View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19748_high_42 (Length: 312)
Name: NF19748_high_42
Description: NF19748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19748_high_42 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 6 - 297
Target Start/End: Original strand, 38456417 - 38456708
Alignment:
| Q |
6 |
caagaaaatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
105 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456417 |
caagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
38456516 |
T |
|
| Q |
106 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaa |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456517 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaa |
38456616 |
T |
|
| Q |
206 |
atttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
297 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456617 |
atttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
38456708 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 6 - 297
Target Start/End: Original strand, 38181057 - 38181347
Alignment:
| Q |
6 |
caagaaaatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
105 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181057 |
caagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
38181156 |
T |
|
| Q |
106 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaa |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
38181157 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgag-gtgttat |
38181255 |
T |
|
| Q |
206 |
atttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181256 |
atttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
38181347 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 6 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 38190074 - 38189784
Alignment:
| Q |
6 |
caagaaaatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
105 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38190074 |
caagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
38189975 |
T |
|
| Q |
106 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaa |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
38189974 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgag-gtgttat |
38189876 |
T |
|
| Q |
206 |
atttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38189875 |
atttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
38189784 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 6 - 297
Target Start/End: Original strand, 38208281 - 38208571
Alignment:
| Q |
6 |
caagaaaatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
105 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208281 |
caagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
38208380 |
T |
|
| Q |
106 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaa |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
38208381 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgag-gtgttat |
38208479 |
T |
|
| Q |
206 |
atttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208480 |
atttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
38208571 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 6 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 38217299 - 38217009
Alignment:
| Q |
6 |
caagaaaatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
105 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217299 |
caagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
38217200 |
T |
|
| Q |
106 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaa |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
38217199 |
acaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgag-gtgttat |
38217101 |
T |
|
| Q |
206 |
atttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217100 |
atttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcat |
38217009 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 6 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 26033179 - 26032924
Alignment:
| Q |
6 |
caagaaaatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttct |
105 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
26033179 |
caagaagatgaatttcatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttct |
26033080 |
T |
|
| Q |
106 |
acaataa---tgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgt |
202 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
26033079 |
acaataatattgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatacgag-gtgt |
26032981 |
T |
|
| Q |
203 |
taaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatat |
262 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26032980 |
taaatttactgttactttcattaatttcaggg---gaagcattattggaacttcttatat |
26032924 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 94 - 127
Target Start/End: Original strand, 38447655 - 38447688
Alignment:
| Q |
94 |
caaacatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
127 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38447655 |
caaatatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
38447688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 6067856 - 6067743
Alignment:
| Q |
13 |
atgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataa |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6067856 |
atgaattta-tataccacaattgaaatttagaaaatatccataaattttttatgagataaatgaaacacttttagatgtcccaaacatgttctacaataa |
6067758 |
T |
|
| Q |
113 |
tgtgggaagtacttc |
127 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
6067757 |
cgtgggaagtacttc |
6067743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 122 - 177
Target Start/End: Original strand, 38343008 - 38343063
Alignment:
| Q |
122 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatat |
177 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
38343008 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38343063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 122 - 177
Target Start/End: Original strand, 38447201 - 38447256
Alignment:
| Q |
122 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatat |
177 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
38447201 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38447256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University