View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19749_high_1 (Length: 451)

Name: NF19749_high_1
Description: NF19749
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19749_high_1
NF19749_high_1
[»] chr5 (30 HSPs)
chr5 (1-451)||(37413276-37413720)
chr5 (4-278)||(37382358-37382632)
chr5 (276-451)||(37382706-37382881)
chr5 (276-450)||(37639352-37639526)
chr5 (4-278)||(37639735-37640009)
chr5 (276-451)||(37593809-37593984)
chr5 (276-451)||(37696200-37696375)
chr5 (276-450)||(37393257-37393431)
chr5 (276-450)||(37401378-37401552)
chr5 (276-447)||(37702292-37702463)
chr5 (276-450)||(37823510-37823684)
chr5 (276-447)||(37532709-37532880)
chr5 (276-450)||(37711110-37711284)
chr5 (4-278)||(37823758-37824032)
chr5 (4-278)||(37711493-37711761)
chr5 (278-447)||(37435319-37435488)
chr5 (4-278)||(37696584-37696858)
chr5 (23-278)||(37428594-37428850)
chr5 (4-278)||(37400901-37401169)
chr5 (4-278)||(37594193-37594461)
chr5 (4-189)||(37435665-37435844)
chr5 (4-252)||(37702563-37702805)
chr5 (4-179)||(37533062-37533237)
chr5 (154-278)||(37393059-37393183)
chr5 (216-278)||(37532954-37533016)
chr5 (221-278)||(37401247-37401304)
chr5 (221-278)||(37711358-37711415)
chr5 (4-88)||(37392915-37392999)
chr5 (221-278)||(37639600-37639657)
chr5 (213-273)||(37435569-37435629)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (23-278)||(24217782-24218037)
chr4 (276-451)||(16843376-16843551)
chr4 (279-451)||(24218114-24218286)
chr4 (299-449)||(16846067-16846217)
chr4 (4-274)||(16842899-16843163)
chr4 (154-273)||(16845842-16845961)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (276-451)||(14552977-14553152)
chr3 (4-45)||(14553206-14553247)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 451
Target Start/End: Original strand, 37413276 - 37413720
Alignment:
Q  1 ctgtcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcaca 100  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37413276 ctgtcaacattggtagcagtgttgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcaca 37413375  T
Q  101 acttcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37413376 acttcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaatt 37413475  T
Q  201 cgacatatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactcacaacaatttaacaggcatgat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37413476 cgacatatcgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccaattccact------cattcaatacttttcacgcacaacaatttaacaggcatgat 37413569  T
Q  301 tccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcctagaaccttttccaaaggaaataca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37413570 tccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagctttcctagaaccttttccaaaggaaataca 37413669  T
Q  401 tttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacag 451  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37413670 tttgagatgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacag 37413720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 4 - 278
Target Start/End: Original strand, 37382358 - 37382632
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||| ||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||      
T  37382358 tcaatattgaaagcagagttgactccatcttacccaaccttgggatattatatttatcttctagtaatattagtagttttcctaaattcttagcacaaaa 37382457  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
    ||||||||||  ||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  37382458 tcaaaatctggtagaattagatctctctaaaaacaaaattcaagggaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggacattcaa 37382557  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||| | ||||||| ||||    
T  37382558 catgttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccaatcccacgttatggcatttactactttttactc 37382632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 276 - 451
Target Start/End: Original strand, 37382706 - 37382881
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||  | | ||    
T  37382706 ctcacaacaatttaactggcatgattccacaatgcttgggaacatttccttctctttcggtattggatatgcaaatgaacaacctctatggacacattcc 37382805  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacag 451  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  37382806 tagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagacaataaagttgaatggaaaccgattggaaggaccattaccacag 37382881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 276 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 37639526 - 37639352
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||    
T  37639526 ctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttactgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcc 37639427  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccaca 450  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  37639426 tagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccaca 37639352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 4 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37640009 - 37639735
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| || ||| | |||| | |    
T  37640009 tcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgaatcattatatttatcttctgctaatattaaaagttttcccaaattcctagcacgagt 37639910  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
     || ||| |||||  ||||||||| || |||||||  ||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||||     
T  37639909 acataatttgcaatggttagatctctccaataacaacattcatgggaaaattcccaaatggtttcataagaagctcttaaacacatggaaggacattcgg 37639810  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
     | || ||||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||   ||||||||  |||||||| ||||    
T  37639809 tacattgatcttagtttcaacatgttgcaaggacatcttccaattccacctgatggcattgtatactttttactc 37639735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 276 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 37593984 - 37593809
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||| | | ||    
T  37593984 ctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcc 37593885  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacag 451  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37593884 tagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacag 37593809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 276 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 37696375 - 37696200
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||| | | ||    
T  37696375 ctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcc 37696276  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacag 451  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37696275 tagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacag 37696200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 276 - 450
Target Start/End: Original strand, 37393257 - 37393431
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||| | ||    
T  37393257 ctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgtctaggaacattttcttatctctctattttggatatgcaaatgaacaacctctgtggaagcattcc 37393356  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccaca 450  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37393357 tggaaccttttccaaaggaaatatatttgagactataaaattgaatggaaaccaattggaaggaccattaccaca 37393431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 276 - 450
Target Start/End: Original strand, 37401378 - 37401552
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||    
T  37401378 ctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcc 37401477  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccaca 450  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  37401478 tagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccaca 37401552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 276 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 37702463 - 37702292
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||    
T  37702463 ctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgtctgggaacatttcctcatctctctattttggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcc 37702364  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattacc 447  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  37702363 tagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattacc 37702292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 276 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 37823684 - 37823510
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   |||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||    
T  37823684 ctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaaattctcttcatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcc 37823585  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccaca 450  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  37823584 tagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccaca 37823510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 276 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 37532880 - 37532709
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||| | | ||    
T  37532880 ctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcc 37532781  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattacc 447  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  37532780 tagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattacc 37532709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 276 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 37711284 - 37711110
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | | | ||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||    
T  37711284 ctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcctaatctctatgttttggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcc 37711185  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccaca 450  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||    
T  37711184 tagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggatcattaccaca 37711110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 4 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37824032 - 37823758
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||   |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||| | || |||||    
T  37824032 tcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttttttcattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaaattcctagcgcaact 37823933  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
     | ||||||||||   |||||||| || || ||||  ||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||| ||| |     
T  37823932 accaaatctgcaatcattagatctctccaacaacaacattcatgggaaaattcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaaggacatttgg 37823833  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
        | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  37823832 tccgttgacctcagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactc 37823758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37711761 - 37711493
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||   |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||   |||| |      
T  37711761 tcaacattgatagcagtattgactccatcatacccaaccttttttcattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaaattccaagcacga-- 37711664  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
        |||||||||   |||||||| || || ||||  ||||| || ||| |||| ||||||||||||  |||||||||| || |||||| ||| |||||     
T  37711663 ----aatctgcaaacattagatctctccaacaacaacattcatgggaaaattcccaaatggtttcatacgaagctcttaaactcatggaaggacattcgg 37711568  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
     | || ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  37711567 tacattgatcttagtttcaacatgttgcaaggagatcttccaattccaccatctggcattcaatacttttcactc 37711493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 278 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 37435488 - 37435319
Alignment:
Q  278 cacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgccta 377  Q
    |||||||| || |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  37435488 cacaacaaattgacaggcataattccaaaatgcctgggaacatttccttttctttccgttttggatatgcaaatgaacaaccttaatggaagcatgccta 37435389  T
Q  378 gaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattacc 447  Q
     ||| ||||||| ||||||| | || ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  37435388 aaactttttccagaggaaatgccttcgagactataaagttgaatggcaaccaattagaaggaccattacc 37435319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 4 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37696858 - 37696584
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||     ||| | ||||||  |  ||||||||||||||||||||| ||| | || |||||    
T  37696858 tcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagaattatctaatgctaatattaatagttttcctaaattcctagcgcaact 37696759  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
     | ||||||||||  ||||||||| || || ||||  ||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||| ||||      
T  37696758 accaaatctgcaatcgttagatctctccaacaacaacattcatgggaaaattcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaaggacattcag 37696659  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
     |  | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  | | |||||  |||||||||||||    
T  37696658 gacttagacctcagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctagcattggatacttttcactc 37696584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37428850 - 37428594
Alignment:
Q  23 tgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaacttcaaaatctgcaagagtta 122  Q
    ||||||||||||||| | |||| |  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||| || | | | | || ||||||||| |||    
T  37428850 tgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaagtctgcaagaatta 37428751  T
Q  123 gatctatctaataacataattcaagg-aaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcgacatatcgatctcagtttc 221  Q
    ||||| || || ||||  ||||| || |||| || | | |||||||||| | | ||||||| || |||||| | | ||| | ||  | ||||||||||||    
T  37428750 gatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaatttccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacgttgatctcagtttc 37428651  T
Q  222 aacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||    
T  37428650 aacaagttgcaaggagatcttccaattccaccttatggcattgaatactttttactc 37428594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 278
Target Start/End: Original strand, 37400901 - 37401169
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||   | |||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||   |||         
T  37400901 tcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaacctttttttattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaaattcccagca----- 37400995  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
     | ||||||| ||   ||| |||| || |||||||  ||||  || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||| ||||      
T  37400996 -cgaaatctgaaaagattatatctctccaataacaacattcgtgggaaaattcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaaggacattcag 37401094  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
     |  | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||    
T  37401095 tacttagacctcagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattgaatacttttcactc 37401169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 4 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37594461 - 37594193
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||     |||  |||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||      |||      
T  37594461 tcaactttgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagttttatcttattctaatattaatagttttcctaaattc------caaac 37594368  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
     | |||||| |||   |||||||| || |||||||  ||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||  || |||       
T  37594367 acgaaatcttcaaagattagatctctccaataacaacattcatgggaaaattcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaatgagatttcg 37594268  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
     | || ||  | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  37594267 tacattgacttgagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactc 37594193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 4 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 37435844 - 37435665
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    ||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||  ||||         
T  37435844 tcaacactaatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgagatgttagatttatcttctgctaatattaatagttttcctaaattccacgca----- 37435750  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacat 189  Q
     ||||| || |||   |||||||| || |||||||  ||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37435749 -caaaaacttcaaacattagatctctccaataacaacattcatgggaaaattcccaaatggtttcataagaagctcttaaacacat 37435665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 4 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37702805 - 37702563
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||     ||| |||| || |||  ||||||||||||||||||||| |||      |||      
T  37702805 tcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagatttctcgtctgctaatattaatagttttcctaaattc------caagc 37702712  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
     ||||||||||||   |||||||| || ||||||   ||||| || ||| |||| |||||||||||| |||| |||||| || |||||| ||| |||  |    
T  37702711 acaaaatctgcaaacattagatctctccaataactacattcatgggaaaattcccaaatggtttcataagaaactcttaaactcatggaaggacattata 37702612  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccac 252  Q
    || ||  | || |||||||| | ||||||| || |||||||||||||||    
T  37702611 cacattaacctgagtttcaaaatgttgcaaggacatcttccaattccac 37702563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 4 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 37533237 - 37533062
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||     ||| | ||||||  |  ||||||||||||||||||||| ||| | || |||||    
T  37533237 tcaacattaatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttagaattatctaatgctaatattaatagttttcctaaattcctagcgcaact 37533138  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctc 179  Q
     | ||||||||||  ||||||||| || || ||||  ||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  37533137 accaaatctgcaatcgttagatctctccaacaacaacattcatgggaaaattcccaaatggtttcataagaagctc 37533062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 278
Target Start/End: Original strand, 37393059 - 37393183
Alignment:
Q  154 ttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcgacatatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccact 253  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||| |||  ||| || || || |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||     
T  37393059 ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaaggacattatacacattgacctgagtttcaacaagttacaaggtgatcttccaattccacc 37393158  T
Q  254 ctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
      |||||||| || |||||| ||||    
T  37393159 tgatggcattgaagactttttactc 37393183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37533016 - 37532954
Alignment:
Q  216 agtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||||||    
T  37533016 agtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatacttttcactc 37532954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 221 - 278
Target Start/End: Original strand, 37401247 - 37401304
Alignment:
Q  221 caacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
    |||||| || ||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  37401247 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactc 37401304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 221 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37711415 - 37711358
Alignment:
Q  221 caacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
    |||||| || ||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  37711415 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactc 37711358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 88
Target Start/End: Original strand, 37392915 - 37392999
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaa 88  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||   |||||| ||||||| | |   ||||||||||||||||||||    
T  37392915 tcaacattgatagcagtgttgacaccatcttacctaaccttttttcattagatttatcatatgccaatattaatagttttcctaa 37392999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 221 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 37639657 - 37639600
Alignment:
Q  221 caacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
    |||||| || ||| ||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||    
T  37639657 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattaaatacttttcactc 37639600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 213 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 37435629 - 37435569
Alignment:
Q  213 ctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatactttt 273  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||  | |||||||| |||||||||    
T  37435629 ctcagtttcaacaaattgcaaggagacattccaattccatccgatggcattgaatactttt 37435569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 23 - 278
Target Start/End: Original strand, 24217782 - 24218037
Alignment:
Q  23 tgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaacttcaaaatctgcaagagtta 122  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    |||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||| |||   ||| ||||||||||||  |||    
T  24217782 tgactacatcttacccaaccttgatgatttatctttatcttcttgtaatgttaatggttttcctaaattcttagcaagtcttgaaaatctgcaaggatta 24217881  T
Q  123 gatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcgacatatcgatctcagtttca 222  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||  ||||||||||||    
T  24217882 gatctctctaataacaaaattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggaaggaaattcgaattattaatctcagtttca 24217981  T
Q  223 acaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttcactc 278  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  24217982 acaagttgcaaggagaccttccgattccaccctatggaattcaatacttttcactc 24218037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 276 - 451
Target Start/End: Original strand, 16843376 - 16843551
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||    
T  16843376 ctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctaggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcc 16843475  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacag 451  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16843476 taaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacag 16843551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 279 - 451
Target Start/End: Original strand, 24218114 - 24218286
Alignment:
Q  279 acaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcctag 378  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||     
T  24218114 acaacaatttaacaggaacgattccacaatgcctgggaacatttccttatctttctgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcatgcctaa 24218213  T
Q  379 aaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacag 451  Q
    ||| |||||  |||||||| |||| ||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||    
T  24218214 aacattttcggaaggaaatgcattcgagactataaagttgaatggcaaccaattggagggaccattaccacag 24218286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 299 - 449
Target Start/End: Original strand, 16846067 - 16846217
Alignment:
Q  299 attccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcctagaaccttttccaaaggaaata 398  Q
    |||||||||||| | ||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||     
T  16846067 attccacaatgcttgggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctttggaagcattcctagaaccttttccaaaggaaatg 16846166  T
Q  399 catttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccac 449  Q
      ||||  || ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  16846167 tgtttgtcactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccac 16846217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 274
Target Start/End: Original strand, 16842899 - 16843163
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaact 103  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||   |||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||      |||      
T  16842899 tcaacactgatagcattgctgactccatcttacccaaccttttttcattagatttatcttatgctaatattaatagttttcctaaattc------caaac 16842992  T
Q  104 tcaaaatctgcaagagttagatctatctaataacataattcaaggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcga 203  Q
     | |||||| |||   |||||||| || |||||||  ||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || ||| |     
T  16842993 acgaaatcttcaaagattagatctctccaataacaacattcatggtaaaattcccaaatggtttcataagaagctcttaaacacatggaatgacatttgg 16843092  T
Q  204 catatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccactctatggcattcaatacttttc 274  Q
     | || ||||| ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  16843093 tacattgatcttagtttcaacaaattgcaaggagacattccaattccatcttatggccttcaatacttttc 16843163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 154 - 273
Target Start/End: Original strand, 16845842 - 16845961
Alignment:
Q  154 ttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcgacatatcgatctcagtttcaacaagttgcaacgagatcttccaattccact 253  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| || | |||| ||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||      
T  16845842 ttccaaaatggtttcataagaagctcttaaactcgtggaaggacattcgacacattgacctcagtttcaacaaattgcaaggagacattccaattccata 16845941  T
Q  254 ctatggcattcaatactttt 273  Q
     ||||||||| |||||||||    
T  16845942 ttatggcattaaatactttt 16845961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 7e-47; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 276 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 14553152 - 14552977
Alignment:
Q  276 ctcacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagcttgcc 375  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| | | ||    
T  14553152 ctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctggggacatttcctcttctctctattttggatatgcaaatgaacaacctctatggaatcattcc 14553053  T
Q  376 tagaaccttttccaaaggaaatacatttgagacgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacag 451  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  14553052 tagaaccttttcaaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggaaaccaattgaaaggaccactaccacag 14552977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 14553247 - 14553206
Alignment:
Q  4 tcaacattgatagcagtgatgactccatctcacccaaccttg 45  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  14553247 tcaacattgatagcagtgctaactccatcttacccaaccttg 14553206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University