4661109 acaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgatttg 4661208  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    || ||||| ||||||||| || |   |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||    
T  4661209 aggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaaagttttttg 4661308  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatggg 460  Q
    | || ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  4661309 tggctgctctgatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 4661353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 460
Target Start/End: Original strand, 4642809 - 4643253
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  |||||||||||||||  | ||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||    
T  4642809 atgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaatttcaagcctct 4642908  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     | ||||||  || || || ||||  |||||||||||||| ||||  ||||| ||  | |||||||| |||||||| | |||||||||     | |||||    
T  4642909 gcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatctctgtgtcatcgtt 4643008  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||   |||||||||||| || | |||     
T  4643009 gcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttg 4643108  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    || || || | ||||||| || ||  |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||||||||    
T  4643109 aggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttg 4643208  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatggg 460  Q
    |||| ||| | |||||||  ||||||||  ||||||||| |||||    
T  4643209 tagctgctttgatctctgcgattgtaaaggagcggcacagatggg 4643253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 458
Target Start/End: Original strand, 4652625 - 4653067
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||  | |||||||||||||  | ||| || || |  ||||| ||||||||||| ||||    
T  4652625 atgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctct 4652724  T
Q  116 tcttccaag-taagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgt 214  Q
    ||||||| | |||| || |  ||||  |||||||||||||| ||||  ||||| ||  |||||||||| |||||||| | |||||| ||     | || |    
T  4652725 tcttccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcat 4652823  T
Q  215 tgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttt 314  Q
    |||||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||   |||||||||||| || | |||    
T  4652824 tgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagattt 4652923  T
Q  315 aagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgttt 414  Q
     || ||||||||||||||||| |||  |||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||| ||| || ||||| |||    
T  4652924 gaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcgaagttattt 4653023  T
Q  415 gtagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatg 458  Q
    || || ||| | |||||||  ||||| ||  |||| ||||||||    
T  4653024 gtggctgctttgatctctgcgattgtgaaggagcgacacaaatg 4653067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 458
Target Start/End: Original strand, 4630014 - 4630456
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||  ||| |||||||||||  | ||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  4630014 atgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtgcttcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaataggatctcaagcctct 4630113  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||| |  || || | |||||  |||||||| ||||| || | |||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||       || ||    
T  4630114 gcttccatggtaggggctgattattggaaccatacagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtcatt 4630213  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||| |  || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||   |||||||||||| |||| |||     
T  4630214 gcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttg 4630313  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    || |||||||||||||||||| ||  |||||| | | |||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||  || ||||||||||||||    
T  4630314 aggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgtttg 4630413  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatg 458  Q
    | || ||| | ||||| |  |||||||| ||||| ||||||||    
T  4630414 tggctgctttgatctccgcgattgtaaagtagcgacacaaatg 4630456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 469
Target Start/End: Original strand, 4635962 - 4636415
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||  || ||  ||| |||||||||||  | ||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||    
T  4635962 atgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtttttaacctcagtatgaagataattcagccctctagctgcacccaaaagaatttcaagcctct 4636061  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcacct-tcgt 214  Q
     |||||| |  || ||||  ||||  |||||||||||||| || | |||||| ||  | |||||||| ||||| || ||||||||||| |  | | ||||    
T  4636062 gcttccatggtaggggttggttattagaaccataaagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcatagaccagaatcatctc-tgtcttgtcgt 4636160  T
Q  215 tgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttt 314  Q
    |||||||||| |  || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| || |   |    
T  4636161 tgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccgacct 4636260  T
Q  315 aagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgttt 414  Q
     || |||||||||||||| ||| ||  |||||||||  ||||||||||||| || || ||||| ||||| || || |||     ||| || ||||| |||    
T  4636261 gaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgataatgttttcatcatcgaagtttttt 4636360  T
Q  415 gtagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 469  Q
    || || ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4636361 gtggctgctctgatctctgcgattgtaaagtagcggcacaaataggatggtaaag 4636415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 460
Target Start/End: Original strand, 4671745 - 4672189
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  ||||||||||||||| || ||| || || || ||||| ||||||||||| ||||    
T  4671745 atgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatagaatctcaagcctct 4671844  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     | ||||||  || || || ||||  |||||||||||||| || |  ||||| ||  | ||||| || || ||||| | ||||||||      | ||||     
T  4671845 gcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcataaactcgtaaaccaaaatcatctatgtgtcatcgtc 4671944  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||   |||||| ||||| || | |||     
T  4671945 gcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccgatttg 4672044  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    || |||||||| |||||| || ||  |||||| | | |||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||  ||  ||| || ||||||||||    
T  4672045 agccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcgaagttgtttg 4672144  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatggg 460  Q
    | || ||| | |||||||  ||||||||  | |||||||| ||||    
T  4672145 tggctgctttgatctctgcgattgtaaaggaacggcacaagtggg 4672189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 18926750 - 18926296
Alignment:
Q  16 atgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctct 115  Q
    |||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||  | ||| ||||| || ||||| | ||||||||| || |    
T  18926750 atgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagccttt 18926651  T
Q  116 tcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgtt 215  Q
     |||||||   || ||||  ||||  |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |      ||||    
T  18926650 gcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgccgtt 18926551  T
Q  216 gcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttta 315  Q
    ||| || || | ||| || ||||  ||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||    ||||||||||| ||||||||     
T  18926550 gcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggtttg 18926451  T
Q  316 agacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttg 415  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||  |  ||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||| |||||||| ||||    
T  18926450 agacgttttattgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttg 18926351  T
Q  416 tagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaaga 470  Q
    | || ||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  18926350 tggctgcttttatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaaga 18926296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 210 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5479427 - 5479305
Alignment:
Q  210 ttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacct 309  Q
    ||||||||| || ||||| | |||||| |  ||||||||||||||||  ||||| |  ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||     
T  5479427 ttcgttgcagtaaccaatcaaagaaacaagatgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaaccc 5479328  T
Q  310 ggtttaagacgttttatcgcaac 332  Q
    |||||||| |||||||| |||||    
T  5479327 ggtttaagccgttttattgcaac 5479305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University