View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19717_low_12 (Length: 381)
Name: NF19717_low_12
Description: NF19717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19717_low_12 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 10 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 28162677 - 28162317
Alignment:
| Q |
10 |
agtagcaaaggaaaaagaagtcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaac |
109 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28162677 |
agtagcaatggaaaaagaagtcatgtccatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaac |
28162578 |
T |
|
| Q |
110 |
ctcactatattttacatcatatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatcta |
209 |
Q |
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|
| T |
28162577 |
ctcactatattttacaccatatattatattttgcaagagtctgattccactacgaataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatcta |
28162478 |
T |
|
| Q |
210 |
caaatattgagcaacgattctccttaactttggatataagattcggaagcaatagactt--nnnnnnnnnntctttatataaaaattagtttaaatcttg |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28162477 |
caaatattgagcaacgattctccataactttggatataagattcggaagcaatagacttaaaaaaaaaaaatctttataaaaaaattagtttaaatcttg |
28162378 |
T |
|
| Q |
308 |
tttcataggaaacgtatcgaatggcaattattaatgaaaaaatggacctgatgatgaactt |
368 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
28162377 |
tttcataggaaacctatcgaatggcaattattaatgaaaaaatggacctcatgatgaactt |
28162317 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 10 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 28186726 - 28186361
Alignment:
| Q |
10 |
agtagcaaaggaaaaagaagtcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaac |
109 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
28186726 |
agtagcaatggaaaaagaagtcatgtccatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaac |
28186627 |
T |
|
| Q |
110 |
ctcactatattttacatcatatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatcta |
209 |
Q |
| |
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|||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
28186626 |
ctcactat--tttacaccatatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcctcta |
28186529 |
T |
|
| Q |
210 |
caaatattgagcaacgattctccttaactttggatataagattcggaagcaatagac---------ttnnnnnnnnnntctttatataaaaattagttta |
300 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28186528 |
caaatattgagcaacgattctccttaactttggatataagattcggaagcaatagactgaattttttttattttttattttttatataaaaattagttta |
28186429 |
T |
|
| Q |
301 |
aatcttgtttcataggaaacgtatcgaatggcaattattaatgaaaaaatggacctgatgatgaactt |
368 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
28186428 |
aatcttgtttcataggaaacctatcgaatggcaattattaatgaaaaaatggacctgatgatgaactt |
28186361 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 47 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 28150728 - 28150408
Alignment:
| Q |
47 |
tcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacatcatatattatattttgcaag |
146 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28150728 |
tcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacaccatatattatattttgcaag |
28150629 |
T |
|
| Q |
147 |
agtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagcaacgattctccttaactttggatat |
246 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| || | |
|
|
| T |
28150628 |
agtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagcaacaattc-ccttaagtttgaatgt |
28150530 |
T |
|
| Q |
247 |
aagattcggaagcaatagacttnnnnnnnnnntctttatataaaaattagtttaaatcttgtttcataggaaacgtatcgaatggcaattattaatgaaa |
346 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28150529 |
aagattcggaagcaatagacttaaaaaaaaaatctttatataagaattagtttaaatcttgtttcataggaaacctatcgaatggcaattattaatgaaa |
28150430 |
T |
|
| Q |
347 |
aaatggacctgatgatgaactt |
368 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28150429 |
caatggacctgatgatgaactt |
28150408 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 28057220 - 28056871
Alignment:
| Q |
20 |
gaaaaagaagtcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatat |
119 |
Q |
| |
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|||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28057220 |
gaaaaataactcatgtccatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatat |
28057121 |
T |
|
| Q |
120 |
tttacat-------catatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaa |
212 |
Q |
| |
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|| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28057120 |
ttaacaattaacaccatatattatagtttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgtcaagcatctacaa |
28057021 |
T |
|
| Q |
213 |
atattgagcaacgattctccttaactttggatataagattcggaagcaatagacttnnnnnnnnnntctttatataaaaattagtttaaatcttgtttca |
312 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28057020 |
atattgagcaacaattcctgttaactttggatataagattcagaagcaat---ctt---gtttaaatgtttatataaaaattagtttaaatcttgtttca |
28056927 |
T |
|
| Q |
313 |
taggaaacgtatcgaatggcaattattaatgaaaaaatggacctgatgatgaactt |
368 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
28056926 |
aaggaaaccaatcgaatggcagttattaatgaaataatgggcctgatgatgaactt |
28056871 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 28067645 - 28067296
Alignment:
| Q |
20 |
gaaaaagaagtcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatat |
119 |
Q |
| |
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|||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28067645 |
gaaaaataactcatgtccatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatat |
28067546 |
T |
|
| Q |
120 |
tttacat-------catatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaa |
212 |
Q |
| |
|
|| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
28067545 |
ttaacaattaacaccatatattatagtttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgtcaagcatctacaa |
28067446 |
T |
|
| Q |
213 |
atattgagcaacgattctccttaactttggatataagattcggaagcaatagacttnnnnnnnnnntctttatataaaaattagtttaaatcttgtttca |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28067445 |
atattgagcaacaattcctgttaactttggatataagattcagaagcaat---ctt---gtttaaatgtttatataaaaattagtttaaatcttgtttca |
28067352 |
T |
|
| Q |
313 |
taggaaacgtatcgaatggcaattattaatgaaaaaatggacctgatgatgaactt |
368 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
28067351 |
aaggaaaccaatcgaatggcagttattaatgaaataatgggcctgatgatgaactt |
28067296 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 96
Target Start/End: Original strand, 26127512 - 26127590
Alignment:
| Q |
19 |
ggaaaaagaagtcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgata-tatcatatctt |
96 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
26127512 |
ggaaaaagaagtcatggctatttggctatcaccatcttcctacacagattcaaatcaacaaatgatattatcatatctt |
26127590 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 96
Target Start/End: Original strand, 26177562 - 26177640
Alignment:
| Q |
19 |
ggaaaaagaagtcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgata-tatcatatctt |
96 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
26177562 |
ggaaaaagaagtcatggctatttggctatcaccatcttcctacacagattcaaatcaacaaatgatattatcatatctt |
26177640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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