View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19744_low_41 (Length: 256)

Name: NF19744_low_41
Description: NF19744
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19744_low_41
NF19744_low_41
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (18-243)||(39030105-39030330)
chr3 (18-237)||(37863253-37863472)
chr3 (18-240)||(37859227-37859449)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-243)||(35250845-35251070)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (18-231)||(5310443-5310656)
chr7 (18-231)||(5289560-5289773)
chr7 (18-231)||(46706851-46707064)
chr7 (18-231)||(5315157-5315370)
chr7 (18-231)||(5284354-5284567)
chr7 (18-231)||(5302542-5302755)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (18-231)||(1492214-1492427)
chr5 (18-233)||(1505021-1505236)
chr5 (18-228)||(1478048-1478258)
chr5 (26-231)||(1482239-1482444)
chr5 (63-231)||(1509170-1509338)
chr5 (63-231)||(1499286-1499454)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-231)||(24163653-24163866)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-219)||(44128632-44128833)
chr1 (18-219)||(44132837-44133038)
chr1 (18-219)||(44141259-44141460)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 39030330 - 39030105
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39030330 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 39030231  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  39030230 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaaccattgacttaggttgaccccat 39030131  T
Q  218 tcattgatagcctttattgctgcttc 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  39030130 tcattgatagcctttattgctgcttc 39030105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 237
Target Start/End: Original strand, 37863253 - 37863472
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  || || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | |||    
T  37863253 ctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaag 37863352  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863353 acccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 37863452  T
Q  218 tcattgatagcctttattgc 237  Q
    || |||||||||||| ||||    
T  37863453 tccttgatagcctttgttgc 37863472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 37859227 - 37859449
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||    
T  37859227 ctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgccaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatgtaacgcttcacatatggacgaag 37859326  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||| || || ||||| |  |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  37859327 gcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcatgtccacgccactggtggtgcaaaagatgaggtgggtaatcttggacttaggttgaccccat 37859426  T
Q  218 tcattgatagcctttattgctgc 240  Q
    || ||||| |||||| |||||||    
T  37859427 tccttgatggcctttgttgctgc 37859449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 35251070 - 35250845
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  | |||| |||    
T  35251070 ctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaaccataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcatataacgtttcaccgacggacgaag 35250971  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     ||||  |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  35250970 tcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcatatccacaccactagtaatgcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttggttgaccccat 35250871  T
Q  218 tcattgatagcctttattgctgcttc 243  Q
    || ||||| || ||| ||||||||||    
T  35250870 tccttgatcgcttttgttgctgcttc 35250845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 94; Significance: 6e-46; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5310656 - 5310443
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  || |||||||||| |||    
T  5310656 ctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaag 5310557  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5310556 gcccaagagttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccat 5310457  T
Q  218 tcattgatagcctt 231  Q
    || || ||||||||    
T  5310456 tcttttatagcctt 5310443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 5289560 - 5289773
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  || |||||||||| |||    
T  5289560 ctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaag 5289659  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5289660 acccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccat 5289759  T
Q  218 tcattgatagcctt 231  Q
    || || ||||||||    
T  5289760 tcttttatagcctt 5289773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 46706851 - 46707064
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| | |||    
T  46706851 ctttgttgttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaag 46706950  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| | ||||||||  || |  || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  46706951 accgaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactagtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttgactttggttgaccccat 46707050  T
Q  218 tcattgatagcctt 231  Q
    || || ||||||||    
T  46707051 tcttttatagcctt 46707064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5315370 - 5315157
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  || |  |||| ||||| || ||||||||||||||||| || |  || |||||||| | |||    
T  5315370 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaag 5315271  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     ||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5315270 acctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccat 5315171  T
Q  218 tcattgatagcctt 231  Q
    || || ||||||||    
T  5315170 tcttttatagcctt 5315157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5284567 - 5284354
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| ||||||||||||||||| || |  || |||||||| | |||    
T  5284567 ctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaag 5284468  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     || ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  5284467 acccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttggccccat 5284368  T
Q  218 tcattgatagcctt 231  Q
    || || ||||||||    
T  5284367 tcttttatagcctt 5284354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5302755 - 5302542
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| ||||||||||||||||| || |  || |||||||| | |||    
T  5302755 ctttgttgttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaag 5302656  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     || ||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5302655 acccaagagtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccat 5302556  T
Q  218 tcattgatagcctt 231  Q
    || || ||||||||    
T  5302555 tcttttatagcctt 5302542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1492427 - 1492214
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |  ||||||||||||| |||    
T  1492427 ctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaag 1492328  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     |||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || ||||| ||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1492327 acctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccat 1492228  T
Q  218 tcattgatagcctt 231  Q
    || || ||||||||    
T  1492227 tcttttatagcctt 1492214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1505236 - 1505021
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| |||||  || || |||| |||||||| ||||| ||||||||||| || | ||| |||||||| | |||    
T  1505236 ctttgttgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaag 1505137  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     |||||||| || ||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  1505136 acctaagagtttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacaattaagtgagtaatctttgactttggctgaccccat 1505037  T
Q  218 tcattgatagccttta 233  Q
    || || ||||| ||||    
T  1505036 tcttttatagctttta 1505021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1478258 - 1478048
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||| |||||||||||||| || || ||||| |||||  || || |||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||    
T  1478258 ctttattgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgttggtacatcatatacctcttcacatatggacgaag 1478159  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||  |||||||| || |  || ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  1478158 acctaagagtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaaagatcaagtgtgtaatctttgattttggttggccccat 1478059  T
Q  218 tcattgatagc 228  Q
    || || |||||    
T  1478058 tcttttatagc 1478048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 26 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1482444 - 1482239
Alignment:
Q  26 ttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaaggcctaaga 125  Q
    ||||||||||| || || ||||| |||||  || || |||| ||||| || ||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| ||| |||||||    
T  1482444 ttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaagcatccttgttggtacatcatgtatctcttcacatatggacgaagacctaaga 1482345  T
Q  126 gctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattcattgat 225  Q
    | |||||||| || || || || |||||||| || ||||||||||  || |||||||| |  || ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||    
T  1482344 gttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacaccacttgtggtacaaaatattaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttat 1482245  T
Q  226 agcctt 231  Q
    ||||||    
T  1482244 agcctt 1482239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1509338 - 1509170
Alignment:
Q  63 caccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgac 162  Q
    |||| |||||||| | ||||||||||||||| || |  |||||||||||   ||| ||||| || || || || ||||| | |||||||| |||||| ||    
T  1509338 cacctgcaaaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatatgggtgaagacctaaaagtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaac 1509239  T
Q  163 accacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattcattgatagcctt 231  Q
    ||||||||  |||||||| || | ||| ||||||||||| || || || |||||||| || ||||||||    
T  1509238 accacttgtggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttgattttggctggccccattcttttatagcctt 1509170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1499454 - 1499286
Alignment:
Q  63 caccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgac 162  Q
    |||| ||| |||| ||| ||||||||||||| || |  || ||||||||   ||| |||||||| ||||| || || || || || |||||||| || ||    
T  1499454 cacctgcataacaccctagttggtacatcatgtaccttttcacatatgggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcaccaggcatgtctac 1499355  T
Q  163 accacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattcattgatagcctt 231  Q
    ||||||  | |||||||| || | ||| ||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  1499354 accactataggtgcaaaaaattaaatgtgtaatatttgacttcggttgaccccattcttcgatagcctt 1499286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 24163653 - 24163866
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||||||  || |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||| |||| | |||    
T  24163653 ctttgttgttctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatatacctttttacacatgggcgaag 24163752  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     |||||||| |||||||| || || || || ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |  || || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  24163753 acctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttatagtgcaaaatattaagtgtgtgatctttgactttggttggccccat 24163852  T
Q  218 tcattgatagcctt 231  Q
    || || ||||||||    
T  24163853 tcttttatagcctt 24163866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 44128833 - 44128632
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  || |  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| | |||    
T  44128833 ctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaag 44128734  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44128733 acctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccat 44128634  T
Q  218 tc 219  Q
    ||    
T  44128633 tc 44128632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 44133038 - 44132837
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  || |  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| | |||    
T  44133038 ctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaag 44132939  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44132938 acctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccat 44132839  T
Q  218 tc 219  Q
    ||    
T  44132838 tc 44132837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 44141460 - 44141259
Alignment:
Q  18 ctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaag 117  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  || |  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| | |||    
T  44141460 ctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaag 44141361  T
Q  118 gcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 217  Q
     |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44141360 acctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccat 44141261  T
Q  218 tc 219  Q
    ||    
T  44141260 tc 44141259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University