View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19748_high_26 (Length: 414)

Name: NF19748_high_26
Description: NF19748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19748_high_26
NF19748_high_26
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (15-403)||(4287377-4287764)
chr7 (15-403)||(23678186-23678565)
chr7 (15-252)||(31308771-31309003)
chr7 (238-346)||(31308623-31308729)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (93-403)||(11276969-11277268)
chr5 (107-403)||(30971606-30971893)
chr5 (180-403)||(26243542-26243758)
chr5 (50-82)||(30971893-30971925)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (15-403)||(54800560-54800945)
chr3 (245-403)||(37333015-37333173)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (120-403)||(33851799-33852075)
chr8 (15-153)||(23565472-23565613)
chr8 (305-403)||(44629349-44629447)
chr8 (229-319)||(44629468-44629556)
chr8 (272-338)||(23565408-23565474)
chr8 (15-92)||(33852494-33852571)
chr8 (357-403)||(23565074-23565120)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (15-403)||(23597508-23597890)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (15-403)||(43419991-43420373)
chr4 (31-403)||(12212717-12213081)
chr4 (150-362)||(32465028-32465234)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (338-403)||(10613371-10613436)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 15 - 403
Target Start/End: Original strand, 4287377 - 4287764
Alignment:
Q  15 caaaatatacttatactattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataaa-------gctatccataaaca 107  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |       ||||||||||||||    
T  4287377 caaaatacacttatactattaaaaccacatccaagcacaagatgtgcaagaatgaaacaagaagataaacatacatagattgtttagctatccataaaca 4287476  T
Q  108 acaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaacc 207  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       
T  4287477 acaacaa-caacgagacacaagaaaactcccaaaatccaacaatatgtgaaatgagtttttaattttgctgacaaactaatgcatctccaattccaa--- 4287572  T
Q  208 aaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttca 307  Q
        |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  4287573 ----tccaaagctaaagcaagatttacgagactattgtttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcatatcctctgcgatttca 4287668  T
Q  308 aaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    |||||||||||  | || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  4287669 aaatagtggattcttccgcatggtaatgaattatattgatgaatgataatggtatatatcgtcacttgatataattttcataatcagataattatt 4287764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 403
Target Start/End: Original strand, 23678186 - 23678565
Alignment:
Q  15 caaaatatacttatactattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataaa-------gctatccataaaca 107  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  23678186 caaaatataattatactattaaaaccacatccaaacacaagatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataaattgtttagctatccataaaca 23678285  T
Q  108 acaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaacc 207  Q
    |||||||| |    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||       
T  23678286 acaacaataa----gacacaagaaaactcccaaaacccaacaatatgtgaaatgagtttataattttgctgacaaactaatgcatcttcaattccaa--- 23678378  T
Q  208 aaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttca 307  Q
        ||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||| ||||||| || |||||||||    ||||||||||  | |||||||||    
T  23678379 ----tccaaagttaaagcaagatttacgatactattgcctaatctaa-aggtgtatttatctattattcattt----ctttcatatctcctgtgatttca 23678469  T
Q  308 aaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  23678470 aaatagtggatgatgccacatgttaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataattttcataatcatataagtatt 23678565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 31309003 - 31308771
Alignment:
Q  15 caaaatatacttatactattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataaa-------gctatccataaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||    
T  31309003 caaaatatacttatactattaaaaccacatccaatcacaagatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcat-cataaattgtttagctatccataaaca 31308905  T
Q  108 acaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaacc 207  Q
    |||||||| ||    |||||||||||||||||||| | |||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |         
T  31308904 acaacaatgaa----acacaagaaaactcccaaaatctaaccgtacgtgaaatgagtttctaattttgctgacaaactaatgcatcttcaatttc----- 31308814  T
Q  208 aaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatct 252  Q
      |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  31308813 --aatccaaagctaaagcaatatttaggagattattgcttaatct 31308771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 238 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 31308729 - 31308623
Alignment:
Q  238 actattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaa 337  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  || |||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31308729 actattgcttaatctaagagatgtatttatttactattcattttttttttt--tatcctatgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaa 31308632  T
Q  338 ttatattgc 346  Q
    |||||||||    
T  31308631 ttatattgc 31308623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 93 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 11277268 - 11276969
Alignment:
Q  93 agctatccataaacaacaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  11277268 agctatccataaacaacaacaat----gagacacaagaaaaccccaaaaacccaacaatatgtgaaatgagcttctaattttgctgacaaactaatgcat 11277173  T
Q  193 ctccaattccaaaccaaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcata 292  Q
    ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11277172 ctccaattccaa-------tccaaagctaaagcaagatttatgagactattgtttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcata 11277080  T
Q  293 tcctccgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatc 392  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  11277079 tcctctgtgatttcaaaatagtggatgatgccacgtagtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcacttgatataattttcataatc 11276980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 107 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 30971893 - 30971606
Alignment:
Q  107 aacaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaac 206  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||      
T  30971893 aacaacaa-caatgagacacaagaaaactcccaaaacccaacaatatgtgaaatgaatttctaattttgctgacaaactaatgcatctccaattttaa-- 30971797  T
Q  207 caaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttc 306  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||    
T  30971796 -----tccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttcattctttcatatc-tatgtgatttc 30971703  T
Q  307 aaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  30971702 aaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctaaatgataatagtgtatattgttacttgatataattttcacaatcagataagtatt 30971606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 180 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 26243758 - 26243542
Alignment:
Q  180 caaactaatgcatctccaattccaaaccaaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatt 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||||||| || ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  26243758 caaactaatgcatctccaattccaa-------tccaaagatatagcaagatttaggagattgttgcttaatctaagaggcgtatttatttactgttcatt 26243666  T
Q  280 taattctttcatatcctccgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatat 379  Q
    ||||| ||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26243665 taattatttcgcatcctttgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcacttgatat 26243566  T
Q  380 aactttcataatcagataagtatt 403  Q
    || ||||||||||| |||||||||    
T  26243565 aattttcataatcatataagtatt 26243542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 30971925 - 30971893
Alignment:
Q  50 cacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataa 82  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30971925 cacaagatgtgcaagaatgaaacaagaagataa 30971893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 15 - 403
Target Start/End: Original strand, 54800560 - 54800945
Alignment:
Q  15 caaaatatacttatactattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaaga-taagcatacataaa-------gctatccataaac 106  Q
    |||||||||||| | |||||| |||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||       |||||||||||||    
T  54800560 caaaatatacttcttctattaaaactacatccaagcacaagatatgcaagaatgaaacaagaaaaataagcatacataaattgtttagctatccataaac 54800659  T
Q  107 aacaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaac 206  Q
    ||||| |||    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||      
T  54800660 aacaataat----gagacacaagaaaactcccaaaatccaacaatatgtgaaatgagtttctaattttgctgacaaactaatgcatcttcaattccaa-- 54800753  T
Q  207 caaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttc 306  Q
         | |||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  54800754 -----ttcaaagctaaagcaaaatttaggagattattgtttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcatatcctctgtgatttc 54800848  T
Q  307 aaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54800849 aaaatagaggttgatgtcacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcacttgatataattttcataatcagataagtatt 54800945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 245 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 37333173 - 37333015
Alignment:
Q  245 cttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatatt 344  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  37333173 cttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcatatcctctgtgatttcaaaatagtagatgatgacacgtggtaatgaattatatt 37333074  T
Q  345 gctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  37333073 gctgaatgataatattgtatattgtcatttgatataattttcataattagataagtatt 37333015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 120 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 33852075 - 33851799
Alignment:
Q  120 gagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaaccaaaatccaaagc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||       |||||||     
T  33852075 gagacacaagaaaactcccaaaacccaacaatatgtgaaatgagtttctaattttgctaacaaattaatgcatctccaattccaa-------tccaaagt 33851983  T
Q  220 taaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttcaaaatagtggatg 319  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  33851982 taaagcaagatttagcagactattgcttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcatatcctttgtgatttcaaaatagtggatg 33851883  T
Q  320 atgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33851882 atgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcacttgatataattttcataatcagataagtatt 33851799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 23565613 - 23565472
Alignment:
Q  15 caaaatatacttatactattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataa-------agctatccataaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||||||||||||||    
T  23565613 caaaatatacttatactattaaaaccacatccaagcacaagacgtgcaagaatgaaacaagaagataaacatacataaattgtttagctatccataaaca 23565514  T
Q  108 acaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatat 153  Q
    ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23565513 acaa----caatgagacacaagaaaactcccaaaacccaacaatat 23565472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 305 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 44629447 - 44629349
Alignment:
Q  305 tcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  44629447 tcaaaatagtggatgatgccacatggtaattaattatattgctaaatgataatagtgtatattgtcacttgatttaattttcataatcagataagtatt 44629349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 229 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 44629556 - 44629468
Alignment:
Q  229 atttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttcaaaatagtggatg 319  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  44629556 atttaggagactattgcttaatctaagaggtgtatttatttacta-tcatttaattctttcatat-ctttgtgatttcaaaatagtggatg 44629468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 272 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 23565474 - 23565408
Alignment:
Q  272 tattcatttaattctttcatatcctccgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  23565474 tattcatttaattctttcatatcctctctgatttcaaaatagtggttgaagccacatggtaatgaat 23565408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 33852571 - 33852494
Alignment:
Q  15 caaaatatacttatactattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataa 92  Q
    |||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||    
T  33852571 caaaatatacttataccattaaaaccacattcaagcacaagatgtgcaataatagaacaagaagataagcatagataa 33852494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23565120 - 23565074
Alignment:
Q  357 tagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  23565120 tagtgtatattgtcacttgatataatttccataatcagataagtatt 23565074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 15 - 403
Target Start/End: Original strand, 23597508 - 23597890
Alignment:
Q  15 caaaatatacttatactattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataaa-------gctatccataaaca 107  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||    
T  23597508 caaaatatacttatactaataaaaccacatccaagcacaagatctgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataaattgtttagttatccataaaca 23597607  T
Q  108 acaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaacc 207  Q
    ||||||||    |||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       
T  23597608 acaacaat----gagacacaa--aaactctcaaaacccaacaatatgtgaaatgagtttctaattttgctgacaaactaatgcatctccaattccaa--- 23597698  T
Q  208 aaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttca 307  Q
        || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  23597699 ----tcgaaagctaaagaatgatttaggagactattgcttaatctaagtggtctatttatttacttttaatttaattctttcatatcctctttgattaca 23597794  T
Q  308 aaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  23597795 aaatagtagatgatgtcacgtggtaatggattatattgctggatgataatagtgtatattgtcacttgatataatttttataattagataagtatt 23597890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 15 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 43420373 - 43419991
Alignment:
Q  15 caaaatatacttatactattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataaa-------gctatccataaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||  |||||||    
T  43420373 caaaatatacttatactatta-aaccagatccaaacagaagatgtgcaagaatgaaacaagaatataagcatacataaattgtttagctatttataaaca 43420275  T
Q  108 acaacaatcaatgagacacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaacc 207  Q
    ||||||||    ||||||||| ||||||| |||||   |||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||| ||| ||    
T  43420274 acaacaat----gagacacaaaaaaactctcaaaattcaacaatatgtaaaatgagtttttaactttgctgacacactaatgcatctccaattgcaatcc 43420179  T
Q  208 aaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttca 307  Q
    ||||       |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  43420178 aaaa-------ctaaagcaagatttacaagactattgctttatctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcatatc-tctgtgatttca 43420087  T
Q  308 aaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43420086 aaatagtggatgatgccacatggtaacgaattatattgctaaatgataatagtgtatattgtcatttgatataattttcataatcagataagtatt 43419991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 31 - 403
Target Start/End: Original strand, 12212717 - 12213081
Alignment:
Q  31 tattagaaccccatccaagcacatgatgtgcaagaatgaaacaagaagataagcatacataaa-------gctatccataaacaacaacaatcaatgaga 123  Q
    ||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||       |||||||||||| |||||||||    ||||    
T  12212717 tattaaaaccacatccaagcataagatgtgcaagaatgaaacaaga---taagcatacataaattgtttagctatccataaataacaacaat----gaga 12212809  T
Q  124 cacaagaaaactcccaaaaccaaacaatatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaaccaaaatccaaagctaaa 223  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||       ||||||| ||||    
T  12212810 cacaagaaatctcccaaaacccaataatatgtgaaatgagtttctaattttgctgagaaactaatgcatctcaaattccaa-------tccaaagttaaa 12212902  T
Q  224 gcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtctatttatttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttcaaaatagtggatgatgc 323  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||     
T  12212903 gcaagatttaggagactattgcttaatcta-gaggtatatttatttactattcatttaattctttcatatcctctatgatttcaaaatagtggttgatgt 12213001  T
Q  324 cacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  12213002 cacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattttcataattaaataagtatt 12213081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 150 - 362
Target Start/End: Original strand, 32465028 - 32465234
Alignment:
Q  150 atatgtgaaatgagtttctaatttttctgacaaactaatgcatctccaattccaaaccaaaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaa 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  32465028 atatgtgaaatgagtttctaattttactgacaaactaatgcatctctaattccaa-------tccaaaggtaaagcaagatttaggagactactgcttaa 32465120  T
Q  250 tctaagaggtctattt-atttactattcatttaattctttcatatcctccgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctg 348  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32465121 tctaagaggtgtattttatttactattcgtttaattctttcatatcctctgttatttcaaaatagtagatgatgccacatggtaatgaattatattcctg 32465220  T
Q  349 aatgataatagtgt 362  Q
    |||||| |||||||    
T  32465221 aatgatgatagtgt 32465234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 338 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 10613436 - 10613371
Alignment:
Q  338 ttatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataactttcataatcagataagtatt 403  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10613436 ttatattgttgaatgataatagtgtatattgttacttgatataattttcataatcagataagtatt 10613371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University