View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19717_low_7 (Length: 427)
Name: NF19717_low_7
Description: NF19717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19717_low_7 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 45974710 - 45974286
Alignment:
| Q |
1 |
tgccaacttttttatggagatcggcattannnnnnnnattaagttaggaaggaatagaaattttattttctgattaaaattatcaacaaattattaccta |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45974710 |
tgccaacttttttatggagatcggcattattttttttattaagttaggaaggaatagaaattttattttctgattaaaattatcaacaaattattaccta |
45974611 |
T |
|
| Q |
101 |
atattatatgttgaactttaagtcagtatatttttacatttatgattgtgttcttgtagagactgtgacaaccgattagaacttcgaatgaagatgggaa |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45974610 |
atattatatgttgaactttaagtcagtatatttttacatttatgattgtgttcttgtagagactgtgacaacctattagaacttcgaatgaagatgggaa |
45974511 |
T |
|
| Q |
201 |
aggttgataccaacatga-----ttgaagaggcaggaaaaatgaaagcaaaaaggaatgacaacaataaaatggacatttctgctatatatgcttccaaa |
295 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
45974510 |
aggttgataccaacatgacatgattgaagagacaggaaaaatgaaagcaaaaaggaatgacaacaataaaatggacatttctgctatatatgctgccaaa |
45974411 |
T |
|
| Q |
296 |
ggtaaccaaaatatcattcattgttctgaaacatgaattaattttcacaggttgaacttcttagttctgtgttgaacatttctggttgcaggcctctcta |
395 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45974410 |
ggtaaccaaaatatcattcattgttctgaaacatgaattaattttcacaggttgaacttcttagttctgtgttgaacatttctggttgcaggcctctcta |
45974311 |
T |
|
| Q |
396 |
atacaaaatttgaagagatttcttc |
420 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45974310 |
atacaaaatttgaagagatttcttc |
45974286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 66 - 411
Target Start/End: Original strand, 45857200 - 45857546
Alignment:
| Q |
66 |
ttttctgattaaaattatcaacaaattattacctaatattatatgttgaactttaagtcagtatatttttacatttatgattgtgttcttgtagagactg |
165 |
Q |
| |
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|||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
45857200 |
ttttctgattgaaattattaacaaattattagctaatattatatgttgaactttaagtcagtagatttttacatttatgattgtgttcctgtagagatca |
45857299 |
T |
|
| Q |
166 |
tgacaaccgatt-agaacttcgaatgaagatgggaaaggttgataccaacatgattgaagaggcaggaaaaatgaaagcaaaaaggaatgacaacaataa |
264 |
Q |
| |
|
||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45857300 |
tgataactgcctcagaacttcgaatgaagatgggaaagcttaacaccaacatgattgaagagacaggaaaagtgaaagcaaaaaggattgacaacaataa |
45857399 |
T |
|
| Q |
265 |
aatggacatttctgctatatatgcttccaaaggtaaccaaaatatcattcattgttctgaaacatgaattaattttcacaggttgaacttcttagttctg |
364 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
45857400 |
aatggacatttctgctatatatgctgccaaaggtaaccaaaatatcattcattgttctgcaacatgaattaattttcacaggctgaactctatagttctg |
45857499 |
T |
|
| Q |
365 |
tgttgaacatttctggttgcaggcctctctaatacaaaatttgaaga |
411 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
45857500 |
atttgaacatttctggatgcaggcctatctaatacgaaattcgaaga |
45857546 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 66 - 411
Target Start/End: Original strand, 45869754 - 45870099
Alignment:
| Q |
66 |
ttttctgattaaaattatcaacaaattattacctaatattatatgttgaactttaagtcagtatatttttacatttatgattgtgttcttgtagagactg |
165 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
45869754 |
ttttctgattgaaattattaacaaattattagctaatattatatgttgaactttaagtcagtagatttttacaattatgattgtgttcct-tagagatca |
45869852 |
T |
|
| Q |
166 |
tgacaaccgatt-agaacttcgaatgaagatgggaaaggttgataccaacatgattgaagaggcaggaaaaatgaaagcaaaaaggaatgacaacaataa |
264 |
Q |
| |
|
|||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45869853 |
tgactaccgcctcagaacttcgaatgaagatgggaaagcttaacaccaacatgattgaagagacaggaaaagtgaaagcaaaaaggattgacaacaataa |
45869952 |
T |
|
| Q |
265 |
aatggacatttctgctatatatgcttccaaaggtaaccaaaatatcattcattgttctgaaacatgaattaattttcacaggttgaacttcttagttctg |
364 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |
|
|
| T |
45869953 |
aatggacatttctgctatatatgcttccaaaggtaaccaaaatatcattcattcttctgcaacatgaattaattttcacaggctgaactccatagttctg |
45870052 |
T |
|
| Q |
365 |
tgttgaacatttctggttgcaggcctctctaatacaaaatttgaaga |
411 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
45870053 |
atttgaacttttctggatgcaggcctatctaatacgaaattcgaaga |
45870099 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 213 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 45965089 - 45964899
Alignment:
| Q |
213 |
acatgattgaagaggcaggaaaaatgaaagcaaaaaggaatgacaacaataaaatggacatttctgctatatatgcttccaaaggtaaccaaaatatcat |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45965089 |
acatgattgaagagacaggaaaaatgaaagcaaaaaggaatgacaacaataaaatggacatttctgctatatatgcttccaaaggtaaccaaaatatcat |
45964990 |
T |
|
| Q |
313 |
tcattgttctgaaacatgaattaattttcacaggttgaacttcttagttctgtgttgaacatttctggttgcaggcctctctaatacaaaa |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
45964989 |
tcattgttctgaaacatgaattaattttcacaggttgaacttcttagttctgtgttgaacatttctggttgcaggccactctaatacaaaa |
45964899 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 66 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 45981083 - 45980747
Alignment:
| Q |
66 |
ttttctgattaaaattatcaacaaattattacctaatattatatgttgaactttaagtcagtatatttttacatttatgattgtgttcttgtagagactg |
165 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |
|
|
| T |
45981083 |
ttttctgattgaaattattaacaaactattagctaatattatatgttgaactttaagtcagtagatttttacatttatggttgtgttcctgcagagatta |
45980984 |
T |
|
| Q |
166 |
tgacaaccgatt-agaacttcgaatgaagatgggaaaggttgataccaacatgattgaagaggcaggaaaaatgaaagcaaaaaggaatgacaacaataa |
264 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||||| | | ||||| |||||| | ||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45980983 |
tgacaaccgcctcagaacttcaactcaagataggaaagctaaccaccaacaagattgaagggaccggaaaaatgaaagcaaaaaggattgacaacaataa |
45980884 |
T |
|
| Q |
265 |
aatggacatttctgctatatatgcttccaaaggtaaccaaaatatcattcattgttctgaaacatgaattaattttcacaggttgaacttcttagttctg |
364 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
45980883 |
aatggacatttctgctatatatgcttctaaaggtaaccaaaatattattcattgttct---acatgaattaattttcacagg-------tcatagttctg |
45980794 |
T |
|
| Q |
365 |
tgttgaacatttctggttgcaggcctctctaatacaaaatttgaaga |
411 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45980793 |
aattgaacatttctgcttgcaggcctctctaatacaaaatttgaaga |
45980747 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 63 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 45970131 - 45969985
Alignment:
| Q |
63 |
ttattttctgattaaaattatcaacaaattattacctaatattatatgttgaactttaagtcagtatatttttacatttatgattgtgttcttgtagaga |
162 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
45970131 |
ttattttctgattaaaattaacaaaaaattattagctaacgttatatgttaaactttaagtcagtagatttttacatttatgattgtgttcctgtagaga |
45970032 |
T |
|
| Q |
163 |
ctgtgacaa-ccgattagaacttcgaatgaagatgggaaaggttgat |
208 |
Q |
| |
|
| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45970031 |
ttatgacaaccccctcggaacttcgaatgaagatgggaaaggttgat |
45969985 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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