View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1970_low_6 (Length: 516)

Name: NF1970_low_6
Description: NF1970
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1970_low_6
NF1970_low_6
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (22-513)||(40124258-40124749)
chr5 (21-474)||(17411761-17412214)
chr5 (328-496)||(15269553-15269721)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (21-513)||(29991886-29992378)
chr1 (21-513)||(16503937-16504429)
chr1 (20-499)||(24430221-24430700)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-512)||(53015781-53016272)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (21-493)||(12558812-12559283)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 513
Target Start/End: Original strand, 40124258 - 40124749
Alignment:
Q  22 agtaaagtaccatcttgaggagtaaattgaatgttgggttcaagacgagtgtatttgattttacaatctgtgagacctgcttgagagacaagatcagaag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40124258 agtaaagtaccatcttgaggagtaaattgaatgttgggttcaagacgagtgtattcgattttacaatctgtgagacctgcttgagagacaagatcagaag 40124357  T
Q  122 catacttagcctgtgagagaaacaagtcatcattcgaagataatgcttcaagccccaaaaagtaacttaatggttcaagatccttcatctcaaaatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40124358 catacttagcctgtgagagaaacaagtcatcattcgaagataatgcttcaagccccaaaaagtaacttaatggttcaagatccttcatctcaaaatggtg 40124457  T
Q  222 acataagaattgcttgagctcttcaattccaatggagtcgtcaccactgataatcatgtcattgacataaagaaggaagacaacaataccattttcagtt 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40124458 acataagaattgcttgagctcttcaattccaatggagtcgtcaccactgataatcatgtcatcgacataaagaaggaagacaacaataccattttcagtt 40124557  T
Q  322 tttcgagtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagagaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctccaggagcttgtttga 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40124558 tttcgagtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagggaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctctaggagcttgtttga 40124657  T
Q  422 gaccataaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatatcctagaggaggacgcatgtaaacctattcatctcactcg 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  40124658 gaccataaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatatcctagaggaggacacatgtaaacctattcttctaactcg 40124749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 21 - 474
Target Start/End: Original strand, 17411761 - 17412214
Alignment:
Q  21 aagtaaagtaccatcttgaggagtaaattgaatgttgggttcaagacgagtgtatttgattttacaatctgtgagacctgcttgagagacaagatcagaa 120  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  ||  |||||||||||| |||||| || |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17411761 aagtaaagtaccatcttgaagagtaaatcaaacattgggttcaagaggagtgtgttcgattttacaattagtgagacctgctcgagagacaagatcagaa 17411860  T
Q  121 gcatacttagcctgtgagagaaacaagtcatcattcgaagataatgcttcaagccccaaaaagtaacttaatggttcaagatccttcatctcaaaatggt 220  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  17411861 gcatacttagcctatgagagaaataagccatcactcgaagataatacttcaagccccaaaaagtaacttaatggtccaagatccttcatttcaaaatgtt 17411960  T
Q  221 gacataagaattgcttgagctcttcaattccaatggagtcgtcaccactgataatcatgtcattgacataaagaaggaagacaacaataccattttcagt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  17411961 gacataagaattgcttgagctcttcaattgcaatagagtcatcaccagtgataatcatgtcatcgacataaagaagcaagacaacaatgccattttcaat 17412060  T
Q  321 ttttcgagtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagagaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctccaggagcttgtttg 420  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| ||| | |||||||    
T  17412061 ttttcgagtaaaaaaagcagagtcatgagcactggaagagagattcaactgagtgataatgttgtgcaatttagcaaaccaagctctaggggtttgtttg 17412160  T
Q  421 agaccataaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatat 474  Q
    |||||||||||||| ||||  || ||| | |||||||||| |||||||||||||    
T  17412161 agaccataaagagctttaccaagtcgacatactttgttttcctgacatgtatat 17412214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 328 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 15269721 - 15269553
Alignment:
Q  328 gtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagagaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctccaggagcttgtttgagaccat 427  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||| ||  ||  ||| | ||||||||||||||    
T  15269721 gtaaaaatagccgagtcatgagcactagaagagaaatttaactttttgatagtcttgtgaaatttaacaaaccaaactttaggtgtttgtttgagaccat 15269622  T
Q  428 aaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatatcctagaggaggacgcatgtaaa 496  Q
    | ||| | | ||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  15269621 atagaacttgacgaaggcaatacactttgttttcctaacatgtatatcctagaggaagatgcgtgtaaa 15269553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 21 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 29992378 - 29991886
Alignment:
Q  21 aagtaaagtaccatcttgaggagtaaattgaatgttgggttcaagacgagtgtatttgattttacaatctgtgagacctgcttgagagacaagatcagaa 120  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||| | ||||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  29992378 aagtaaagtgccatcttaaggagtaaatcgaacgtttgattcaagaagagtgtgttcgattttacaatcagtgagaccttctcgagagacaagatcagaa 29992279  T
Q  121 gcatacttagcctgtgagagaaacaagtcatcattcgaagataatgcttcaagccccaaaaagtaacttaatggttcaagatccttcatctcaaaatggt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  29992278 gcatacttagcctgtgagagaaacaagccatcactcgaagataatacttcaa-ccccaaaaagtaacttaatggtccaagatccttcatttcaaaatgtt 29992180  T
Q  221 gacataagaattgcttgagctcttcaattccaatggagtcgtcaccactgataatcatgtcattgacataaagaaggaagacaacaatacca-ttttcag 319  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||    
T  29992179 gacataagaattgcttgaactcttcaattccaatggagtcatcaccagtgataatcatgtcatcgacataaagaagcaagacaacagtgccatttttcag 29992080  T
Q  320 tttttcgagtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagagaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctccaggagcttgttt 419  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||  ||| ||| ||||||||    
T  29992079 tttttcgagtaaaaagagcaaagtcatgtgcactggaagagaaattcaactaagtgatagtcttgtgaaatttagcaaaccaaactctaggggcttgttt 29991980  T
Q  420 gagaccataaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatatcctagaggaggacgcatgtaaacctattcatctcactcg 513  Q
    |||||||||||||| |||||| ||  || | | ||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  29991979 gagaccataaagagtcttacgaagttgacatattttgttttctttacatgtatatcctggaggaggacgcatgtaaacctcttcttctaactcg 29991886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 21 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 16504429 - 16503937
Alignment:
Q  21 aagtaaagtaccatcttgaggagtaaattgaatgttgggttcaagacgagtgtatttgattttacaatctgtgagacctgcttgagagacaagatcagaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || || || ||||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  16504429 aagtaaagtaccatcttgaggagtaaatcaaacgtcggattcaagaggagtgtgttcgattttacaatcaatgaaacctgctcgagagacaagatcagaa 16504330  T
Q  121 gcatacttagcctgtgagagaaacaagtcatcattcgaagataatgcttcaagccccaaaaagtaacttaatggttcaagatccttcatctcaaaatggt 220  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  16504329 gcatacttagcctgtgagaggaacaaaccatcactcgaagataatacttcaagccctagaaaataacttaatggtccaagatccttcatctcaaaatgtt 16504230  T
Q  221 gacataagaattgcttgagctcttcaattccaatggagtcgtcaccactgataatcatgtcattgacataaagaaggaagacaacaataccattttcagt 320  Q
    |||  ||||||| | ||||||||| ||||||||  ||||| |  ||| ||||||| || |||| |||||||||||| ||||  ||  |||| || |||||    
T  16504229 gactcaagaatttcgtgagctctttaattccaactgagtcatatccagtgataatgatatcatcgacataaagaagcaagatgacggtaccgttatcagt 16504130  T
Q  321 ttttcgagtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagagaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctccaggagcttgtttg 420  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||   |||| ||||||  ||| || |||| ||| ||| |||||    
T  16504129 ttttcgagtaaaaagagcagaatcatgaccactataagagaaattcaactgtgtgatagctatgtggaatttagtaaaacaagctctaggtgctagtttg 16504030  T
Q  421 agaccataaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatatcctagaggaggacgcatgtaaacctattcatctcactcg 513  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||| | |||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||    
T  16504029 agaccatagagagccttacgaagtcgacaaactttgttatcctgacaagtatatcttggaggaggatgcatgtaaacctcttcttctaactcg 16503937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 20 - 499
Target Start/End: Original strand, 24430221 - 24430700
Alignment:
Q  20 caagtaaagtaccatcttgaggagtaaattgaatgttgggttcaagacgagtgtatttgattttacaatctgtgagacctgcttgagagacaagatcaga 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| |||  || ||||||||| ||||||  |  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24430221 caagtaaggtaccatcttgaggagaaaatcgaacatttggttcaagaggagtgtgctcaattttacaatcagtgagacctgctcgagagacaagatcaga 24430320  T
Q  120 agcatacttagcctgtgagagaaacaagtcatcattcgaagataatgcttcaagccccaaaaagtaacttaatggttcaagatccttcatctcaaaatgg 219  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||  ||||| | ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  24430321 agcatacttagcctttgagagaaataaaccatcaatggaagataaaacttcaagccccaaaaaataacttaatggtccaagatccttcatctcaaaatgt 24430420  T
Q  220 tgacataagaattgcttgagctcttcaattccaatggagtcgtcaccactgataatcatgtcattgacataaagaaggaagacaacaataccattttcag 319  Q
    ||| | ||||||||||| |||||  |||||||||  ||||| | |||| | |||||||||||||  |||||||| || || |||| | |||||||||| |    
T  24430421 tgaaacaagaattgcttaagctcgacaattccaacagagtcattaccagtaataatcatgtcatcaacataaagtagcaacacaatagtaccattttctg 24430520  T
Q  320 tttttcgagtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagagaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctccaggagcttgttt 419  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||  ||||||| | |||||  ||||||||||| |||| || || | ||| ||||| ||    
T  24430521 tttttcgagtaaaaagagcagaatcatgaggacttgaagagaaacccaactgacttatagtactgtgaaatttagcaaaccaagcccgaggtgcttgctt 24430620  T
Q  420 gagaccataaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatatcctagaggaggacgcatgtaaacct 499  Q
     ||||||||||| |||||||| || ||| | |||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  24430621 aagaccataaagtgccttacgaagacgacaaactttgctttcctgacaagtataacctggaggaggacgcatataaacct 24430700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 21 - 512
Target Start/End: Original strand, 53015781 - 53016272
Alignment:
Q  21 aagtaaagtaccatcttgaggagtaaattgaatgttgggttcaagacgagtgtatttgattttacaatctgtgagacctgcttgagagacaagatcagaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||| ||  ||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  53015781 aagtaaagtaccatcttgaggagtaaatcgaacgtttggttcaagaggagtgtgttcaattttactatcactgagacctgctcgagagacaagataagaa 53015880  T
Q  121 gcatacttagcctgtgagagaaacaagtcatcattcgaagataatgcttcaagccccaaaaagtaacttaatggttcaagatccttcatctcaaaatggt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  53015881 gcatacttagcctgtgagagaaacaagccatcactcgaagatgatacttcaagccctagaaagtaacttaatggtcaaagatccttcatctcaaaatgtt 53015980  T
Q  221 gacataagaattgcttgagctcttcaattccaatggagtcgtcaccactgataatcatgtcattgacataaagaaggaagacaacaataccattttcagt 320  Q
    |||| | |||||  ||||||||||||||||||   ||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |    
T  53015981 gacacaggaatttattgagctcttcaattccagcagagtcatctccagtgataatcatgtcatcgacataaagaagtaagacaacagtaccattatcaat 53016080  T
Q  321 ttttcgagtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagagaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctccaggagcttgtttg 420  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| |||  || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| || |||| | | |||||||||    
T  53016081 ttttcgagtaaagagagcagaatcatgaccactggaggagaaattcaattgggtgatagtcttgtgaaatttagcaaaccaagctcgaagtgcttgtttg 53016180  T
Q  421 agaccataaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatatcctagaggaggacgcatgtaaacctattcatctcactc 512  Q
    ||||||||||||||||| || | |||| | ||||| |||| |||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||    
T  53016181 agaccataaagagccttgcgaatgcgacatactttattttcctgacaagtatatccaggaggaggacacatgtaaacctcttcttctaactc 53016272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 21 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 12559283 - 12558812
Alignment:
Q  21 aagtaaagtaccatcttgaggagtaaattgaatgttgggttcaagacgagtgtatttgattttacaatctgtgagacctgcttgagagacaagatcagaa 120  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| |||  || |||| |||| |||||| || |||||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12559283 aagtaaagtatcaccttgaggagtaaatcgaacatttggtttaagaggagtgtgttcgattttagtatcattgagacctgctagagagacaagatcagaa 12559184  T
Q  121 gcatacttagcctgtgagagaaacaagtcatcattcgaagataatgcttcaagccccaaaaagtaacttaatggttcaagatccttcatctcaaaatggt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  12559183 gcatacttagcctgtgagagaaacaagtcattactcgaagataatacttcaagccctataaagtaactaaatggtccaagatccttcatctcaaaatgct 12559084  T
Q  221 gacataagaattgcttgagctcttcaattccaatggagtcgtcaccactgataatcatgtcattgacataaagaaggaagacaacaataccattttcagt 320  Q
    | || |||||||  || ||||||||||| |||| |||||| || |   ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |    
T  12559083 g-cacaagaattttttaagctcttcaatgccaaaggagtcatctctggtgataatcatgtcatcgacataaagaagcaagacaacagtaccattatcaat 12558985  T
Q  321 ttttcgagtaaaaagagcagagtcatgagcacaagaagagaaattcaactgagtgatagtcttgtgaaatttatcaaatcatgctccaggagcttgtttg 420  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| || | |   || ||||||||     
T  12558984 ttttcgagttaagagagcagaatcatgaccactagaagagaaattcaattaggtgatagtcttgtgaaatttagcaaaccaagatttgggtgcttgttta 12558885  T
Q  421 agaccataaagagccttacggaggcgatacactttgttttactgacatgtatatcctagaggaggacgcatgt 493  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || | |||||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  12558884 agaccataaagagccttacgaaggcgacatactttattattctgacaagtatatcctagaggaagaagcatgt 12558812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University