View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19702_low_2 (Length: 632)

Name: NF19702_low_2
Description: NF19702
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19702_low_2
NF19702_low_2
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (274-598)||(2326315-2326640)
chr7 (252-617)||(2322008-2322372)
chr7 (348-595)||(2330644-2330891)
chr7 (348-617)||(2338478-2338747)
chr7 (350-615)||(3954354-3954619)
chr7 (363-595)||(2335189-2335422)
chr7 (360-607)||(1549792-1550039)
chr7 (348-594)||(1556600-1556846)
chr7 (360-607)||(1089359-1089606)
chr7 (351-594)||(1605099-1605342)
chr7 (348-607)||(1563856-1564115)
chr7 (348-588)||(1540555-1540795)
chr7 (362-591)||(3853356-3853585)
chr7 (386-594)||(1597125-1597333)
chr7 (351-594)||(1106712-1106955)
chr7 (93-191)||(2326652-2326754)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (348-594)||(18738435-18738681)
chr8 (348-594)||(18743399-18743645)
chr8 (348-594)||(18748366-18748612)
chr8 (448-588)||(18722814-18722954)
[»] scaffold0491 (1 HSPs)
scaffold0491 (348-594)||(5207-5453)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 274 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 2326640 - 2326315
Alignment:
Q  274 aaataaacttttacaatgtctttattgagttcaaatttttaagacactaaacttcattgtgaaggtannnnnnncaagggttcccgatatgaaataatgt 373  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |  |||||||| ||||||||||||| |||        ||| ||||||||| |||||||||| |    
T  2326640 aaataaacttttacaatctctttatggaattcaaatatcaaagacactgaacttcattgtgatggt-tttcattcaacggttcccgacatgaaataatat 2326542  T
Q  374 ttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgacacacatttcatt 473  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326541 ttttagttcttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaagaatacttgatggtgtaggttcaatggcaaaactctgtgacacacatttcatt 2326442  T
Q  474 gttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaat--tatgtcaagtaaaaccatcatattattcggaagtgggag 571  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2326441 gttggtcgagagaaaggattgagatttaagtatgcaaatgctactaaggcaacacgaattatatgtcaagtaaaaccatcatattattcagaagtgggag 2326342  T
Q  572 acgttggtctaatacttcacataactt 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  2326341 acgttggtctaatacttcacataactt 2326315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 252 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 2322372 - 2322008
Alignment:
Q  252 aacattttctaacaacttatataaataaacttttacaatgtctttattgagttcaaatttttaagacactaaacttcattgtgaaggtannnnnnncaag 351  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||  ||| ||| |||||| |||   ||  |        |||     
T  2322372 aacattttctaacaacttatgaaaataaagttttgcaatgtctttattgaattcaaatttgaaagtcaccaaacttgattcccaat-tgtttacttcaaa 2322274  T
Q  352 ggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaa 451  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| ||| |||    
T  2322273 ggttcccgatatgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagttcagtggaaaa 2322174  T
Q  452 actctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatc 551  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2322173 actctgtgacgcacatttcattgttggtcgagagaaaggattgagatttaagcaagcaaatgctattgtggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatc 2322074  T
Q  552 atattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgct 617  Q
    | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  2322073 acattattcggaagtagaagacgttggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgct 2322008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 348 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 2330891 - 2330644
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||  ||||  ||| || |||     
T  2330891 caagggttcacaatatgcaataatgctttgagttcatgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcaacggaatgtttagtggtgcaagctctatga 2330792  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2330791 caaaactctgtgacacacttttcattgatggtcgagcgcaagggttgagatttaagcatccaaatgctactacggcaacacgaattatgtccagtaaaac 2330692  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataa 595  Q
    | | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330691 ctttacattatttggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataa 2330644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 348 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 2338747 - 2338478
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || | || |||||  ||  ||   |     
T  2338747 caagggttcacaatatggaataatgctttgaattcttgactcatgagttgctgcactgaaatttcacccaacagaaagtttaatggtgcaatctctggga 2338648  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2338647 caaaactctgtgacacacttttcattgatggtcgagcgcaagggttgagatttaagcatccaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 2338548  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgct 617  Q
    | ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||| | ||||||    
T  2338547 cttcacattatttggaagtgggagacgctggtctaatacttcacataatttcatgccttgagtcgatgct 2338478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 350 - 615
Target Start/End: Original strand, 3954354 - 3954619
Alignment:
Q  350 agggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggca 449  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||| ||  ||||||| ||||| |||  ||||||| |    
T  3954354 agggttcacgatctgaaataatgctttgagttcttgattcacgagttgcttcactgaaatttctctcaaaggaatgcttaatggtgtaacctcaatggaa 3954453  T
Q  450 aaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaacca 549  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||      
T  3954454 aaactttgtgacacacttttcattgttggtctagaggaaggatttggatttaagcatgcagatgctactacaacaacatgaattatgtcaagtaaaactt 3954553  T
Q  550 tcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatg 615  Q
    ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||    
T  3954554 tcacatcatttggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataatttgatgtcttgagttgatg 3954619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 363 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 2335422 - 2335189
Alignment:
Q  363 tgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctg-tgac 461  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||| || ||||||| || |||||| |||||| ||  ||| ||| ||||| || ||||||||| ||||||||  ||||    
T  2335422 tgaaataatgcttttagttcttcactaattagttgctacattgaaatatcactcaaaggaatacttaatggtgtacgttcaatggaaaaactctcatgac 2335323  T
Q  462 acacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcg 561  Q
     | |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  2335322 gcgcatttcattgttggtcaagagcaaggattgagatttaagcatgcaaatgctacaatgacaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcacattatttg 2335223  T
Q  562 gaagtgggagacgttggtctaatacttcacataa 595  Q
    ||| | || || |||| |||||||||||||||||    
T  2335222 gaaataggggatgttgttctaatacttcacataa 2335189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 360 - 607
Target Start/End: Original strand, 1549792 - 1550039
Alignment:
Q  360 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 459  Q
    ||||||||||| | ||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| | |  || ||||| | | |||| | |||||||| | ||    
T  1549792 atatgaaataacgctttgagttcttgactcaagagttgctgcaatgaaatttcactcaaaagagtttttaatggtgtcaattcagtagcaaaactttctg 1549891  T
Q  460 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 559  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||| ||| ||   ||||||    
T  1549892 acacacatttcattgttggtcgagagcgaggattgagatttaaacatgcaaatgctaccacggcaacttgaattatgtcacgtataactatttcattatt 1549991  T
Q  560 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttg 607  Q
     |||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  1549992 tggaagtggaatacgttggtctaatacttgacataatttgatactttg 1550039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 348 - 594
Target Start/End: Original strand, 1556600 - 1556846
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||  || ||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| ||     
T  1556600 caagggttctcaatataaaataatgcattgagttcttcactcattagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagttcagtga 1556699  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||||| ||| |||    
T  1556700 caaaactttgtgacacacgtttcattgttggtcgagaatgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacgacaacatgaattatgtcacgtataac 1556799  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacata 594  Q
     ||   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  1556800 tatgtcattatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacata 1556846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 360 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 1089606 - 1089359
Alignment:
Q  360 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 459  Q
    |||| |||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||  | | ||| ||||| | || ||| |||||||||| ||||    
T  1089606 atataaaataatgctttgagttcttgactcaagagttgctgcattgaaatttcactcaaaggagttcttaatggtgtcagctcagtggcaaaactttgtg 1089507  T
Q  460 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 559  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | | | | ||    ||| |    
T  1089506 acacacgtttcattgttggtcgagaacgaggattgagatttaagcatgcaaatgctaccacggcaacatgaattatgtcatggatagctatttctttact 1089407  T
Q  560 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttg 607  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  1089406 tggaagtggaagacgttggtctaatacttgacataatttgatactttg 1089359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 351 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 1605342 - 1605099
Alignment:
Q  351 gggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaa 450  Q
    |||||||| |||| |||||||  ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| | || ||  || |||    
T  1605342 gggttcccaatataaaataatcctttcagttcttgactcatgagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtgagctccgtgacaa 1605243  T
Q  451 aactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccat 550  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||| ||| |     
T  1605242 aactttgtgacacacgtttcattgttggtcgagaacgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacggcaacatgaattatgtcacgtataacta- 1605144  T
Q  551 cat-attattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacata 594  Q
    |||  ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  1605143 catcgttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacata 1605099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 348 - 607
Target Start/End: Original strand, 1563856 - 1564115
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| ||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || |||| | ||| | || ||| |||    
T  1563856 caaggggtcccaatataaaataatgcttcgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactcaaaggaaggcttaacggtgtcagctcagtgg 1563955  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  1563956 caaaacattgtgatacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgagatttaaacttgcaaatgctaccacggcaacatgaattatgtcacgtataac 1564055  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttg 607  Q
     ||    ||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  1564056 tatttcgttatttggaagtcgaagacgttggtctaatacttgacataatttgatactttg 1564115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 348 - 588
Target Start/End: Original strand, 1540555 - 1540795
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| ||| ||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||  | ||| |||| ||  ||     
T  1540555 caagagttcccaatataaaataatgctttgagttcttcactcattagttgctccactgaaatttcactcaaaggaatgctaaacggtgtaagctcggtga 1540654  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||   ||| |||  ||||||||| ||||||||||| | || |||| ||||||||||| ||| |||    
T  1540655 caaaactttgtgacacacgtttcattgttggtcgagaacgaggattgccatttaagcatgcaaatgctaccagggaaacatgaattatgtcacgtataac 1540754  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatactt 588  Q
     ||   |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  1540755 tatgtcattatttggaagtggaagacgttggtctaatactt 1540795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 362 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 3853585 - 3853356
Alignment:
Q  362 atgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgac 461  Q
    ||||||||||||||  ||| |||||||| || |||| ||| |||||| ||||||| ||  ||||||| |||||||||  | | ||| |||||| ||||||    
T  3853585 atgaaataatgtttggagttcttgactcgtgtgttgatgcgctgaaaattcactcaaaggaatgcttaatggtataatctgagtggaaaaactttgtgac 3853486  T
Q  462 acacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcg 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || | || ||||| || ||||||||||| || |||||  |||| |||| |||| ||||||||  |||||| |    
T  3853485 acacatttcattgttggtcgagaggacaggcttaggtttaaacatgcaaatgctacgacagcaacctgaataatgtgaagtgaaaccatctcattatttg 3853386  T
Q  562 gaagtgggagacgttggtctaatacttcac 591  Q
    || || ||||||||| ||||| ||||||||    
T  3853385 gacgttggagacgtttgtctagtacttcac 3853356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 386 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 1597333 - 1597125
Alignment:
Q  386 actcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagag 485  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||| ||  || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  1597333 actcattagttgctgcacggaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagctcggtgacaaaactttgtgacacacgtttcattgttggtcgagaa 1597234  T
Q  486 gaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcggaagtgggagacgttggtctaata 585  Q
      ||| |  | | ||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||| | ||| ||| |||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  1597233 cgaggatcaatagttaagcatgcaaatgcaactatggcaacatgaattatgtgacgtataactatctcattatttggaagtggaagacgttggtctaata 1597134  T
Q  586 cttcacata 594  Q
    ||| |||||    
T  1597133 cttgacata 1597125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 351 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 1106955 - 1106712
Alignment:
Q  351 gggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaa 450  Q
    |||||||| |||| |||||||  ||| ||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| | || ||  || |||    
T  1106955 gggttcccaatataaaataatcctttcagttcttgacccgtgagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtgagctccgtgacaa 1106856  T
Q  451 aactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccat 550  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||| ||| |     
T  1106855 aactttgtgagacacgtttcattgttggtcgagaacgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacggcaacatgaattatgtcacgtataactac 1106756  T
Q  551 catattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacata 594  Q
        ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  1106755 gtcgttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacata 1106712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 93 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 2326754 - 2326652
Alignment:
Q  93 tttaagcattgtatttgcagagaggcattataactatctctattc-ttttaatttcattaaaa---tagtaagtattagaactagaagtaattcaatttt 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||  |||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2326754 tttaagcattgtatttgcagagaggcattataaccatctatattcattttaattcaattaaaatattagtaagtattggaactagaagtaattcaatttt 2326655  T
Q  189 att 191  Q
    |||    
T  2326654 att 2326652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 8e-32; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 348 - 594
Target Start/End: Original strand, 18738435 - 18738681
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    ||||||||| | |||  ||| |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||| || ||  ||| ||  ||     
T  18738435 caagggttcgcaatacaaaacaatgctttaagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtga 18738534  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||| |||    
T  18738535 caaaactttgcgacacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaatgctaccacggcagcatgaattatgtcacgtataac 18738634  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacata 594  Q
     ||   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  18738635 tatgtcattatttggaagtggaagacggtggtctaatacttgacata 18738681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 348 - 594
Target Start/End: Original strand, 18743399 - 18743645
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    ||||||||| | |||  ||| |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||| || ||  ||| ||  ||     
T  18743399 caagggttcgcaatacaaaacaatgctttaagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtga 18743498  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||| |||    
T  18743499 caaaactttgcgacacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaatgctaccacggcagcatgaattatgtcacgtataac 18743598  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacata 594  Q
     ||   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  18743599 tatgtcattatttggaagtggaagacggtggtctaatacttgacata 18743645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 348 - 594
Target Start/End: Original strand, 18748366 - 18748612
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    ||||||||| | |||| ||| |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||| || ||  ||| ||  ||     
T  18748366 caagggttcgcaatataaaacaatgctttgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtga 18748465  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||| || || ||||||| | ||||||||| | ||| |||    
T  18748466 caaaactttgcgacacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataac 18748565  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacata 594  Q
    |||   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  18748566 catttcattatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacata 18748612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 448 - 588
Target Start/End: Original strand, 18722814 - 18722954
Alignment:
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||| || || ||||||| | ||||||||| | ||| |||    
T  18722814 caaaactttgcgacacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataac 18722913  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatactt 588  Q
    |||   |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  18722914 catttcattatttggaagtggaagacgctggtctaatactt 18722954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 348 - 594
Target Start/End: Original strand, 5207 - 5453
Alignment:
Q  348 caagggttcccgatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatgg 447  Q
    ||||||||| | |||| ||| |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||| || ||  ||| ||  ||     
T  5207 caagggttcgcaatataaaacaatgctttgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtga 5306  T
Q  448 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 547  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||| || || ||||||| | ||||||||| | ||| |||    
T  5307 caaaactttgcgacacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataac 5406  T
Q  548 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacata 594  Q
    |||   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  5407 catttcattatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacata 5453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University