View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19697_low_2 (Length: 555)

Name: NF19697_low_2
Description: NF19697
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19697_low_2
NF19697_low_2
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (13-555)||(1606126-1606668)
chr3 (13-555)||(1629424-1629966)
chr3 (13-555)||(10820732-10821274)
chr3 (20-552)||(1623255-1623787)
chr3 (308-369)||(2576071-2576132)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-552)||(18780942-18781481)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (46-552)||(12802541-12803047)
chr4 (296-370)||(8767056-8767130)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 555
Target Start/End: Original strand, 1606126 - 1606668
Alignment:
Q  13 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1606126 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaacccagggggcttactaaagtgtccatgaaagtt 1606225  T
Q  113 ttcatcaccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgac 212  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1606226 ttcatcaccataactcttgaatattgttgccaaggcctgcccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatctgatgcagccctaatttgac 1606325  T
Q  213 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606326 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 1606425  T
Q  313 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606426 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 1606525  T
Q  413 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtatttt 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606526 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccactgcttgacccttgtgtggaccggcggtatttt 1606625  T
Q  513 ggaaggttatgtctcgtgcaatgaagtgaagtccatcaatacc 555  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606626 ggaaggttatgtcacgtgcaatgaagtgaagtccatcaatacc 1606668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 555
Target Start/End: Original strand, 1629424 - 1629966
Alignment:
Q  13 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1629424 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaacctagggggctcactaaagtgtccataaaagtt 1629523  T
Q  113 ttcatcaccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgac 212  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  1629524 ttcatcaccattactcttgaatattgttgccaaggtctgcccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggttttagatctgatgcagccctaatttgac 1629623  T
Q  213 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1629624 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggcagtgatcatgtttgcttggccatctaaaggctttcttgcgaaaatgtt 1629723  T
Q  313 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 412  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629724 acaattttggaataccactgcggcgttgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 1629823  T
Q  413 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtatttt 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629824 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggacgctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtatttt 1629923  T
Q  513 ggaaggttatgtctcgtgcaatgaagtgaagtccatcaatacc 555  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629924 ggaaggttatgtctcgtgcaatgaagtgaagtccatcaatacc 1629966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 10821274 - 10820732
Alignment:
Q  13 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  10821274 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaacctagggggctgactaaagtgtccataaaagtt 10821175  T
Q  113 ttcatcaccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgac 212  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10821174 ttcatcaccataactcttgaatattgttgccaaggtcttcctaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatctgatgcagccctaatttgac 10821075  T
Q  213 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10821074 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatggatcacctcgaccttgggcagtgatcatgttagcttggccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 10820975  T
Q  313 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 412  Q
     ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  10820974 gcaattttggaataccactgcagcgttgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtctgtaaaattgacgttgtgcatgagccatgagg 10820875  T
Q  413 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtatttt 512  Q
    |||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820874 gtgtcttggtaacccgatattgtacaccggtagaagacggagagatcagaggctgatcggagcgccactgcttgacccttgtgtggaccggcggtatttt 10820775  T
Q  513 ggaaggttatgtctcgtgcaatgaagtgaagtccatcaatacc 555  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820774 ggaaggttatgtcacgtgcaatgaagtgaagtccatcaatacc 10820732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 552
Target Start/End: Original strand, 1623255 - 1623787
Alignment:
Q  20 tcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagttttcatca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1623255 tcatactctccataatacaatgtatcttgagcaaaatctgtgtcaccccatggagaccaacctagggggctcactaaagtgtccataaaagttttcatca 1623354  T
Q  120 ccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgacaattgtg 219  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1623355 ccataactcttgagaattgttgccaaggccttcccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatctgatgcagccctaatttgacaattgtg 1623454  T
Q  220 gaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgttacaattt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  1623455 gaatgaaattccagtgttttggaatgggtcaccacgaccttgggctgtgatcatgttagcttggccatccaaaggctttcttgcgaaaatgttacagttt 1623554  T
Q  320 tggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcagagtgtctt 419  Q
    ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1623555 tggaatactactgcagcgttgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcggtagaattgacgttgtgcatgagccatcagagtgtctt 1623654  T
Q  420 gataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtattttggaaggt 519  Q
    |||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||||    
T  1623655 gatagcccgatatagcacaccgatagaagacagagagatcggaggctgatcggagcgccacagcttggcctttgtgaggaccagcagtattttgaaaggt 1623754  T
Q  520 tatgtctcgtgcaatgaagtgaagtccatcaat 552  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  1623755 aatgtcacgtgcaatgaaatgaagtccatcaat 1623787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 308 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 2576132 - 2576071
Alignment:
Q  308 atgttacaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagat 369  Q
    |||||||||||||||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  2576132 atgttacaattttggaaaactacagctgcgttgccgaaaatgaagtcgacggtgccatagat 2576071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 552
Target Start/End: Original strand, 18780942 - 18781481
Alignment:
Q  13 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagtt 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18780942 ataattctcatactcgccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaacctagggggctcactaaagtgtccataaaagtt 18781041  T
Q  113 ttcatcaccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgac 212  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  18781042 ttcatcaccataactcttgaatattgttgccaaggcctgcccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatctgatgcagccataatttgac 18781141  T
Q  213 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18781142 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggccgtgatcatgtttgcttggccatctaaaggctttcttgcgaaaatgtt 18781241  T
Q  313 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 412  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||     
T  18781242 acaattttggaacactactgcggcgttgccaaagataaagtcgacggtgccatagatgaagcattgtctgtaaaattgacgttgcgcatgggccataagg 18781341  T
Q  413 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtatttt 512  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||    
T  18781342 gtgtcttggtagcccgatatagcacaccgatagaagacagagagatcggaggctgatcggagcgccacagcttgacctttatgaggaccagcagtatttt 18781441  T
Q  513 ggaaggttatgtctcgtgcaatgaagtgaagtccatcaat 552  Q
    ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  18781442 ggaaggttatgtcgcgggcaatgaaatgaagtccatcaat 18781481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 46 - 552
Target Start/End: Original strand, 12802541 - 12803047
Alignment:
Q  46 ttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagttttcatcaccataactctcgaatattgttgccaa 145  Q
    ||||||||||| |||  | ||||||||||||||||| |  || || || ||| | |||||||| | |||||| |||| |||||| || |||  ||||||     
T  12802541 ttgagcaaaattagtacctccccatggagaccaacccattggactgaccaaattatccatgaatgatttcatgaccacaactctagagtatctttgccag 12802640  T
Q  146 ggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgacaattgtggaatgaaattccagtgttttggaatg 245  Q
    ||||  ||||||||||| ||| | ||  | ||||| ||||| | ||| |  || |||||||| ||| | ||||| |  ||||||||||||||||| ||||    
T  12802641 ggccggcccaagaaggtgttgaatttcccgacaacgggcttgaaatctggcgcggccctaatctgagagttgtgaatcgaaattccagtgttttgaaatg 12802740  T
Q  246 ggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgttacaattttggaaaaccactgcggcattgccaaa 345  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||||||  ||||  | | |||  | || ||||||||||| || || || ||||||||    
T  12802741 ggtcatcacgaccttgggccgtgatcatgtttgcttggccgtttaaaggccttctaacaagaatcatgcagttttggaaaactacggctgcgttgccaaa 12802840  T
Q  346 gatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcagagtgtcttgataacctgatatggcacaccgatag 445  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||  ||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||| || |||   | || ||| || |||    
T  12802841 gatgaagtcaacggtgccatagatgtaacattctctgtaaaattgacgttgtgcgtgaaccatgagggtgtcttggtagcctttaaaggaacaacggtag 12802940  T
Q  446 aaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtattttggaaggttatgtctcgtgcaatgaagtgaagtc 545  Q
    || || || || || ||||||||||  |||||||| ||||||||     |||| || || || ||||  || || ||||| ||||||||||||||||| |    
T  12802941 aagacagataggtcagaggctgatcgaagcgccactgcttgaccacgacgtggtccagccgtgttttcaaaagtaatgtcacgtgcaatgaagtgaagac 12803040  T
Q  546 catcaat 552  Q
    |||||||    
T  12803041 catcaat 12803047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 296 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 8767130 - 8767056
Alignment:
Q  296 tttcttgcgaaaatgttacaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||    
T  8767130 tttcttgcgaaaatgttacaattttgcaaaactaccgcggcgttaccaaagatgaaatcaactgtgccatagatg 8767056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University