View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19707_low_4 (Length: 725)

Name: NF19707_low_4
Description: NF19707
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19707_low_4
NF19707_low_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-715)||(23736470-23737181)
chr1 (1-715)||(23619691-23620402)
chr1 (1-715)||(23651036-23651747)
chr1 (1-579)||(23706556-23707134)
chr1 (588-629)||(23707128-23707169)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (135-709)||(52808522-52809101)
chr3 (320-680)||(53285364-53285723)
chr3 (354-681)||(54139158-54139484)
chr3 (276-711)||(1923528-1923956)
chr3 (45-142)||(54138850-54138947)
chr3 (1-65)||(1922921-1922985)
chr3 (45-142)||(53285066-53285169)
chr3 (91-142)||(52809133-52809184)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (450-680)||(11844037-11844266)
chr6 (45-142)||(11844591-11844694)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-142)||(48432323-48432463)
chr4 (612-657)||(48432195-48432240)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 584; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 23737181 - 23736470
Alignment:
Q  1 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcacggcgtcttaaaatgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23737181 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcacggcgtcttaaaatgt 23737082  T
Q  101 caatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctcccaaattctcgtgatccg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23737081 caatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctctcaaattctcgtgatccg 23736982  T
Q  201 aagtatgcttcaaccatgctacagatcagaaagaatcttgatattaaaaccatggtcaggcgcctgatttgtgctttgatgcaggtattttttaaatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23736981 aagtatgcttcaaccatgctacagatcggaaagaatcttgattttaaaaccatggtcaggcgcctgatttgggctttgatgcaggtatttttaaaatttc 23736882  T
Q  301 tttgttatgtttgtcacaaatctgctggttgttagattaaattgcatgtgctatctatcacaggacccttcattgtcttccatggtggaaatttataccg 400  Q
    || ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23736881 ttcgttatgtttgtaacacttctgctggttgttagattaaaatgcatgtgctgtctatcacaggacccatcaatgtcttccatggtggaaatttataccg 23736782  T
Q  401 atccgtcacttgaaggccagcgtaaatgtagaaccgcacacttgaacaaagatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23736781 atccgtcacttgaaggccagcgtaaacgtagaacggcacacttgaacaaagatcaatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctga 23736682  T
Q  501 tgtaatgatgaggtttaaacaccacgtttttaaattctattttattgttttggcatttccatatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaat 600  Q
     ||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23736681 agtaatgatgaggtttaaacacaa--ttttttaattctattttattgttttggcatttcc-tatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaat 23736585  T
Q  601 aatttccgaagtgattctttccattcagatactggaatgataagaaggttttgaagatgtttggtttagtcatgggcattcgtccatactttgaagatgc 700  Q
    |||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23736584 aatttctgaagcgattcattccatgcagatactggaatgatgagaaggttttgaagatgtttggactagtcatgggcattcgtccatactttggagatgc 23736485  T
Q  701 agttgcttcttttga 715  Q
    |||||||||||||||    
T  23736484 agttgcttcttttga 23736470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 23620402 - 23619691
Alignment:
Q  1 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcacggcgtcttaaaatgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23620402 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcacggcgtcttaaaatgt 23620303  T
Q  101 caatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctcccaaattctcgtgatccg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23620302 caatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctctcaaattctcgtgatccg 23620203  T
Q  201 aagtatgcttcaaccatgctacagatcagaaagaatcttgatattaaaaccatggtcaggcgcctgatttgtgctttgatgcaggtattttttaaatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23620202 aagtatgcttcaaccatgctacagatcggaaagaatcttgattttaaaaccatggtcaggcgcctgatttgggctttgatgcaggtatttttaaaatttc 23620103  T
Q  301 tttgttatgtttgtcacaaatctgctggttgttagattaaattgcatgtgctatctatcacaggacccttcattgtcttccatggtggaaatttataccg 400  Q
    || ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23620102 ttcgttatgtttgtaacacttctgctggttgttagattaaaatgcatgtgctgtctatcacaggacccatcaatgtcttccatggtggaaatttataccg 23620003  T
Q  401 atccgtcacttgaaggccagcgtaaatgtagaaccgcacacttgaacaaagatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23620002 atccgtcacttgaaggccagcgtaaacgtagaacggcacacttgaacaaagatcaatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctga 23619903  T
Q  501 tgtaatgatgaggtttaaacaccacgtttttaaattctattttattgttttggcatttccatatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaat 600  Q
     |||||||||||||| |||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23619902 agtaatgatgaggttgaaacacaa--ttttttaattctattttattgttttggcatttcc-tatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaat 23619806  T
Q  601 aatttccgaagtgattctttccattcagatactggaatgataagaaggttttgaagatgtttggtttagtcatgggcattcgtccatactttgaagatgc 700  Q
    |||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23619805 aatttctgaagcgattcattccatgcagatactggaatgatgagaaggttttgaagatgtttggactagtcatgggcattcgtccatactttggagatgc 23619706  T
Q  701 agttgcttcttttga 715  Q
    |||||||||||||||    
T  23619705 agttgcttcttttga 23619691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 23651747 - 23651036
Alignment:
Q  1 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcacggcgtcttaaaatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23651747 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcatggcgtcttaaaatgt 23651648  T
Q  101 caatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctcccaaattctcgtgatccg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23651647 caatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctctcaaattctcgtgatccg 23651548  T
Q  201 aagtatgcttcaaccatgctacagatcagaaagaatcttgatattaaaaccatggtcaggcgcctgatttgtgctttgatgcaggtattttttaaatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23651547 aagtatgcttcaaccatgctacagatctgatagaatcttgattttaaaaccatggtcaggcgcctgatttgggctttgatgcaggtatttttaaaatttc 23651448  T
Q  301 tttgttatgtttgtcacaaatctgctggttgttagattaaattgcatgtgctatctatcacaggacccttcattgtcttccatggtggaaatttataccg 400  Q
    || ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23651447 ttcgttatgtttgtaacacttctgctggttgttagattaaaatgcatgtgctgtctatcacaggacccatcaatgtcttccatggtggaaatttataccg 23651348  T
Q  401 atccgtcacttgaaggccagcgtaaatgtagaaccgcacacttgaacaaagatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgc 500  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23651347 atccgtcacttgaaggtcagcgtaaacgtagaacggcacacttgaacaaagatcaatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctga 23651248  T
Q  501 tgtaatgatgaggtttaaacaccacgtttttaaattctattttattgttttggcatttccatatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaat 600  Q
     ||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23651247 agtaatgatgaggtttaaacacaa--ttttttaattctattttattgttttggcatttcc-tatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaat 23651151  T
Q  601 aatttccgaagtgattctttccattcagatactggaatgataagaaggttttgaagatgtttggtttagtcatgggcattcgtccatactttgaagatgc 700  Q
    |||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23651150 aatttctgaagcgattctttccatgcagatactggaatgatgagaaggttttgaagatgtttggactagtcatgggcattcgtccatactttggagatgc 23651051  T
Q  701 agttgcttcttttga 715  Q
    |||||||||||||||    
T  23651050 agttgcttcttttga 23651036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 579
Target Start/End: Original strand, 23706556 - 23707134
Alignment:
Q  1 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcacggcgtcttaaaatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23706556 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcaaggcgtcttaaaatgt 23706655  T
Q  101 caatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctcccaaattctcgtgatccg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23706656 caatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctcacaaattctcgtgatccg 23706755  T
Q  201 aagtatgcttcaaccatgctacagatcagaaagaatcttgatattaaaaccatggtcaggcgcctgatttgtgctttgatgcaggtattttttaaatttc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23706756 aagtatgcttcaaccatgctacagatcagaaagaatcttgatcttaaaaccatggtcaggcgcctgatttgtgctttgatgcaggtattttttaaatttc 23706855  T
Q  301 tttgttatgtttgtcacaaatctgctggttgttagattaaattgcatgtgctatctatcacaggacccttcattgtcttccatggtggaaatttataccg 400  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23706856 tttgttatgtttgtaacacatctgctggttgttagattaaaatgcatgtgctgtctatcacaggacccttcattgtcttccatggtggaaatttataccg 23706955  T
Q  401 atccgtcacttgaaggccagcgtaaatgtagaaccgcacacttgaacaaagatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgc 500  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23706956 atccgtcccttgaaggccagcgtaaacgtagaacggcacacttgaacaaagatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgc 23707055  T
Q  501 tgtaatgatgaggtttaaacaccacgtttttaaattctattttattgttttggcatttccatatttccaccataaattg 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23707056 tgtaatgatgaggtttaaacaccacttttttaaattctattttattgttttggcatttccatatttccaccataaattg 23707134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 588 - 629
Target Start/End: Original strand, 23707128 - 23707169
Alignment:
Q  588 taaattggtaaataatttccgaagtgattctttccattcaga 629  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  23707128 taaattggtaaataatttctgaagcgattctttccatacaga 23707169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 135 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 52809101 - 52808522
Alignment:
Q  135 gctgaacagcttcaggaaactttgcatgaagcaccacaggatgatctcccaaattctcgtgatccgaagtatgcttcaaccatgctacagatcagaaaga 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||  ||||||||| |||   |||| |||||||| ||||||||||| | |||||| ||| |    
T  52809101 gctgaacagcttcaggaaactttgcatggagcaactcgggatcgtctcccaaaatctaacgatcggaagtatgtttcaaccatgcaaaagatcataaaca 52809002  T
Q  235 atcttgatattaaaaccatggtcaggcgcctgatttgtgctttgatgcaggtattttttaaatttctttgttatgttt-gtcacaaatctgctggttgtt 333  Q
    |||||||| |    |  ||| ||  |||||||| |  ||  ||||||||||||||| | |||||||||  |||||||| || ||| |||| |||||||||    
T  52809001 atcttgatttatggaaaatgttcgagcgcctgagtgatgtattgatgcaggtatttataaaatttcttcattatgttttgtaacacatctactggttgtt 52808902  T
Q  334 agattaaattgcatgtgctatctatcacaggacccttcattgtcttccatggtggaaatttataccgatccgtcacttgaaggccagcgtaaatgtagaa 433  Q
    |||||| | || || || | ||| ||||||||||| |||  ||||||| ||   ||||||| |  | ||||||||  | ||||||||||||||   ||||    
T  52808901 agattagaatgtatctgttgtctgtcacaggacccatcaacgtcttccgtgcctgaaatttttgtcaatccgtcaaataaaggccagcgtaaacagagaa 52808802  T
Q  434 ccgcacacttgaacaaagatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgctgtaatgatgaggtttaaacaccacgttttta- 532  Q
      |||||| |  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||      
T  52808801 tggcacacatacaaaaagatccatgtttgaaacttatattagatgagatagagaatggtggtcctgctgtaatgatgaggtttaaatacctttttttttt 52808702  T
Q  533 ---aattctattttattgttttggcatttccatatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaataatttccgaagtgattctttccattcaga 629  Q
       |||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||| | ||||    
T  52808701 tttaatcatatttttttgttctggcatttccatatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggataataatttctgaagtgattatttccttgcaga 52808602  T
Q  630 tactggaatgataagaaggttttgaagatgtttggtttagtcatgggcattcgtccatactttgaagatgcagttgcttc 709  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||    
T  52808601 tactggaatgatgagaatattttgaagatgtttggactagccatgggcattattccatactctgaagatgcagttgcttc 52808522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 320 - 680
Target Start/End: Original strand, 53285364 - 53285723
Alignment:
Q  320 atctgctggttgttagattaaattgcatgtgctatctatcacaggacccttcattgtcttccatggtggaaatttataccgatccgtcacttgaaggcca 419  Q
    |||||||||||||| ||||| | || || || | ||||| ||||||||| |||  |||||||||| | ||||||||   | | |  ||| |||||||| |    
T  53285364 atctgctggttgtttgattagaatgtatatgatgtctatgacaggacccatcaacgtcttccatgcttgaaatttacgtcaaactatcatttgaaggcaa 53285463  T
Q  420 gcgtaaatgtagaaccgcacacttgaacaaagatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgctgtaatgatgaggtttaaa 519  Q
     |||||| |  |||| |||||  |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53285464 acgtaaacggggaacagcacaagtcgacagagatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagagtggtggtcctgctgtactgatgaggtttaaa 53285563  T
Q  520 caccacgtttttaaattc-tattttattgttttggcatttccatatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaataatttccgaagtgattct 618  Q
     || |  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53285564 tacta--tttttaaagtcatattttattgttttggcatttccatattttcaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaataatttctgaagtgattct 53285661  T
Q  619 ttccattcagatactggaatgataagaaggttttgaagatgtttggtttagtcatgggcatt 680  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  53285662 ttccatgcagatactggaatgatgagagggttttgaagatgtttggactagtcatgggcatt 53285723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 354 - 681
Target Start/End: Original strand, 54139158 - 54139484
Alignment:
Q  354 tctatcacaggacccttcattgtcttccatggtggaaatttataccgatccgtcactt-gaaggccagcgtaaatgtagaaccgcacacttgaacaaaga 452  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||| || |||| ||| |  |||||  ||||||||     ||| |||||||| ||| ||||    
T  54139158 tctatcacaggacccatcaatgtcttccatgcttgaaatttatgccaatccatcattaagaagga-agcgtaaacaggaaacggcacacttcaaccaaga 54139256  T
Q  453 tccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgctgtaatgatgaggtttaaacaccacgtttttaaattctattttattgttttg 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||| ||||  |||||||||||||||    
T  54139257 tccatgtttgaaacttattttagatgagacagagaatggtggtcctgctgtaatgatgaggtttaaatactaa-ttttaaaatcatattttattgttttg 54139355  T
Q  553 gcatttccatatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaataatttccgaagtgattctttccattcagatactggaatgataagaaggtttt 652  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  54139356 gcgtttccatattttcaccataaattgttctggtgtaaattggtaaataatttctgaagtgattctttccatgcagatactggaatgatgagaaggtttt 54139455  T
Q  653 gaagatgtttggtttagtcatgggcattc 681  Q
    ||| ||||||||  | |||||||||||||    
T  54139456 gaaaatgtttggactggtcatgggcattc 54139484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 276 - 711
Target Start/End: Original strand, 1923528 - 1923956
Alignment:
Q  276 ttgatgcaggtattttttaaatttctttgttatgtttgt--cacaaatctgctggttgttagattaaattgcatgtgctatctatcacaggacccttcat 373  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||| | | || || |||| ||||||||||||||| ||      
T  1923528 ttgatgcaggtatttataaaatttctttattatgtttgttacacaaatctactgattgttagataagaatgtatatgctgtctatcacaggacccatcga 1923627  T
Q  374 tgtcttccatggtggaaatttataccgatccgtcacttgaaggccagcgtaaatgtagaaccgcacacttgaacaaagatccatgtttgaaacttatttt 473  Q
    ||||||||||| | |||| || |||| |||||||   | |||  |||| | ||   ||||  |||| | | ||  ||||||||| |||||||| ||||||    
T  1923628 tgtcttccatgcttgaaagttttaccaatccgtccaataaagttcagcttgaagagagaatggcacgcatcaaggaagatccatctttgaaacatatttt 1923727  T
Q  474 agatgagatagagaatggtggtcctgctgtaatgatgaggtttaaacaccacgttttt---aaattc-tattttattgttttggcatttccatatttcca 569  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||   |||||| |||||||| |||| |||        ||||| |    
T  1923728 agatgagatagagaatggcggtcctgctgtaatgatgaggtttatatacca--tttttaaaaaattcatattttatggtttcggc--------atttcta 1923817  T
Q  570 ccataaattgttgtggtgtaaattggtaaataatttccgaagtgattctttccattcagatactggaatgataagaaggttttgaagatgtttggtttag 669  Q
    |||||| |||||    |||||||||| ||||| |||| |||   ||||||| |||  ||||||||||||||| || |||||||||||| ||| ||  |||    
T  1923818 ccataatttgtt---atgtaaattggcaaatagtttctgaaaaaattcttttcatctagatactggaatgatgaggaggttttgaagaagttgggactag 1923914  T
Q  670 tcatgggcattcgtccatactt-tgaagatgcagttgcttctt 711  Q
     ||||||||||| |||| |||| || |||||||| ||||||||    
T  1923915 ccatgggcattcctcca-acttctggagatgcagctgcttctt 1923956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 45 - 142
Target Start/End: Original strand, 54138850 - 54138947
Alignment:
Q  45 actctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcacggcgtcttaaaatgtcaatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaaca 142  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  54138850 actctgaattactaatgtatatgatattagtatttcatcatggagacttaaaatctcaatatgtcgtaggatctaaatatcaagaaattggctgaaca 54138947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Original strand, 1922921 - 1922985
Alignment:
Q  1 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtata 65  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  1922921 ttttcatttttcactcactagggaatgtcatttgtcagatgtaaactctgaattaccaatgtata 1922985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 45 - 142
Target Start/End: Original strand, 53285066 - 53285169
Alignment:
Q  45 actctaaattactaatgtatataatattagt------atttcatcacggcgtcttaaaatgtcaatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctg 138  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||      ||||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  53285066 actctgaattactaatgtatatgatattagtaatagtatttcatcatggagacttaaaatctcaatatgtcataggatacaaatatcaagaaattggctg 53285165  T
Q  139 aaca 142  Q
    ||||    
T  53285166 aaca 53285169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 91 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 52809184 - 52809133
Alignment:
Q  91 cttaaaatgtcaatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaaca 142  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  52809184 cttaaaatgtcaatatgtcataggatccaaatatcaaggaattggctgaaca 52809133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 2e-85; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 450 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 11844266 - 11844037
Alignment:
Q  450 agatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagaatggtggtcctgctgtaatgatgaggtttaaacaccacgtttttaaattc-tattttattgt 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| || |||||||||||    
T  11844266 agatccatgtttgaaacttattttagatgagatagagattggtggtcctgctgtactgatgaggtttaaatacta--tttttaaagtcatattttattgt 11844169  T
Q  549 tttggcatttccatatttccaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaataatttccgaagtgattctttccattcagatactggaatgataagaagg 648  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||    
T  11844168 tttggcatttccatattttcaccataaattgttgtggtgtaaattggtaaataatttctgaagtgattctttccatgcagatactggaatgatgagtggg 11844069  T
Q  649 ttttgaagatgtttggtttagtcatgggcatt 680  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  11844068 ttttgaagatgtttggactagtcatgggcatt 11844037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 45 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 11844694 - 11844591
Alignment:
Q  45 actctaaattactaatgtatataatattagta------tttcatcacggcgtcttaaaatgtcaatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctg 138  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||      |||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  11844694 actctgaattactaatgtatatgatattagtaatagtatttcatcatggagacttaaaatctcaatatgtcataggatacaaatatcaagaaattggctg 11844595  T
Q  139 aaca 142  Q
    ||||    
T  11844594 aaca 11844591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 8 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 48432463 - 48432323
Alignment:
Q  8 ttttcactcactagggaatgtcatttattggatgtacactctaaattactaatgtatataatattagtatttcatcacggcgtct------taaaatgtc 101  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |  |||| ||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || | ||      |||||||||    
T  48432463 ttttcactcactagggaatgttatttgtcagatgcacactatgaattactaatgtatatagtatcagtatttcatcatggagacttaaatataaaatgtc 48432364  T
Q  102 aatgtgtcataggatccaaatatcaggaaactggctgaaca 142  Q
    ||| || |||||||||||| ||| | |||| ||||||||||    
T  48432363 aatatgccataggatccaagtattaagaaattggctgaaca 48432323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 612 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 48432240 - 48432195
Alignment:
Q  612 tgattctttccattcagatactggaatgataagaaggttttgaaga 657  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  48432240 tgatcctttccatgcagatactggaatgatgaggaggttttgaaga 48432195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University