View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19700_low_3 (Length: 521)
Name: NF19700_low_3
Description: NF19700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19700_low_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 504
Target Start/End: Original strand, 9453143 - 9453639
Alignment:
| Q |
9 |
actaagctaaatactttcttcaattttcattgcttattcattccttttcccaaatgagatacttagagtactatcagtatattcatgaaagcatcaacaa |
108 |
Q |
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| T |
9453143 |
actaagctaaatactttcttcaattttcatttcttattcaatccttttcccaaatgagatacttatagtactatcagtttattcaggaaagcatcaaaaa |
9453242 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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| T |
9453243 |
ggaatataagtcactaaggcagttacaacataaagtagtaaaacatgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtttctatatgc |
9453342 |
T |
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| Q |
209 |
tataagtccaattgaaatttcaagggttgtaacaatttttcacatcatatttggaactaacaactgggttgctttgtttttggcacattannnnnnnaca |
308 |
Q |
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| T |
9453343 |
tataagtccaattgaaatttcaagggttgtaacaatttttcacatcatatttggaactaacaactggattgctttgtttttggcacataatttttttaca |
9453442 |
T |
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| Q |
309 |
catgatcatgttatgcagtaaatcatagggagtagtaaatagttattccataaatgtgaatttctacactgatagatttgttcgcttatcaaaatgcaaa |
408 |
Q |
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| T |
9453443 |
cacgatcatgttatgcagtaaatcatagggaatagtaaatagttattccatagatgtgaatttctacactgatagatttgttcgcttatcaaaatgcaaa |
9453542 |
T |
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| Q |
409 |
cacagtttatatattgtatgccaagttcaaaag-ttttggtgccatttctatgtaggtttttcaaaacaggataccatatatgatttatttttcgtt |
504 |
Q |
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| T |
9453543 |
cacagtttatatgttgtataccaagttcaaaagtttttggtgccatttttatgtaggtttttcaaaacaggataccatatatgatttatttttcgtt |
9453639 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 7 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 37684803 - 37684550
Alignment:
| Q |
7 |
atactaagctaaatactttcttcaattttcattgcttattcattccttttcccaaatgagatacttagagtactatcagtatattcatgaaagcatcaac |
106 |
Q |
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| T |
37684803 |
atactaagctaaatactttcttcaatttttattgcttattcattccttttcccaaaaggagtacttatagtactatcagtacattcatgtaagcataaaa |
37684704 |
T |
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| Q |
107 |
aaggaatataagcaactaaggcagttacaatagaaagtagtaaaatttgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtttttatat |
206 |
Q |
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| T |
37684703 |
aaggaatttaagccactaaggcagttacagcataaagtagtaaaacgtgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtttctatat |
37684604 |
T |
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| Q |
207 |
gctataagtccaattgaaatttcaagggttgtaacaatttttcacatcatattt |
260 |
Q |
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| T |
37684603 |
gctataagtccaattgaaatttcaagggttgtaacaatttttcatatcatattt |
37684550 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 7 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 38944663 - 38944171
Alignment:
| Q |
7 |
atactaagctaaatactttcttcaattttcattgcttattcattccttttcccaaatgagatacttagagtactatcagtatattcatgaaagcatcaac |
106 |
Q |
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| T |
38944663 |
atactaagctaaatacttgcttcaattttcattgcttattcattccttt-cccaaatgggatacttatagtactatcggtacattcatgaaagcatcgaa |
38944565 |
T |
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| Q |
107 |
aaggaatataagcaactaaggcagttacaatagaaagtagtaaaatttgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtttttatat |
206 |
Q |
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| T |
38944564 |
aaggaatctaagtcactaaggcagttacaacagaaagcagtaaaatgtgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtttctttat |
38944465 |
T |
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| Q |
207 |
gctataagtccaattgaaatttcaagggttgtaacaatttttcacatcatatttggaactaacaactgggttgctttgtttttggcacattannnnnnna |
306 |
Q |
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| T |
38944464 |
actataagtccaattggaatttctagggttgtaacaatttttcacatcatatttggaactaacagctgggttgttttgtttttggcacataaattttgta |
38944365 |
T |
|
| Q |
307 |
cacatgatcatgttatgcagtaaatcatagggagtagtaaatagttattccataaatgtgaatttctacactgatagatttgttcgcttatcaaaatgca |
406 |
Q |
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| T |
38944364 |
cacaagatcatgctatgcagtaaatcatagggagtagtaagtagttatttcatggatgtgaatttctacacggatagatttgttcgctaatcaaaatgcg |
38944265 |
T |
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| Q |
407 |
aacacagtttatatattgtatgccaagttcaaaagttttggtgccatttctatgtaggtttttcaaaacaggataccatatatgatttattttt |
500 |
Q |
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| T |
38944264 |
aacacagtttatatgcagtatgctaagtttgaaaattttggtgccatttctatgtaggtttttcaaaacatgataccatatatgatttattttt |
38944171 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 348 - 474
Target Start/End: Original strand, 28127045 - 28127171
Alignment:
| Q |
348 |
tagttattccataaatgtgaatttctacactgatagatttgttcgcttatcaaaatgcaaacacagtttatatattgtatgccaagttcaaaagttttgg |
447 |
Q |
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| T |
28127045 |
tagttattccatggatgtgagtatctacacggatagatttgtttgcttatcaaaatgtgaaaacaatttttatgtagtgtgctaagtttgaaagtttagg |
28127144 |
T |
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| Q |
448 |
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474 |
Q |
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| T |
28127145 |
tgcaatttctaggcagatttttcaaaa |
28127171 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 18329154 - 18328673
Alignment:
| Q |
7 |
atactaagctaaatactttcttcaattttcattgcttattcattccttttcccaaatgagatacttagagtactatcagtatattcatgaaagcatcaac |
106 |
Q |
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| T |
18329154 |
atactaagctaaatacttgcttcaattttcattgcttattcattccttt-cccaaatgggatacttatagtacta----------cattcaagcatcaaa |
18329066 |
T |
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| Q |
107 |
aaggaatataagcaactaaggcagttacaatagaaagtagtaaaatttgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtttttatat |
206 |
Q |
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| T |
18329065 |
aaggaatctaattatctaaggcagttacaacagaaagtagtaaaatgtgaatgcattagaattcttatccaattatctacgtgcatatgtgcttctatat |
18328966 |
T |
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| Q |
207 |
gctataagtccaattgaaatttcaagggttgtaacaatttttcacatcatatttggaactaacaactgggttgctttgtttttggcacattannnnnnna |
306 |
Q |
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| T |
18328965 |
gttataagtccaattagaatttctagggttgtaacaatttttcacatcatatttggaactaacagatgggttgtttggtttttggcacataatttttgta |
18328866 |
T |
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| Q |
307 |
cacatgatcatgttatgcagtaaatcatagggagtagtaaatagttattccataaatgtgaatttctacactgatagatttgttcgcttatcaaaatgca |
406 |
Q |
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| T |
18328865 |
cacaagatcatg-tatgctgtaaatcatagggagtagtaagtagttatttcatggatgtgaatttctacacggatagatttgttcgctaatcaaaatgcg |
18328767 |
T |
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| Q |
407 |
aacacagtttatatattgtatgccaagttcaaaagttttggtgccatttctatgtaggtttttcaaaacaggataccatatatgatttattttt |
500 |
Q |
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| T |
18328766 |
aacacattttaaatgttgtatgctaagtttgaaaattttggtgtcatttcaatgtaggtttttcaaaacatgatatcatatatgatttattttt |
18328673 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 7 - 260
Target Start/End: Original strand, 7498958 - 7499213
Alignment:
| Q |
7 |
atactaagctaaatactttcttcaattttcattgcttattcattccttttcccaaatgagatacttagagtactat--cagtatattcatgaaagcatca |
104 |
Q |
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| T |
7498958 |
atactaagctaaatactttcttcaattttcattgcttattcattccttttcctaaaaggggtacttatagtactatatcagtgcattcaggaaagcatta |
7499057 |
T |
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| Q |
105 |
acaaggaatataagcaactaaggcagttacaatagaaagtagtaaaatttgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtttttat |
204 |
Q |
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| T |
7499058 |
aaaaggaatttaagccactaaggcagttacaacataaagtagtaaaacatgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtttctat |
7499157 |
T |
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| Q |
205 |
atgctataagtccaattgaaatttcaagggttgtaacaatttttcacatcatattt |
260 |
Q |
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| T |
7499158 |
atgctataagtccaattggaatttcaagggttgtaacaatttttcatatcatattt |
7499213 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 100 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 21545761 - 21545568
Alignment:
| Q |
100 |
catcaacaaggaatataagcaactaaggcagttacaatagaaagtagtaaaatttgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtt |
199 |
Q |
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| T |
21545761 |
catcaaaaaggaatataagccactaaggcagttacaacagaaagta---aaacgtgaatgcattagaattcttatccaattatctaggtgcatatgtgtt |
21545665 |
T |
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| Q |
200 |
tttatatgctataagtccaattgaaatttcaagggttgtaacaatttttcacatcatatttggaactaacaactgggttgctttgtttttggcacat |
296 |
Q |
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| T |
21545664 |
tctatatgctataagtcctattggaatttcaagggttgaaacaatttttcacatcatattcggaattaacagctgggttgcttggttttcggcacat |
21545568 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 335 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 21545261 - 21545093
Alignment:
| Q |
335 |
agggagtagtaaatagttattccataaatgtgaatttctacactgatagatttgttcgcttatcaaaatgcaaacacagtttatatattgtatgccaagt |
434 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
21545261 |
agggagtagtaagtagttattcaatagatgtgaatttctacacggatagatttgttcgcttatcaaaatgcgaacgcggtttatatttagtatgccaagt |
21545162 |
T |
|
| Q |
435 |
tcaaaagttttggtgccatttctatgtaggtttttcaaaacaggataccatatatgatttatttttcgt |
503 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
21545161 |
tcaaaagttttggtggcatttttatgtaggtttttcaaaacatgataccatatataatttatttttcgt |
21545093 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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