View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19755_low_3 (Length: 690)

Name: NF19755_low_3
Description: NF19755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19755_low_3
NF19755_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-672)||(10462755-10463426)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 647; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 647; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 672
Target Start/End: Original strand, 10462755 - 10463426
Alignment:
Q  1 atgttatggaattgtacccaattgttaaaaattcatcatgaaattcaactgataattaactcagatttggaaaaaatgtaggaagattgattgaattcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10462755 atgttatggaattgtacccaattgttaaaaattcatcatgaaattcaactgataattaactcagatttggaaaaaatgtaggaagattgattgaattcaa 10462854  T
Q  101 tttataatgagcgcactagtaggacttaaacaagaaacttccatctcacagatggtatacagagaatttgtttagccacaatgttgaattagttattata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10462855 tttataatgagcgcactagtaggacttaaacaagaaacttccatctcacagatggtatacagagaatttgtttagccacaatgttgaattagttattata 10462954  T
Q  201 gcttgataaatttatttaagctacttcatcaaaaaacaagatataccgcaaattctattgccagcagaagattaagatgaagcatgtgactcacatgcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10462955 gcttgataaatttatttaagctacttcatcaaaaaacaagatataccgcaaattctattgccagcagaagattaagatgaagcatgtgactcacatgcac 10463054  T
Q  301 agcacataaacaatgaaaacgtagtatttaaatccatagcatcaggacaatcgtttttattannnnnnnaacaattagtaagcaaaacaagacaatcatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10463055 agcacataaacaatgaaaacgtagtatttaaatccatagcatcaggacaatcgtttttattatttttttaacaattagtaagcaaaacaagacaatcatt 10463154  T
Q  401 acttttagtttatactctttaaatcatctaaaagcaagatgcaaatgttcaacttgatccgtaaggttaggtaagcggcaagtaccatgacgagaagcaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10463155 acttttagtttatactctttaaatcatctaaaagcaagatgcaaatgttcaacttgatccgtaaggttaggtaagcggcaagtaccatgacgagaagcaa 10463254  T
Q  501 aattgacagcatagcgattattctatttttctgtttgaaagcaaagttattggtgtgtcaagtgtgcgttagacgtttcacattagatgaaaaagtttat 600  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10463255 aattgacagcatagcaattattctatttttctgtttgaaagcaaagttattggtgtgtcaagtgtgcgttagacgtttcacattagatgaaaaagtttat 10463354  T
Q  601 gtttaacagcgtataagtgagaaaatctttgtatctaatgtcttaagattcaacatctgtgtagtagctctt 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10463355 gtttaacagcgtataagtgagaaaatctttgtatctaatgtcttaagattcaacatctgtgtagtagctctt 10463426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University