View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19698_low_1 (Length: 938)
Name: NF19698_low_1
Description: NF19698
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19698_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 872; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 872; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 10403759 - 10402836
Alignment:
| Q |
1 |
gtctcaaacacacaaaatttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaacttcaaatgaagcagcttttggtgacaaaaaatatgcatcaaaagaag |
100 |
Q |
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| T |
10403759 |
gtctcaaacacacaaaatttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaacctcaaatgaagcagcttttggtgacaaaaaatatgcatctaatgaaa |
10403660 |
T |
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| Q |
101 |
taactatatcaaaatttcaaaccctttattgtttagctcaatgtacaccaaatttattaccacatgattgtagaacttgcctaagtggattgatagagaa |
200 |
Q |
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| T |
10403659 |
taactatatcaaaatttcaaaccctttattgtttagctcaatgcacaccaaatttgtcaccacatgattgtagaacttgtctaagtggattgatagagaa |
10403560 |
T |
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| Q |
201 |
acttccattgtgttgtgaaggaagagttggagggagagttctgaatccaagttgtaatattaggtatgaattttaccctttttatctatccaatagcatt |
300 |
Q |
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| T |
10403559 |
acttccattgtgttgtgaaggaagagttggagggagagttctgaatccaagttgtaatattaggtatgaattttaccctttttatctatccaatagtatt |
10403460 |
T |
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| Q |
301 |
ggttcatcaatagatactacatcacaacaaattctacttccacaaacaaaaacttcagaacaccctttttacctttcacacaattgttcaagtaataaca |
400 |
Q |
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| T |
10403459 |
ggttcatcaatagatactacatcacaacaaattctacttccacaaacaaaaacttcagaacaccctttttacctttcacacaattgttcaagtaataaca |
10403360 |
T |
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| Q |
401 |
aaaccttcacttttaacaacactttcaaagttcaccttacaacccttttttcttacctgtcttctaatgccactaaaagcatatttcataaagatgatgt |
500 |
Q |
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| T |
10403359 |
aaaccttcacttttaacaacactttcaaagttcaccttacaacccttttttcttacttgtcttctaatgccactaaaagcatatttcataaagatgatgt |
10403260 |
T |
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| Q |
501 |
ggatggtacaatatttggactcttcatgtgtcgtggtgatgttcccttttacttatgtgaacaatgtgtgcaaaatgcaacacatcaaataacccaaaag |
600 |
Q |
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| T |
10403259 |
ggatggtacaatatttggactcttcatgtgtcgtggtgatgttcccttttacttatgtgaacaatgtgtgcaaaatgcaacacataaaataacccaaaag |
10403160 |
T |
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| Q |
601 |
tgtaacatttttcaagagggtataatatggtttaatcaatgcatgattagatattcctattggaatttcttctctttagtggacaaaagtcatgtgtatc |
700 |
Q |
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| T |
10403159 |
tgtaacatttttcaagagggtataatatggtttaatcaatgcatgattagatattcctattggaatttcttctctttagtggacaaaagtcatgtgtatc |
10403060 |
T |
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| Q |
701 |
atgaaatgaatgttactagtgattctagtcccaaaaaggagagaaacttgtataattttgtaatatcaaatgccttatcaaaagtggcaattgtagctgg |
800 |
Q |
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| T |
10403059 |
atgaaatgaatgttactggtgattctagtcccaaaaaggagagaaacttgtataattttgtaatatcaaatgccttatcaaaagtggcaattgtggctgg |
10402960 |
T |
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| Q |
801 |
ggatagtgataagagatatggaacaaaatcattgaaattgaatgatttgcaaacactttatacacttggtcagtgtacacaagatttatcaagtgatgat |
900 |
Q |
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| T |
10402959 |
ggatagtgataagagatatggaacaaaatcattgaaattgaatgatttgcaaacactttatacacttggtcagtgtacacaagatttatcaagtgatgat |
10402860 |
T |
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| Q |
901 |
tgcaaggcttgtttgagtgatatt |
924 |
Q |
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| T |
10402859 |
tgcaaggcttgtttgagtgatatt |
10402836 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 915
Target Start/End: Original strand, 20231163 - 20232072
Alignment:
| Q |
18 |
tttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaacttcaaatgaagcagcttttggtgacaaaaaatatgcatcaaaagaagtaactatatcaaaattt |
117 |
Q |
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| T |
20231163 |
tttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaactgcagatgaagcagcttttggtgacaaaaaatttgcatcaaatgcaataactatatcgaaattt |
20231262 |
T |
|
| Q |
118 |
caaaccctttattgtttagctcaatgtacaccaaatttattaccacatgattgtagaacttgcctaagtggattgatagagaaacttccattgtgttgtg |
217 |
Q |
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| T |
20231263 |
caaaccctttattgtttagttcaatgcacaccaaatttgtcaccacatgaatgtagaagttgtctaagtggattgatagaggaacttccagtgtgttgtg |
20231362 |
T |
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| Q |
218 |
aaggaagagttggagggagagttctgaatccaagttgtaatattaggtatgaattttaccctttttatctatccaatagcattggttcatcaatagatac |
317 |
Q |
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| T |
20231363 |
aaggaagagttggaggaagagttctaaatccaagttgtaatattaggtatgaattctaccctttttatatctc---ttctaatggttcatcaa---atcc |
20231456 |
T |
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| Q |
318 |
tacatcacaacaaattctacttccacaaacaaaaact---------------------tcagaacaccctttttacctttcacacaattgttcaagtaat |
396 |
Q |
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| T |
20231457 |
ttcatcacaacaaattatacttccccaaacaaaaaatttagatgctgattcaactatttcagaacaccctttttacctttcacacaattgttc---tagt |
20231553 |
T |
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| Q |
397 |
aacaaaaccttcacttttaacaacactttcaaagttcaccttacaacccttttttcttacctgtcttctaatgccactaaaagcatatttcataaagatg |
496 |
Q |
| |
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| T |
20231554 |
aacaaaaccttcacttttagtaacactttcaagaaacaccttacaacccttttttcctacatgtcttctaatgccactaaaagtctatttcataaagctg |
20231653 |
T |
|
| Q |
497 |
atgtggatggtacaatatttggactcttcatgtgtcgtggtgatgttcccttttacttatgtgaacaatgtgtgcaaaatgcaacacatcaaataaccca |
596 |
Q |
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| T |
20231654 |
aagttgaaaatacaacttttggactcttcatgtgccgtggcgatgttcccttttcgttatgtgagcagtgtgtgaaaaatgcaacacaaagaataagcaa |
20231753 |
T |
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| Q |
597 |
aaagtgtaacatttttcaagagggtataatatggtttaatcaatgcatgattagatattcctattggaatttcttctctttagtggacaaaagtcatgtg |
696 |
Q |
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| T |
20231754 |
agagtgtaacatttttcaagagggtataatttggtatactcaatgcatgattcggtattcgaattggaatttcttctctatagtggacaaaactcatgtc |
20231853 |
T |
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| Q |
697 |
tatcatgaaatgaatgttactagtgattctagtcccaaaaaggagagaaacttgtataattttgtaatatcaaatgccttatcaaaagtggcaattgtag |
796 |
Q |
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| T |
20231854 |
tattatgagatgaatattactagtgattctagtcccaacaaggagagaaacttgttcaattttgttatatcaactaccttatcaaatgtggcaattgtgg |
20231953 |
T |
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| Q |
797 |
ctggggatagtgataagagatatggaacaaaatcattgaaattgaatgatttgcaaacactttatacacttggtcagtgtacacaagatttatcaagtga |
896 |
Q |
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| T |
20231954 |
caggagatagtgatgaaagatttggaacaaaatcactgaaagtgaatgatttgcaaacactttatacacttggtcaatgtacacaagatttgtcaagtga |
20232053 |
T |
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| Q |
897 |
tgattgcaaggcttgtttg |
915 |
Q |
| |
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| T |
20232054 |
tgattgcaaaggttgtttg |
20232072 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 915
Target Start/End: Original strand, 22125147 - 22126056
Alignment:
| Q |
18 |
tttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaacttcaaatgaagcagcttttggtgacaaaaaatatgcatcaaaagaagtaactatatcaaaattt |
117 |
Q |
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| T |
22125147 |
tttcatgagtttattgttttctacaatgaacaaaactgcagatgaagcagcttttggtgacaaaaaatttgcatcaaatgcaataactatatcgaaattt |
22125246 |
T |
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| Q |
118 |
caaaccctttattgtttagctcaatgtacaccaaatttattaccacatgattgtagaacttgcctaagtggattgatagagaaacttccattgtgttgtg |
217 |
Q |
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| T |
22125247 |
caaaccctttattgtttagttcaatgcacaccaaatttgtcaccacatgaatgtagaagttgtctaagtggattgatagaggaacttccagtgtgttgtg |
22125346 |
T |
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| Q |
218 |
aaggaagagttggagggagagttctgaatccaagttgtaatattaggtatgaattttaccctttttatctatccaatagcattggttcatcaatagatac |
317 |
Q |
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| T |
22125347 |
aaggaagagttggaggaagagttctaaatccaagttgtaatattaggtatgaattctaccctttttatatctc---ttctaatggttcatcaa---atcc |
22125440 |
T |
|
| Q |
318 |
tacatcacaacaaattctacttccacaaacaaaaact---------------------tcagaacaccctttttacctttcacacaattgttcaagtaat |
396 |
Q |
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| T |
22125441 |
ttcatcacaacaaattatacttccccaaacaaaaaatttagatgctgattcaactatttcagaacaccctttttacctttcacacaattgttc---tagt |
22125537 |
T |
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| Q |
397 |
aacaaaaccttcacttttaacaacactttcaaagttcaccttacaacccttttttcttacctgtcttctaatgccactaaaagcatatttcataaagatg |
496 |
Q |
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| T |
22125538 |
aacaaaaccttcacttttagtaacactttcaagaaacaccttacaacccttttttcctacatgtcttctaatgccactaaaagtctatttcataaagctg |
22125637 |
T |
|
| Q |
497 |
atgtggatggtacaatatttggactcttcatgtgtcgtggtgatgttcccttttacttatgtgaacaatgtgtgcaaaatgcaacacatcaaataaccca |
596 |
Q |
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| T |
22125638 |
aagttgaaaatacaacttttggactcttcatgtgccgtggcgatgttcccttttcgttatgtgagcagtgtgtgaaaaatgcaacacaaagaataagcaa |
22125737 |
T |
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| Q |
597 |
aaagtgtaacatttttcaagagggtataatatggtttaatcaatgcatgattagatattcctattggaatttcttctctttagtggacaaaagtcatgtg |
696 |
Q |
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| T |
22125738 |
agagtgtaacatttttcaagagggtataatttggtatactcaatgcatgattcggtattcgaattggaatttcttctctatagtggacaaaactcatgtc |
22125837 |
T |
|
| Q |
697 |
tatcatgaaatgaatgttactagtgattctagtcccaaaaaggagagaaacttgtataattttgtaatatcaaatgccttatcaaaagtggcaattgtag |
796 |
Q |
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| T |
22125838 |
tattatgagatgaatattactagtgattctagtcccaacaaggagagaaacttgttcaattttgttatatcaactaccttatcaaatgtggcaattgtgg |
22125937 |
T |
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| Q |
797 |
ctggggatagtgataagagatatggaacaaaatcattgaaattgaatgatttgcaaacactttatacacttggtcagtgtacacaagatttatcaagtga |
896 |
Q |
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| T |
22125938 |
caggagatagtgatgaaagatttggaacaaaatcactgaaagtgaatgatttgcaaacactttatacacttggtcaatgtacacaagatttgtcaagtga |
22126037 |
T |
|
| Q |
897 |
tgattgcaaggcttgtttg |
915 |
Q |
| |
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| T |
22126038 |
tgattgcaaaggttgtttg |
22126056 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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