View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19700_low_11 (Length: 404)

Name: NF19700_low_11
Description: NF19700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19700_low_11
NF19700_low_11
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-388)||(18926282-18926669)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (6-381)||(4666126-4666501)
chr7 (7-376)||(4660996-4661365)
chr7 (7-362)||(4630101-4630456)
chr7 (1-385)||(4652706-4653090)
chr7 (1-374)||(4642890-4643263)
chr7 (10-361)||(4636052-4636403)
chr7 (1-373)||(4671826-4672198)
chr7 (46-373)||(4697748-4698075)
chr7 (46-374)||(4863120-4863448)
chr7 (1-364)||(4784402-4784765)
chr7 (1-364)||(4816831-4817194)
chr7 (46-373)||(4846579-4846906)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 18926669 - 18926282
Alignment:
Q  1 aatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926669 aatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaa 18926570  T
Q  101 tcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggcccc 200  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926569 tcatctctttgttgccgttgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggcccc 18926470  T
Q  201 ttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaa 300  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926469 ttgttgagagcctggtttgagacgttttattgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaa 18926370  T
Q  301 tcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaacccttcac 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926369 tcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaacccttcac 18926282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 168; Significance: 6e-90; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 6 - 381
Target Start/End: Original strand, 4666126 - 4666501
Alignment:
Q  6 aatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatc 105  Q
    |||||||||||| ||||||||   |||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||    
T  4666126 aatctcaagcctctgcttccatgataggggctggttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatc 4666225  T
Q  106 tctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgtt 205  Q
    ||| ||| |||  |||| || || || ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  4666226 tctgtgtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgtt 4666325  T
Q  206 gagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatc 305  Q
    ||||||||| ||| |  |||||||  |||||  ||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4666326 gagagcctgatttgaggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgatgaaatcatc 4666425  T
Q  306 atcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaac 381  Q
     |||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  4666426 gtcaaagttgtttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaaggaccggcacaaatggggcggcaaagatgacaac 4666501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 376
Target Start/End: Original strand, 4660996 - 4661365
Alignment:
Q  7 atctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatct 106  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  4660996 atctcaagcctttgcctccaaggtaggggctggttattagaaccataaagatgctcgcagagagtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatcatct 4661095  T
Q  107 ctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttg 206  Q
     | |||||||  | || || || | |||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||    
T  4661096 atgtgttgtcattacaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttg 4661195  T
Q  207 agagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatca 306  Q
    |||||| | ||| |  ||||| |  |||||  |||| |||  ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4661196 agagcccgatttgaggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatca 4661295  T
Q  307 tcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatg 376  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4661296 tcaaagttttttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggcaaagatg 4661365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 7 - 362
Target Start/End: Original strand, 4630101 - 4630456
Alignment:
Q  7 atctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatct 106  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  4630101 atctcaagcctctgcttccatggtaggggctgattattggaaccatacagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatct 4630200  T
Q  107 ctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttg 206  Q
    || |||||||  |||| || || || ||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4630201 ctgtgttgtcattgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttg 4630300  T
Q  207 agagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatca 306  Q
    |||||||| ||| |  |||||||  ||||| |||||||||  |||||   ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||      
T  4630301 agagcctgatttgaggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaatccgatgatgaaatcattg 4630400  T
Q  307 tcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatg 362  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||    
T  4630401 tcaaagttgtttgtggctgctttgatctccgcgattgtaaagtagcgacacaaatg 4630456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Original strand, 4652706 - 4653090
Alignment:
Q  1 aatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaa 100  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||  ||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| || ||    
T  4652706 aatagaatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaa 4652805  T
Q  101 tcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggcccc 200  Q
    |||| ||| |||  ||  |||| || || |||||||||||||  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4652806 tcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcacc 4652905  T
Q  201 ttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaa 300  Q
    |||||||||||| | ||| |  |||||||  ||||| ||  |||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  4652906 ttgttgagagccagatttgaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaa 4653005  T
Q  301 tcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaaccctt 385  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||| |||| |||||||| || || ||||||| | ||||||    
T  4653006 acatcatcgaagttatttgtggctgctttgatctctgcgattgtgaaggagcgacacaaatgtggtggcaaagatgacgaccctt 4653090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Original strand, 4642890 - 4643263
Alignment:
Q  1 aatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaa 100  Q
    |||| ||| |||||||| ||| ||||| |||| || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| || ||    
T  4642890 aatagaatttcaagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaa 4642989  T
Q  101 tcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggcccc 200  Q
    |||||||| |||  ||| |||| || || |||||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  4642990 tcatctctgtgtcatcgttgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcacc 4643089  T
Q  201 ttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaa 300  Q
    |||||||||||| | ||| |  || || |  |||||  ||||||||  ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4643090 ttgttgagagcccgatttgaggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaa 4643189  T
Q  301 tcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaaga 374  Q
     ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  4643190 gcatcatcgaagttgtttgtagctgctttgatctctgcgattgtaaaggagcggcacagatggggcggcaaaga 4643263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 361
Target Start/End: Original strand, 4636052 - 4636403
Alignment:
Q  10 tcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctt 109  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||  | |||||||||||||| | |||||||||||||     
T  4636052 tcaagcctctgcttccatggtaggggttggttattagaaccataaagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcatagaccagaatcatctctg 4636151  T
Q  110 tgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgaga 209  Q
    | |||||| |||| || || || ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||    
T  4636152 tcttgtcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgaga 4636251  T
Q  210 gcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatca 309  Q
    ||| |   | |  |||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||    ||||||||     
T  4636252 gcccgacctgaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgataatgttttcatcatcg 4636351  T
Q  310 aagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaat 361  Q
    ||||| |||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  4636352 aagttttttgtggctgctctgatctctgcgattgtaaagtagcggcacaaat 4636403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Original strand, 4671826 - 4672198
Alignment:
Q  1 aatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaa 100  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||| |||| || | |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  | ||||| ||||| |||| || ||    
T  4671826 aatagaatctcaagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcataaactcgtaaaccaaaa 4671925  T
Q  101 tcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggcccc 200  Q
    |||||| | |||  |||  ||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||    
T  4671926 tcatctatgtgtcatcgtcgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcacc 4672025  T
Q  201 ttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaa 300  Q
    ||| |||||||| | ||| |  |||||||  |||||  ||||||||  |||||   ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||    
T  4672026 ttgctgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaa 4672125  T
Q  301 tcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaag 373  Q
     ||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||    
T  4672126 gcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcgattgtaaaggaacggcacaagtggggcggcaaag 4672198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 46 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 4698075 - 4697748
Alignment:
Q  46 gaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagat 145  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| |||||| || ||||  ||||||||||||      ||| |||| || || | ||| || ||||  |    
T  4698075 gaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagt 4697976  T
Q  146 gaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtgga 245  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| |||||||||| ||| || |||||       
T  4697975 gaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtacc 4697876  T
Q  246 tttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgta 345  Q
    || ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||| ||||| || ||| ||||||  || ||||||    
T  4697875 ttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgta 4697776  T
Q  346 aagtagcggcacaaatggggcggtaaag 373  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||    
T  4697775 aaatagcggcacaaatgggatggtaaag 4697748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 46 - 374
Target Start/End: Original strand, 4863120 - 4863448
Alignment:
Q  46 gaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagat 145  Q
    |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |     ||| |||| || || | ||| || ||||  |    
T  4863120 gaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagt 4863219  T
Q  146 gaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtgga 245  Q
    |||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| | ||||||||  ||||| ||| ||      
T  4863220 gaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaacaggtatgtc 4863319  T
Q  246 tttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgta 345  Q
    |  ||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||| |||||||| ||||| || ||| |||||| ||  ||||||    
T  4863320 tccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttgtagcagctcttatctctgttattgta 4863419  T
Q  346 aagtagcggcacaaatggggcggtaaaga 374  Q
    || ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4863420 aaatagcggcacaaatgggatggtaaaga 4863448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 4784765 - 4784402
Alignment:
Q  1 aatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaa 100  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    || |||| |||||  || ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||||||  ||||    
T  4784765 aatagaatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaa 4784666  T
Q  101 tcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggcccc 200  Q
    ||||||||      ||  |||| || || |  || || ||||  ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||    
T  4784665 tcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacacc 4784566  T
Q  201 ttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaa 300  Q
    ||||||||| |||||||| | ||||||||  ||||| |||||   |  ||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  4784565 ttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaa 4784466  T
Q  301 tcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 364  Q
      ||| || ||||| ||||| ||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4784465 atatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 4784402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 4817194 - 4816831
Alignment:
Q  1 aatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaa 100  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    || |||| |||||  || ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||||||  ||||    
T  4817194 aatagaatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaa 4817095  T
Q  101 tcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggcccc 200  Q
    ||||||||      ||  |||| || || |  || || ||||  ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||    
T  4817094 tcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacacc 4816995  T
Q  201 ttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaa 300  Q
    ||||||||| || ||||| | ||||||||  ||||| |||||   |  ||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  4816994 ttgttgagaaccaggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaa 4816895  T
Q  301 tcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 364  Q
      ||| || ||||| ||||| ||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4816894 atatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 4816831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 4846906 - 4846579
Alignment:
Q  46 gaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagat 145  Q
    |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||   |  ||| |||| || || | |||||| ||||  |    
T  4846906 gaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagt 4846807  T
Q  146 gaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtgga 245  Q
    |||| || ||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| || ||    |||| | |||| || |||||   ||||||||  ||||| ||||||      
T  4846806 gaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgag 4846707  T
Q  246 tttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgta 345  Q
    |  || |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||  ||| || ||||| ||||| ||| || ||||||  || ||||||    
T  4846706 tccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgta 4846607  T
Q  346 aagtagcggcacaaatggggcggtaaag 373  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||    
T  4846606 aaatagcggcacaaatgggacggtaaag 4846579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University