View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19726_high_6 (Length: 690)

Name: NF19726_high_6
Description: NF19726
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19726_high_6
NF19726_high_6
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-675)||(48911342-48912016)
chr4 (432-589)||(48975036-48975193)
chr4 (183-319)||(48951927-48952063)
chr4 (478-607)||(48952213-48952342)
chr4 (1-54)||(48965834-48965887)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (1-647)||(5536-6182)
scaffold0536 (8-630)||(9553-10159)
scaffold0536 (183-319)||(812-948)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 647; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 647; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 48912016 - 48911342
Alignment:
Q  1 actcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaacaatttactcagctgcttcgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48912016 actcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaataatttactcagctgcttcgg 48911917  T
Q  101 tggtgctgcattcatggcaatagaatgaggaagatgaggaattacaaaagaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattccatggcacaaata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911916 tggtgctgcattcatggcaatagaatgaggaagatgaggaattacaaaagaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattccatggcacaaata 48911817  T
Q  201 gcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaatcagcgacgatgcaatctg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48911816 gcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaatcagccacgatgcaatctg 48911717  T
Q  301 gtgggtgctgctccacgaagtgttggatggttggtcggagtagagtggctgctcgatagattttggtgaggttgtcgaggtcggtggtggtgaagagggg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911716 gtgggtgctgctccacgaagtgttggatggttggtcggagtagagtggctgctcgatagattttggtgaggttgtcgaggtcggtggtggtgaagagggg 48911617  T
Q  401 ttcgacaccatcggggaggcctactgcttgtgaaggaaatggaacagtgtgaatacgaaggtgttggtttaaaggaatagatttgccaaggatttgagca 500  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911616 ttcgacgccatcggggaggcctactgcttgtgaaggaaatggaacagtgtgaatacgaaggtgttggtttaaaggaatagatttgccaaggatttgagca 48911517  T
Q  501 ttggagggtgtggttatgatggtgacattttgacggcgtaaggcaaagagagttgctatgtcgcatagagggatcatgtggccaggtgctaagtaaggta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911516 ttggagggtgtggttatgatggtgacattttgacggcgtaaggcaaagagagttgctatgtcgcatagagggatcatgtggccaggtgctaagtaaggta 48911417  T
Q  601 tgaagtatatattaagtggtttctcttctccttcttccgtattcatcatctttgccttgtcttctgtgtgtttgg 675  Q
    ||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911416 tgaagtagatggtaagtgctttctcttctccttcttccgtattcatcatctttgccttgtcttctgtgtgtttgg 48911342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 432 - 589
Target Start/End: Original strand, 48975036 - 48975193
Alignment:
Q  432 gaaggaaatggaacagtgtgaatacgaaggtgttggtttaaaggaatagatttgccaaggatttgagcattggagggtgtggttatgatggtgacatttt 531  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || ||||| | ||   |||| || ||||||  || |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||  |    
T  48975036 gaaggaaatggaacagtatgaaggcggaggtggttgtgagaagggatggatttgagaatgatttgggcattagagggagtggtaatgatggtaacatggt 48975135  T
Q  532 gacggcgtaaggcaaagagagttgctatgtcgcatagagggatcatgtggccaggtgc 589  Q
    ||| || | |||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48975136 gaccgcatgaggcaaagagtgtagcaatgtcgcatagaggggtcatgtggccaggtgc 48975193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 183 - 319
Target Start/End: Original strand, 48951927 - 48952063
Alignment:
Q  183 gattccatggcacaaatagcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaat 282  Q
    |||||||||||||| || | ||| || ||||||||||||||  | | ||| ||||| || ||||| ||||| || |||| | |||| ||  | |  ||||    
T  48951927 gattccatggcacatatggtaaagagtgagaaaccgttgaacacgaatctcggaatgtgcagcttctttgctagctcatcagcccacgggaataaaaaat 48952026  T
Q  283 cagcgacgatgcaatctggtgggtgctgctccacgaa 319  Q
    | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48952027 ccgccacgatgcaatcaggtgggtgctgctccacgaa 48952063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 478 - 607
Target Start/End: Original strand, 48952213 - 48952342
Alignment:
Q  478 tagatttgccaaggatttgagcattggagggtgtggttatgatggtgacattttgacggcgtaaggcaaagagagttgctatgtcgcatagagggatcat 577  Q
    ||||||||  |||||||| |||||| ||  | ||||||||||| || |||   ||||  ||| | ||||||||||  |||||||| |||| |||||||||    
T  48952213 tagatttgggaaggattttagcatttgaatgagtggttatgattgtaacaaagtgaccacgtgaagcaaagagagaagctatgtcacataaagggatcat 48952312  T
Q  578 gtggccaggtgctaagtaaggtatgaagta 607  Q
    ||| || | ||||||||| || ||||||||    
T  48952313 gtgccctgctgctaagtatggaatgaagta 48952342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Original strand, 48965834 - 48965887
Alignment:
Q  1 actcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttga 54  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  48965834 actcttccccgtcaagctcagcgaaattgttgacaatgagtccattacttttga 48965887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 6182 - 5536
Alignment:
Q  1 actcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaacaatttactcagctgcttcgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||| || | ||||| |||||||||    
T  6182 actcttcaccgtcaagttcagaaaaattgttaacaatgattccgttgcttttgaaaaccgtctccaaaagcgcttccaataagtcactcatctgcttcgg 6083  T
Q  101 tggtgctgcattcatggcaatagaatgaggaagatgaggaattacaaaagaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattccatggcacaaata 200  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  6082 cggagctgcattcatggcaatagaatgaggaagaccaggaattacaaatgaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattctatggcacaaatt 5983  T
Q  201 gcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaatcagcgacgatgcaatctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| || || |||||||| |    
T  5982 gcaaacagagagaaaccgttgaaactgagtctaggaatttgaagcttgtttgcaagttcatcaacccaaggaaacaagaaatccgccacaatgcaatccg 5883  T
Q  301 gtgggtgctgctccacgaagtgttggatggttggtcggagtagagtggctgctcgatagattttggtgaggttgtcgaggtcggtggtggtgaagagggg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||  ||| || |||| |||   || || ||||||||||||| || | |||||      
T  5882 gtgggtgctgctccacgaagtgttggatgggtggttggaggagagtggtggcttgaaagatcttgcgaagattctcgaggtcggtggcggcggagaggct 5783  T
Q  401 ttcgacaccatcggggaggcctactgcttgtgaaggaaatggaacagtgtgaatacgaaggtgttggtttaaaggaatagatttgccaaggatttgagca 500  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||| | || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  5782 ttcgacgccatcagggaggccaacttcatgggaaggaaatggaacggtgtgaatacggaggtgttggtttaaagggatggatttgccaaggatttgagca 5683  T
Q  501 ttggagggtgtggttatgatggtgacattttgacggcgtaaggcaaagagagttgctatgtcgcatagagggatcatgtggccaggtgctaagtaaggta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  5682 ttggagggtgtggttatgatggtaactttttgacggcgtaaggcaaagagtgttgctatgtcacataaagggatcatatgaccaggagctaagtaaggta 5583  T
Q  601 tgaagtatatattaagtggtttctcttctccttcttccgtattcatc 647  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  5582 tgaagtagatagtaagtgctttctcttctccttcttccatatccatc 5536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 8 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 10159 - 9553
Alignment:
Q  8 accgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaacaatttactcagctgcttcggtggtgct 107  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||  |||| | | || || |||| | || ||||| |||||| || |||| |    
T  10159 accgtcaagttctacaaaattattgacaaggatcccttgacttttgaaaaccatctccaaacgctctcccaagatttcactcatctgcttaggcggtgtt 10060  T
Q  108 gcattcatggcaatagaatgaggaagatgaggaattacaaaagaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattccatggcacaaatagcaaaca 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10059 gcattcatgacaatagaatgaggaagaccaggaattacaaaagaagcatatccataaagtgagtgtgctttaacagattccatggcacaaatagcaaaca 9960  T
Q  208 gagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaatcagcgacgatgcaatctggtgggtg 307  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||| |  ||||||||||| ||||||||    
T  9959 gagagaaaccgttgaaagagagtcttggaatttgaagcttgtttgcaagttcatcaacccaaggaaacaaaaaatctgtcacgatgcaatccggtgggtg 9860  T
Q  308 ctgctccacgaagtgttggatggttggtcggagtagagtggctgctcgatagattttggtgaggttgtcgaggtcggtggtggtgaagaggggttcgaca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||| || ||||||||   | ||| | || ||| |||| ||   ||||   ||| |||    
T  9859 ctgctccacgaagtgttggatgggtggtcggaggagagtggtagcttgaaagattttgaccatgttattgaagtcagtggcggcagagagactttctaca 9760  T
Q  408 ccatcggggaggcctactgcttgtgaaggaaatggaacagtgtgaatacgaaggtgttggtttaaaggaatagatttgccaaggatttgagcattggagg 507  Q
    || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  9759 ccgtcggggaggcctacttcttgggaaggaaatggaacagtgtgaatacggagatgttggtttaaagggatagatttgccaaggatttgagcgttggaag 9660  T
Q  508 gtgtggttatgatggtgacattttgacggcgtaaggcaaagagagttgctatgtcgcatagagggatcatgtggccaggtgctaagtaaggtatgaagta 607  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||                ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  9659 gtgtggttatgatggtaacattttgacagcgta----------------tatgtcgcatagagggatcatatgaccaggtgataagtaaggtatgaagta 9576  T
Q  608 tatattaagtggtttctcttctc 630  Q
     || ||||||| |||||||||||    
T  9575 gattttaagtgctttctcttctc 9553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 948 - 812
Alignment:
Q  183 gattccatggcacaaatagcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaat 282  Q
    |||||||||||||| || | ||| || |||||||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||||||| || ||||  ||||||||  | |  ||||    
T  948 gattccatggcacatatggtaaatagtgagaaaccgttgaaggcaaatctcggaatgtgaagcttgtttgccagctcatccacccaagggaataaaaaat 849  T
Q  283 cagcgacgatgcaatctggtgggtgctgctccacgaa 319  Q
    | || ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||    
T  848 ccgctacgatgcaatcaggtggttcctgttccacgaa 812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University