View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19699_high_3 (Length: 556)

Name: NF19699_high_3
Description: NF19699
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19699_high_3
NF19699_high_3
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (3-537)||(7606593-7607127)
chr4 (3-537)||(7637424-7637958)
chr4 (9-537)||(7628984-7629512)
chr4 (3-537)||(7615607-7616123)
chr4 (3-425)||(7655480-7655899)
chr4 (285-427)||(39098306-39098448)
chr4 (3-95)||(7633707-7633799)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (8-406)||(8910525-8910919)
chr7 (3-537)||(8935329-8935863)
chr7 (256-510)||(8934415-8934669)
chr7 (269-510)||(8929960-8930201)
chr7 (3-97)||(8918826-8918920)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (126-427)||(8102956-8103257)
chr3 (159-457)||(40146697-40146992)
chr3 (83-113)||(8102898-8102928)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (166-346)||(6501031-6501207)
chr6 (285-434)||(11969547-11969696)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (192-310)||(15190642-15190757)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 531; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 537
Target Start/End: Original strand, 7606593 - 7607127
Alignment:
Q  3 caaaggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaat 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7606593 caaaggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaat 7606692  T
Q  103 gaaataacctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7606693 gaaataacctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcg 7606792  T
Q  203 tatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7606793 tatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattg 7606892  T
Q  303 atgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatg 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7606893 atgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatg 7606992  T
Q  403 gttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaactagaggtacgtagaccggttccaggatgtcagcaacacgaat 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7606993 gttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaattagaggtacgtagaccggttccaggatgtcagcaacacgaat 7607092  T
Q  503 attctctgctacagcgtggataaagagtacacctg 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7607093 attctctgctacagcgtggataaagagtacacctg 7607127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 3 - 537
Target Start/End: Original strand, 7637424 - 7637958
Alignment:
Q  3 caaaggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaat 102  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  7637424 caaacgtgagttaaaagtgcttgtagagaagatattttggtggtgccgatctcttcgttgattttcgatttcaattgtaggattttctcctttgtgaaat 7637523  T
Q  103 gaaataacctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcg 202  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  7637524 gaaataacctatttgataaacaatatttttcctcattaaacgatgaaaaactcaacctatcagagtgatcattttgttgctccaaagtgaaaggaaatcg 7637623  T
Q  203 tatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattg 302  Q
    ||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  7637624 tataggccgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccaggaattg 7637723  T
Q  303 atgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatg 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  7637724 atgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaatg 7637823  T
Q  403 gttttgacgtgccttcatag-tttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaactagaggtacgtagaccggttccaggatgtcagcaacacgaa 501  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||  || ||| || ||||| ||| |||| |||| | |||||||||||   ||||| |||||||| ||||||| |     
T  7637824 gttttgatgtgccttcatagcttcttacttcggat-aaagcaaataataaatcaacaattggaggtacgtaggtgggttctaggatgtctgcaacacaag 7637922  T
Q  502 tattctctgctacagcgtggataaagagtacacctg 537  Q
    ||||||||||| | || |||| ||||||||||||||    
T  7637923 tattctctgctgcggcatggacaaagagtacacctg 7637958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 9 - 537
Target Start/End: Original strand, 7628984 - 7629512
Alignment:
Q  9 tgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaatgaaata 108  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||  |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| || || ||||    
T  7628984 tgagttagaagcgcttgtagagaagatattttgatgttaccaatctctttgttgatttttgatttcagttgcacgattttctcctttgtaaagtggaata 7629083  T
Q  109 acctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcgtatggg 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||  | |||||  |||| ||||||| |||| |  ||||  |  ||||||||||||||||||    
T  7629084 atctatttgataaacaaagtttttcatcattagatgacgaagtagtcaacctatcagagtgattcttttctaactccaaaaagaaaggaaatcgtatggg 7629183  T
Q  209 aagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattgatgaaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7629184 aagttgaataccatttggaaaccaacgttcagatgttggaggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccatgaattgatgaaa 7629283  T
Q  309 tgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatggttttg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7629284 tgccacacggactttccgtcaacaacaacatggttgaatgtgcaaccaataaagacaccgtcaactagctccgttacttgaacagccaacaatggttttg 7629383  T
Q  409 acgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaactagaggtacgtagaccggttccaggatgtcagcaacacgaatattctc 508  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||    
T  7629384 acgtgccttcgtagcttttatctcctataaaggcaaatagtgaatcgacaatttgaggtacgtagaccggttctaggatgtcagcaacacaagtattctc 7629483  T
Q  509 tgctacagcgtggataaagagtacacctg 537  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7629484 ggctgcagcgtggataaagagtacacctg 7629512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 3 - 537
Target Start/End: Original strand, 7615607 - 7616123
Alignment:
Q  3 caaaggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaat 102  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||    
T  7615607 caaaggtgagttaaaagcacttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcatcattgattttcgattttagttgtacaattttctcttttgtgaaat 7615706  T
Q  103 gaaataacctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcg 202  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |                    ||||||||||||    
T  7615707 gaaatatcctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgacgaaaaactcaattcatcaccgtaaac------------------gaaaggaaatcg 7615788  T
Q  203 tatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattg 302  Q
    ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  7615789 tatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcagcccatgaattg 7615888  T
Q  303 atgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatg 402  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  7615889 atgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaacg 7615988  T
Q  403 gttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaactagaggtacgtagaccggttccaggatgtcagcaacacgaat 502  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||| | | ||| | || || ||||||||||| |||| | ||||||| |||   ||||| |||||||||||||||| | |    
T  7615989 gttttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtacataggtaggttctaggatgtcagcaacacaagt 7616088  T
Q  503 attctctgctacagcgtggataaagagtacacctg 537  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    
T  7616089 attctcagctgcagcatggataaagagtacacctg 7616123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 7655899 - 7655480
Alignment:
Q  3 caaaggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaat 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |    
T  7655899 caaagatgagttaaaagcgcttgtagagaagatatttttttggtatcaatctctgcattgactttcgatttcagttgcatgattttcttctttgtaaagt 7655800  T
Q  103 gaaataacctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcg 202  Q
    |||||| ||| | ||||| | | |||||||| |||| ||| || |||||||| ||| ||||| ||||||| |||||| ||||  |||| |||||||||||    
T  7655799 gaaatatcctctctgatagaaagagtttttcgtcatcagaagacgaaaaacttaacccatcagagtgattcttttgtggctctatagttaaaggaaatcg 7655700  T
Q  203 tatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattg 302  Q
    ||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||  || ||||||||||    |  |||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  7655699 tataggtcgttgaattccatttggaaaccaacgctccagcgttggggagttagatatttgat---gatgacaaccacgtgacatttcagcccacgaattg 7655603  T
Q  303 atgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatg 402  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||| | || |||||||||||     | |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  7655602 atgaaatgccacgtggactgtccgtcagctacgacatggttgaaattaaagccaatgaagatgccgtcaactagctccgtgacttgaacagccaacaatg 7655503  T
Q  403 gttttgacgtgccttcatagttt 425  Q
    ||||||| |||||||| ||||||    
T  7655502 gttttgatgtgccttcgtagttt 7655480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 285 - 427
Target Start/End: Original strand, 39098306 - 39098448
Alignment:
Q  285 atttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgtta 384  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||| || || || |||||||| ||||  ||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || |    
T  39098306 atttcagaccatgaattgatgaaatgccaaaacgacttaccatcgacaacaacatgattgattgagaagccaatgaaaataccatcaacaagctcagtaa 39098405  T
Q  385 tttgaacagccaacaatggttttgacgtgccttcatagttttt 427  Q
     |||||| || | |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  39098406 cttgaactgcaagcaatggttttgatgtgccttcgtagttttt 39098448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 95
Target Start/End: Original strand, 7633707 - 7633799
Alignment:
Q  3 caaaggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctccttt 95  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||  ||  |||||||| |||||||| ||||   |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  7633707 caaaggtgagctaaaagcgcatataggaaatatattttgacggtaccaatctctgtgttgacttttgatttcagttgtaagattttctccttt 7633799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 8 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 8910919 - 8910525
Alignment:
Q  8 gtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaatgaaat 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8910919 gtgagttaaaagtgcttgtagagaagatattttggtggtgccgatctcttcgttgattttcgatttcaattgtaggattttctcctttgtgaaatgaaat 8910820  T
Q  108 aacctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcgtatgg 207  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||| |    
T  8910819 aacctatttgataaacaatgtttttcctcattaagcgatgaaaaactcaacccatcagagtgatccttttgttgctccaaagtgaaaggaaatcgtatag 8910720  T
Q  208 gaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattgatgaa 307  Q
    |  ||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  8910719 gccgttgaac----tttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgataatgacaacaactacgtgagatttcagcccaggaattaatgaa 8910624  T
Q  308 atgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatggttt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  8910623 atgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttacttgaactgccaacaatggttt 8910525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 3 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 8935863 - 8935329
Alignment:
Q  3 caaaggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgtgaaat 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  8935863 caaaggtgagttaaaggcgcttgtagagaagatattttgatggtaccaatctcttcattgatttttaatttcagctgtacgattttctcttttgtgaaat 8935764  T
Q  103 gaaataacctatttgataaacaaagtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcg 202  Q
    ||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||   ||||  ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  8935763 gaaatattctatttgagaaacaaagtttttcatcatctaacgacaaaaaactcaacccatcagagtgattcttttgttgctccaaagtgaaaggaaatcg 8935664  T
Q  203 tatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattg 302  Q
    ||| ||  |||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  8935663 tattggccgttgaacaccatccggaaaccaacgttctagtgttggaggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccaagaattg 8935564  T
Q  303 atgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatg 402  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||| ||||||||||    
T  8935563 atgaaatgccacacagactttccgtcaatgacagcgtggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaattaactcagttacttgaactgccaacaatg 8935464  T
Q  403 gttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaactagaggtacgtagaccggttccaggatgtcagcaacacgaat 502  Q
    ||||||| |||||||| ||| || || |  || | || |||||||||||||| |||| | | |||||||||   ||||| || ||||||||||||| | |    
T  8935463 gttttgatgtgccttcgtagcttctaacatcggttaaagcaaaaaatgaatcaacaattggtggtacgtaggtgggttctagaatgtcagcaacacaagt 8935364  T
Q  503 attctctgctacagcgtggataaagagtacacctg 537  Q
    |||||||| |   || |||| ||||||||||||||    
T  8935363 attctctgatctggcatggacaaagagtacacctg 8935329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 256 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 8934669 - 8934415
Alignment:
Q  256 atatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaacc 355  Q
    ||||||||| |  ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| || ||||||||    
T  8934669 atatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactttccgtcaatgacagcgtggttaaatgagcaacc 8934570  T
Q  356 aatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatggttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcg 455  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| || || | ||| | || ||||||||||||||     
T  8934569 aatgaaaataccgtcaattaactccgttacttgaactgccaacaatggttttgatgtgccttcgtagcttctaacaccggttaaagcaaaaaatgaatca 8934470  T
Q  456 acaactagaggtacgtagaccggttccaggatgtcagcaacacgaatattctctg 510  Q
    |||| | |||||||||||   ||||| || ||||||||||||| | |||||||||    
T  8934469 acaattggaggtacgtaggtgggttctagaatgtcagcaacacaagtattctctg 8934415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 269 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 8930201 - 8929960
Alignment:
Q  269 acaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccg 368  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| | ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  8930201 acaacaactacgtgagatttcagcccatgaattgatgaaatgtcacacagactttccatcaatgacagcgtggttaaatgagcaaccaatgaaaataccg 8930102  T
Q  369 tcaactagctccgttatttgaacagccaacaatggttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaactagaggta 468  Q
    |||| || ||| |||| |||||  ||||||||||||||||| ||| |||| ||| || || | ||| | || |||||||||||||| |||| | ||||||    
T  8930101 tcaattaactcagttacttgaaatgccaacaatggttttgatgtgacttcgtagcttctaacaccggttaaagcaaaaaatgaatcaacaattggaggta 8930002  T
Q  469 cgtagaccggttccaggatgtcagcaacacgaatattctctg 510  Q
    |||||   ||||| || ||||||||||||| | |||||||||    
T  8930001 cgtaggtgggttctagaatgtcagcaacacaagtattctctg 8929960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 8918920 - 8918826
Alignment:
Q  3 caaaggtgagttaaaagcgcttgtagagaagttattttgatggtaccaacctcttcattgattttcgatttcagttgtatgattttctcctttgt 97  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||  ||  |||||||| |||||||| ||||   |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8918920 caaaggtgagctaaaagcgcatataggaaatatattttgacggtaccaatctctgtgttgacttttgatttcagttgtaagattttctcctttgt 8918826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 86; Significance: 8e-41; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 126 - 427
Target Start/End: Original strand, 8102956 - 8103257
Alignment:
Q  126 agtttttcctcattagacgatgaaaaactcaactcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttg 225  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||| | || ||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||    
T  8102956 agtttttcgttattagatgatgaaaaactcaacccatcagattggttattttgtagcttcttagtgaagggaaatcgtatgggacattgaataccatctg 8103055  T
Q  226 gaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttcc 325  Q
    |||||||||| || ||||||| | |||||||| ||||||  | ||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||  | ||  ||||    
T  8103056 gaaaccaacgttcaagtgttgagagtttggatgtttgattgcaacaaccaccacgtgagatttcagcccacgaattaatgaaataccatgccgaagttcc 8103155  T
Q  326 gtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatggttttgacgtgccttcatagttt 425  Q
     ||||| || |||||||| || |   ||||||| || || |||||||||| ||| || | ||| || || |||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  8103156 atcaacaaccacatggttaaaagtaaaaccaataaagatgccgtcaactaactctgtcacttgcacggcaaacaatggttgtgatgtgccttcgtagttt 8103255  T
Q  426 tt 427  Q
    ||    
T  8103256 tt 8103257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 159 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 40146992 - 40146697
Alignment:
Q  159 tcatcacagtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggata 258  Q
    |||||| ||| ||| |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  | |||||||||    
T  40146992 tcatcagagtcattcttttgtggctctatagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggata 40146893  T
Q  259 tttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaat 358  Q
     |||||     |||||||| || || ||||  ||||||||||| |||||| ||||   ||||| ||||||||| ||  ||||||| || |   |||||||    
T  40146892 cttgat---tgcaacaaccacgcgagattttcgcccatgaattaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaat 40146796  T
Q  359 gaaaataccgtcaactagctccgttatttgaacagccaacaatggttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgac 457  Q
    ||| |  |||||||||| ||| || | ||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| || |||||| ||| | | || | |||||||||||||||    
T  40146795 gaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacagctaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgac 40146697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 113
Target Start/End: Original strand, 8102898 - 8102928
Alignment:
Q  83 gattttctcctttgtgaaatgaaataaccta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8102898 gattttctcctttgtgaaatgaaataaccta 8102928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 166 - 346
Target Start/End: Original strand, 6501031 - 6501207
Alignment:
Q  166 agtgattattttgttgctccgtagtgaaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatc 265  Q
    |||||||||||||  ||||| | ||| ||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||     
T  6501031 agtgattattttgaggctccattgtggaaggaaatcgtatggaacgctgaatatcatttggaaac-aacgttctagtgatgggagtttggatatttgatt 6501129  T
Q  266 accacaacaaccgcgtgatatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaa 346  Q
    ||   ||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||  ||  ||| |||||||||||    
T  6501130 ac---aacaaccacgtgaaatttcagcccaggaactgataaaatgccacatggactttccaccagtgaccacatggttgaa 6501207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 434
Target Start/End: Original strand, 11969547 - 11969696
Alignment:
Q  285 atttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgtta 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||| | ||||| ||||  |   | |||||||| || || ||||||| ||| ||||    
T  11969547 atttcagcccatgaattgatgaaatgccaagtggacactccgtcaacggcgacatgattgattgtaaagccaatgaagatgccatcaactaactctgtta 11969646  T
Q  385 tttgaacagccaacaatggttttgacgtgccttcatagtttttatctccg 434  Q
     ||| || || | |||||| | ||| || |||||||||||| || |||||    
T  11969647 cttggactgcaagcaatggctctgatgtcccttcatagtttctaactccg 11969696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 15190757 - 15190642
Alignment:
Q  192 aaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatatttcag 291  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| |||   ||||||||||     ||| |||| ||||| |||||||    
T  15190757 aaaggaaatcgtatgggacgttgaattccatttggaaataaacgttcaagtgttggaggtacagatatttgat---ggcaagaaccacgtgagatttcag 15190661  T
Q  292 cccatgaattgatgaaatg 310  Q
    ||  |||||||||||||||    
T  15190660 ccagtgaattgatgaaatg 15190642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University