View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19721_low_5 (Length: 651)
Name: NF19721_low_5
Description: NF19721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19721_low_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 595
Target Start/End: Original strand, 21035527 - 21036138
Alignment:
| Q |
3 |
atattaataat--ttcaaacactaaattaataatgttttaaatgacttatatttcgagtttaacaaattatatttaagataaataaatttcgacatacaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21035527 |
atattaataatgtttcaaacactaaattaataatgtttcaaatgacttatatttcgagtttaccaaattatatttaagataaataaatttcgacatacaa |
21035626 |
T |
|
| Q |
101 |
aattaaccaatcttaatcaaatctcaactcaacggtggagatgtgatgcatatacctcatccaactcccaaccgtccattacaattaccttaagccattt |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21035627 |
aattaaccaatcttaatcaaatctcaactcaacggtggagatgtgttgcatatacctcatcaaaatcccaaacgtccattacaattaccttaagccattt |
21035726 |
T |
|
| Q |
201 |
gatggtttaccaattcctccctttgactgctagaggtgttctcaattttcctcaaaaatcttcaatggtcaatattcaaatcataactcctcttttatac |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21035727 |
gatggtttaccaattcctccctttgactgctagaggtgttctcaattttcctcaaaaatcttcaatggtcaatattcaaatcataactcctcttttatac |
21035826 |
T |
|
| Q |
301 |
aaaactatacaaacatcattctctctcttcaattttgaatgtttctcattagaataattccttatagggtccaaccttttgaagttgaaactctctttgt |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21035827 |
aaaactatacaaacatcattctctctcttcaattttgaatgtttctcattagaataattccttatagggtccaaccttttgaagttgaaactctctttgt |
21035926 |
T |
|
| Q |
401 |
gtgaaaacaatattgaccctacaagtcaatagtaacaaaaacctcataaac----------------tatattattttacgtgtttcttttgtgnnnnnn |
484 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21035927 |
atgaaaacaacattgaccctacaagtcaatagtaacaaaaacctcataaacacatgacacgttaaaatatattattttacgtgtttcttttgtg-ttttt |
21036025 |
T |
|
| Q |
485 |
nnngtctc--tatatatacatactatagactatttctatatataaatacatgaacatacccacttgcaaaatccattaatattctcaaccaaagattcaa |
582 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
21036026 |
tttgtctctatatatatacatactatagactatttctatatataaatacatgaacatacccacttgcaaaatccattaatattttcaaccaaagattcaa |
21036125 |
T |
|
| Q |
583 |
acttgatcaacag |
595 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
21036126 |
acttgatcaacag |
21036138 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 38
Target Start/End: Original strand, 21035504 - 21035541
Alignment:
| Q |
1 |
aaatattaataatttcaaacactaaattaataatgttt |
38 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
21035504 |
aaatattaataatttcaaacactatattaataatgttt |
21035541 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 26385272 - 26384653
Alignment:
| Q |
1 |
aaatattaataatttcaaacactaaattaataatgttttaaatgacttatatttcgagtttaacaaattatatttaagataaataaatttcgacatacaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26385272 |
aaatattaataatttcaaacactaaattaataatgttttaaatgacttatatttcgagtttaccaaattatatttaagataaataaatttcgacatacaa |
26385173 |
T |
|
| Q |
101 |
aattaaccaatcttaatcaaatctcaactcaacggtggagatgtgatgcatatacctcatccaactcccaaccgtccattacaattaccttaagccattt |
200 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
26385172 |
aataaaccaatcttaatcaaatctcaactcaacggtggagatgtgttgaatatacctcatcaaaatcccaaacgtccattacaattaccttaagccatct |
26385073 |
T |
|
| Q |
201 |
gatggtttaccaattcctccctttgactgctagaggtgttctcaattttcctcaaaaatcttcaatggtcaatattcaaatcataactcctcttttatac |
300 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26385072 |
gatg-tttaccaattcctccctttgactgctagaggtgttctcaattttcctcaaaaatcttcaatggtcaatattcaaatcataactcctcttttatac |
26384974 |
T |
|
| Q |
301 |
aaaactatacaaacatcattctctctcttcaattttgaatgtttctcattagaataattccttatagggtccaaccttttgaagttgaaactctctttgt |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26384973 |
aaaactatacaaacatcattctctctcttcaattttgaatgtttctcattagaataattccttatagggtccaacc-tttgaagttgaaactctctttgt |
26384875 |
T |
|
| Q |
401 |
gtgaaaacaa--------tattgaccctacaagtcaatagtaacaaaaacctcataaac----------------tatattattttacgtgtttcttttg |
476 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26384874 |
atgaaaacaatattgagttattgaccctacaagtcaatagtaacaaaaacctcataaacacatgacacattaaaatatattattttacgtgtttcttttg |
26384775 |
T |
|
| Q |
477 |
tg-nnnnnnnnngtc--tctatatatacatactatagactatttctatatataaatacatgaacatacccacttgcaaaatccattaatattctcaacca |
573 |
Q |
| |
|
|| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26384774 |
tgttttttttttgtctttatatatatacatactatagactatttctatatataaatacatgaacatacccacttgcaaaatccattaatattctcaacca |
26384675 |
T |
|
| Q |
574 |
aagattcaaacttgatcaacag |
595 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26384674 |
aagattcaaacttgatcaacag |
26384653 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University